J.P. Euzéby : Dictionnaire de Bactériologie Vétérinaire

Créé le 08 décembre 2004

ATOPOSTIPES, ATOPOSTIPES SUICLOACALIS

Voir aussi le fichier  ¤ Carnobacteriaceae.

Autres dénominations : Atopostipes suicloacale (sic).

Les élevages de porcs engendrent des quantités importantes d'excréments qui sont une source de nuisance, de pollution et parfois de conflits entre les éleveurs et leurs proches voisins.
Les excréments liquides, traités dans des fosses à lisier, dégagent une odeur désagréable et produisent de l'ammoniac éventuellement nocif pour l'homme et les animaux. L'émission d'odeurs nauséabondes et d'ammoniac est due au métabolisme bactérien et notamment à l'action de bactéries anaérobies strictes. Le brassage des lisiers permet une aération et donc une limitation du développement des micro-organismes anaérobies sans toutefois abolir totalement les nuisances.
Les bactéries présentes dans les lisiers de porcs sont mal connues. Whitehead et Cotta ont cependant caractérisé de nombreuses espèces du phylum des "Firmicutes" dont des Clostridium sp., des Lactobacillus sp., des Streptococcus sp. et de nombreuses espèces encore innomées.

Lors d'une étude cherchant à apprécier la diversité des populations bactériennes présentes dans les lisiers de porcs, Cotta et al. isolent une unique souche de bacilles à Gram positif (la souche PPC79), aéro-anaérobies, non sporulées et catalase négative. Initialement, la souche PPC79 avait été identifiée comme un représentant du genre Eubacterium.

L'analyse des séquences des ARNr 16S permet de placer la souche PPC79 au sein du sous-phylum des clostridies. Au sein de ce sous-phylum, le taxon le plus proche est une bactérie non cultivable mise en évidence par Paster et al. dans la flore gingivale de l'homme et désignée "Firmicutes sp. oral clone BX005". Parmi les taxons ayant un statut dans la nomenclature les espèces les plus proches sont ¤ Allofustis seminis, Alkalibacterium olivapovliticus, Alloiococcus otitis et Dolosigranulum pigrum.
Les pourcentages de divergence entre la souche PPC79 et les souches types de ¤ Allofustis seminis, Alkalibacterium olivapovliticus, Alloiococcus otitis et Dolosigranulum pigrum sont supérieurs à 8 p. cent. En accord avec les recommandations de Stackebrandt et Goebel, la souche PPC79 constitue un nouveau genre que Cotta et al. dénomment Atopostipes.
Le pourcentage de divergence entre la souche PPC79 et le clone BX005 est de 2,5, ce qui ne permet pas d'affirmer que le clone BX005 et la souche PPC79 constituent une unique espèce. En attendant des travaux complémentaires concernant le clone BX005, Cotta et al. proposent de placer la souche PPC79 dans l'espèce Atopostipes suicloacale (sic). Ultérieurement, cette nomenclature sera corrigée en Atopostipes suicloacalis.
Les nomenclatures de Atopostipes et de Atopostipes suicloacalis corrig. (souche type PPC79 = DSM 15692 = NRRL 23919) ont été effectivement publiées en juin 2004 puis validement publiées le 20 septembre 2004 par inscription sur la liste de validation n° 99.

Le genre Atopostipes est actuellement classé dans la famille des ¤ Carnobacteriaceae.

Le genre Atopostipes rassemble des courts bacilles à Gram positif, immobiles, non sporulés, aéro-anaérobies, catalase négative, nitrate réductase négative, acidifiant le glucose et d'autres sucres, uréase négative et non indologènes. Les principaux produits terminaux du métabolisme du glucose sont le lactate, l'acétate et le formate.

Outre les caractères généraux du genre Atopostipes, Atopostipes suicloacalis présente les caractères phénotypiques suivants.
. Une réponse positive est notée pour l'assimilation de l'amygdaline, du cellobiose, de l'esculine, du glucose, du lactose, du maltose, du mannose, du raffinose et du saccharose.
. Une réponse négative est notée pour l'assimilation de l'arabinose, de la cellulose, de l'inuline, de l'inositol, du mélibiose, du rhamnose, du sorbitol, du tréhalose et du xylose.
. En utilisant une galerie API rapid ID 32A ensemencée avec une culture prélevée sur un milieu glucosé, une réponse positive est observée pour les tests alpha-arabinosidase, alpha-galactosidase, bêta-glucosidase et N-acétyl-bêta-glucosaminidase. Si l'on ensemence la galerie avec une culture prélevée sur un milieu lactosé, les tests bêta-galactosidase et bêta-galactosidase-6-phosphate sont également positifs.

La croissance est difficile et elle nécessite l'adjonction de jus de rumen. La température optimale de croissance varie de 28 à 30 °C et la température maximale de croissance est de 32 °C.
Après 48 heures d'incubation en anaérobiose et à 30 °C, les colonies obtenues sur une gélose cœur-cervelle enrichie de 10 p. cent de jus de rumen sont convexes, à contour régulier, lisses, brillantes, de couleur grisâtre et leur diamètre est de 0,5 mm.

Atopostipes suicloacalis se différencie aisément de Alkalibacterium olivapovliticus qui est une bactérie alcalophile ne cultivant pas à un pH inférieur à 8,5.
L'absence de croissance à des températures supérieures à 32 °C différencie également Atopostipes suicloacalis de ¤ Allofustis seminis, Alloiococcus otitis et Dolosigranulum pigrum dont la croissance optimale est obtenue à 37 °C. De plus, Alloiococcus otitis et Dolosigranulum pigrum ont une morphologie ovoïde et Alloiococcus otitis est aérobie.
Quelques caractères permettant de distinguer Atopostipes suicloacalis, ¤ Allofustis seminis, Alloiococcus otitis et Dolosigranulum pigrum sont donnés dans le tableau I.

L'habitat de Atopostipes suicloacalis est inconnu, mais on peut supposer que cette bactérie est un micro-organisme de la flore digestive du porc.

Orientation bibliographique

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