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Créé le 29 novembre 2005
CAMPYLOBACTERALES, CAMPYLOBACTERACEAE, HELICOBACTERACEAE
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Ordre des Campylobacterales
L'ordre des Campylobacterales a été proposé dans la deuxième édition du "Bergey's Manual of Systematic Bacteriology" et cette nomenclature sera validement publiée en janvier 2006 par citation sur la liste de validation 107.
L'ordre des Campylobacterales est placé dans la classe des ¤ Epsilonproteobacteria* (phylum des ¤ "Proteobacteria", domaine ou empire des "Bacteria" ou des "Eubacteria"). Il est constitué de trois familles, Campylobacteraceae, Helicobacteraceae et "Hydrogenimonadaceae".
La famille des "Hydrogenimonadaceae" renferme un seul genre (Hydogenimonas) et une seule espèce (Hydrogenimonas thermophila).
Famille des Campylobacteraceae
En 1991, une étude phylogénique, reposant sur des hybridations ADN-ARNr, montrait que les genres ¤ Campylobacter, Helicobacter, ¤ Arcobacter, les espèces Wolinella succinogenes, Bacteroides gracilis (actuellement Campylobacter gracilis), Bacteroides ureolyticus et "Flexispira rappini"**, ainsi que plusieurs bactéries apparentées aux campylobactéries mais encore innomées, appartenaient à la "superfamille VI" (actuellement dénommée la classe des ¤ Epsilonproteobacteria) de la classe des Proteobacteria (actuellement dénommée le phylum des ¤ "Proteobacteria").
Au sein de cette "superfamille", les genres ¤ Arcobacter et ¤ Campylobacter présentent de nombreuses affinités phylogéniques et phénotypiques ce qui justifie leur regroupement au sein d’une même famille, la famille des Campylobacteraceae, dont la nomenclature sera validement publiée le 8 juillet 1991.
La famille des Campylobacteraceae rassemble des bacilles à Gram négatif, incurvés ou en S ou de forme spiralée, non sporulés, de 0,1 à 0,8 mm de diamètre sur 0,5 à 5,0 mm de longueur, pouvant donner des formes coccoïdes dans les vieilles cultures, généralement mobiles grâce à un flagelle non entouré d'une gaine protéique et situé à l'une des extrémités ou aux deux extrémités de la cellule, micro-aérophiles (certaines souches peuvent croître en aérobiose ou en anaérobiose), chimio-organotrophes avec un métabolisme respiratoire, généralement oxydase positive, capables pour la majorité des souches de réduire les nitrates, inactifs sur les sucres (ni oxydation ni fermentation), réduisant le fumarate en succinate, donnant une réponse négative aux tests indole, rouge de méthyle, réaction de Voges-Proskauer et hydrolyse de l’hippurate (Campylobacter jejuni et quelques souches de Campylobacter curvus sont toutefois hippurate positive) et dont le G + C p. cent varie de 29 à 47. La température optimale de croissance est comprise entre 30 et 37 °C sauf pour quelques espèces du genre Sulfurospirillum. La présence de sang ou de sérum n'est pas indispensable, mais elle stimule la croissance. Les colonies sont généralement non pigmentées. La plupart des espèces sont présentes chez l’homme et/ou chez l’animal et certaines espèces sont considérées comme d’authentiques bactéries pathogènes. La famille des Campylobacteraceae comprend actuellement trois genres : ¤ Campylobacter, ¤ Arcobacter et Sulfurospirillum.
Les souches de Sulfurospirillum spp. sont constituées de fins bacilles à Gram négatif, incurvés ou spiralés, de 0,1 à 0,5 µm de diamètre sur 1 à 3 µm de longueur, pouvant s'associer pour former des chaînes hélicoïdales, micro-aérophiles, oxydant le fumarate, le lactate, le malate, le pyruvate et le succinate, n'oxydant pas l'acétate, oxydase positive, cultivant pour des températures comprises entre 8 et 36 °C.
Famille des Helicobacteraceae
La famille des Helicobacteraceae est décrite dans la deuxième édition du "Bergey's Manual of Systematic Bacteriology" et cette nomenclature sera validement publiée en janvier 2006 par citation sur la liste de validation 107.
La famille des Helicobacteraceae comprend les genres Helicobacter, Sulfurimonas, Sulfurovum, Thiovulum et Wolinella. Seul le genre Helicobacter présente un intérêt en médecine vétérinaire (voir le fichier ¤ "Caractères généraux des genres Helicobacter et "Flexispira"). L'unique souche de Sulfurimonas autotrophica (seule espèce du genre) se présente comme de courts bacilles (1,5 à 2,5 µm de longueur sur 0,5 à 1,0 µm de diamètre), mobiles grâce à un unique flagelle polaire, aérobies, mésophiles (température de croissance comprise entre 10 et 40 °C), chimiolithotrophes, nécessitant de l'eau de mer pour la croissance et isolés des profondeurs de la mer d'Okinawa. Sulfurovum lithotrophicum est l'unique espèce du genre Sulfurovum. Cette bactérie se présente sous la forme de cocco-bacilles ou de courts bacilles (0,5 à 1,2 µm de longueur sur 0,4 à 0,8 µm de diamètre), immobiles, aéro-anaérobies, mésophiles (température de croissance comprise entre 10 et 40 °C), chimiolithotrophes, ne cultivant qu'en présence d'eau de mer. L'unique souche cette espèce a été isolée des profondeurs de la mer d'Okinawa.
Thiovulum majus (unique espèce du genre) est une bactérie de forme ovoïde, de 5 à 25 µm de diamètre, présentant une grande vacuole qui repousse le cytoplasme, contenant souvent des inclusions de soufre orthorhombique et des substances de réserve ("greenish bodies").
Le genre Wolinella est actuellement restreint à l'espèce Wolinella succinogenes. Ce procaryote se présente sous la forme de cellules droites ou incurvées ou hélicoïdales, de 0,5 à 1,0 µm de diamètre sur 2 à 6 µm de longueur, mobiles grâce à un unique flagelle polaire, anaérobies, catalase négative, produisant de l'hydrogène sulfuré, utilisant l'hydrogène et le formate comme source d'énergie. L'habitat de cette espèce est le rumen des bovins.
Orientation bibliographique
GARCIA-PICHEL (F.) : Rapid bacterial swimming measured in swarming cells of Thiovulum majus. J. Bacteriol. 1989, 171, 3560-3563. GARRITY (G.M.), BELL (J.A.) et LILBURN (T.) : Order I. Campylobacterales ord. nov. In : D.J. BRENNER, N.R. KRIEG, J.T. STALEY and G. M. GARRITY (eds), Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology, second edition, vol. 2 (The Proteobacteria), part C (The Alpha-, Beta-, Delta-, and Epsilonproteobacteria), Springer, New York, 2005, p. 1145. GARRITY (G.M.), BELL (J.A.) et LILBURN (T.) : Family II. Helicobacteraceae fam. nov. In : D.J. BRENNER, N.R. KRIEG, J.T. STALEY and G. M. GARRITY (eds), Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology, second edition, vol. 2 (The Proteobacteria), part C (The Alpha-, Beta-, Delta-, and Epsilonproteobacteria), Springer, New York, 2005, p. 1168. INAGAKI (F.), TAKAI (K.), KOBAYASHI (H.), NEALSON (K.H.) et HORIKOSHI (K.) : Sulfurimonas autotrophica gen. nov., sp. nov., a novel sulfur-oxidizing e-proteobacterium isolated from hydrothermal sediments in the Mid-Okinawa Trough. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2003, 53, 1801-1805. INAGAKI (F.), TAKAI (K.), NEALSON (K.H.) et HORIKOSHI (K.) : Sulfurovum lithotrophicum gen. nov., sp. nov., a novel sulfur-oxidizing chemolithoautotroph within the e-Proteobacteria isolated from Okinawa Trough hydrothermal sediments. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2004, 54, 1477-1482. KRÖGER (A.), KLIMMEK (O.), VANDAMME (P.), DEWHIRST (F.E.) et PASTER (B.J.) : Genus III. Wolinella Tanner, Badger, Lai, Listgarten, Visconti and Socransky 1981, 439VP. In : D.J. BRENNER, N.R. KRIEG, J.T. STALEY and G. M. GARRITY (eds), Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology, second edition, vol. 2 (The Proteobacteria), part C (The Alpha-, Beta-, Delta-, and Epsilonproteobacteria), Springer, New York, 2005, p. 1191-1194. ROBERTSON (L.A.), KUENEN (J.G.), PASTER (B.J.), DEWHIRST (F.E.) et VANDAMME (P.) : Genus II. Thiovulum Hinze 1913, 195AL. In : D.J. BRENNER, N.R. KRIEG, J.T. STALEY and G. M. GARRITY (eds), Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology, second edition, vol. 2 (The Proteobacteria), part C (The Alpha-, Beta-, Delta-, and Epsilonproteobacteria), Springer, New York, 2005, p. 1189-1191. STOLZ (J.F.), OREMLAND (R.S.), PASTER (B.J.), DEWHIRST (F.) et VANDAMME (P.) : Genus III. Sulfurospirillum Schumacher, Kroneck, and Pfennig 1993, 188VP (Effective publication Schumacher, Kroneck, and Pfennig 1992, 291) emend. Finster, Lieasck and Tindall 1997d, 1216. In : D.J. BRENNER, N.R. KRIEG, J.T. STALEY and G. M. GARRITY (eds), Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology, second edition, vol. 2 (The Proteobacteria), part C (The Alpha-, Beta-, Delta-, and Epsilonproteobacteria), Springer, New York, 2005, p. 1165-1168. TAKAI (K.), NEALSON (K.H.) et HORIKOSHI (K.) : Hydrogenimonas thermophila gen. nov., sp. nov., a novel thermophilic, hydrogen-oxidizing chemolithoautotroph within the e -Proteobacteria, isolated from a black smoker in a Central Indian Ridge hydrothermal field. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2004, 54, 25-32. VANDAMME (P.) et DE LEY (J.) : Proposal for a new family, Campylobacteraceae. Int. J. Syst. Bacteriol., 1991, 41, 451-455. VANDAMME (P.), DEWHIRST (F.E.), PASTER (B.J.) et ON (S.L.W.) : Family I. Campylobacteraceae Vandamme and De Ley 1991, 453VP. In : D.J. BRENNER, N.R. KRIEG, J.T. STALEY and G. M. GARRITY (eds), Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology, second edition, vol. 2 (The Proteobacteria), part C (The Alpha-, Beta-, Delta-, and Epsilonproteobacteria), Springer, New York, 2005, p. 1145-1146. VANDAMME (P.), FALSEN (E.), ROSSAU (R.), HOSTE (B.), SEGERS (P.), TYTGAT (R.) et DE LEY (J.) : Revision of Campylobacter, Helicobacter, and Wolinella taxonomy : emendation of generic descriptions and proposal of Arcobacter gen. nov. Int. J. Syst. Bacteriol., 1991, 41, 88-103.
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Outre l'ordre des Campylobacterales, la classe des ¤ Epsilonproteobacteria renferme également l'ordre des Nautiliales ainsi que des genres d'une position taxonomique incertaine (Nitratifractor, Nitratiruptor et Thioreductor). L'ordre des Nautiliales (famille des Nautiliaceae, genres Caminibacter, Lebetimonas et Nautilia) est constitué de bacilles à Gram négatif, mobiles grâce à un unique flagelle polaire, anaérobies ou micro-aérophiles, thermophiles, chimiolithotrophes et dont l'habitat est l'eau de mer. Les procaryotes des genres Nitratiruptor et Nitratifractor sont des bacilles à Gram négatif, immobiles, anaérobies ou micro-aérophiles, chimiolithotrophes vivant dans les profondeurs des mers ou des océans. Nitratiruptor tergarcus (unique espèce du genre) est une bactérie thermophile alors que Nitratifractor salsuginis (unique espèce du genre) est mésophile. Thioreductor micantisoli (unique espèce du genre) rassemble de courts bacilles à Gram négatif, très mobiles (ciliature polaire), anaérobies, chimiolithotrophes, isolés dans les profondeurs de la mer d'Okinawa.
Références :
** : Pour des informations sur les "Flexispira" sp. voir le fichier Caractères généraux des genres Helicobacter et "Flexispira.
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