J.P. Euzéby : Dictionnaire de Bactériologie Vétérinaire

Crée le 26 février 2010

CAMPYLOBACTER LARI - CAMPYLOBACTER LARI subsp. LARI - CAMPYLOBACTER LARI subsp. CONCHEUS

Voir aussi : ¤ Campylobacter.

Autres dénominations :
Campylobacter lari : Nalidixic-Acid-Resistant Thermophilic Campylobacter (NARTC), Campylobacter laridis (sic).

Systématique

En 1980, Skirrow et Benjamin décrivent une souche thermophile de Campylobacter spp. qui se distinguait de Campylobacter jejuni par sa résistance à l'acide nalidixique. En 1984, Benjamin et al. décrivent une nouvelle espèce, Campylobacter laridis. L'épithète laridis (sic) a été choisie car la majorité des souches a pour origine l'intestin de mouettes (Larus sp.).
Le 13 avril 1984, la nomenclature de Campylobacter laridis a été validement publiée par citation sur la liste de validation 14. Cette nomenclature était incorrecte et, en 1990, elle a été corrigée en Campylobacter lari.

Campylobacter lari est une espèce hétérogène.
. Initialement, elle avait été appelée groupe NARTC (Nalidixic-Acid-Resistant Thermophilic Campylobacter). Par la suite, plusieurs variants biochimiques ont été décrits : souches uréase positive (UPTC pour Urease-Producing Thermophilic Campylobacter), souches sensibles à l'acide nalidixique (NASC pour Nalidixic-Acid-Susceptible Campylobacter), souches uréase positive et sensibles à l'acide nalidixique (UP-NASC pour Urease-Producing Nalidixic-Acid-Susceptible).
. L'utilisation de la technique AFLP (Amplified Fragment-Length Polymorphism, polymorphisme de taille des fragments de restriction) avait permis à Duim et al. d'identifier quatre groupes au sein de cette espèce.

En 2009, Debruyne et al. étudient 33 souches de Campylobacter lari.

L'analyse par AFLP (polymorphisme de taille des fragments de restriction) permet de séparer les souches en cinq groupes : un groupe correspond aux souches classiques de Campylobacter lari (ce groupe comprend la souche type de l'espèce), deux groupes correspondent aux souches de Campylobacter lari uréase positive, un groupe de dix souches est dénommé groupe I (cluster I) et un groupe de six souches est baptisé groupe II (cluster II). Les groupes I et II de Debruyne et al. correspondent, respectivement, aux génogroupes IV et III de Duim et al.

L'analyse électrophorétique des protéines cellulaires met en évidence quatre groupes : l'un correspondant aux souches classiques de Campylobacter lari, un groupe regroupe toutes les souches uréase positive et les deux autres groupes correspondent aux clusters I et II préalablement individualisés. Les souches du cluster II étant plus proches de Campylobacter lari sensu stricto que les souches du cluster I.

Pour apprécier la position phylogénétique des clusters I et II, le séquençage de l'ARNr 16S a été effectué sur deux souches de chacun des groupes.
. Les deux souches du groupe I présentent une similitude de séquence de 100 p. cent et les deux souches du groupe II présentent une similitude de 99,9 p. cent.
. La similitude entre une souche du groupe I et une souche du groupe II est 97,6 p. cent.
. Les espèces les plus proches de ces deux groupes (similitude supérieure à 97 p. cent) sont Campylobacter lari, Campylobacter jejuni, Campylobacter coli et ¤ Campylobacter insulaenigrae.

L'étude des séquences des gènes groEL montre que les souches du cluster I présentent 88 à 90 p. cent de similitude avec Campylobacter lari et que les souches du groupe II présentent plus de 96 p. cent de similitude avec Campylobacter lari.

Des hybridations ADN-ADN ont été réalisées entre une souche du groupe I (la souche LMG 23910), une souche du groupe II (la souche LMG 21009) et les souches types des espèces apparentées (Campylobacter lari, Campylobacter jejuni, Campylobacter coli et ¤ Campylobacter insulaenigrae).
. Le pourcentage d'homologie obtenu entre la souche LMG 23910 et la souche LMG 21009 est de 51.
. Les pourcentages d'homologie obtenus entre la souche LMG 23910 et les souches types des autres espèces sont égaux ou inférieurs à 45.
. Le pourcentage d'homologie obtenu entre la souche LMG 21009 et la souche type de Campylobacter lari est de 78. Les pourcentages d'homologie obtenus entre la souche LMG 23910 et les souches types des trois autres espèces (Campylobacter jejuni, Campylobacter coli et ¤ Campylobacter insulaenigrae) sont égaux ou inférieurs à 35.
. Les souches du groupe I, représenté par la souche LMG 23910, constituent donc une nouvelle espèce. En revanche, les souches du groupe II appartiennent à l'espèce Campylobacter lari.

Au vu de l'ensemble de ces résultats, Debruyne et al. proposent que les souches du groupe I soient placées dans une nouvelle espèce, Campylobacter peloridis et que les souches du groupe II soient considérées comme une sous-espèce de Campylobacter lari, Campylobacter lari subsp. concheus. La description de Campylobacter lari subsp. concheus conduit, de manière automatique, à la création de la sous-espèce Campylobacter lari subsp. lari (règle 40d du Code de Nomenclature).
Toutes ces nomenclatures ont été validement publiées le 12 mai 2009.

Ces remaniements taxonomiques conduisent Debruyne et al. à modifier la description de l'espèce Campylobacter lari

Description de Campylobacter lari corrig. Benjamin et al. 1984 emend. Debruyne et al. 2009

Campylobacter lari se présente sous la forme de bactéries à Gram négatif, spiralées ou incurvées, de 0,3 µm de diamètre sur 1,7 à 2,4 µm de longueur, très mobiles grâce à un flagelle inséré à chacune des extrémités de la cellules, micro-aérophiles, incapables de se multiplier dans une atmosphère normale, oxydase et catalase positives, n'hydrolysant pas l'hippurate, n'acidifiant pas le glucose, cultivant en présence de 1 p. cent de glycine ou de 2 p. cent de NaCl ou en présence de 32 mg par litre de carbénicilline.

Le germe cultive à 37 et à 42 °C mais aucune croissance n'est observée à 25 °C.
Après 72 heures d'incubation à 37 °C dans une atmosphère micro-aérophile, les colonies obtenues sur une gélose au sang de mouton sont circulaires, à contour régulier, convexes et leur diamètre atteint 1 à 1,5 mm.

Quelques caractères permettant de différencier Campylobacter lari des autres espèces du genre sont donnés dans le tableau I.

Description de Campylobacter lari subsp. lari

Outre les caractères de l'espèce, Campylobacter lari subsp. lari est nitrate réductase positive, il n'hydrolyse ni l'urée ni l'ADN et il produit une hémolyse alpha après culture sur une gélose au sang de mouton.

Dans une atmosphère micro-aérophile, les souches cultivent sur une gélose nutritive (sans adjonction de sang), elles cultivent sur une gélose nutritive en présence de 0,05 p. cent de safranine ou de 0,1 p. cent de désoxycholate de sodium et elles cultivent sur une gélose au sang en présence de 4 mg par litre de métronidazole ou de 32 mg par litre de carbénicilline ou de 64 mg par litre de céfopérazone.
Aucune culture n'est observée après incubation dans une atmosphère micro-aérophile sur des milieux contenant 0,02 p. cent de pyronine.

En anaérobiose, Campylobacter lari subsp. lari est capable de cultiver dans des milieux contenant 0,1 p. cent de N-oxyde de triméthylamine.

Quelques caractères permettant de différencier Campylobacter lari subsp. lari des autres représentants du genre sont donnés dans le tableau I.

Description de Campylobacter lari subsp. concheus

La description de Campylobacter lari subsp. concheus est identique à celle de Campylobacter lari subsp. lari. Elle se distingue de Campylobacter lari subsp. lari par son incapacité à croître en présence de 0,05 p. cent de safranine.
La croissance en présence de 0,1 p. cent de désoxycholate de sodium est variable selon les souches.

Habitat et pouvoir pathogène

Campylobacter lari et Campylobacter lari subsp. lari sont isolés de l'intestin de mouettes et d'autres oiseaux sauvages, de l'intestin de poulets, de l'intestin de divers mammifères (chevaux, chiens, chat, singes, otaries), de coquillages, de l'eau douce et de l'eau de mer. Chez l'homme, les souches peuvent être isolées de diarrhée, de bactériémies et d'infections extra-intestinales chez des sujets immunocompétents ou non.

Campylobacter lari subsp. concheus est isolé de fèces humaines et de coquillages. Le pouvoir pathogène de cette sous-espèce est encore inconnu.

Orientation bibliographique

Voir aussi le fichier ¤ Campylobacter.

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