J.P. Euzéby : Dictionnaire de Bactériologie Vétérinaire |
Créé le 04 novembre 2005
DESULFOVIBRIO
Voir aussi le fichier : ¤ "Desulfovibrionales, Desulfovibrionaceae".
Systématique
Le genre Desulfovibrio et les espèces Desulfovibrio africanus, Desulfovibrio desulfuricans (Desulfovibrio desulfuricans subsp. aestuarii et Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans), Desulfovibrio gigas, Desulfovibrio salexigens, Desulfovibrio thermophilus et Desulfovibrio vulgaris (Desulfovibrio vulgaris subsp. oxamicus et Desulfovibrio vulgaris subsp. vulgaris) sont cités dans les Approved Lists of Bacterial Names.
Par la suite, d'autres espèces ont été décrites et, à la date du 04 novembre 2005, le genre Desulfovibrio renferme 40 espèces validement publiées. Ce nombre tient compte de l'exclusion de Desulfovibrio baculatus et de Desulfovibrio thermophilus et du transfert (non encore validement publié) de Desulfovibrio baarsii et de Desulfovibrio sapovorans dans les genres Desulfarculus et Desulfobotulus. Au moins six autres espèces ont été effectivement publiées mais n'ont toujours pas fait l'objet d'une publication valide (voir le fichier Some prokaryotic names without standing in nomenclature in List of Prokaryotic Names with Standing in Nomenclature).
L'étude de la séquence des ADNr 16S montre que le genre Desulfovibrio est apparenté aux genres ¤ Bilophila et ¤ Lawsonia. Ces trois genres forment la famille des ¤ Desulfovibrionaceae placée dans l'ordre des ¤ Desulfovibrionales (classe des ¤ Deltaproteobacteria, phylum des ¤ "Proteobacteria", domaine ou empire des "Bacteria" ou des "Eubacteria").
Caractères bactériologiques
Le genre Desulfovibrio est constitué de bacilles à Gram négatif, droits ou incurvés ou pouvant avoir une forme sigmoïde (Desulfovibrio africanus), de 0,5 à 1,5 µm de longueur sur 2,5 à 10,0 µm de longueur, non sporulés, mobiles grâce à un unique flagelle polaire ou parfois grâce à une ciliature lophotriche (Desulfovibrio africanus, Desulfovibrio gigas, Desulfovibrio intestinalis), parfois halophiles, anaérobies, à métabolisme généralement respiratoire (respiration anaérobie), utilisant les sulfates ou d'autres composés soufrés comme accepteurs finaux d'électrons (la réduction conduit à la formation d'hydrogène sulfuré), mésophiles, chimio-organotrophes, oxydant de manière incomplète les composés organiques, synthétisant une désulfoviridine* (sulfite réductase) et n'hydrolysant pas la gélatine.
La mise en évidence d'une mobilité et la synthèse de désulfoviridine distinguent les Desulfovibrio spp. des Desulfobacter spp., des Desulfococcus spp., des Desulfosarcina spp. et des Desulfobulbus spp. La sensibilité à la chaleur (les Desulfovibrio spp. sont inactivés par un chauffage de 5 minutes à 100 °C) distingue les Desulfovibrio spp. des Desulfotomaculum spp. qui sont des bactéries sporulées ne prenant pas la coloration de Gram.
Habitat, pouvoir pathogène et diagnostic bactériologique
L'habitat des Desulfovibrio spp. est constitué par les sédiments ou les boues, l'environnement marin et l'intestin de l'homme et des animaux.
Au moins quatre espèces du genre Desulfovibrio sont responsables d'infections chez l'homme : Desulfovibrio desulfuricans, "Desulfovibrio fairfieldensis", Desulfovibrio piger et Desulfovibrio vulgaris. D'autres Desulfovibrio spp. ou des bactéries proches des Desulfovibrio spp. ont également été isolés de l'homme, mais ils n'ont pu être identifiés et ils sont placés dans des groupes que Warren et al. appellent groupes I, II, III et IV.
Sur une gélose au sang incubée en anaérobiose, les espèces isolées de l'homme donnent de minuscules colonies transparentes, non hémolytiques après 3 à 5 jours d'incubation. De ce fait, la culture des Desulfovibrio spp. peut être facilement masquée par la croissance de bactéries associées.
Les méthodes d'identification basées sur les caractéristiques du génome (par exemple séquençage des ADNr 16S) sont encore peu répandues dans les laboratoires de diagnostic et le diagnostic des infections à Desulfovibrio spp. est difficile. Le kit "BBL Crystal anaerobe identification system (Becton Dickinson)" permet une identification au niveau du genre, mais il n'identifie pas les différentes espèces. Les kits "Rapid ANA II system (Remel)" ou "Viteck ANI card (bioMérieux)" ou "API 20A (bioMérieux)" ne permettent pas l'identification, même au niveau du genre. En 2005, Warren et al. ont proposé un schéma d'identification permettant de caractériser les Desulfovibrio spp. isolés de l'homme et de les différencier des bactéries proches. Ce schéma d'identification est présenté dans le tableau I.
Chez l'homme, les Desulfovibrio spp. sont responsables de septicémies et, en association avec d'autres bactéries, ils sont isolés d'appendicites, d'infections péritonéales, d'abcès du cerveau, d'abcès du foie, de cholécystites ... "Desulfovibrio fairfieldensis" est l'espèce la plus fréquemment isolée et elle serait douée du pouvoir pathogène le plus important.
À la connaissance de l'auteur, un unique cas d'infection, dû à Desulfovibrio desulfuricans, a été décrit chez les animaux. En effet, en 2000,. Shukla et al. rapportent un cas de septicémie chez un chien Labrador âgé de 30 mois présentant une anorexie, de la fièvre et une boiterie des membres postérieurs.
Sensibilité aux antibiotiques
La sensibilité aux antibiotiques peut être étudiée par la méthode de dilution en gélose ou par la technique du E-test (voir le fichier ¤ "Evaluation in vitro de la sensibilité des bactéries aux antibiotiques").
Les Desulfovibrio spp. sont sensibles au métronidazole et au chloramphénicol et ils sont le plus souvent sensibles à l'imipénème et à la clindamycine. En revanche la majorité des souches résiste à la pénicilline.
Desulfovibrio vulgaris est l'espèce la moins résistante et les trois souches testées par Warren et al. étaient sensibles à tous les antibiotiques testés (pénicilline, association ampicilline-sulbactam, association ampicilline-acide clavulanique, association pipéracilline-tazobactam, association ticarcilline-acide clavulanique, céfoxitine, ceftriaxone, lévofloxacine, ertapénème, imipénème, chloramphénicol, clindamycine et métronidazole).
L'espèce la moins sensible semble être "Desulfovibrio fairfieldensis" et les 10 souches testées par Warren et al. résistaient à la pénicilline, à l'association pipéracilline-tazobactam, à la ceftriaxone et la majorité d'entre elles résistait à l'association ticarcilline-acide clavulanique, à la céfoxitine et à l'imipénème.
L'unique cas de septicémie décrit chez le chien a rétrocédé à la suite d'un traitement par la doxycycline.
Orientation bibliographique
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La désulfoviridine est un pigment fluorescent (fluorescence rouge à pH alcalin ou fluorescence bleue-verte à pH acide). La désulfoviridine est généralement mise en évidence en ajoutant quelques gouttes de NaOH 2N à une suspension de germes et en éclairant la suspension avec une lumière d'une longueur d'onde de 365 nm.