J.P. Euzéby : Dictionnaire de Bactériologie Vétérinaire

Dernière mise à jour partielle le 23 novembre 2007

FLAVOBACTERIUM

Autres dénominations :
. Flavobacterium aquatile : "Bacillus aquatilis", "Bacterium aquatilis" (sic), "Flavobacterium aquatilis" (sic), "Chromobacterium aquatilis" (sic), "Empedobacter aquatile".
. Flavobacterium branchiophilum : Flavobacterium branchiophila (sic).
. Flavobacterium columnare : "Bacillus columnaris", "Chondrococcus columnaris", Cytophaga columnaris, Flexibacter columnaris.
. Flavobacterium devorans : "Bacillus devorans".
. Flavobacterium ferrugineum : "Pseudobacterium ferrugineum", "Empedobacter ferrugineum" (sic).
. Flavobacterium flevense : Cytophaga flevensis.
. Flavobacterium hydatis : Cytophaga aquatilis.
. Flavobacterium johnsoniae : "Cytophaga johnsonii", Cytophaga johnsonae.
. Flavobacterium mizutaii : Sphingobacterium mizutaii corrig.
. Flavobacterium pectinovorum : Cytophaga pectinovora, "Flavobacterium pectinovorum", "Empedobacter pectinovorum" (sic).
. Flavobacterium psychrophilum : Cytophaga psychrophila, Flexibacter psychrophilus.
. Flavobacterium saccharophilum : Cytophaga saccharophila.
. Flavobacterium succinicans : "Cytophaga succinicans", "Flexibacter succinicans".
. Flavobacterium xanthum : "Cytophaga xantha".

Systématique

Dans le Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology, les genres Flavobacterium, Cytophaga et Flexibacter sont étudiés dans différentes sections bien qu’ils appartiennent à un même phylum de l’arbre phylogénétique du domaine (ou de l’empire) des "Bacteria", le phylum des "Bacteroidetes" (anciennes dénominations : subdivision ou phylum des bacteroides-flavobactéries, groupe ou phylum des Cytophaga-Flexibacter-Bacteroides, groupe des Flavobacterium-Cytophaga ou superfamille V).
Une classification du phlum des "Bacteroidetes" est présentée dans le fichier Classification of domains and phyla - Hierarchical classification of prokaryotes (bacteria) in List of Procaryotic names with Standing in Nomenclature.

En 1996, Bernardet et al. ont publié une étude très détaillée, intéressant plus de 100 souches bactériennes (dont 81 appartiennent aux genres Flavobacterium, Cytophaga ou Flexibacter) et dont les principaux résultats conduisent à une nouvelle définition du genre Flavobacterium et de la famille des ¤ Flavobacteriaceae.

Depuis la publication de Bernardet et al., le genre Flavobacterium a connu d'autres modifications listées dans le fichier ¤ Flavobacterium in List of Procaryotic names with Standing in Nomenclature.

Caractères bactériologiques

Outre les caractères de la famille des ¤ Flavobacteriaceae, le genre Flavobacterium présente les caractères suivants :

- La plupart des espèces cultivent en aérobiose sur gélose nutritive ou sur gélose trypticase soja et, à l’exception de Flavobacterium flevense, aucune culture n’est obtenue sur une gélose à l’eau de mer. La température optimale de croissance varie de 20 à 30 °C à l’exception de Flavobacterium psychrophilum dont la croissance est optimale entre 15 et 18 °C, et de ¤ Flavobacterium ceti dont la température optimale de croissance est 35 °C. Les colonies sont généralement pigmentées en jaune (la couleur des colonies peut varier de la couleur beige à orange) mais certaines souches ne produisent pas de pigment.

- Le métabolisme est de type respiratoire. Un caractère positif est noté pour les tests catalase, oxydase (sauf Flavobacterium saccharophilum), acidification des sucres (sauf ¤ Flavobacterium ceti, ¤ Flavobacterium columnare et Flavobacterium psychrophilum), hydrolyse de la gélatine (sauf Flavobacterium flevense) et de la caséine (sauf Flavobacterium flevense). Flavobacterium flevense et Flavobacterium saccharophilum dégradent l’agar. Aucune souche n’est indologène.

- Les principaux caractères permettant de différencier le genre Flavobacterium des principaux genres apparentés figurent dans le tableau I et dans le tableau II.

Habitat et pouvoir pathogène

L’habitat principal est constitué par le milieu extérieur (notamment l'environnement marin), mais quelques espèces ont un pouvoir pathogène pour les poissons. ¤ Flavobacterium ceti est la seule espèce isolée d'un mammifère*.
Les principales espèces d'intérêt vétérinaire sont indiquées ci-dessous.

. ¤ Flavobacterium branchiophilum.

. ¤ Flavobacterium ceti.

. ¤ Flavobacterium columnare.

. Flavobacterium hydatis est la dénomination actuelle de Cytophaga aquatilis (lors du transfert de Cytophaga aquatilis dans le genre Flavobacterium, l’épithète aquatilis a dû être changée en hydatis car la nomenclature de Flavobacterium aquatile existait déjà). C’est un bacille de 0,4 à 0,6 mm de diamètre sur 2 à 6 mm de longueur (mais des formes plus longues sont parfois observées), mobile par glissement, aéro-anaérobie, catalase, oxydase et nitrate réductase positives, ONPG positif, fortement protéolytique (mais n’hydrolysant pas la lécithine), dégradant l’esculine, le glycogène et la chitine, lysine décarboxylase, ornithine décarboxylase et phénylalanine désaminase négatives, fermentant de nombreux sucres mais ni l’inositol ni le sorbose ni le sorbitol. En plaque API ZYM, les scores obtenus avec la souche type sont : 5 2 4 1 4 5 2 0 0 4 5 0 0 0 4 0 2 0 0. D’autres caractères figurent dans le tableau III.
Le germe cultive sur gélose trypticase soja à des températures comprises entre 5 et 30 °C et donne des colonies pigmentées en jaune ou en orange lorsque l’incubation est réalisée en aérobiose et des colonies non pigmentées ou de couleur légèrement crème lorsque l’incubation a lieu en anaérobiose.
Flavobacterium hydatis a été isolé de salmonidés atteints de la maladie des branchies dans un élevage du Michigan. Peu de travaux ont été consacrés à cette espèce et à son pouvoir pathogène qui est considéré comme incertain.

. Le taxon Flavobacterium johnsoniae réunit les souches de Cytophaga johnsonae et de Flexibacter aurantiacus. Cette bactérie mesure de 0,3 à 0,4 mm de diamètre sur 1,5 à 15 mm de longueur, elle est aérobie stricte, faiblement catalase positive, ONPG positive, fortement protéolytique, hydrolysant l’esculine, la chitine, la tributyrine, la tyrosine et le Tween. En plaque API ZYM, les scores obtenus avec la souche type sont : 5 1 3 1 5 5 2 1 1 4 5 0 3 0 4 1 4 0 0. D’autres caractères figurent dans le tableau III.
Flavobacterium johnsoniae cultive sur gélose nutritive et sur gélose trypticase soja. L’aspect des colonies est variable selon les milieux (colonies convexes à contour régulier ou colonies plus grosses ayant tendance à l’étalement) mais généralement elles sont pigmentées en jaune-orangé. D'autres caractères sont donnés dans le tableau III.
Flavobacterium johnsoniae est fréquemment isolé du sol, de l’eau douce et de lésions superficielles de la peau des poissons. Cette bactérie est généralement considérée comme peu pathogène mais récemment on lui a attribué la responsabilité d’infections cutanées superficielles mais extensives, observées dans des élevages intensifs de perches (Lates calcarifer).

. ¤ Flavobacterium psychrophilum.

. Flavobacterium succinicans est un bacille de 0,5 mm de diamètre sur 4 à 6 mm de longueur, mobile par glissement, aéro-anérobie, catalase variable (souvent négative) oxydase positive mais faible, hydrolysant la caséine, liquéfiant lentement la gélatine, fermentant rapidement le galactose, le glucose, le maltose et le mannose, ne fermentant ni le fructose ni l’inuline ni le raffinose ni la salicine ni le sorbose ni le xylose. En plaque API ZYM, les scores obtenus avec la souche type sont : 5 3 3 0 4 4 2 1 0 5 5 0 0 0 4 2 4 0 0. D'autres caractères figurent dans le tableau III.
La température optimale de croissance est de 25 °C mais la culture peut être obtenue à 2 °C ou à 30 °C. En revanche, le germe ne cultive pas à 37 °C. Les colonies ont une taille de 10 à 15 mm et elles présentent une tendance à l’étalement.
Flavobacterium succinicans est isolé de l’eau et de lésions superficielles notamment chez des salmonidés. Le pouvoir pathogène de cette espèce n’a pas fait l’objet de travaux particuliers mais Reichenbach estime qu’elle est non pathogène.

Orientation bibliographique

BERNARDET (J.F.), SEGERS (P.), VANCANNEYT (M.), BERTHE (F.), KERSTERS (K.) et VANDAMME (P.) : Cutting a Gordian knot: emended classification and description of the genus Flavobacterium, emended description of the family Flavobacteriaceae, and proposal of Flavobacterium hydatis nom. nov. (Basonym, Cytophaga aquatilis Strohl and Tait 1978). Int. J. Syst. Bacteriol., 1996, 46, 128-148.

CARSON (J.), SCHMIDTKE (L.M.) et MUNDAY (B.L.) : Cytophaga johnsonae: a putative skin pathogen of juvenile farmed barramundi, Lates calcarifer Bloch. J. Fish. Dis., 1993, 16, 209-218.

EUZÉBY (J.P.) : Flavobacterium. In : List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature.

HOLMES (B.), OWEN (R.J.) et McMEEKIN (T.A.) : Genus Flavobacterium Bergey, Harrison, Breed, Hammer and Huntoon 1923, 97AL. In : N.R. KRIEG and J.G. HOLT (ed.), Bergey’s manual of systematic bacteriology, vol. 1, The Williams & Wilkins Co, Baltimore, 1984, p. 353-361.

REICHENBACH (H.) : Genus I. Cytophaga Winogradsky 1929, 577AL emend. In: J.T. Staley, M.P. Bryant, N. Pfennig, and J.G. Holt (ed.), Bergey’s manual of systematic bacteriology, 1989, vol. 3. The Williams & Wilkins Co., Baltimore, p. 2015-2050.

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* : Isolement de Flavobacterium spp. chez les mammifères

Des personnes travaillant dans une usine textile aux USA ont présenté une pathologie pulmonaire pouvant faire évoquer une légionellose. Les examens bactériologiques effectués sur les systèmes d'aération ont permis d'isoler une souche de Flavobacterium spp. apparentée à Flavobacterium johnsoniae. Des analyses sérologiques ont montré que les patients possédaient des anticorps dirigés contre cette bactérie. Toutefois, l'isolement de la souche de Flavobacterium spp. à partir des malades n'a jamais été réalisé.
Flavobacterium ceti est donc la seule espèce du genre isolée d'un mammifère.

Référence: BERNARDET (J.F.) : Communication personnelle en date du 22 novembre 2007.

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