J.P. Euzéby : Dictionnaire de Bactériologie Vétérinaire |
Créé le 28 août 2001
GALLICOLA, GALLICOLA BARNESAE
Autre dénomination : Peptostreptococcus barnesae
Gallicola barnesae est la nouvelle combinaison, validement publiée en juillet 2001, pour une espèce bactérienne préalablement désignée sous la nomenclature de Peptostreptococcus barnesae.
La nomenclature de Peptostreptococcus barnesae (validement publiée en 1986 par inscription sur la liste de validation n° 20) a été proposée en 1985 pour trois souches bactériennes isolées de fèces de poulets. Le placement de ces souches dans le genre Peptostreptococcus* reposait sur la morphologie (coques à Gram positif), le type respiratoire anaérobie strict et la valeur du G + C p. cent.
En 1994, Collins et al. ont procédé à une vaste étude phylogénétique du genre Clostridium et des espèces phylogénétiquement proches. En 1997, Murdoch et al. montrent que Peptostreptococcus barnesae est affilié aux espèces placées par Collins et al. dans le groupe XIII alors que l'espèce type du genre Peptostreptococcus, Peptostreptococcus anaerobius, appartient au groupe XI. Ces même auteurs, mettent en évidence une parenté phylogénétique entre Peptostreptococcus barnesae, Peptostreptococcus magnus (actuellement reclassé dans le genre Finegoldia) et Peptostreptococcus micros (actuellement reclassé dans le genre Micromonas). En juillet 2001, Ezaki et al. confirment ces résultats et proposent la création du nouveau genre Gallicola pour accueillir Peptostreptococcus barnesae.
Le genre Gallicola (genre monospécifique) rassemble des coques anaérobies stricts, immobiles, non sporulés, se présentant de manière isolée ou groupés par deux ou en petits amas, ne fermentant pas les sucres, produisant de l'acide lactique et de l'acide acétique comme principaux produits terminaux du métabolisme et dont le peptidoglycane est du type A4bêta** (voir le fichier ¤ "Classification des peptidoglycanes selon Schleifer et Kandler").
Au sein des coques à Gram positif anaérobies stricts, l'absence d'acidification des sucres permet de distinguer facilement le genre Gallicola des genres Anaerococcus, ¤ Atopobium, Coprococcus, Peptostreptococcus (réduit à son espèce type, Peptostreptococcus anaerobius) et Ruminococcus qui regroupent tous des bactéries capables de fermenter les sucres. Gallicola barnesae se différencie de Peptococcus niger (unique espèce du genre Peptococcus) et des ¤ Peptoniphilus sp. car il ne produit pas de butyrate. En revanche, aucun caractère majeur, si ce n'est la composition du peptidoglycane, ne permet de différencier les genres Gallicola, Finegoldia et Micromonas.
Outre les caractères du genre, les souches de Gallicola barnesae sont constituées de coques, de 0,5 à 0,9 µm de diamètre, entourés d'une capsule mise en évidence par la technique à l'encre de chine.
À l'exception de la production d'une lipase et de la production d'indole (réaction faiblement positive***), une réponse négative est obtenue pour de nombreux tests : catalase, réduction des nitrates, hydrolyse de la gélatine, hydrolyse de l'amidon, hydrolyse de l'esculine, lécithinase, uréase, arginine di-hydrolase, VP, phosphatase alcaline, alpha-galactosidase, bêta-galactosidase, alpha-glucosidase, bêta-glucosidase, bêta-glucuronidase, arginine arylamidase, proline arylamidase, phénylalanine arylamidase, leucine arylamidase, acide pyroglutamique arylamidase, histidine arylamidase, tyrosine arylamidase.
Les principaux caractères permettant de différencier Gallicola barnesae des autres coques à Gram positif anaérobies stricts et incapables de fermenter les sucres sont donnés dans le tableau I.
La croissance nécessite des extraits de levure, des traces de sélénium, de molybdène et de tungstène et elle est favorisée par la présence de sels biliaires. Les premières souches de Gallicola barnesae ont été isolées sur un milieu enrichi en extraits de levure et en sels biliaire et contenant de l'acide urique comme unique source de carbone et d'énergie (milieu dérivé du "Clostridium acidurici medium" dont la composition est donnée dans le fichier "medium 76" présent sur le site de la DSMZ). Sur des milieux complexes tels que le milieu AC ou PY la culture est moins abondante. Gallicola barnesae cultive entre 20 et 40 °C mais l'optimum thermique est compris entre 37 et 40 °C. Aucune hémolyse n'est détectée sur un milieu enrichi de sang.
Gallicola barnesae a pour habitat les caecums, le colon et le cloaque des poulets. La présence de faibles quantités d'acide urique dans ces portions de l'intestin faciliterait leur colonisation par Gallicola barnesae. Aucun pouvoir pathogène n'a été attribué à cette bactérie.
Orientation bibliographique
COLLINS (M.D.), LAWSON (P.A.), WILLEMS (A.), CORDOBA (J.J.), FERNANDEZ-GARAYZABAL (J.), GARCIA (P.), CAI (J.), HIPPE (H.) et FARROW (J.A.E.) : The phylogeny of the genus Clostridium: proposal of five new genera and eleven new species combinations. Int. J. Syst. Bacteriol., 1994, 44, 812-826.
EZAKI (T.), KAWAMURA (Y.), LI (N.), LI (Z.Y.), ZHAO (L.) et SHU (S.) : Proposal of the genera Anaerococcus gen. nov., Peptoniphilus gen. nov. and Gallicola gen. nov. for members of the genus Peptostreptococcus. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2001, 51, 1521-1528.
MURDOCH (D.A.) : Gram-positive anaerobic cocci. Clin. Microbiol. Rev., 1998, 11, 81-120.
MURDOCH (D.A.), COLLINS (M.D.), WILLEMS (A.), HARDIE (J.M.), YOUNG (K.A.) et MAGEE (J.T.) : Description of three new species of the genus Peptostreptococcus from human clinical specimens: Peptostreptococcus harei sp. nov., Peptostreptococcus ivorii sp. nov., and Peptostreptococcus octavius sp. nov. Int. J. Syst. Bacteriol., 1997, 47, 781-787.
SCHIEFER-ULLRICH (H.) et ANDREESEN (J.R.) : Peptostreptococcus barnesae sp. nov., a gram-positive, anaerobic, obligately purine utilizing coccus from chicken feces. Arch. Microbiol., 1985, 143, 26-31.
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* : Systématique du genre Peptostreptococcus
La systématique du genre Peptostreptococcus a connu de nombreux bouleversements :
. En 1980, le genre Peptostreptococcus et les espèces Peptostreptococcus anaerobius, Peptostreptococcus micros, Peptostreptococcus parvulus et Peptostreptococcus productus ont été retenus dans les Approved Lists of Bacterial Names.
. Depuis la publication des Approved Lists, 14 autres espèces ont été incluses dans le genre Peptostreptococcus : cinq espèces préalablement placées dans le genre Peptococcus (Peptostreptococcus asaccharolyticus, Peptostreptococcus heliotrinreducens, Peptostreptococcus indolicus, Peptostreptococcus magnus et Peptostreptococcus prevotii) et neuf nouvelles espèces (Peptostreptococcus barnesae, Peptostreptococcus harei, Peptostreptococcus hydrogenalis, Peptostreptococcus ivorii, Peptostreptococcus lacrimalis, Peptostreptococcus lactolyticus, Peptostreptococcus octavius, Peptostreptococcus tetradius et Peptostreptococcus vaginalis).
. Entre le 01 janvier 1983 et le 31 décembre 2000, cinq espèces ont été exclues de ce genre : Peptostreptococcus heliotrinreducens a été transféré dans le genre Slackia, Peptostreptococcus magnus dans le genre Finegoldia, Peptostreptococcus micros dans le genre Micromonas, Peptostreptococcus parvulus dans le genre Streptococcus puis dans le genre ¤ Atopobium et Peptostreptococcus productus dans le genre Ruminococcus.
. En juillet 2001, la réorganisation du genre Peptostreptococcus a été poursuivie par Ezaki et al. qui, à l'exception de l'espèce type (Peptostreptococcus anaerobius), reclassent toutes les autres espèces dans trois nouveaux genres, les genres Anaerococcus, Gallicola et ¤ Peptoniphilus. Ces propositions reposent sur des études phylogénétiques antérieures (notamment sur les résultats obtenus en 1994 par Collins et al.) et sur la possibilité de caractériser les genres Anaerococcus, Gallicola, ¤ Peptoniphilus et Peptostreptococcus par des caractères biochimiques et chimiotaxonomiques.
** : Dans la publication décrivant Peptostreptococcus barnesae, Schiefer-Ullrich et Andreesen indiquent que le peptidoglycane est du type A4alpha' !
*** : Dans la description de Gallicola barnesae, donnée par Ezaki et al. 2001, cette espèce est qualifiée de non indologène. Toutefois, dans le tableau 3 de leur publication, Ezaki et al. indiquent une réponse faiblement positive au test indole. Ce dernier résultat est conforme à ce qui est indiqué par Schiefer-Ullrich et Andreesen (1985) et par Murdoch (1998).