J.P. Euzéby : Dictionnaire de Bactériologie Vétérinaire |
Créé le 13 août 2003
ENTEROCOCCUS PHOENICULICOLA
Voir aussi le fichier ¤ Enterococcus.
Les sécrétions des glandes uropygiales des irrisors moqueurs (Phoeniculus purpureus*) ont une odeur et un goût qui repoussent certains prédateurs et qui joueraient donc un rôle dans la protection de ces animaux. Les analyses bactériologiques**, effectuées sur les glandes uropygiales de six oiseaux, ont permis d'isoler, en culture pure, des coques à Gram positif, non sporulés et immobiles.
Un traitement local par l'enrofloxacine, effectué sur trois irrisors moqueurs, ne permet plus l'isolement. Les sécrétions des glandes uropygiales des oiseaux traités sont moins colorées, moins visqueuses et moins malodorantes. Cette observation suggère que les coques à Gram positif jouent un rôle dans la couleur, la viscosité et l'odeur des sécrétions des glandes uropygiales.
Une souche bactérienne, la souche JLB-1, a fait l'objet d'une étude taxonomique. La séquence de son ARNr 16S présente 97,53 p. cent d'homologie avec la séquence de la souche type de Enterococcus avium et 97,34 d'homologie avec la séquence de la souche type de Enterococcus faecium. Toutefois, la souche JLB-1, contrairement à Enterococcus avium et à Enterococcus faecium, n'hydrolyse pas l'arginine, n'est pas capable de cultiver en présence de 40 p. cent de bile ou de 6,5 p. cent de NaCl, elle n'acidifie ni le lactose (en 24 heures) ni le D-mannitol (en 24 heures) ni le D-mélézitose ni le D-sorbitol (en 24 heures).
Sur la base de ces arguments, le 16 mai 2003, Law-Brown et Meyers valident la nomenclature de Enterococcus phoeniculicola pour la souche JLB-1.
En accord avec Stackebrandt et Goebel***, on peut remarquer que des homologies supérieures à 97 p. cent entre les séquences des ARNr 16S ne permettent pas de caractériser une nouvelle genomospecies (voir le fichier Définitions d'une genomospecies et d'une espèce bactérienne). Ainsi, au sein du genre ¤ Enterococcus, les pourcentages d'homologie des séquences des ARNr 16S des souches types des diverses espèces dépassent fréquemment 97 p. cent alors que les pourcentages d'hybridation ADN - ADN sont faibles.
Law-Brown et Meyers n'indiquent pas les résultats de certains tests considérés comme importants pour les ¤ Enterococcus sp. : présence de l'antigène du groupe D de Lancefield, pyrrolidonyl-arylamidase, leucine arylamidase, bêta-glucosidase, bêta-glucuronidase, hydrolyse de l'urée...
La souche JLB-1 est constituée de coques parfois ovoïdes, à Gram positif, immobiles, non sporulés, groupés par deux ou en courtes chaînes, aéro-anaérobies, catalase et oxydase négatives, homofermentaires et fermentant les sucres sans production de gaz.
. Enterococcus phoeniculicola acidifie en 24 heures le L-arabinose, le D-cellobiose, la cyclodextrine, le D- fructose, le D-glucose, le maltose, le D-mannose, le L- rhamnose, le D-ribose, le saccharose, la salicine, le tréhalose et le D-xylose.
. Après 48 heures d'incubation, une réponse positive est notée pour l'acidification du dulcitol, du glycérol, du m-inositol, du lactose, du D-mannitol, du D-sorbitol et du L-sorbose.
. Le D-galactose, l'inuline, le D-mélézitose, le D-mélibiose et le raffinose ne sont pas acidifiés.
. Une réponse négative est observée pour les tests réduction des nitrates, ADH, hydrolyse de la gélatine, hydrolyse de la caséine, hydrolyse du Tween 80, hydrolyse de l'amidon, hydrolyse de l'hippurate, hydrolyse de l'ADN, production d'hydrogène sulfuré, production d'acétoïne et production d'indole.
La croissance est optimale pour des températures comprises entre 30 et 37 °C et pour un pH de 8. Enterococcus phoeniculicola cultive en présence de 3 p. cent de NaCl mais aucune culture n'est obtenue en présence de 6 p. cent de NaCl, de 40 p. cent de bile ou de 10 p. cent d'éthanol.
Après 16 heures d'incubation à 37 °C, les colonies obtenues sur gélose nutritive sont circulaires, grisâtres ou verdâtres et leur diamètre est de 0,5 mm. Aucune hémolyse n'est visible après culture sur une gélose au sang.
Orientation bibliographique
LAW-BROWN (J.) et MEYERS (P.R.) : Enterococcus phoeniculicola sp. nov., a novel member of the enterococci isolated from the uropygial gland of the Red-billed Woodhoopoe, Phoeniculus purpureus. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2003, 53, 683-685.
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Classification de Phoeniculus purpureus d'après le NCBI Taxonomy Browser : Eukaryota ; Fungi/Metazoa group ; Metazoa ; Eumetazoa ; Bilateria ; Coelomata ; Deuterostomia ; Chordata ; Craniata ; Vertebrata ; Gnathostomata ; Teleostomi ; Euteleostomi ; Sarcopterygii ; Tetrapoda ; Amniota ; Sauropsida ; Sauria ; Archosauria ; Aves ; Neognathae ; Upupiformes ; Phoeniculidae ; Phoeniculus ; Phoeniculus purpureus.
Pour une photographie et des renseignements complémentaire sur Phoeniculus purpureus, voir le fichier Green Wood-hoopoe sur le site Kenya Birds.
** : Isolement de Enterococcus phoeniculicola
Deux à quatre µL des sécrétions des glanes uropygiales sont placés dans un bouillon nutritif incubé, sous agitation, 16 heures à 37 °C. L'isolement est réalisé sur une gélose nutritive.
*** : Séquençage des ARNr 16S et définition d'une espèce bactérienne
Pour Stackebrandt et Goebel, lorsqu'il existe moins de 97 p. cent d'homologie entre les séquences des ARNr 16S de deux souches, ces souches appartiennent à des espèces différentes. En revanche, si le pourcentage d'homologie est égal ou supérieur à 97, le placement de deux souches dans une unique espèce ou dans deux espèces différentes doit reposer sur les résultats des hybridations ADN - ADN ou sur les résultats d'autres techniques donnant des renseignements équivalents.
Au sein du genre ¤ Enterococcus, les pourcentages d'homologie des séquences des ARNr 16S des souches types des diverses espèces dépassent fréquemment 97 p. cent alors que les pourcentages d'hybridation ADN - ADN sont faibles. Ainsi, il existe 99,8 p. cent d'homologie entre les séquences des ARNr 16S de Enterococcus casseliflavus et Enterococcus gallinarum ; 99,7 p. cent d'homologie entre Enterococcus durans et Enterococcus faecium ; 97,4 p. cent entre Enterococcus faecalis et Enterococcus haemoperoxydus ; 97,4 p. cent entre Enterococcus faecalis et Enterococcus moraviensis.
Une situation comparable existe également pour d'autres genres tels que les genres ¤ Helicobacter, ¤ Bacillus ou Corynebacterium.
. Les deux souches de "Helicobacter westmeadii" isolées par Trivett-Moore et al. et considérées comme une nouvelle espèce sur la base de l'étude de la séquence des ARNr 16S sont en fait des souches de ¤ Helicobacter cinaedi. De même, la souche CCUG 33804 (souvent désignée sous le nom de Helicobacter sp. souche Mainz), considérée par Husmann et al. comme une nouvelle espèce, est également une souche de ¤ Helicobacter cinaedi. Comme le rappelle Vandamme et al., seules les hybridations ADN - ADN (ou l'analyse électrophorétique des protéines qui donne des résultats équivalents) permettent de définir de nouvelles espèces au sein du genre ¤ Helicobacter.
. Les séquences des ARNr 16S de Bacillus globisporus et de Bacillus psychrophilus présentent plus de 99,5 p. cent d'homologie alors que les homologies ADN - ADN démontrent que ce sont bien deux espèces différentes.
. Dans le genre Corynebacterium, les séquences des ARNr 16S de Corynebacterium propinquum et de Corynebacterium pseudodiphtheriticum présentent plus de 99 p. cent d'homologie ; les séquences de Corynebacterium diphtheriae, de ¤ Corynebacterium pseudotuberculosis et de ¤ Corynebacterium ulcerans présentent plus de 98 p. cent d'homologie ; les séquences de Corynebacterium afermentans et de Corynebacterium mucifaciens présentent plus de 98 p. cent d'homologie ; les séquences de ¤ Corynebacterium falsenii et de Corynebacterium jeikeium présentent 98 p. cent d'homologie.
Références :
. DE GRAEF (E.M.), DEVRIESE (L.A.), VANCANNEYT (M.), BAELE (M.), COLLINS (M.D.), LEFEBVRE (K.), SWINGS (J.) et HAESEBROUCK (F.) : Description of Enterococcus canis sp. nov. from dogs and reclassification of Enterococcus porcinus Teixeira et al. 2001 as a junior synonym of Enterococcus villorum Vancanneyt et al. 2001. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2003, 53, 1069-1074.
. FOX (G.E.), WISOTZKEY (J.D.) et JURTSHUK Jr. (P.) : How close is close: 16S rRNA sequence identity may not be sufficient to guarantee species identity. Int. J. Syst. Bacteriol, 1992, 42, 166-170.
. HUSMANN (M.), GRIES (C.), JENICHEN (P.), WOELFEL (T.), GERKEN (G.), LUDWIG (W.) et BHAKDI (S.) : Helicobacter sp. strain Mainz isolated from an AIDS patient with septic arthritis: case report and nonradioactive analysis of 16S rRNA sequence. J. Clin. Microbiol., 1994, 32, 3037-3039.
. SJÖDÉN (B.), FUNKE (G.), IZQUIERDO (A.), AKERVALL (E.) et COLLINS (M.D.) : Description of some coryneform bacteria isolated from human clinical specimens as Corynebacterium falsenii sp. nov. Int. J. Syst. Bacteriol., 1998, 48, 69-74.
. STACKEBRANDT (E.) et GOEBEL (B.M.) : Taxonomic note: A place for DNA-DNA reassociation and 16S rRNA sequence analysis in the present species definition in bacteriology. Int. J. Syst. Bacteriol., 1994, 44, 846-849.
. SVEC (P.), DEVRIESE (L.A.), SEDLÁCEK (I.), BAELE (M.), VANCANNEYT (M.), HAESEBROUCK (F.), SWINGS (J.) et DOSKAR (J.) : Enterococcus haemoperoxidus sp. nov. and Enterococcus moraviensis sp. nov., isolated from water. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2001, 51, 1567-1574.
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. VANDAMME (P.), HARRINGTON (C.S.), JALAVA (K.) et ON (S.L.W.) : Misidentifying helicobacters: the Helicobacter cinaedi example. J. Clin. Microbiol., 2000, 38, 2261-2266.