J.P. Euzéby : Dictionnaire de Bactériologie Vétérinaire |
Créé le 02 octobre 2003
Dernière mise à jour le 24 novembre 2007
ARENIBACTER
Le genre Arenibacter et l'espèce Arenibacter latericius sont les nomenclatures validement publiées le 15 novembre 2001 pour cinq souches bactériennes isolées de sédiments de la Mer de Chine, d'algues brunes du Pacifique et de l'intestin d'un concombre de mer (Apostichopus ou Stichopus japonicus*) péché dans le golf Pierre le Grand (Baie de Troitsa, Mer du Japon ou Mer de l'Est).
Les pourcentages d'homologie ADN-ADN entre les cinq souches sont égaux ou supérieurs à 83 et elles forment donc une unique genomospecies (voir le fichier ¤ "Définitions d'une genomospecies et d'une espèce bactérienne").
Les caractères phénotypiques, la composition des acides gras et la valeur du G + C p. cent (37,5 à 38,2) suggéraient le placement de ces souches dans la famille des ¤ Flavobacteriaceae.
L'analyse des séquences des ARNr 16S montre que les cinq souches appartiennent bien à la famille des ¤ Flavobacteriaceae. Toutefois, les homologies de séquence avec l'espèce la plus proche (Zobellia uliginosa) ne dépassent pas 91,4 p. cent ce qui justifie la proposition d'un nouveau genre ( Arenibacter) et d'une nouvelle espèce (Arenibacter latericius).
Le 12 septembre 2003, le 23 juillet 2004 et le 10 janvier 2006, le genre Arenibacter s'est enrichi de trois nouvelles espèces (Arenibacter troitsensis, Arenibacter certesii et Arenibacter palladensis), dépourvues d'intérêt en biologie vétérinaire.
L'unique souche de Arenibacter certesii a été isolée d'une algue verte (Ulva fenestrata) de la mer du Japon ou mer de l'Est, l'unique souche de Arenibacter troitsensis provient d'un sédiment collecté dans la mer du Japon ou mer de l'Est et les trois souces de Arenibacter palladensis ont été isolées d'algues vertes (Ulva fenestrata) de la mer du Japon ou mer de l'Est.
Le 08 novembre 2007, Nedashkovskaya et al. incluent une cinquième espèce dans le genre Arenibacter, Arenibacter echinorum dont les deux souches ont été isolées d'un oursin (Strongylocentrotus intermedius**) récolté dans le golf Pierre le Grand (Baie de Troitsa, Mer du Japon ou Mer de l'Est).
Le genre Arenibacter est constitué de bacilles à Gram négatif, de forme irrégulière, aux estrémités arrondies, de 1,5 à 5 µm de longueur sur 0,4 à 0,6 µm de diamètre, non sporulés, aérobies, chimio-organotrophes, n'accumulant pas de poly-bêta-hydroxybutyrate, produisant des pigments caroténoïdes non diffusibles, oxydase positive, catalase positive, phosphatase alcaline positive, ne dégradant ni l'agar ni l'amidon ni l'alginate ni la chitine. La principale ménaquinone respiratoire est une ménaquinone à 6 unités isoprénoïdes.
. Quelques caractères permettant de différencier le genre Arenibacter des autres genres de la famille des ¤ Flavobacteriaceae sont présentés dans le tableau I.
. D'autres caractères bactériologiques ainsi que quelques caractères permettant de différencier les cinq espèces du genre Arenibacter sont donnés dans le tableau II.
Orientation bibliographique
IVANOVA (E.P.), NEDASHKOVSKAYA (O.I.), CHUN (J.), LYSENKO (A.M.), FROLOVA (G.M.), SVETASHEV (V.I.), VYSOTSKII (M.V.), MIKHAILOV (V.V.), HUQ (A.) et COLWELL (R.R.) : Arenibacter gen. nov., new genus of the family Flavobacteriaceae and description of a new species, Arenibacter latericius sp. nov. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2001, 51, 1987-1995.
NEDASHKOVSKAYA (O.I.), KIM (S.B.), HAN (S.K.), LYSENKO (A.M.), MIKHAILOV (V.V.) et BAE (K.S.) : Arenibacter certesii sp. nov., a novel marine bacterium isolated from the green alga Ulva fenestrata. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2004, 54, 1173-1176.
NEDASHKOVSKAYA (O.I.), KIM (S.B.), LYSENKO (A.M.), LEE (K.H.), BAE (K.S.) et MIKHAILOV (V.V.) : Arenibacter echinorum sp. nov., isolated from the sea urchin Strongylocentrotus intermedius. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2007, 57, 2655-2659.
NEDASHKOVSKAYA (O.I.), SUZUKI (M.), VYSOTSKII (M.V.) et MIKHAILOV (V.V.) : Arenibacter troitsensis sp. nov., isolated from marine bottom sediment. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2003, 53, 1287-1290.
NEDASHKOVSKAYA (O.I.), VANCANNEYT (M.), CLEENWERCK (I.), SNAUWAERT (C.), KIM (S.B.), LYSENKO (A.M.), SHEVCHENKO (L.S.), LEE (K.H.), PARK (M.S.), FROLOVA (G.M.), MIKHAILOV (V.V.), BAE (K.S.) et SWINGS (J.) : Arenibacter palladensis sp. nov., a novel marine bacterium isolated from the green alga Ulva fenestrata, and emended description of the genus Arenibacter. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2006, 56, 155-160.
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* : Apostichopus (ou Stichopus) japonicus
Classification d'après le NCBI Taxonomy Browser : Eukaryota ; Fungi/Metazoa group ; Metazoa ; Eumetazoa ; Bilateria ; Coelomata ; Deuterostomia ; Echinodermata ; Eleutherozoa ; Echinozoa ; Holothuroidea ; Aspidochirotacea ; Aspidochirotida ; Stichopodidae ; Stichopus (ou Apostichopus) ; Stichopus (ou Apostichopus) japonicus.
Pour un bref commentaire concernant le nom de genre (Stichopus ou Apostichopus) voir le fichier About the Latin name of the Japanese sea cucumber
Le concombre de mer est un aliment très apprécié des asiatiques et notamment des chinois et des japonais. De plus, des travaux scientifiques suggèrent que Apostichopus japonicus pourrait être utilisé pour le traitement de certains cancers (lymphomes, cancers du sein).
Au Japon on consomme soit l'animal entier conservé dans du vinaigre ("Sunomono") soit l'animal entier puis séché ("Iriko") soit les intestins coupés en tranches et salés ("Konowata") soit les ovaires séchés ("Konoko").
En Chine, on consomme l'animal séché vendu sous le nom de "Haisheng" (ginseng de mer). Après nettoyage et éviscération, les concombres de mer sont bouillis, salés, puis à nouveau bouillis et enfin séchés au soleil.
Compte tenu de son importance, Apostichopus japonicus fait l'objet d'un élevage en Chine, au Japon, aux Indes, en Indonésie, aux Philippines et en République de Corée.
La FAO a publié un document très intéressant concernant l'élevage du concombre de mer. Voir, Sea cucumber culture.
Pour une photographie de cette espèce, voir Stichopus japonicus sur le site du National Science Museum, Tokyo
** : Strongylocentrotus intermedius
Classification d'après le NCBI Taxonomy Browser : Eukaryota ; Fungi/Metazoa group ; Metazoa ; Eumetazoa ; Bilateria ; Coelomata ; Deuterostomia ; Echinodermata ; Eleutherozoa ; Echinozoa ; Echinoidea ; Euechinoidea ; Echinacea ; Echinoida ; Strongylocentrotidae ; Strongylocentrotus, Strongylocentrotus intermedius.
Strongylocentrotus intermedius fait l’objet d’une récolte commerciale, notamment dans les mers de Chine, du Japon, d’Okhotsk et de Béring. Cette espèce est un modèle d'étude en biologie du développement et une substance antitumorale et immunosuppressive, la 3'-sulphonoquinovosyl 1'-monoacylglycéride, a été extraite de son intestin.
Pour une photographie de cette espèce, voir http://www.hokudai.ac.jp/fsc/usujiri/Strongylocentrotus intermedius.html
Orientation bibliographique
R
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