J.P. Euzéby : Dictionnaire de Bactériologie Vétérinaire

Créé le 26 novembre 2003

ALISTIPES, ALISTIPES PUTREDINIS

Autres dénominations :
Alistipes putredinis : Bacteroides putredinis, "Bacillus putredinis", "Pseudobacterium putredinis".

Le genre Bacteroides, tel qu'il est décrit dans la première édition du Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, est très hétérogène et il regroupe des bactéries très différentes les unes des autres en ce qui concerne leurs phénotypes et leurs génotypes. Actuellement, le genre Bacteroides est restreint à Bacteroides fragilis et aux espèces apparentées à Bacteroides fragilis alors que les autres espèces ont été transférées dans d'autres genres (voir le fichier Bacteroides in List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature). La nomenclature de quelques espèces (Bacteroides capillosus, Bacteroides splanchnicus ou Bacteroides ureolyticus) n'a pas été modifiée mais ces bactéries sont considérées comme en attente d'une nouvelle classification. En 2003, Bacteroides putredinis a été reclassé dans le nouveau genre Alistipes (Cf. infra).

Les examens bactériologiques effectués lors d'appendicites aiguës de l'enfant ont permis à Rautio et al. de mettre en évidence un bacille à Gram négatif, anaérobie, résistant à la bile et produisant un pigment brun. Cette bactérie ressemble à Bacteroides fragilis et aux taxons apparentés mais elle ne peut être placée dans aucune espèce. En 2003, Rautio et al. rapportent les résultats d'une étude portant sur 12 de ces souches (neuf souches isolées d'appendices et trois souches isolées des fèces).
. Les séquences des ARNr 16S de deux souches présentent entre elles plus de 99 p. cent d'homologie. Une analyse phylogénétique révèle une parenté avec Bacteroides putredinis (95,6 p. cent d'homologie entre les séquences des ARNr 16S) et dans une moindre mesure avec Rikenella microfusus (87,3 p. cent d'homologie).
. La valeur du G + C p. cent de la souche AHN 2437 (qui sera désignée comme la souche type de l'espèce Alistipes finegoldii) est de 57 et celle de la souche type de Bacteroides putredinis est de 55. Ces valeurs sont supérieures à celles obtenues avec les Bacteroides sp. dont les G + C p. cent varient de 40 à 48.
. Le pourcentage d'homologie ADN-ADN, obtenu entre la souche AHN 2437 et la souche type de Bacteroides putredinis, est de 42 p. cent ce qui montre que ces deux souches appartiennent à deux genomospecies différentes (voir le fichier ¤ "Définitions d'une genomospecies et d'une espèce bactérienne").
. Les souches isolées d'appendices ou des fèces et les souches de Bacteroides putredinis présentent des caractères phénotypiques proches mais différents et ces caractères permettent de les distinguer des bactéries apparentées.
. Pour ces différentes raisons, Rautio et al. proposent la création du nouveau genre Alistipes qui comprend Alistipes finegoldii et Alistipes putredinis. Alistipes finegoldii est une nouvelle espèce qui regroupe les souches isolées de l'appendice ou des fèces ; Alistipes putredinis est une nouvelle combinaison proposée pour reclasser les souches de Bacteroides putredinis. Ces différentes nomenclatures ont été validement publiées le 13 novembre 2003 par inscription sur la liste de validation n° 94. Alistipes finegoldii, espèce type du genre, est dépourvu d'intérêt en biologie ou en médecine vétérinaire et seul Alistipes putredinis sera brièvement étudié dans la suite de ce fichier.

Le genre Alistipes est constitué de bacilles à Gram négatif, droits ou légèrement incurvés, présentant des extrémités arrondies, non sporulés, détruits par un chauffage de 10 minutes à 80 °C, anaérobies, ne réduisant pas les nitrates en nitrites, lécithinase et lipase négatives, indologènes, digérant la gélatine, cultivant faiblement dans des bouillons (même après enrichissement en formate/fumarate, en sérum de cheval, en bile, en pyruvate, en bicarbonate de sodium, en hémine et/ou en Tween), fermentant le glucose en produisant de l'acide succinique, de faibles quantités d'acide acétique, d'acide isovalérique et d'acide propionique, produisant parfois de très faibles quantités d'acide lactique, d'acide isobutyrique et d'acide butyrique.
La possibilité de croître en présence de 20 p. cent de bile est variable selon l'espèce.
Quelques caractères permettant de différencier le genre Alistipes des genres apparentés sont donnés dans le tableau I.

Outre les caractères du genre, les souches de Alistipes putredinis rassemblent des bacilles immobiles, de 0,3 à 0,5 µm de diamètre sur 0,9 à 3,0 µm de longueur, pouvant présenter un renflement à l'une des extrémités, se présentant de manière isolée ou groupés par deux, incapables de cultiver en présence de 20 p. cent de bile, acidifiant faiblement les bouillons PYG après six jours d'incubation (production faible d'acide succinique et production en très faibles quantités d'acide acétique, d'acide isobutyrique, d'acide isovalérique et d'acide propionique), catalase faiblement positive, décarboxylant l'acide glutamique, produisant de l'hydrogène sulfuré (à condition d'utiliser un papier à l'acétate), synthétisant une fibrinolysine et donnant une réponse négative aux tests N-acétyl-gamma-glucosaminidase (tablette Rosco), alpha-galactosidase (galerie API ZYM) et bêta-galactosidase (galerie API ZYM).
. La température optimale de croissance est de 37 °C et quelques souches sont capables de cultiver pour des températures comprises entre 25 et 45 °C. En bouillon PYG, on note une importante production de gaz (hydrogène), un léger trouble et la formation d'un sédiment. Les colonies obtenues sur milieu gélosé (par exemple gélose Brucella au sang de mouton) sont non pigmentées, translucides, lisses, à contour légèrement irrégulier et leur diamètre ne dépasse pas 0,5 mm.
. La réponse négative aux tests croissance en présence de 20 p. cent de bile, production de pigment, N-acétyl-gamma-glucosaminidase, alpha-galactosidase et bêta-galactosidase permet de différencier Alistipes putredinis de Alistipes finegoldii qui donne des résultats opposés.
. Alistipes putredinis est sensible à la clindamycine, au céfoxitine, au chloramphénicol, à l'érythromycine et au métronidazole. Une résistance est notée vis-à-vis de la tétracycline et de la doxycycline.

Chez l'homme, Alistipes putredinis est isolé des selles, d'abcès de l'abdomen et du rectum, d'infections de l'appendice et rarement de la bouche.
Cette espèce est également présente dans le sol des fermes d'élevage (portage dans le tube digestif des animaux ?) et elle est isolée lors de piétin chez le mouton.

Orientation bibliographique

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