J.P. Euzéby : Dictionnaire de Bactériologie Vétérinaire |
Créé le 08 février 2003
Dernière mise à jour le 10 février 2010
GALLIBACTERIUM
Autres dénominations :
. Gallibacterium anatis : Pasteurella anatis, "taxon 1 de Bisgaard".
L'espèce Gallibacterium anatis inclut des souches préalablement connues sous les noms de "Pasteurella salpingitidis", de "Actinobacillus salpingitidis", de "avian Pasteurella haemolytica-like", de "avian Pasteurella haemolytica-Actinobacillus salpingitidis-complex".
. Gallibacterium melopsittaci, Gallibacterium trehalosifermentans et Gallibacterium salpingitidis : taxon 2 et taxon 3 de Bisgaard.
Voir aussi le fichier : ¤ Pasteurellaceae, Pasteurellales.
Systématique
Depuis 1950, des bactéries hémolytiques, ressemblant à des pasteurelles, ont été mises en évidence chez des oiseaux atteints de salpingite et de péritonite. Ces bactéries ont été dénommées Pasteurella haemolytica ou Pasteurella haemolytica-like. En 1968, Kohlert qualifie ces bactéries de "Pasteurella salpingitidis" et, en 1976, Mráz propose de les transférer dans le genre ¤ Actinobacillus. En dépit de la désignation d'une souche type (la souche HIM 983-6 = CCM 5974 = CCUG 23139 = NCTC 11314), la nomenclature de "Actinobacillus salpingitidis" n'a pas été incluse dans les Approved Lists of Bacterial Names et la plupart des auteurs utilisent l'appellation de "Pasteurella haemolytica-Actinobacillus salpingitidis".
Les caractères biochimiques des souches du groupe "Pasteurella haemolytica-Actinobacillus salpingitidis" sont hétérogènes et ils permettent de définir 24 biovars selon les capacité d'acidification du L-arabinose, de la dextrine, du m-inositol, du maltose, du D-sorbitol, du tréhalose et du D-xylose.
Ultérieurement, des souches phénotypiquement voisines du groupe "Pasteurella haemolytica-Actinobacillus salpingitidis" ont été caractérisées par Bisgaard et désignées sous le nom de taxon 1 de Bisgaard.
Les hybridations ADN-ADN, réalisées par Piechulla et al., montrent que le groupe "Pasteurella haemolytica-Actinobacillus salpingitidis" est apparenté au genre ¤ Actinobacillus alors que les souches du taxon 1 de Bisgaard semblent constituer une nouvelle espèce du genre Pasteurella. En 1985, les résultats d'autres hybridations ADN-ADN confirment les travaux de Piechulla et al. et Mutters et al. valident la nomenclature de Pasteurella anatis pour les souches du taxon 1 de Bisgaard.
En janvier 2003, Christensen et al. publient un article consacré à la taxonomie de 30 souches appartenant soit à l'espèce Pasteurella anatis soit au groupe "Pasteurella haemolytica-Actinobacillus salpingitidis". Seules des souches appartenant à 15 des 24 biovars du groupe "Pasteurella haemolytica-Actinobacillus salpingitidis" ont pu être étudiées car les souches des autres biovars n'ont pas été conservées ou n'ont pu être cultivées. Dans cette publication, Christensen et al. étudient également 7 souches isolées de bovins et placées dans l'espèce Pasteurella anatis.
L'analyse des séquences des ARNr 16S ainsi que les résultats obtenus par une technique AFLP (Amplified Fragment-Length Polymorphism) permettent de diviser les souches étudiées en deux groupes monophylétiques. Les souches des biovars 5, 8 et 9 sont apparentées à la souche HIM 983-6 de "Actinobacillus salpingitidis" alors que les souches des biovars 1, 3, 4, 11, 12, 15, 17, 18, 19, 20, 22 et 24 ainsi que les souches d'origine bovine sont apparentées à la souche type de Pasteurella anatis. Au sein de chacun de ces groupes, les séquences des ARNr 16S présentent plus de 98 p. cent d'homologie alors que les homologies entre les deux groupes sont comprises entre 95,7 et 97,1 p. cent.
Les hybridations ADN-ADN montrent que les souches du groupe "Pasteurella haemolytica-Actinobacillus salpingitidis", et de Pasteurella anatis (souches d'origine aviaire et bovine) méritent d'appartenir à un unique genre placé dans la famille des Pasteurellaceae et pour lequel les auteurs valident le nom de Gallibacterium.
Les ADN des souches de Pasteurella anatis (souches isolées des oiseaux et des bovins) et des souches des biovars 1, 3, 4, 11, 12, 15, 17, 18, 19, 20, 22 et 24 présentent plus de 79 p. cent d'homologie. Ces souches forment donc une unique genomospecies. Cette genomospecies peut être caractérisée par ses caractères bactériologiques et, comme elle renferme la souche type de Pasteurella anatis, Christensen et al. proposent la création d'une nouvelle combinaison, Gallibacterium anatis.
Les souches des biovars 5 et 8 (à l'exception de la souche Gerl.3191/88) forment une autre genomospecies qui ne présente que 48 p. cent d'homologie ADN-ADN avec la souche type de Gallibacterium anatis. Toutefois, les caractères phénotypiques ne permettent pas de différencier cette genomospecies de Gallibacterium anatis et, conformément aux recommandations des comités internationaux présidés par Wayne et par Stackebrandt, cette genomospecies n'a pas été officiellement nommée. Les auteurs la désignent sous le nom de Gallibacterium genomospecies 1 et ils proposent comme souche de référence, la souche HIM 983-6 = CCM 5974.
L'ADN de la souche Gerl.3191/88 du biovar 8 ne présente que 65 p. cent d'homologie avec l'ADN de la souche CCM 5974. Cette souche pourrait également constituer une nouvelle espèce. Toutefois, sans doute de manière provisoire, Christensen et al. l'incluent dans la genomospecies 1.
L'unique souche du biovar 9 étudiée par Christensen et al. présente une homologie ADN-ADN de 75 p. cent avec la souche type de Gallibacterium anatis. Cette valeur est compatible avec l'inclusion de cette souche au sein de l'espèce Gallibacterium anatis. Cependant, au sein de la famille des Pasteurellaceae, les homologies ADN-ADN des souches formant une espèce sont au moins égales à 79 p. cent. Pour Christensen et al., cette souche pourrait représenter une nouvelle espèce du genre Gallibacterium qu'ils désignent sous le nom de Gallibacterium genomospecies 2.
Les souches des taxons 2 et 3 de Bisgaard ont été primitivement isolées de canards atteints de salpingite et de péritonite. Par la suite, ces souches ont été isolées de l'oie, du pigeon, et de divers autres oiseaux (faisans, dindons, perdrix, perruches, pigeons), aussi bien chez des animaux sains que chez des animaux présentant diverses pathologies (salpingite, péritonite, troubles respiratoires, hépatite, septicémie). Ces souches avaient été considérées comme des souches atypiques de ¤ Actinobacillus lignieresii, toutefois, elles sont phylogénétiquement proches du genre Gallibacterium.
En 2009, Bisgaard et al. étudient 23 souches des taxons 2 et 3 de Bisgaard. L'analyse des ARNr 16S confirment que ces souches appartiennent au groupe aviaire (Avian cluster) de la famille des Pasteurellaceae (voir le fichier ¤ Pasteurellaceae, Pasteurellales). L'étude des séquences des ARNr 16s, des gènes infB, des gènes rpoB et des gènes recN révèlent l'existence de cinq sous-groupes apparentés à Gallibacterium anatis.
Ces résultats conduisent Bisgaard et al. à proposer trois nouvelles espèces : Gallibacterium melopsittaci, Gallibacterium trehalosifermentans et Gallibacterium salpingitidis. Ces nomenclatures ont été validement publiées le 14 avril 2009.
Sept souches incluses dans le sous-groupe 3 présentent des caractères phénotypiques variables et elles sont difficiles à distinguer des autres espèces. Aussi, Bisgaard et al. ne proposent aucune nomenclature formelle et ces auteurs placent ces souches dans une nouvelle genomospecies, la genomospecies 3.
Le sous-groupe 5 n'est représenté que par deux souches si bien que Bisgaard et al. ne nomment pas ces souches qui sont désignées sous l'appellation de Gallibacterium groupe V.
Caractères bactériologiques
La définition du genre Gallibacterium est la suivante :
. Bacilles ou bactéries polymorphes, à Gram négatif, se présentant de manière isolée ou groupés par deux, immobiles à 22 et à 37 °C, non sporulés, aéro-anaérobies ou micro-aérophiles, chimio-organotrophes, fermentant le glucose sans production de gaz.
. Une réponse positive est obtenue pour les tests nitrate réductase, RM, alanine aminopeptidase, phosphatase, acidification du D-fructose, du D-galactose, du D-glucose, du m-inositol, du D-mannitol, du D-mannose et du saccharose.
. Une réponse négative est observée pour les tests LDC, ODC, ADH, phénylalanine désaminase, indole (à l'exception d'une souche de Gallibacterium genomospecies 3), VP (à 37 °C), hydrolyse de la gélatine, hydrolyse du Tween 20, hydrolyse du Tween 80, citrate de Simmons, bêta-glucosidase, bêta-glucuronidase, alpha-fucosidase, alpha-mannosidase, croissance en présence de KCN, production d'hydrogène sulfuré en milieu TSI, utilisation du malonate, acidification de l'adonitol, de l'amygdaline, de l'arbutine, du cellobiose, du m-érythritol, de l'esculine, du D-fucose, du gentiobiose, du D-glycogène, de l'inuline, du D-mélézitose, du L-rhamnose, du L-sorbose, de la salicine, du D-turanose et du L-xylose.
. Une réponse variable selon les souches est notée pour les tests catalase, oxydase, ONPG, uréase, alpha-galactosidase, alpha-glucosidase, bêta-xylosidase, acidification du D-arabinose, du L-arabinose, du D-arabitol, de la dextrine, du dulcitol, du L-fucose, du glycérol, du lactose, du maltose, du mélibiose, du mucate, du raffinose, du D-ribose, du D-sorbitol, du tréhalose (caractère le plus souvent positif), du xylitol et du D-xylose.
. La croissance ne nécessite ni le facteur X (hémine)* ni le facteur V (NAD)*. Les souches du genre Gallibacterium sont mésophiles et elles cultivent bien à 37 °C. La culture de quelques souches nécessite une atmosphère micro-aérophile. Après 24 à 48 heures d'incubation à 37 °C, les colonies obtenues sur une gélose au sang de bovin sont grisâtres, lisses, brillantes, non translucides (sauf parfois à la périphérie des colonies), circulaires, à contour régulier et leur diamètre est compris entre 1 et 2 mm.
Un caractère variable est notée pour la croissance sur gélose de MacConkey et pour l'hémolyse (caractère positif uniquement pour le biovar "Haemolytica" de l'espèce Gallibacterium anatis). Lorsque les souches sont hémolytiques, les colonies s'entourent d'une zone d'hémolyse bêta très prononcée.
D'après leurs caractères phénotypiques, les souches de Gallibacterium anatis se distinguent en deux grands groupes que Christensen et al. qualifient de biovar Anatis et de biovar Haemolytica.
Les caractères permettant de différencier les taxons inclus dans le genre Gallibacterium sont présentés dans le tableau I.
Habitat et pouvoir pathogène
Les souches du genre Gallibacterium ont un habitat et un spectre d'hôtes diversifié
. Les souches de Gallibacterium anatis sont principalement isolées de l'intestin des canards et des voies respiratoires de diverses espèces d'oiseaux. Aucun renseignement n'est disponible en ce qui concerne les souches d'origine bovine**.
. Les souche de Gallibacterium genomospecies 1 semblent avoir pour habitat les voies respiratoires supérieures de la poule.
. L'unique souche de Gallibacterium genomospecies 2 a pour origine l'oviducte d'une poule.
. Les souche de Gallibacterium genomospecies 3 ont été isolées de canards (salpingite, septicémie), de pigeons (pneumonie, septicémie), de dindes (septicémie) et de perruches (rhinite, septicémie).
. Les deux souches de Gallibacterium groupe V proviennent d'un faisan et d'une perdrix présentant une pneumonie.
. La souche Gerl.3191/88 a été isolée d'un poulet.
. Gallibacterium melopsittaci et Gallibacterium trehalosifermentans sont isolés de perruches atteintes de septicémie.
. Les souches de Gallibacterium salpingitidis ont pour origine des canards et des oies présentant une salpingite. Une souche de cette espèce a été isolée d'un cas de péricardite chez une vache.
Une étude publiée en 2003 montre que les Gallibacterium sp. (souches hémolytiques) sont présentes dans de nombreux élevages de production danois. Ainsi, 67 p. cent des poules pondeuses élevées en cages et 96 p. cent des poules pondeuses élevées en plein air étaient infectées.
Les Gallibacterium sp. semblent se comporter comme des bactéries pathogènes opportunistes chez les oiseaux et ces bactéries sont isolées de salpingites associées ou non à des péritonites, de septicémies, de péricardites, d'entérites, d'hépatites et d'infections respiratoires (sinusites, trachéites, inflammations des sacs aériens...). La pathogénie est inconnue et le germe ne semble pas se transmettre sur un mode vertical.
Diagnostic bactériologique
Comme c'est souvent le cas pour les représentants de la famille des Pasteurellaceae, le diagnostic est difficile.
Les principaux caractères permettant de différencier le genre Gallibacterium des autres genres de la famille des Pasteurellaceae sont donnés dans le tableau II.
Les caractères permettant de différencier Gallibacterium anatis des espèces du genre Pasteurella figurent dans le tableau III et les caractères distinguant cette espèce des ¤ Avibacterium spp. sont donnés dans le tableau IV.
Sensibilité aux antibiotiques
À la connaissance de l'auteur, seules des données éparses sont disponibles en ce qui concerne la sensibilité aux antibiotiques des souches actuellement classées dans le genre Gallibacterium et les quelques résultats publiés ne permettent pas de dégager des notions générales (voir par exemple les articles de Nicolet et Fey, de Lin et al. ou de Shaw et al.).
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AVIS JURIDIQUE IMPORTANT : Les informations qui figurent sur ce site sont soumises à une clause de non responsabilité et sont protégées par un copyright.
* : Besoins en facteurs X et V (d'après: RENAUD (J.) et FRENEY (J.) : Haemophilus. In: J. FRENEY, F. RENAUD, W. HANSEN et C. BOLLET : Manuel de bactériologie clinique, 2ème édition, volume 3, Elsevier, collection Option Bio, Paris, 1994, pp. 1397-1419.) :
La technique la plus simple consiste à ensemencer, par inondation, une gélose dépourvue de facteur X et V comme une gélose trypticase soja puis à placer (après séchage) des disques du commerce imprégnés des facteurs X ou V ou X+V. Les disques doivent être conservés dans des conditions rigoureuses car les facteurs de croissance sont instables.
Le besoin en facteur V peut également s'étudier en utilisant une gélose dans laquelle on introduit, avant autoclavage, 5 à 10 p. cent de sang. Après autoclavage, le facteur X (thermostable) reste présent alors que le facteur V est détruit. Le facteur V sera alors apporté par une strie de staphylocoque (la croissance des staphylocoques apporte les facteurs X et V) ou d'entérocoque (la croissance des entérocoques apporte le facteur V mais pas le facteur X).
De nombreux milieux pouvant contenir de l'hémine (au moins à l'état de trace), le besoin en facteur X s'étudie de manière plus précise en ayant recours au test à la porphyrine.
Lorsqu'elles sont incubées en présence d'acide d -aminolévulinique, les souches X-indépendantes synthétisent du porphobilinogène ainsi que diverses porphyrines (uroporphyrinogène, coproporphyrinogène et protoporphyrine) qui sont des métabolites intermédiaires dans la synthèse de l'hémine. L'objet du test à la porphyrine est de caractériser soit le porphobilinogène soit la protoporphyrine.
Technique du test à la porphyrine :
. Préparer une solution d'acide d -aminolévulinique (Sigma) 2 mM avec MgSO4 0,8 mM dans du tampon phosphate 0,1 M pH 6,9.
. Répartir à raison de 0,5 mL dans des tubes en verre bouchés. La solution peut alors se conserver plusieurs mois à + 4 °C.
. Inoculer avec une anse pleine de culture, incuber 4 heures à 37 °C.
. Placer le tube sous une source UV à 360 nm. Une fluorescence rouge indique la présence de protoporphyrine et donc la possibilité de synthèse de l'hémine. La souche sera dite X-indépendante. En cas de réaction douteuse, la lecture peut être renouvelée après une incubation de 24 heures.
. Si le laboratoire ne dispose pas de la source UV, il est possible de rajouter dans le tube 0,5 mL de réactif de Kovacs puis de procéder à une agitation vigoureuse. Après séparation des phases, une coloration rouge dans la phase inférieure indique la présence de porphobilinogène et donc la possibilité de synthèse de l'hémine. Cette deuxième méthode nécessite de réaliser un témoin en incubant un tube sans acide d -aminolévulinique car la production éventuelle d'indole conduit à une coloration rouge dans la phase supérieure pouvant amener à une mauvaise interprétation.
Selon Christensen, seuls quelques renseignements sont disponibles pour quatre des souches d'origine bovine. Deux de ces souches ont été isolées de poumons, la troisième d'un bovin présentant des lésions (sans plus de précision) et la quatrième du cerveau. Initialement ces quatre souches avaient été considérées comme des variants phénotypiques de Pasteurella multocida.
Toujours selon Christensen, les souches d'origine pulmonaire semblent avoir été isolées chez des animaux présentant une pneumonie et la souche isolée du cerveau proviendrait d'un bovin atteint de méningite.
Référence :
CHRISTENSEN (H.) : Communication personnelle en date du 13 février 2003.