J.P. Euzéby : Dictionnaire de Bactériologie Vétérinaire |
Créé le 11 août 2003
Dernière modification le 02 juillet 2004
ENTEROCOCCUS CANIS
Voir aussi le fichier ¤ Enterococcus.
La nomenclature de Enterococcus canis a été validement publiée le 7 juillet 2003 par De Graef et al. pour deux souches, isolées en association avec d'autres bactéries, de l'oreille externe de chiens souffrant d'otite chronique et pour 11 souches isolées d'écouvillonnages rectaux de chiens en bonne santé.
Pour De Graef et al., l'habitat de Enterococcus canis serait l'intestin. Les deux souches isolées d'otites externes seraient de simples contaminants non impliqués dans le processus inflammatoire (les lésions de l'oreille externe sont en effet fréquemment contaminées par la flore fécale).
Outre leurs caractères bactériologiques, les 13 souches ont été initialement identifiées par leurs profils de restriction des espaces intergéniques situés entre les gènes codant pour les ARNt (tDNA-PCR).
Les séquences des ARNr 16S d'une souche isolée de l'oreille externe (la souche LMG 12316 qui sera désignée comme la souche type) et d'une souche isolée de la flore anale présentent 99,6 p. cent d'homologie. Une comparaison des séquences des ARNr 16S montre une forte homologie avec les souches types des espèces placées dans le groupe Enterococcus faecium1 (98,4 à 99,0 p. cent d'homologie) et avec les souches types des espèces placées dans le groupe Enterococcus avium2 (97,9 à 98,3 p. cent d'homologie). Toutefois, les homologies ADN - ADN, effectuées entre les souches isolées du chien et les souches types des espèces placées dans le groupe Enterococcus faecium, ne dépassent pas 13 p. cent. Les souches d'origine canine constituent donc une nouvelle genomospecies3 au sein du groupe Enterococcus faecium ce qui est confirmé par l'analyse électrophorétique des protéines cellulaires. Un tel résultat, déjà observé pour d'autres espèces du genre Enterococcus, illustre bien les limites du séquençage des ARNr 16S pour définir une espèce bactérienne4.
Les souches d'origine canine peuvent être identifiées par leurs caractères bactériologiques ce qui conduit De Graef et al. à proposer la nomenclature de Enterococcus canis.
Les souches de Enterococcus canis sont constituées de coques légèrement allongés, à Gram positif, aéro-anaérobies, immobiles, non sporulés, groupés en paires, en courtes chaînes ou en amas.
La présence de l'antigène du groupe D de Lancefield (recherche effectuée avec des kits "Streptococcal Grouping kit" de Oxoid) donne un résultat variable selon les souches.
Les principaux caractères biochimiques ont été étudiés à l'aide de galeries API 50CH, de galeries API 20 STREP, de galeries BBL Crystal Gram-positive ID kit5 et de tablettes Rosco.
Une réponse positive est observée pour les tests hydrolyse de l'esculine, leucine arylamidase, pyrrolidonyl arylamidase, L-acide pyroglutamique-AMC (réaction parfois faiblement positive), L-phénylalanine-AMC, 4MU-alpha -D-glucoside, L-tryptophane-AMC, L-valine-AMC, 4MU-phosphate, L-isoleucine-AMC, p-nitrophényl-bêta-D-glucoside, p-nitrophényl-phosphate et p-nitrophényl-bêta-D-cellobioside.
Une réponse négative est obtenue pour les tests hippurate, bêta-glucuronidase, bêta-galactosidase et phosphatase alcaline.
Une réponse variable selon les souches ou la technique utilisée est notée pour les tests arginine dihydrolase (résultat négatif avec une galerie API 20 STREP ou une tablette Rosco alors que 6 souches sur 13 donnent un résultat positif avec une galerie BBL Crystal Gram-positive ID kit), VP (résultat négatif avec une galerie API 20 STREP alors que 2 souches sur 13 donnent un résultat positif avec une tablette Rosco), 4MU-bêta-D-glucuronide et uréase (des résultats variables sont obtenus en utilisant des galeries BBL Crystal Gram-positive ID kit alors que la réponse est positive avec les autres rechniques).
En utilisant une galerie API 20 STREP ou API 50CH, Enterococcus canis acidifie l'amygdaline, le L-arabinose, l'arbutine, le cellobiose, le D-fructose, le galactose, le bêta-gentiobiose, la N-acétyl-glucosamine, le gluconate, le 2-cétogluconate (réponse souvent tardive), le D-glucose, le glycérol (réponse souvent tardive), le lactose, le maltose, le D-mannose, le mannitol, le ribose et la salicine.
Une réponse négative est notée pour l'acidification de l'adonitol, du D-arabitol, du L-arabitol, du dulcitol, de l'érythritol, du D-fucose, du L-fucose, du 5-cétogluconate, du glycogène, de l'inuline, du D-lyxose, de l'alpha-méthyl-D-mannoside, du mélézitose, du mélibiose, du D-raffinose, du rhamnose, du sorbitol, du L-sorbose, du D-tagatose, du D-turanose, du xylitol et du L-xylose.
L'acidification de l'amidon, du D-arabinose, de l'alpha-méthyl-D-glucoside, du saccharose, du tréhalose et du D xylose est variable selon les souches.
La croissance n'est pas affectée par la présence ou l'absence de dioxyde de carbone. Elle est optimale pour une température de 37 °C mais Enterococcus canis cultive aussi à 25, 30 ou 42 °C.
Les souches cultivent en présence de 6,5 p. cent de NaCl, sur le milieu de Edwards6 (colonies hydrolysant l'esculine) et sur le milieu bile-esculine7 (croissance abondante avec noircissement du milieu). Après 24 heures d'incubation, aucune croissance n'est observée sur le milieu de Slanetz-Bartley8. Toutefois, après 48 heures d'incubation on voit apparaître de minuscules colonies. L'absence de croissance (ou la faible croissance) observée sur la gélose de Slanetz-Bartley révèle une sensibilité à l'azide de sodium.
Les colonies obtenues sur une gélose au sang de cheval sont circulaires, lisses et elles s'entourent d'une zone d'hémolyse alpha.
Les principaux caractères permettant de différencier Enterococcus canis des autres espèces placées dans le groupe de Enterococcus faecium sont présentés dans le tableau I.
Orientation bibliographique
BAELE (M.), BAELE (P.), VANEECHOUTTE (M.), STORMS (V.), BUTAYE (P.), DEVRIESE (L.A.), VERSCHRAEGEN (G.), GILLIS (M.) et HAESEBROUCK (F.) : Application of tRNA intergenic spacer PCR for identification of Enterococcus species J. Clin. Microbiol., 2000, 38, 4201-4207.
DE GRAEF (E.M.) : Communication personnelle en date du 11 août 2003.
DE GRAEF (E.M.), DEVRIESE (L.A.), VANCANNEYT (M.), BAELE (M.), COLLINS (M.D.), LEFEBVRE (K.), SWINGS (J.) aetnd HAESEBROUCK (F.) : Description of Enterococcus canis sp. nov. from dogs and reclassification of Enterococcus porcinus Teixeira et al. 2001 as a junior synonym of Enterococcus villorum Vancanneyt et al. 2001. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2003, 53, 1069-1074.
Erratum : Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2004, 54, 1423.
WILLIAMS (A.M.), RODRIGUES (U.M.) et COLLINS (M.D.) : Intragenic relationships of enterococci as determined by reverse transcriptase sequencing of small-subunit rRNA. Res. Microbiol., 1991, 142, 67-74.
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1 : Espèces placées dans le groupe Enterococcus faecium (entérocoques du groupe Faecium)
Le groupe Enterococcus faecium, tel qu'il est défini par Williams et al. 1991 et par De Graef et al. 2003, est constitué de Enterococcus faecium, de Enterococcus canis, de Enterococcus durans, de Enterococcus hirae, de Enterococcus mundtii et de ¤ Enterococcus villorum.
2 : Espèces placées dans le groupe Enterococcus avium (entérocoques du groupe Avium)
Le groupe Enterococcus avium, tel qu'il est défini par Williams et al. 1991, comprend Enterococcus avium, Enterococcus malodoratus, Enterococcus pseudoavium et Enterococcus raffinosus. Ultérieurement, l'espèce Enterococcus gilvus sera ajoutée à ce groupe.
3 : Voir le fichier Définitions d'une genomospecies et d'une espèce bactérienne.
4 : Séquençage des ARNr 16S et définition d'une espèce bactérienne
Pour Stackebrandt et Goebel, lorsqu'il existe moins de 97 p. cent d'homologie entre les séquences des ARNr 16S de deux souches, ces souches appartiennent à des espèces différentes. En revanche, si le pourcentage d'homologie est égal ou supérieur à 97, le placement de deux souches dans une unique espèce ou dans deux espèces différentes doit reposer sur les résultats des hybridations ADN - ADN ou sur les résultats d'autres techniques donnant des renseignements équivalents.
Au sein du genre ¤ Enterococcus, les pourcentages d'homologie des séquences des ARNr 16S des souches types des diverses espèces dépassent fréquemment 97 p. cent alors que les pourcentages d'hybridation ADN - ADN sont faibles. Ainsi, il existe 99,8 p. cent d'homologie entre les séquences des ARNr 16S de Enterococcus casseliflavus et Enterococcus gallinarum ; 99,7 p. cent d'homologie entre Enterococcus durans et Enterococcus faecium ; 97,4 p. cent entre Enterococcus faecalis et Enterococcus haemoperoxydus ; 97,4 p. cent entre Enterococcus faecalis et Enterococcus moraviensis.
Une situation comparable existe également pour d'autres genres tels que les genres ¤ Helicobacter, ¤ Bacillus ou Corynebacterium.
. Les deux souches de "Helicobacter westmeadii" isolées par Trivett-Moore et al. et considérées comme une nouvelle espèce sur la base de l'étude de la séquence des ARNr 16S sont en fait des souches de ¤ Helicobacter cinaedi. De même, la souche CCUG 33804 (souvent désignée sous le nom de Helicobacter sp. souche Mainz), considérée par Husmann et al. comme une nouvelle espèce, est également une souche de ¤ Helicobacter cinaedi. Comme le rappelle Vandamme et al., seules les hybridations ADN - ADN (ou l'analyse électrophorétique des protéines qui donne des résultats équivalents) permettent de définir de nouvelles espèces au sein du genre ¤ Helicobacter.
. Les séquences des ARNr 16S de Bacillus globisporus et de Bacillus psychrophilus présentent plus de 99,5 p. cent d'homologie alors que les homologies ADN - ADN démontrent que ce sont bien deux espèces différentes.
. Dans le genre Corynebacterium, les séquences des ARNr 16S de Corynebacterium propinquum et de Corynebacterium pseudodiphtheriticum présentent plus de 99 p. cent d'homologie ; les séquences de Corynebacterium diphtheriae, de ¤ Corynebacterium pseudotuberculosis et de ¤ Corynebacterium ulcerans présentent plus de 98 p. cent d'homologie ; les séquences de Corynebacterium afermentans et de Corynebacterium mucifaciens présentent plus de 98 p. cent d'homologie ; les séquences de ¤ Corynebacterium falsenii et de Corynebacterium jeikeium présentent 98 p. cent d'homologie.
Références :
. DE GRAEF (E.M.), DEVRIESE (L.A.), VANCANNEYT (M.), BAELE (M.), COLLINS (M.D.), LEFEBVRE (K.), SWINGS (J.) et HAESEBROUCK (F.) : Description of Enterococcus canis sp. nov. from dogs and reclassification of Enterococcus porcinus Teixeira et al. 2001 as a junior synonym of Enterococcus villorum Vancanneyt et al. 2001. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2003, 53, 1069-1074.
. FOX (G.E.), WISOTZKEY (J.D.) et JURTSHUK Jr. (P.) : How close is close: 16S rRNA sequence identity may not be sufficient to guarantee species identity. Int. J. Syst. Bacteriol, 1992, 42, 166-170.
. HUSMANN (M.), GRIES (C.), JENICHEN (P.), WOELFEL (T.), GERKEN (G.), LUDWIG (W.) et BHAKDI (S.) : Helicobacter sp. strain Mainz isolated from an AIDS patient with septic arthritis: case report and nonradioactive analysis of 16S rRNA sequence. J. Clin. Microbiol., 1994, 32, 3037-3039.
. SJÖDÉN (B.), FUNKE (G.), IZQUIERDO (A.), AKERVALL (E.) et COLLINS (M.D.) : Description of some coryneform bacteria isolated from human clinical specimens as Corynebacterium falsenii sp. nov. Int. J. Syst. Bacteriol., 1998, 48, 69-74.
. STACKEBRANDT (E.) et GOEBEL (B.M.) : Taxonomic note: A place for DNA-DNA reassociation and 16S rRNA sequence analysis in the present species definition in bacteriology. Int. J. Syst. Bacteriol., 1994, 44, 846-849.
. SVEC (P.), DEVRIESE (L.A.), SEDLÁCEK (I.), BAELE (M.), VANCANNEYT (M.), HAESEBROUCK (F.), SWINGS (J.) et DOSKAR (J.) : Enterococcus haemoperoxidus sp. nov. and Enterococcus moraviensis sp. nov., isolated from water. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2001, 51, 1567-1574.
. TRIVETT-MOORE (N.L.), RAWLINSON (W.D.) et GILBERT (G.L.) : Helicobacter westmeadii sp. nov., a new species isolated from blood cultures of two AIDS patients. J. Clin. Microbiol., 1997, 35, 1144-1150.
. VANDAMME (P.), HARRINGTON (C.S.), JALAVA (K.) et ON (S.L.W.) : Misidentifying helicobacters: the Helicobacter cinaedi example. J. Clin. Microbiol., 2000, 38, 2261-2266.
5 : Voir le fichier Galerie "BBL CRYSTAL® IDENTIFICATION SYSTEMS GRAM-POSITIVE ID KIT".
6 : Gélose de Edwards (composition pour un litre) :
Agar : 15,0 g
Extraits de viande de bœuf : 10,0 g
Peptone : 10,0 g
NaCl : 5,0 g
Esculine : 1,0 g
Tl2SO4 : 0,33 g
Cristal violet : 1,3 mg
Sang de bovin ou de mouton : 50,0 mL
7 : Milieu bile-esculine (composition en grammes par litre) :
Extrait de viande : 3,0
Peptone de viande : 5,0
Bile de bœuf : 40,0
Esculine : 1,0
Citrate de fer : 0,5
Agar : 14,5
Ce milieu peut être enrichi de 5 p. cent de sérum de cheval.
8 : Milieu de Slanetz et Bartley ou m-Enterococcus agar (composition en grammes par litre) :
Tryptone : 15,0
Peptone : 5,0
Extraits de levure : 0,5
Glucose : 2,0 ou 5,0
K2HPO4 : 4,0
Azide de sodium : 0,4
Chlorure 2, 3, 5 triphényltétrazolium (solution à 1 p. cent) : 10,0
Agar : 10
Les colonies de couleur rose, rouge ou rouge foncé sont considérées comme des souches de Enterococcus sp., mais certains entérocoques donnent des colonies de couleur crème.
Sur ce milieu, la croissance de Enterococcus avium, de Enterococcus canis, de Enterococcus casseliflavus, de Enterococcus cecorum, de Enterococcus columbae, de Enterococcus dispar, de Enterococcus gallinarum, de Enterococcus malodoratus et de Enterococcus pseudoavium peut être partiellement inhibée. Inversement, d'autres bactéries (coques à Gram positif, bacilles à Gram positif, bacilles à Gram négatif) peuvent cultiver sur le milieu de Slanetz et Bartley. Dans l'étude de Svec et Sedlacek (1999), 17 p. cent des souches isolées sur ce milieu n'appartenaient pas au genre Enterococcus.