J.P. Euzéby : Dictionnaire de Bactériologie Vétérinaire

Créé le 02 octobre 2000
Dernière mise à jour le 18 mai 2004

ATOPOBACTER

Voir aussi le fichier  ¤ Carnobacteriaceae.

La pêche est une activité importante pour les pays côtiers de la Mer du Nord et la production annuelle de poissons est estimée à 2,5 millions de tonnes.
Environ 65 millions de personnes vivent dans des régions dont les effluents sont drainés dans la Mer du Nord, l'activité industrielle (notamment la production de pétrole et de gaz) est importante et le trafic maritime intense. Pour toutes ces raisons, la Mer du Nord est sujette à des pollutions pouvant menacer la survie de certaines espèces et un programme de surveillance international de l'écosystème a été mis en place. L’état de santé des mammifères marins peut, partiellement, refléter l’impact des activités humaines sur l’environnement et c’est à ce titre que le Scottish Agriculture College Veterinary Services procède à l’examen des animaux morts.

En 1994 et en 1998, les analyses de la flore, effectuées sur deux phoques (Phoca vitulina), ont permis d'isoler deux souches d'un nouveau bacille à Gram positif.
Les deux souches sont phénotypiquement apparentées, les analyses électrophorétiques de leurs protéines révèlent une similitude de 78 p. cent et les séquences de leurs ARNr 16S sont très proches (pourcentage de divergence de 0,2 p. cent). Ces résultats permettent de considérer que ces deux souches appartiennent à une même espèce.
Les études phylogénétiques montrent une parenté avec les espèces des genres ¤ Granulicatella et ¤ Carnobacterium et, dans une moindre mesure, avec Lactosphaera pasteurii, ¤ Melissococcus plutonius, les ¤ Enterococcus sp., les ¤ Vagococcus sp. et les Tetragenococcus sp.
Les caractères phénotypiques permettent d'identifier ces deux souches et elles ont été placées dans un nouveau genre avec la nomenclature de Atopobacter phocae.
Le genre Atopobacter est actuellement classé dans la famille des ¤ Carnobacteriaceae.

Atopobacter phocae se présente sous la forme de courts bacilles à Gram positif, de forme irrégulière, aéro-anaérobies, catalase négative et possédant un peptidoglycane du type A4bêta (voir ¤). Ce type de peptidoglycane, rarement observé chez les bactéries à Gram positif, non sporulées et catalase négative, est également retrouvé chez ¤ Granulicatella balaenopterae.
Le germe cultive en 24 heures, à 25 °C et à 37 °C, sur des géloses Columbia enrichies ou non en sang de cheval. Aucune croissance n'est observée à 42 °C. Après 24 heures d'incubation à 37 °C dans une atmosphère enrichie de 5 p. cent de dioxyde de carbone, les colonies sont petites (en tête d'épingle), grisâtres, lisses et non hémolytiques.

Les caractères biochimiques ont été étudiés à l'aide de galeries API rapid ID 32S et de galeries API ZYM.
. Une réponse positive est notée pour les tests phosphatase acide, phosphatase alcaline, arginine di-hydrolase, estérase C4 (réaction faiblement positive), estérase lipase C8, acide pyroglutamique arylamidase (réaction faiblement positive), pyrazinamidase (réaction faiblement positive), pyrrolidonyl-arylamidase, acidification (sans gaz) de la cyclodextrine, du glucose, du glycogène, du maltose, du pullulane et du ribose.
. Une réponse négative est obtenue avec les tests réduction des nitrates, production d'acétoïne, uréase, hydrolyse de l'esculine, hydrolyse de la gélatine, hydrolyse de l'hippurate, N-acétyl-bêta-glucosaminidase, chymotrypsine, cystine arylamidase, alpha-fucosidase, alpha-galactosidase, bêta-glucosidase, bêta-glucuronidase, glycyl-tryptophane arylamidase, alpha-mannosidase, bêta-mannosidase, lipase C14, trypsine, valine arylamidase, acidification du L-arabinose, du D-arabitol, de l'alpha-méthyl-D-glucopyranoside, du mannitol, du mélibiose, du mélézitose, du raffinose, du sorbitol, du tagatose et du D-xylose.
. La production d'une alanyl-phénylalanine-proline arylamidase, d'une leucine arylamidase, d'une bêta-galactosidase, d'une bêta-galacturonidase ainsi que l'acidification du lactose, du saccharose et du tréhalose sont variables selon les souches.
. Atopobacter phocae se distingue des ¤ Granulicatella sp. par sa morphologie et, à l'exception de Granulicatella balaenopterae, par son absence d'exigence nutritionnelle vis-à-vis de la L-cystéine ou du chlorhydrate de pyridoxal.
Atopobacter phocae se différencie de ¤ Granulicatella balaenopterae par sa morphologie et par une réponse positive aux tests phosphatase alcaline, acidification de la cyclodextrine, du glycogène et du ribose.

L'habitat et le pouvoir pathogène de cette bactérie sont inconnus. Une souche a été isolée de l'intestin, de divers nœuds lymphatiques et des poumons (en association avec ¤ Arcanobacterium phocae) chez un jeune phoque présentant une adénopathie, une congestion pulmonaire et des hémorragies pulmonaires. Une souche a pour origine le foie, la rate et le sang d'un phoque adulte victime d'un coup de fusil. Une troisième souche a été isolée, en association avec une souche de ¤ Corynebacterium caspium et une souche de streptocoques du groupe G (¤ Streptococcus canis ?), du pénis d'un phoque de la Caspienne (Phoca caspica).
Une quatrième souche de Atopobacter phocae a été isolée, en association avec d'autres bactéries, d'un abcès de la tête chez une loutre (E. Falsen, Responsable de la CCUG, communication personnelle). Cette souche réagit avec un sérum dirigé contre l'antigène du groupe D de Lancefield alors qu'une telle réactivité n'est pas mentionnée (ou n'a pas été recherchée) pour les trois autres souches.

Orientation bibliographique

COLLINS (M.D.), HOYLES (L.), FOSTER (G.) et FALSEN (E.) : Corynebacterium caspium sp. nov., from a Caspian seal (Phoca caspica). Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2004, 54, 925-928.

LAWSON (P.A.), FOSTER (G.), FALSEN (E.), OHLÉN (M.) et COLLINS (M.D.) : Atopobacter phocae gen. nov., sp. nov., a novel bacterium isolated from common seals. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2000, 50, 1755-1760.

Anonyme: Fifth International Conference on the Protection of the North Sea. URL : http://www.dep.no/md/nsc/

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