J.P. Euzéby : Dictionnaire de Bactériologie Vétérinaire |
Créé le 03 décembre 2004
Dernière mise à jour le 09 juin 2008
"CANDIDATUS HELICOBACTER HEILMANNII"
Autre dénomination :
"Candidatus Helicobacter heilmannii" inclut des souches autrefois désignées sous les nomenclatures de "Gastrospirillum hominis" ou de "Helicobacter heilmannii" type 2.
Notes :
. Pour des renseignements complémentaires sur la catégorie Candidatus, voir l'entrée "Candidatus" in Glossaire de nomenclature bactérienne ou le fichier "Candidatus" in : List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature.
. Bien que n'étant pas régi par les règles du Code de Nomenclature, le nom d'un Candidatus correspondant au rang d'espèce est généralement écrit, entre guillemets, de la manière suivante : Candidatus (écrit en italique avec la première lettre en capitale) + nom du genre (écrit en caractères romains avec la première lettre en capitale) + nom d'espèce (écrit en caractères romains avec la première lettre en minuscule). Exemple : "Candidatus Helicobacter heilmannii".
Dès 1987, des bactéries spiralées, non cultivables in vitro et différentes de Helicobacter pylori, ont été mises en évidence dans la muqueuse gastrique de l'homme. En 1989, McNulty et al. proposent la dénomination de "Gastrospirillum hominis" pour des bactéries spiralées présentes dans la muqueuse gastrique de six individus souffrant de gastrite chronique active. Une étude phylogénétique, effectuée sur deux isolats* de "Gastrospirillum sp.", montrait que ces bactéries étaient apparentées à ¤ Helicobacter felis et Solnick et al. les ont appelées "Helicobacter heilmannii". Les deux isolats étudiés par Solnick et al. n'étaient pas identiques et ils furent qualifiés de "Helicobacter heilmannii" type 1 et de "Helicobacter heilmannii" type 2.
Des bactéries morphologiquement similaires à des "Gastrospirillum spp." ont été mises en évidence dans la muqueuse gastrique de diverses espèces animales et certaines d'entre elles ont été décrites sous les noms de ¤ Helicobacter felis, ¤ Helicobacter bizzozeronii, ¤ Helicobacter salomonis et "Candidatus Helicobacter suis" (actuellement ¤ Helicobacter suis).
La comparaison des séquences des ARNr 16S montre que ¤ Helicobacter bizzozeronii, ¤ Helicobacter felis, ¤ Helicobacter salomonis et "Helicobacter heilmannii" forment un groupe distinct au sein des Helicobacter spp. et qu'ils sont phylogénétiquement apparentés (les ARNr 16S présentent plus de 98 p. cent d'homologie de séquence). En accord avec les conclusions de Stackebrandt et Goebel, des homologies de séquence supérieures à 98 p. cent nécessitent de recourir à des techniques plus discriminantes pour décrire de nouvelles espèces. Ainsi, les espèces ¤ Helicobacter bizzozeronii et ¤ Helicobacter salomonis ont été distinguées l'une de l'autre et différenciées de ¤ Helicobacter felis sur la base d'hybridations ADN-ADN.
Les hybridations ADN-ADN ne sont pas réalisables pour des bactéries ne cultivant pas in vitro** et il est donc nécessaire d'utiliser des méthodes alternatives. L'étude de la séquence des gènes codant pour l'uréase (enzyme présente chez toutes les hélicobactéries colonisant l'estomac et jouant un rôle clé pour la survie de ces bactéries dans un milieu très acide) est l'une des possibilités.
Le 15 novembre 2004, O'Rourke et al. publient les résultats d'une étude portant sur 26 isolats de "Gastrospirillum spp./"Helicobacter heilmannii" mis en évidence chez l'homme et diverses espèces animales : deux mandrills (Papio sphinx), deux macaques crabiers (Macaca fascicularis), deux macaques rhésus (Macaca mulatta), un lynx roux (Felis rufus), un chien (Canis familiaris), cinq porcs (Sus scrofa), un tigre (Panthera tigris), un dhole (Cuon alpinus) et six guépards (Acinonyx jubatus). À l'exception d'un isolat provenant d'un patient italien et d'un isolat provenant d'un rhésus élevé aux USA, tous les isolats ont pour origine l'Australie.
Les homologies de séquence des ARNr 16S permettent de placer les 26 isolats dans deux groupes.
. Le groupe 1 rassemble 4 isolats provenant de l'homme (dont l'isolat qualifié de "Helicobacter heilmannii" type 1) et 11 isolats provenant d'animaux (mandrills, macaques crabiers, macaques rhésus et porcs). Ce groupe comprend également l'isolat de référence de "Candidatus Helicobacter suis" (actuellement ¤ Helicobacter suis).
. Le groupe 2 est constitué par un isolat humain ("Helicobacter heilmannii" type 2) et par 11 isolats d'origine animale (dhole, lynx roux, tigre, chien, guépards). Le groupe 2 rassemble également les souches types ainsi que d'autres souches de ¤ Helicobacter felis, de ¤ Helicobacter bizzozeronii et de ¤ Helicobacter salomonis.
Le séquençage des gènes codant pour l'uréase (environ 75 p. cent de l'extrémité 3' du gène ureA, environ 62 p. cent de l'extrémité 5' du gène ureB et l'espace intergénique) a été effectué sur 18 isolats. Les résultats permettent de diviser les isolats en cinq groupes (A à E).
Le groupe A est superposable au groupe 1 tel qu'il a été individualisé sur la base de l'analyse des ARNr 16S.
En revanche, les isolats inclus dans le groupe 2 (analyse des ARNr 16S) se répartissent en quatre groupes.
. Le groupe B comprend l'isolat de "Helicobacter heilmannii" type 2, un isolat venant d'un guépard et les isolats ayant pour origine le tigre et le lynx roux.
. Le groupe C est constitué par deux souches de ¤ Helicobacter bizzozeronii, dont la souche type CCUG 35545.
. Le groupe D rassemble quatre souches de ¤ Helicobacter felis (dont la souche type CS1), trois isolats de guépard et l'isolat effectué sur un chien.
. Le groupe E correspond à l'espèce ¤ Helicobacter salomonis.
Les résultats de O'Rourke et al. confirment l'individualisation des espèces ¤ Helicobacter bizzozeronii, ¤ Helicobacter salomonis et ¤ Helicobacter felis. Cette dernière espèce comprend également des souches isolées de guépard ce qui, à la connaissance de l'auteur, n'avait pas été préalablement décrit.
Ces résultats permettent également de tirer les conclusions suivantes.
1) Les isolats du groupe 1 (ARNr 16S) ou du groupe A (séquençage des gènes codant pour l'uréase) correspondent à l'espèce ¤ Helicobacter suis (anciennement dénommée "Candidatus Helicobacter suis").
L'inclusion d'isolats d'origine humaine (dont l'isolat préalablement dénommé "Helicobacter heilmannii" type 1) et provenant d'animaux autres que le porc (mandrills, macaques crabiers et macaques rhésus) accroît considérablement le spectre d'hôtes de ¤ Helicobacter suis . De plus, elle suggère que ce taxon est l'agent d'une zoonose.
2) Les isolats du groupe B méritent d'être placés dans une nouvelle espèce que O'Rourke et al. appellent "Candidatus Helicobacter heilmannii".
"Candidatus Helicobacter heilmannii" présente les caractères du genre Helicobacter (voir le fichier ¤ "Caractères généraux des genres Helicobacter et "Flexispira").
Il est constitué de bactéries de 0,5 à 0,6 µm de diamètre sur 5 à 10 µm de longueur, possédant une paroi dont la structure est celle d'une bactérie à Gram négatif, mobiles grâce à une ciliature amphitriche (10 à 20 flagelles entourés d'une gaine protéique), synthétisant une uréase très active, ne cultivant pas in vitro, mais pouvant être entretenues par passage chez la souris.
À la date du 3 décembre 2004, "Candidatus Helicobacter heilmannii" a été mis en évidence dans la muqueuse gastrique de l'homme et de quelques félidés sauvages (un tigre, un lynx roux et un guépard). L'isolat d'origine humaine correspond à la bactérie préalablement dénommée "Helicobacter heilmannii" type 2.
Orientation bibliographique
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L'auteur de ce fichier n'a pu lire que le résumé de cette publication qui est disponible dans la base de données PubMed.
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Les bactéries identifiées sous les noms de "Gastrospirillum sp."/"Helicobacter heilmannii"/"Candidatus Helicobacter heilmannii" n'ont pas été isolées in vitro. La caractérisation de ces germes est faite sur des biopsies de muqueuse gastrique.
Les biopsies sont effectuées chez l'homme ou l'animal présentant des lésions de gastrite et/ou chez lesquels des bactéries morphologiquement semblables à des "Gastrospirillum sp."/"Helicobacter heilmannii"/"Candidatus Helicobacter heilmannii" ont été mises en évidence.
Alternativement, on peut utiliser des biopsies gastriques prélevées chez des souris préalablement inoculées à l'aide de mucus gastrique de sujets hébergeant des bactéries dont la morphologie est celle des "Gastrospirillum sp."/"Helicobacter heilmannii"/"Candidatus Helicobacter heilmannii".
En 1999, Andersen et al. ont décrit une souche de "Helicobacter heilmannii" cultivable in vitro. Toutefois, des études ultérieures ont montré que cette souche appartenait à l'espèce Helicobacter bizzozeronii.