J.P. Euzéby : Dictionnaire de Bactériologie Vétérinaire |
Créé le 25 octobre 2002
Dernière mise à jour le 05 juillet 2008
Glossaire de nomenclature bactérienne
Voir aussi / See also :
. Definitions and abbreviations in List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature
. Genders of generic names in List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature
. Latin and neo-Latin adjectives or participial adjectives used as specific or subspecific epithets in List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature
. Nomenclature bactérienne in Dictionnaire de Bactériologie Vétérinaire
. Le latin dans la nomenclature bactérienne in Dictionnaire de Bactériologie Vétérinaire
. Définitions d'une genomospecies et d'une espèce bactérienne in Dictionnaire de Bactériologie Vétérinaire
. Introduction à la taxonomie des procaryotes in Dictionnaire de Bactériologie Vétérinaire
Sommaire :
. Introduction
. Abbreviations
. Abréviations
. Abréviations des noms de genres
. Abbreviations of names of genera
. AL (utilisation de l'abréviation AL)
. Ambiguous name
. Approved Lists of Bacterial Names
. Bacterial strain
. Bacteriological code
. Bare name
. Basonym
. "Basonyme"
. Biovar (ou biotype) : voir Taxon d'un rang hiérarchique inférieur à la sous-espèce
. Candidatus
. Change in the name of a taxon as a result of exclusion of the nomenclatural type
. Changement du nom d'un taxon consécutif à l'exclusion de la nomenclature type
. Chemoform (ou chemotype) : voir Taxon d'un rang hiérarchique inférieur à la sous-espèce
. Chimioforme (ou chimiotype) : voir Taxon d'un rang hiérarchique inférieur à la sous-espèce
. Chimiovar (ou chemovar) : voir Taxon d'un rang hiérarchique inférieur à la sous-espèce
. Citation des taxons et des auteurs
. Citation of names and authors
. Code International de Nomenclature des Bactéries
. Collections de cultures
. comb. nov.
. Combinatio nova
. Comité International de Systématique Bactérienne
. Comité International de Systématique des Procaryotes
. Commission judiciaire
. Conserved name
. Correct name
. corrig.
. Corrigendum
. Cultivar : voir Taxon d'un rang hiérarchique inférieur à la sous-espèce
. Culture collections
. Date de validation
. Définition d'un genre
. Définition d'un rang hiérarchique supérieur au genre
. Définition d'une espèce
. Définition d'une genomospecies
. Définition d'une sous-espèce
. Definition of a genus
. Definition of a species
. Definition of a subspecies
. Definition of taxa above the rank of genus
. Demande de dérogation : voir Requêtes auprès de la Commission Judiciaire
. Derivation
. Devant être corrigé
. Diacritic signs
. Doubtful name
. Effective publication
. emend.
. Emendavit
. Established neotype strain : voir Souche néotype
. Etat : voir Taxon d'un rang hiérarchique inférieur à la sous-espèce
. Etymologie
. Etymology
. Forma specialis : voir Taxon d'un rang hiérarchique inférieur à la sous-espèce
. Gender of a generic name
. Genomospecies : voir Définition d'une genomospecies (espèce génomique)
. Genomovar voir Définition d'une genomospecies (espèce génomique)
. Genospecies
. Genre grammatical d'un genre bactérien
. Grec : voir Utilisation du latin et du grec
. Greek language : voir Utilisation du latin et du grec
. Guillemets
. Heterotypic synonym : voir Synonyme
. Holotype
. Homonym
. Homonyme
. Homotypic synonym : voir Synonyme
. Hybrid name : voir Utilisation du latin et du grec
. Hyphenated name
. ICSB
. ICSP
. IJSB
. IJSEM
. Il ou elle a amendé
. Illegitimate
. Illégitime
. Incidental mention
. Infrasubspecific subdivision
. International Bulletin of Bacterial Nomenclature and Taxonomy
. International Code of Nomenclature of Bacteria
. International Committee on Systematic Bacteriology
. International Committee on Systematics of Prokaryotes
. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology
. International Journal of Systematic Bacteriology
. International Union of Microbiological Societies
. Italics
. Italiques
. IUMS
. Jud. Opin.
. Judicial Commission
. Judicial Opinion
. Junior synonym(e) : voir Synonyme
. Latin : voir Utilisation du latin et du grec
. Latin language : voir Utilisation du latin et du grec
. Legitimate
. Légitime
. Liste de notification
. Liste de validation
. Listes Approuvées des Noms Bactériens
. Lysovar (ou lysotype) : voir Taxon d'un rang hiérarchique inférieur à la sous-espèce
. Mention incidente
. Minimal standards for the description of new taxa
. Morphovar (ou morphotype) : voir Taxon d'un rang hiérarchique inférieur à la sous-espèce
. Name causing confusion
. Neotype strain
. New combination
. New name
. Nom admissible, convenable, approuvé
. Nom ambigu, litigieux, incertain
. Nom correct
. Nom dangereux, périlleux, qui crée des dangers
. Nom devant être conservé, gardé
. Nom devant être rejeté, repoussé
. Nom douteux, incertain
. Nom hybride : voir Utilisation du latin et du grec
. Nom mélangé, amalgamé, confus
. Nom nouveau
. Nom nu, découvert, privé de
. Nom obscur, équivoque, inintelligible
. Nom remis en vigueur, rétabli, ressuscité, renaissant
. nom. approb.
. nom. nov.
. Nom originel
. nom. rej. ou nom. rejic.
. nom. rev.
. Nomen ambiguum
. Nomen approbatum
. Nomen confusum
. Nomen conservandum
. Nomen dubium
. Nomen hybridum : voir Utilisation du latin et du grec
. Nomen novum
. Nomen nudum
. Nomen periculosum
. Nomen perplexum
. Nomen rejiciendum
. Nomen revictum
. Nomenclatural type
. Nomenclature
. Nomenclature type
. Nomenclature correcte
. Nomenclature effectivement publiée : voir Publication effective
. Nomenclature validement publiée : voir Publication valide
. Nomenspecies
. Notification List
. Nouvelle combinaison
. Opinion de la Commission Judiciaire
. Orthographe
. Orthography
. Pathovar (ou pathotype) : voir Taxon d'un rang hiérarchique inférieur à la sous-espèce
. Perilous name
. Perplexing name
. Phagovar (ou phagotype) : voir Taxon d'un rang hiérarchique inférieur à la sous-espèce
. Phenospecies
. Plan standardisé pour la description d'un nouveau taxon
. Priorité
. Priority
. Proposed neotype strain : voir Souche néotype
. Protologue
. Publication effective
. Publication valide
. Quotation marks
. Rangs hiérarchiques
. Recommandations minimales pour la description d'un nouveau taxon
. Reference strain
. Rejected name
. Requêtes auprès de la Commission Judiciaire
. Request for an Opinion
. Rétroactivité des règles
. Retroactivity of Rules
. Règle 37a
. Rule 37a
. Revived name
. Senior synonym(e) : voir Synonyme
. Sérovar (ou sérotype) : voir Taxon d'un rang hiérarchique inférieur à la sous-espèce
. Signes diacritiques
. Sollicitation de la Commission Judiciaire : voir Requêtes auprès de la Commission Judiciaire
. Souche bactérienne
. Souche de référence
. Souche néotype
. Souche type
. Sous-comités de taxonomie
. Species definition
. State : voir Taxon d'un rang hiérarchique inférieur à la sous-espèce
. Strain : voir Souche bactérienne
. Subcommittees on taxonomy
. Subspecies definition
. Synonyme (synonyme homotypique, synonyme hétérotypique, synonyme objectif, synonyme subjectif)
. Synonym
. Systematics
. Systématique
. Taxa
. Taxon
. Taxon d'un rang hiérarchique inférieur à la sous-espèce
. Taxinomie
. Taxonomie
. Taxonomy
. Taxonomic categories
. Taxospecies
. Trait d'union
. Type strain
. Union Internationale des Sociétés de Microbiologie
. Utilisation de guillemets
. Utilisation des abréviations AL et VP
. Utilisation des italiques
. Utilisation du latin et du grec
. Valid publication
. Validation List
. var.
. Variété
. Variety
. VP (utilisation de l'abréviation VP)
Introduction
Ce fichier est une annexe du fichier Nomenclature bactérienne. Son but est de fournir des renseignements complémentaires et de faciliter la recherche rapide d'un renseignement grâce à la consultation du sommaire qui cite les noms et expressions en français, en anglais (langue dans laquelle le ¤ Code de Nomenclature est rédigé) et, le cas échéant, en latin.
Quelques informations présentées dans ce fichier figurent également dans le fichier Nomenclature bactérienne et, pour plusieurs des mots retenus, un complément d'information est également disponible dans le fichier Nomenclature bactérienne.
Abréviations définies par le ¤ Code de Nomenclature
. class. nov. : classis nova (nouvelle classe).
. comb. nov. : ¤ combinatio nova (nouvelle combinaison).
. corrig. : ¤ corrigendum (devant être corrigé).
. emend. : ¤ emendavit (il ou elle a amendé).
. fam. nov. : familia nova (nouvelle famille).
. gen. nov. : genus novum (nouveau genre).
. nom. approb. : ¤ nomen approbatum (nom admissible ou convenable ; un nom qui figure dans les ¤ Listes Approuvées des Noms Bactériens).
. nom. cons. : ¤ nomen conservandum (nom devant être conservé).
. nom. nov. : ¤ nomen novum (nom nouveau ; abréviation utilisée pour une ¤ nouvelle combinaison lorsqu'un auteur est obligé de changer l'épithète spécifique ou sous-spécifique afin d'éviter une homonymie).
. nom. nud. : ¤ nomen nudum (nom nu, découvert, privé de).
. nom. rev. : ¤ nomen revictum (nom remis en vigueur, rétabli, ressuscité, renaissant).
. ord. nov. : ordo novus (nouvel ordre).
. pro synon. : pro synonymon (pour ou comme ¤ synonyme).
. sp. nov. : species nova (nouvelle espèce).
. subclass. nov. : subclassis nova (nouvelle sous-classe).
. subfam. nov. : subfamilia nova (nouvelle sous-famille).
. subgen. nov. : subgenus novum (nouveau sous-genre).
. subord. nov. : subordo novus (nouveau sous-ordre).
. subsp. nov. : subspecies nova (nouvelle sous-espèce).
Quand elles suivent le nom scientifique d'une bactérie ces abréviations sont écrites en caractères romains (ou en caractères gras) afin de les différencier du nom scientifique et d'attirer l'attention du lecteur sur l'abréviation.
Autres abréviations d'usage courant
. adj. : adjective (adjectif).
. AL : ¤ Approved Lists of Bacterial Names (¤ Listes Approuvées des Noms Bactériens).
. bv. : biovar (voir l'entrée ¤ Taxon d'un rang hiérarchique inférieur à la sous-espèce).
. cv. : cultivar (voir l'entrée ¤ Taxon d'un rang hiérarchique inférieur à la sous-espèce).
. divisio nov. : divisio nova (nouvelle division). Division est un équivalent de phylum.
. et al. : et alii (et d'autres).
. fem. : feminine (féminin).
. f. sp. : forma specialis (voir l'entrée ¤ Taxon d'un rang hiérarchique inférieur à la sous-espèce).
. gen. : genitive (génitif).
. Gr. : mot grec latinisé.
. ICSB : ¤ International Committee on Systematic Bacteriology (¤ Comité International de Systématique Bactérienne).
. ICSP : ¤ International Committee on Systematics of Prokaryotes (¤ Comité International de Systématique des Procaryotes).
. IJSB : ¤ International Journal of Systematic Bacteriology.
. IJSEM : ¤ International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology.
. Jud. Opin. : ¤ Judicial Opinion (¤ Opinion de la Commission Judiciaire).
. L. : mot latin.
. masc. : masculine (masculin).
. M.L. : mot latinisé au Moyen Âge. L'abréviation M.L. signifie "Medieval Latin" et non "Modern Latin".
. n. : noun (nom).
. neut. : neuter (neutre).
. N.L. : néologisme latin. L'abréviation N.L. ("Neo-Latin") devrait remplacer l'abréviation M.L. ("Modern Latin"), parfois utilisée.
. nom. rej. ou nom. rejic. : ¤ nomen rejiciendum (nom devant être rejeté).
. phyl. nov. : phylum novum (nouveau phylum). Phylum est un équivalent de division.
. pv. : pathovar (voir l'entrée ¤ Taxon d'un rang hiérarchique inférieur à la sous-espèce).
. spp. : species plurales ? L'abréviation spp. suivant le nom d'un genre sert à désigner toutes les espèces ou plusieurs espèces du genre.
. subdivisio nov. : subdivisio nova (nouvelle sous-division).
. var. : varantia ou varietas (¤ variété).
. VP : ¤ Valid Publication (¤ publication valide).
Abréviations des noms de genres (abbreviation of names of genera)
L'utilisation d'abréviations pour les noms de genres n'est pas réglementée par le ¤ Code de Nomenclature. Toutefois, dans son chapitre 4, le ¤ Code de Nomenclature donne quelques conseils destinés aux auteurs et aux éditeurs de publications scientifiques. Il s'agit de recommandations et non de règles ! Un auteur n'est donc pas tenu de suivre ces recommandations. Quelques-uns de ces conseils concernent l'abréviation des noms de genres :
. Le nom d'un genre ne devrait pas être abrégé lors de la première apparition du nom d'une espèce dans le texte ou dans le résumé. Par la suite, il peut être abrégé, généralement sous la forme de sa première lettre. Par exemple, lors de la première apparition dans le texte on devrait écrire Bacillus anthracis puis il est possible d'écrire B. anthracis.
. Dans une énumération d'espèces appartenant à un même genre, le nom de genre devrait être écrit en toutes lettres lors de sa première apparition dans le texte puis il peut être abrégé. Par exemple, on peut écrire : Bacillus anthracis, B. cereus, B. thuringiensis même si les noms des deux dernières espèces n'ont pas été préalablement cités.
. Lorsqu'un texte cite des espèces appartenant à des genres différents mais commençant par la même lettre, les noms de genre ne devraient jamais être abrégés. Par exemple, dans une publication traitant des Bacillus sp. et des Brevibacillus sp. l'abréviation est déconseillée et on devrait toujours écrire Bacillus cereus, Brevibacillus agri...
Un système d'abréviations à quatre lettres a été mis en place pour satisfaire aux exigences des banques de données informatiques. En théorie, l'utilisation de quatre lettres permet de former 264 soit 456 976 abréviations différentes. Quelques règles concernant la formation de ces abréviations ont été définies : (i) la première lettre de l'abréviation doit être la première lettre du genre ; (ii) toutes les lettres de l'abréviation doivent figurer dans le nom du genre, à l'exception des lettres "ph" remplacées par la lettre "F " ; (iii) les racines couramment utilisées pour former des noms de genres ont fait l'objet d'une codification (par exemple, la racine Aceto- doit être abrégée en AC, la racine Lacto- en LC, la racine Pseudo- en PS) ; (iv) dans la mesure du possible, les abréviations devraient différer les unes des autres par au moins deux lettres. Une première liste d'abréviations a été publiée en 1976 puis des versions actualisées ont été publiées en 1980, en 1986 et en 1991.
Exemples d'abréviations : Actinobacillus : ATBC, Bordetella : BDTL, Flavobacterium : FVBT, Listeria : LIST, Pasteurella : PSTL, Streptococcus : STCO...
Plus récemment, deux ¤ sous-comités de taxonomie, le "sous-comité de taxonomie des bactéries phototrophes" et le "sous-comité de taxonomie des Halobacteriaceae", ont proposé un système d'abréviations à trois lettres présenté dans le fichier Three-letter code for abbreviations of generic names in List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature.
Dans le futur, il est possible qu'un tel système soit généralisé ce qui nécessitera d'établir la liste de toutes les abréviations de tous les noms de genres !
Certaines publications, comme la revue Journal of Applied Microbiology, ont défini des systèmes d'abréviations particuliers devant être utilisés dans les articles proposés à ces périodiques. Pour un exemple, voir http://www.blackwellpublishing.com/journals/jam/submiss.htm.
"Basonyme" (nom originel, synonyme de base ; basonym)
Remerciement : l'auteur remercie le Dr. B.J. Tindall (DSMZ) qui a attiré son attention sur une erreur concernant les "basonymes" et figurant dans la première version de ce fichier.
Un "basonyme" ou synonyme de base est le nom originel et validement publié d'une ¤ nouvelle combinaison ou d'un ¤ nomen novum.
Lorsqu'une nomenclature validement publiée a fait l'objet de plusieurs transferts successifs la dernière ¤ nouvelle combinaison validement publiée ou le dernier ¤ nomen novum validement publié a un seul "basonyme" et un, ou éventuellement plusieurs, ¤ synonymes homotypiques.
Exemple :
. Peptococcus prevotii a été successivement transféré dans le genre Peptostreptococcus (sous la forme d'une nouvelle combinaison, Peptostreptococcus prevotii) puis dans le genre Anaerococcus (sous la forme d'une nouvelle combinaison, Anaerococcus prevotii).
. Anaerococcus prevotii validement publié en 2001 et Peptostreptococcus prevotii validement publié en 1983 ont pour "basonyme" Peptococcus prevotii qui est cité dans les ¤ Listes Approuvées des Noms Bactériens et dont la date de publication valide est le 1er janvier 1980.
. Peptococcus prevotii, Peptostreptococcus prevotii et Anaerococcus prevotii sont des synonyme homotypiques.
. Peptococcus prevotii est un synonyme antérieur et homotypique de Peptostreptococcus prevotii et de Anaerococcus prevotii et il est le "basonyme" de ces deux nouvelles combinaisons.
. Anaerococcus prevotii est synonyme ultérieur et homotypique de Peptococcus prevotii et de Peptostreptococcus prevotii, mais il a pour seul "basonyme" Peptococcus prevotii.
. Peptostreptococcus prevotii est synonyme ultérieur et homotypique de Peptococcus prevotii, c'est un synonyme antérieur et homotypique de Anaerococcus prevotii et Peptostreptococcus prevotii a pour "basonyme" Peptococcus prevotii.
Une ¤ nouvelle combinaison ou un ¤ nomen novum peuvent avoir pour ¤ synonyme une nomenclature qui, avant d'être validement publiée, était connue sous un autre nom dépourvu de statut dans la nomenclature. Ce nom, bien qu'étant le nom originel au sens étymologique du terme, ne constitue pas le "basonyme".
Par exemple, Peptococcus prevotii avait été décrit en 1948 par Foubert et Douglas sous le nom de "Micrococcus prevotii". En 1957, Douglas considère que cette bactérie mérite d'intégrer le genre Peptococcus et c'est l'appellation de Peptococcus prevotii qui sera retenue dans les ¤ Listes Approuvées des Noms Bactériens. Ultérieurement cette espèce sera transférée dans les genres Peptostreptococcus puis Anaerococcus.
"Micrococcus prevotii" n'a pas de statut dans la nomenclature et cette nomenclature ne peut pas être le "basonyme" de Peptostreptococcus prevotii ou de Anaerococcus prevotii.
Le concept de "Candidatus" (nom latin signifiant un candidat) a été suggéré en 1994 par Murray et Schleifer pour des ¤ taxons qui ne peuvent être décrits selon les règles du ¤ Code de Nomenclature. La même année, la ¤ Commission Judiciaire recommandait à ¤ l'ICSP d'approuver ce concept et souhaitait qu'une liste des divers "Candidatus" soit publiée dans ¤ IJSB/IJSEM. La ¤ Commission Judiciaire demandait également à Murray et Stackebrandt de préparer une note en vue de formaliser la notion de "Candidatus".
Cette note, publiée en janvier 1995, précise que la catégorie "Candidatus" devrait être utilisée pour des procaryotes dont il a été possible de séquencer une partie du génome (notamment les gènes codant pour les ARNr 16S) et dont on connaît certains caractères écologiques et/ou bactériologiques tels que l'habitat et/ou le pouvoir pathogène et/ou la structure et/ou les caractères métaboliques...
La notion de "Candidatus", telle qu'elle est définie par Murray et Stackebrandt, correspond à un statut et non à un ¤ rang hiérarchique (un "Candidatus" peut être une sous-espèce, une espèce, un genre...).
En 1996 la ¤ Commission Judiciaire a approuvé le texte de Murray et Stackebrandt avec cependant une modification importante concernant la culture. Dans la proposition de Murray et Stackebrandt il était possible d'inclure dans la catégorie "Candidatus" une bactérie cultivable ou non cultivable. Dans la version adoptée par la ¤ Commission Judiciaire, un "Candidatus" doit être un procaryote non cultivable ou qui ne peut être cultivé de manière stable.
La ¤ Commission Judiciaire a suggéré à ¤ l'ICSP d'approuver le texte modifié et d'adopter le principe de la rédaction d'un nouvel appendice annexé au ¤ Code de Nomenclature afin d'institutionnaliser le concept de "Candidatus". Le 17 août 1996, ces propositions ont été approuvées à l'unanimité par ¤ l'ICSP.
Lors de sa réunion du 29 juillet 2002, la ¤ Commission Judiciaire a décidé de faire référence au concept de Candidatus dans une note annexée à la règle 18a et/ou à la règle 18f.
Quelques bactériologistes ont la tentation de proposer un "Candidatus" lorqu'ils décrivent une nouvelle espèce sur la base d'une unique ¤ souche, même si le ¤ taxon est cultivable. Bien sûr, une telle attitude est incorrecte et on peut rappeler que le ¤ Code de Nomenclature n'interdit pas la description d'une espèce sur la base d'une seule ¤ souche (voir le fichier ¤ "Définitions d'une genomospecies et d'une espèce bactérienne").
Le comité ad hoc, chargé de réévaluer la notion d'espèce bactérienne, encourage les bactériologistes à utiliser la catégorie "Candidatus" pour les ¤ taxons bien caractérisés mais non cultivables (voir le fichier Définitions d'une genomospecies et d'une espèce bactérienne in Dictionnaire de Bactériologie Vétérinaire).
Même s'ils sont cités dans le chapitre 3 du ¤ Code de Nomenclature et même s'ils font l'objet d'un appendice, la catégorie "Candidatus" ne sera pas régit par les règles du ¤ Code. Aussi, la désignation d'un "Candidatus" peut et pourra s'effectuer de manière différente selon les auteurs. Toutefois, le nom d'un "Candidatus" est généralement écrit, entre guillemets, de la manière suivante :
Candidatus (écrit en italique avec la première lettre en capitale) + le nom du genre (écrit en caractères romains avec la première lettre en capitale) +, pour une espèce, l'épithète spécifique (écrit en caractères romains avec la première lettre en minuscule). Exemples : "Candidatus Blochmannia", "Candidatus Blochmannia floridanus".
L' "IRPCM Phytoplasma/Spiroplasma Working Team - Phytoplasma taxonomy group" propose l'abréviation Ca. pour Candidatus.
Les références des diverses publications régissant le concept de "Candidatus" sont données dans le fichier Candidatus in List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature.
Citation des taxons et des auteurs (citation of names and authors)
Voir le chapitre Citation correcte des taxons in La nomenclature bactérienne.
Code International de Nomenclature des Bactéries (International Code of Nomenclature of Bacteria)
Le Code International de Nomenclature des Bactéries est une publication officielle de ¤ l'ICSP et de sa ¤ Commission Judiciaire. La dernière version du code, que nous désignerons dans la suite du texte sous les termes de Code de Nomenclature ou de Code, a été publiée en 1992. Toutefois, elle a été rédigée en 1990 et selon la règle n° 1 elle devrait être citée sous la forme de "Bacteriological Code (1990 Revision)".
Le Code est censé réglementer la nomenclature de tous les procaryotes appartenant à l'un des ¤ rangs hiérarchiques couverts par les règles. Toutefois, la nomenclature des cyanobactéries est encore souvent réglementée par l'International Code of Botanical Nomenclature (ST Louis Code).
Le Code est divisé en principes, règles et recommandations.
. Les principes forment l'ossature du Code et les règles et les recommandations dérivent des principes.
. Les règles ont pour but de mettre de l'ordre dans la nomenclature léguée par le passé et de préparer celle de l'avenir ; les noms en contradiction avec une règle sont ¤ illégitimes.
. Les recommandations portent sur des points secondaires et ont pour but de donner plus d'uniformité et de clarté ; les recommandations n'ont pas la force d'une règle et un nom ne peut être ¤ illégitime au prétexte qu'il ne respecte pas une recommandation.
Quelques annexes ont été ajoutées au Code afin d'apporter une aide aux bactériologistes. Parmi celles-ci on peut noter
(i) des suggestions destinées aux auteurs et aux éditeurs (voir Abbréviations des noms de genres) ;
(ii) l'appendice 4 qui cite les ¤ noms conservés et les ¤ noms rejetés ;
(iii) l'appendice 5 qui liste toutes les ¤ opinions prises par la ¤ Commission Judiciaire entre 1936 et 1986 (une liste des opinions ultérieures est disponible dans le fichier Requests for Opinions and Judicial Opinions in List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature) ;
(iv) l'appendice 9 consacré à ¤ l'orthographe des noms des ¤ taxons ;
(v) l'appendice 10 qui formule quelques recommandations concernant la nomenclature des ¤ taxons d'un rang hiérarchique inférieur à la sous-espèce.
Le Code ne peut être modifié que par ¤ l'ICSP, après avis de la ¤ Commission Judiciaire. Toutes les demandes concernant une modification du Code doivent être publiée dans ¤ IJSB/IJSEM.
Un rapide historique du Code de Nomenclature ainsi que des notions complémentaires sont données dans le chapitre Le Code de Nomenclature in La nomenclature bactérienne.
La version actuelle du Code n'est disponible que sous la forme d'un ouvrage. L'auteur de ce fichier espère que la nouvelle édition, actuellement en préparation, sera gratuitement diffusée sur Internet. Il est intéressant de noter que l' "International Code of Botanical Nomenclature" (Tokyo Code, 1994 et Saint Louis Code, 2000) ainsi que le PhyloCode sont librement accessibles en ligne. Comme le fait justement remarquer le Dr. G. Orti (à propos de l' "International Code of Zoological Nomenclature"), l'absence de diffusion large et gratuite des codes de nomenclature ne favorise pas leurs lectures si bien que leurs contenus sont souvent ignorés des biologistes.
Collections de cultures (culture collections)
La recherche et le développement en bactériologie nécessitent la disponibilité des ¤ souches décrites ou citées dans les publications. Il est ainsi nécessaire de préserver les ¤ souches types, les ¤ souches de référence et toutes les ¤ souches présentant un intérêt pour l'industrie, la médecine, l'agriculture ou pour toute autre activité scientifique. Cette mission est dévolue aux collections de cultures.
. Les premières collections de cultures ont été constituées en 1890 par le Tchèque Frantisek Kral (1846-1991) et en 1891 par le Français Jean Binot (1867-1909) qui créa la Collection de l'Institut Pasteur (CIP). En 1904, le CBS (Centraalbureau voor Schimmelcultures) a été établi à Baarn aux Pays Bas. Ultérieurement, de nombreuses collections ont vu le jour si bien qu'à la date du 07 novembre 2003, 470 collections de cultures (bactéries, virus, levures, cellules...), réparties dans 62 pays, étaient inscrites au WDCM (World Data Centre for Microorganisms).
. Dans plusieurs pays, les collections se sont regroupées au sein d'associations. C'est le cas de la Belgique (Belgian Co-ordinated Collections of Micro-organisms, BCCM), du Canada (Canadian Center for the Culture of Microorganisms, CCCM), de la Chine (China General Microbiological Culture Collection Center, CGMCC), du Japon (Japan Society for Culture Collections, JSCC), de la République Tchèque (Federation of Czechoslovak Collections of Microorganisms, FCCM), du Royaume Uni (United Kingdom Federation of Culture Collections, UKFCC), des USA (U.S. Federation for Culture Collections, USFCC)...
. En Europe, l'ECCO (European Culture Collections' Organization) a été créée en 1981 et elle a pour but de promouvoir les collaborations et d'assurer les échanges d'informations. L'ECCO rassemble 61 collections de 22 pays européens.
. Au niveau mondial, la WFCC (World Federation for Culture Collections) a été instituée sous l'égide de l'International Union of Biological Sciences (IUBS) et de ¤ l'International Union of Microbiological Societies (IUMS). Outre la diffusion des informations, son but est de promouvoir les collections de culture et d'aider à leur création. La WFCC a également constitué un comité pour aider les collections en difficulté (Endangered Collections Committee).
Les collections de cultures bactériennes peuvent être classées en cinq grandes catégories.
1) Les collections de laboratoire réservées à une ou plusieurs équipes de chercheurs ou d'enseignants. Ces collections sont d'une valeur très inégale et elles sont plus ou moins bien gérées. Elles n'assurent pas la distribution des ¤ souches à l'exception de quelques échanges ponctuels avec d'autres équipes de recherche ou avec l'industrie.
2) Les collections privées qui peuvent détenir un nombre considérable de ¤ souches ayant souvent un intérêt industriel et qui ne diffusent pas toujours les ¤ souches en leur possession. Par exemple, la Merck Culture Collection ou la Roussel Laboratories Culture Collection.
3) Les collections de mutants utilisés en génétique tels que le BGSC (Bacillus Genetic Stock Center), l'ECOR (Escherichia coli Reference Collection), le PGSC (Pseudomonas Genetic Stock Center) ou le SGSC (Salmonella Genetic Stock Centre). Ces collections sont très spécialisées et elles délivrent leurs ¤ souches à différentes équipes de recherche.
4) Les collections, comme la CNCM (Collection Nationale de Cultures de Microorganismes), qui sont spécialisées dans le dépôt de ¤ souches exigeant une confidentialité absolue. En accord avec les règlements nationaux et internationaux, ces collections, détiennent du matériel biologique pour lequel un secret est exigé. La plupart des micro-organismes sont déposés selon le Traité de Budapest et son Règlement d'exécution.
Le "Traité de Budapest sur la reconnaissance internationale du dépôt des micro-organismes aux fins de la procédure en matière de brevets" est disponible en anglais sur plusieurs site Internet (par exemple, voir le fichier DSMZ - Budapest Treaty on the International Recognition of the Deposit of Microorganisms for the Purposes of Patent Procedure and Regulations).
5) Les collections ouvertes et de référence, reconnues sur le plan international et qui ont pour vocation de diffuser (à titre onéreux) des ¤ souches bien identifiées et viables.
. Ces collections peuvent être spécialisées comme l'Australian Collection of Antarctic Microorganisms (ACAM), la Collection of Animal Pathogenic Microorganisms (CAPM) ou la Collection Française des Bactéries Phytopathogènes (CFBP) ou l'Oregon Collection of Methanogens (OCM).
D'autres au contraire sont plus généralistes : l'American Type Culture Collection (ATCC), la Culture Collection of the University of Göteborg (CCUG), la Collection de l'Institut Pasteur (CIP), la Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen (DSMZ), la Japan Collection of Microorganisms (JCM), la National Collection of Type Cultures (NCTC), le Laboratorium voor Microbiologie, Universiteit Gent (LMG)...
. Les collections ouvertes assurent la conservation et la distribution de ¤ souches parfaitement contrôlées. Elles éditent généralement des catalogues papier et/ou des catalogues consultables sur Internet. Elles ont un rôle majeur dans l'identification, la description de nouvelles espèces, la recherche en taxonomie, la détermination de la sensibilité aux antibiotiques et la mise au point de nouveaux procédés de conservation. La plupart des grandes collections sont également impliquées dans des activités d'enseignement (enseignements et formations spécialisés) et elles distribuent des ¤ souches adaptées aux travaux pratiques des étudiants.
. La maintenance des collections ouvertes est onéreuse (coût de fonctionnement en matériel et personnel, investissements, frais d'organisation) et leur survie est parfois menacée par la diminution des aides publiques. Ces contraintes financières conduisent certaines collections à privilégier les ¤ souches "rentables" au détriment des ¤ souches difficiles à maintenir et faisant l'objet d'un faible volume de vente. Sans même évoquer la conservation de ¤ souches très particulières (bactéries barophiles obligatoires, bactéries extrêmement pathogènes...), il devient parfois difficile de trouver une collection qui accepte des ¤ souches de mycoplasmes ou de rickettsies !
L'ATCC, même pour des ¤ souches ne présentant pas de problèmes particuliers, a instauré un "Material Transfer Agreement" qui constitue un frein à la libre circulation des ¤ souches. Un bactériologiste déposant une ¤ souche à l'ATCC doit être conscient du fait qu'elle ne pourra pas être librement distribuée à l'ensemble de la communauté scientifique [voir : TINDALL (B.J.) : The global microbial resource centres changes policy on microorganism distibution. FEMS Circular, n° 55 (January 2004), 3-4.].
. Le dépôt de ¤ souches présentant un danger, notamment les souches présentant un risque de niveau 3 (voir le fichier ¤ "Classification des bactéries en fonction du risque d'infection pour l'homme"), n'est accepté que par deux collections, (l'ATCC et la NCTC). La distribution de ces ¤ souches est, bien sûr, soumise à conditions. Par exemple, les souches ATCC présentant un risque de niveau 3 sont distribuées par un organisme américain (le "Biodefense & Emerging Infections Research Resources Repository") créé par le "National Institute of Allergy and Infectious Diseases". Un scientifique non américain aura certainement beaucoup de mal à obtenir de telles souches !
. Ces collections généralistes peuvent également assurer la conservation de ¤ souches brevetées, à diffusion restreinte, et qui ne figurent ni dans leurs catalogues ni dans leurs sites Internet ("partie fermée" de la collection).
En ¤ systématique bactérienne, les collections ont un rôle majeur dans la détention et la conservation des ¤ souches types. Depuis le 14 décembre 2000, les nouvelles règles 27 (3) et 30 (3b) du ¤ Code de Nomenclature précisent que la ¤ souche type (pour un nouveau ¤ taxon ou une ¤ nouvelle combinaison ou un ¤ nom nouveau) doit correspondre à une souche viable déposée dans au moins deux collections de cultures situées dans deux pays différents. Quelques rares dérogations à ces règles peuvent être accordées lorsque la culture est très délicate (bactéries barophiles obligatoires) et/ou lorsque la manipulation de la souche fait courir un danger certain au personnel (bactéries classées dans le groupe 3) si bien qu'il est impossible de trouver deux collections capables de conserver la souche.
La ¤ souche type peut être une souche brevetée [règle 30 (4)] à condition qu'elle soit clairement identifiée comme telle et qu'elle soit disponible sans restriction pour des études scientifiques.
Les collections doivent être des collections ouvertes, pérennes, internationalement reconnues et acceptant de délivrer les ¤ souches types aux bactériologistes qui en font la demande.
Depuis le 01 août 2002, ¤ l'International Committee on Systematics of Prokaryotes et le Comité Éditorial de ¤ IJSEM exigent que les auteurs d'une nouvelle espèce, d'une nouvelle sous-espèce, d'une ¤ nouvelle combinaison ou d'un ¤ nom nouveau joignent à leurs publications des certificats fournis par les collections de cultures. Ces certificats doivent attester du dépôt, de la viabilité et de la disponibilité des ¤ souches types.
En pratique :
. Pour une nouvelle espèce ou une nouvelle sous-espèce, un bactériologiste doit envoyer la ¤ souche type, accompagnée d'un minimum de renseignements concernant son phénotype et son génotype, à deux collections ouvertes de son choix situées dans deux pays différents. Quelques rares dérogations à cette règle peuvent être accordées lorsque la culture est très délicate (bactéries barophiles obligatoires) et/ou lorsque la manipulation de la souche fait courir un danger certain au personnel (bactéries classées dans le groupe 3) si bien qu'il est impossible de trouver deux collections capables de conserver la souche.
Les collections devront (i) s'assurer de la viabilité de la souche (avant et après conservation) et (ii) vérifier ses caractères. Un exemplaire de la souche sera renvoyé à l'auteur pour approbation. À l'issue de ces procédures, la collection attribuera un numéro à la souche et délivrera un certificat. Selon les taxons, l'ensemble de ces procédures peut nécessiter plusieurs semaines. Avant parution de la publication, les collections sont tenues à un devoir de réserve, elles ne distibuent pas la souche et elles assurent la confidentialité des informations en leur possession.
. Pour une ¤ nouvelle combinaison ou un ¤ nom nouveau, si la ¤ souche type a été initialement déposée dans deux collections situées dans deux pays différents, l'auteur demandera les certificats correspondants. En revanche, si la ¤ souche type n'a fait l'objet que d'un seul dépôt, l'auteur devra effectuer un nouveau dépôt dans une nouvelle collection située dans un autre pays.
Une liste des collections bactériennes est donnée dans le fichier Culture collections of prokaryotes in List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature.
Les collections présentes sur Internet sont listées dans le fichier Links in List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature.
Combination nova (nouvelle combinaison ; new combination) ; abréviation comb. nov.
L'expression nouvelle combinaison (combinatio nova ; abréviation comb. nov.) est utilisée pour désigner une espèce transférée dans un autre genre ou une sous-espèce transférée dans une autre espèce.
Le nom originel d'une nouvelle combinaison est appelé ¤ "basonyme".
Des formes particulières de nouvelle combinaison sont représentées par les nomina nova. En effet, un ¤ nomen novum est une nouvelle combinaison dont l'épithète spécifique ou sous-spécifique a dû être changée afin d'éviter une ¤ homonymie.
Comme il n'existe pas de taxonomie officielle des bactéries, lorsqu'un ¤ taxon est une nouvelle combinaison (ou un ¤ nomen novum), un bactériologiste peut utiliser aussi bien le ¤ basonyme (ou, le cas échéant, l'un des ¤ synonymes homotypiques) que la nouvelle combinaison.
Exemple: selon son opinion scientifique, un bactériologiste peut utiliser la nomenclature de Peptococcus prevotii ou celle de Peptostreptococcus prevotii ou celle de Anaerococcus prevotii. Ces trois dénominations sont des ¤ synonymes homotypiques et Peptococcus prevotii est le ¤ "basonyme" de Peptostreptococcus prevotii et de Anaerococcus prevotii.
Pour des informations complémentaires voir le chapitre Nouvelle combinaison (combinatio nova) in La nomenclature bactérienne.
Comité International de Systématique Bactérienne (International Committee on Systematic Bacteriology ou ICSB)
Le Comité International de Systématique Bactérienne (International Committee on Systematic Bacteriology ou ICSB) est l'ancien nom du ¤ Comité International de Systématique des Procaryotes (¤ International Committee on Systematics of Prokaryotes ou ICSP).
Dans le texte de ce fichier, le sigle ICSP sera généralement utilisé même si certaines des décisions mentionnées ont été prises par l'ICSB.
Comité International de Systématique des Procaryotes (International Committee on Systematics of Prokaryotes ou ICSP)
Le 14 décembre 2000, ¤ l'International Committee on Systematic Bacteriology ou ¤ ICSB est devenu l'International Committee on Systematics of Prokaryotes ou ICSP.
L'ICSB/ICSP a été créé par l'International Association of Microbiological Societies ou IAMS, actuellement connue sous le sigle de ¤ IUMS pour ¤ International Union of Microbiological Societies. Cette création a été décidée lors du neuvième congrès international de microbiologie (Moscou 1966). La première édition des statuts a été approuvée lors du dixième congrès international de microbiologie (Mexico 1970) puis les statuts ont été modifiés et la révision des statuts a été approuvée en 1973 lors du congrès de Jérusalem.
L'ICSP est constitué de membres représentant les sociétés de microbiologie adhérentes à ¤ l'IUMS. Chaque société désigne ou élit un de ses membres pour siéger à l'ICSP. Sont également membres de l'ICSP les représentants de la ¤ Commission Judiciaire, des membres cooptés et des membres d'honneur (nommés à vie).
L'ICSP comprend un bureau exécutif, une ¤ Commission Judiciaire, un bureau responsable des publications, un comité éditorial chargé de la publication de ¤ IJSEM (anciennement ¤ IJSB) et plusieurs ¤ sous-comités de taxonomie.
La direction de l'ICSP est assurée par un président, un vice-président, un secrétaire exécutif, un secrétaire en charge des ¤ sous-comités de taxonomie, un secrétaire éditorial.
Lors de chaque congrès organisé par ¤ l'IUMS, l'ICSP doit tenir une séance plénière et il doit parrainer une session consacrée à la taxonomie.
Les principales fonctions de l'ICSP sont
(i) d'examiner et d'approuver le ¤ Code de Nomenclature ainsi que les éventuelles modifications du ¤ Code suggérées par la ¤ Commission Judiciaire ;
(ii) d'examiner et d'approuver les opinions prises par la ¤ Commission Judiciaire ;
(iii) de superviser le travail des ¤ sous-comités de taxonomie et d'émettre des avis concernant la classification et la nomenclature des bactéries ;
(iv) de publier le ¤ Code de Nomenclature, de publier ses propres statuts, de publier la revue ¤ IJSEM (anciennement ¤ IJSB) et de publier des listes officielles de noms de bactéries dont les ¤ Listes Approuvées des Noms Bactériens constituent l'unique exemple.
L'ICSP dispose de son propre site Internet : http://www.the-icsp.org/
Commission judiciaire (Judicial Commission)
Voir aussi l'entrée ¤ Opinion de la Commission Judiciaire.
La Commission Judiciaire est un sous-comité de ¤ l'ICSP constitué (i) de 12 membres élus pour neuf ans et renouvelables par tiers tous les trois ans et (ii) de cinq membres de droit (le président de ¤ l'ICSP, les trois secrétaires de ¤ l'ICSP et le président du comité éditorial de ¤ IJSEM).
Les membres élus sont choisis parmi les membres des sociétés de microbiologie affiliées à ¤ l'ICSP mais ils ne sont pas obligatoirement des membres de ¤ l'ICSP. En revanche, un membre de la Commission Judiciaire devient automatiquement membre de ¤ l'ICSP.
La Commission Judiciaire est dirigée par un président, un vice-président et un secrétaire éditorial qui est le secrétaire éditorial de ¤ l'ICSP.
La Commission Judiciaire a pour mission de se prononcer sur tous les aspects de la nomenclature et ses principales attributions sont
(i) d'examiner toutes les propositions de modification du ¤ Code de Nomenclature et de formuler des recommandations qui seront ensuite examinées par ¤ l'ICSP ;
(ii) d'établir les listes des ¤ noms conservés et les listes des ¤ noms rejetés ainsi que d'autres listes utiles pour les taxonomistes ;
(iii) d'examiner les ¤ "recommandations minimales pour la description d'un nouveau taxon" établis par les divers ¤ sous-comités de taxonomie et de formuler des recommandations qui seront ensuite examinées par ¤ l'ICSP ;
(iv) d'examiner toutes les demandes concernant l'interprétation du ¤ Code de Nomenclature et les demandes de dérogation aux règles du ¤ Code de Nomenclature ;
(v) de considérer toutes les propositions de ¤ l'ICSP concernant la désignation des ¤ taxons d'un rang hiérarchique inférieur à la sous-espèce.
Corrigendum (devant être corrigé) ; abréviation corrig.
L'adjectif verbal neutre corrigendum (dérivé du verbe latin corrigere signifiant rendre droit, réformer, corriger...) est utilisé à la place de la phrase "Corrigendum est nomen" : "Il faut corriger le nom".
L'abréviation corrig. peut être ajoutée à une nomenclature pour attirer l'attention sur la correction d'une faute typographique ou orthographique. L'utilisation de l'abréviation "corrig." n'est pas obligatoire et une correction n'a pas de répercussion sur les noms des auteurs et sur la date de publication.
D'autres informations concernant l'orthographe des noms des ¤ taxons sont données dans le chapitre Orthographe in La nomenclature bactérienne.
Pour les nomenclatures citées dans une des ¤ Listes Approuvées des Noms bactériens, la date de validation est le 01 janvier 1980.
Pour les noms publiés après le 1er janvier 1980, la date de validation est la date de parution dans ¤ IJSB/IJSEM. Lorsqu'une nomenclature est validée par inscription dans une ¤ liste de validation, la date de validation est la date de parution de cette liste et non la date de publication de l'article original (ou ¤ publication effective).
Pour un exemple, voir le chapitre Date de validation in La nomenclature bactérienne.
Définition d'un genre (definition of a genus)
Toutes les espèces sont classées dans des genres ce qui permet d'appliquer à la systématique bactérienne la nomenclature "binomiale" préconisée par Carl von Linné.
La définition d'un genre donné par Cowan en 1968 est la suivante : "...one of the basic ranks in the hierarchical systems used in biology, and probably the highest rank with any significance in microbiology. In position between family and species, it is best considered as a collection of species with many characters in common; unfortunately no one has indicated the extent of this sharing of characters, and it is purely a matter of personal judgement...as to what constitutes a genus. Like the species, the genus is a subjective concept without any foundation in fact."
Depuis Cowan, aucune définition satisfaisante d'un genre n'a été formulée et, comme le soulignent Brenner, Staley et Krieg (2001), une telle définition n'existera peut-être jamais. La proposition d'un nouveau genre repose en grande partie sur des critères subjectifs. Un bactériologiste pourra individualiser plusieurs genres pour accueillir des espèces bactériennes alors que pour un autre bactériologiste les mêmes espèces doivent être regroupées dans un genre unique.
De manière idéale, un genre devrait rassembler des espèces génétiquement et phénotypiquement apparentées et il devrait pouvoir être identifié sur la base de ses caractères phénotypiques.
Les critères génétiques varient selon les auteurs mais un genre pourrait regrouper des ¤ souches présentant entre 25 (ou 40) et 60 p. cent d'homologie ADN - ADN et/ou des espèces formant un groupe distinct sur la base des séquences des ADNr 16S (homologies de séquence supérieures à 90 ou à 94 p. cent). On admet également que des bactéries dont les G + C p. cent diffèrent de plus de 10 p. cent ne peuvent appartenir à un même genre.
En cas de divergence entre les critères génétiques et phénotypiques, Brenner et al. (1984) estiment que la priorité doit être donnée aux caractères phénotypiques. Pour ces auteurs, le genre est un rang hiérarchique ayant, avant tout, une utilité pratique et dont la finalité est de permettre à un bactériologiste d'établir un diagnostic.
Inversement, pour Garrity et al. (1980), les critères génétiques sont les plus importants et, même s'il n'existe qu'un très faible nombre de caractères phénotypiques permettant un diagnostic différentiel, il est licite de proposer la création de nouveaux genres sur la base des données génétiques.
Certains genres bactériens sont très hétérogènes. Ainsi, au sein du genre Clostridium, les séquences des ARNr 16S de Clostridium tetani et de Clostridium innocuum diffèrent de 20 p. cent. Avec une telle valeur, toutes les espèces de la famille des Enterobacteriaceae ainsi que les genres Vibrio, Aeromonas, Haemophilus et Pasteurella appartiendraient à un unique genre.
Définition d'un rang hiérarchique supérieur au genre (definition of taxa above the rank of genus)
Le regroupement de plusieurs genres au sein d'une sous-tribu, d'une tribu, d'une sous-famille, d'une famille, d'un sous-ordre, d'un ordre, d'une sous-classe ou d'une classe repose sur des arguments encore moins solides que ceux qui président au rassemblement des espèces dans un genre (voir ¤ Définition d'un genre). De ce fait, certains taxonomistes sont très réticents au placement des genres dans un de ces ¤ rangs hiérarchiques.
Une intéressante discussion, concernant la pertinence de ces rangs hiérarchiques, figure sur le site Taxonomic Outline of the Prokaryotes, Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, Second Edition.
Aucune nomenclature n'a été proposée pour les catégories sous-tribu et sous-famille (voir le fichier Validly published names of taxa above the rank of genus up to and including class in List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature).
À la date du 13 octobre 2003, 57 classes et 66 ordres ont fait l'objet d'une publication valide (voir le fichier Validly published names of taxa above the rank of genus up to and including class in List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature).
La reconnaissance des classes et des ordres est actuellement basée sur des critères phylogénétiques (séquences des ADNr 16S) et, parfois, sur l'existence de quelques grands caractères phénotypiques.
Une sous-classe et trois sous-ordres sont listés dans les ¤ Listes Approuvées des Noms Bactériens. Depuis la parution de ces listes, cinq sous-classes et dix sous-ordres ont été décrits en 1997 au sein de la classe des Actinobacteria (voir le fichier Validly published names of taxa above the rank of genus up to and including class in List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature). La description de ces sous-classes et de ces sous-ordres repose uniquement sur l'étude des séquences des ARNr 16S et sur la présence de séquences signatures.
À la date du 13 octobre 2003, 158 familles ont fait l'objet d'une publication valide (voir le fichier Validly published names of taxa above the rank of genus up to and including class in List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature).
La notion de tribu est tombée en désuétude. Aucune tribu n'a été décrite depuis la parution des ¤ Listes Approuvées des Noms Bactériens (voir le fichier Validly published names of taxa above the rank of genus up to and including class in List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature) et ce ¤ rang hiérarchique n'est plus reconnu dans la deuxième édition du Bergey's Manual of Systematic Bacteriology.
Définition d'une espèce (species definition, definition of a species)
Voir le fichier Définitions d'une genomospecies et d'une espèce bactérienne.
Définition d'une genomospecies (espèce génomique, genomovar)
Voir le fichier Définitions d'une genomospecies et d'une espèce bactérienne.
Définition d'une sous-espèce (subspecies definition, definition of a subspecies)
La sous-espèce occupe l'échelon le plus bas des ¤ rangs hiérarchiques réglementés par le ¤ Code de Nomenclature. Comme le font remarquer Brenner, Staley et Krieg (2001), il n'existe aucun critère objectif permettant de définir une sous-espèce et la division d'une espèce en sous-espèces dépend du bon vouloir d'un taxonomiste.
Selon Staley et Krieg (1984), la notion de sous-espèce devrait reposer sur la mise en évidence de petites variations phénotypiques ou sur la présence de critères génétiques (homologies ADN - ADN et/ou stabilité thermique des hybrides) permettant de diviser les ¤ souches d'une espèce en deux ou plusieurs sous-espèces.
Pour Wayne et al. (1987) et pour Brenner et al. (2001), le rang de sous-espèce peut être utilisé pour des ¤ souches génétiquement très voisines mais présentant des variations phénotypiques.
Pour Brenner et al. (2001) il est également possible de proposer des sous-espèces lorsque plusieurs ¤ genomospecies ne peuvent être différenciées par leurs caractères phénotypiques et si l'une de ces ¤ genomospecies porte déjà un nom.
Exemple hypothétique concernant une espèce nommée "Xx aa" (Xx = nom de genre et aa = épithète spécifique) : si cette espèce est constituée de trois ¤ genomospecies non différenciables par leurs caractères phénotypiques, un auteur pourra proposer la création de trois sous-espèces, la sous-espèces "Xx aa subsp aa" pour la genomospecies qui renferme la ¤ souche type de l'espèce et "Xx aa subsp. bb" et "Xx aa subsp. cc" pour les deux autres genomospecies.
La distinction entre ces sous-espèces devra alors recourir à des techniques génétiques.
Emendavit (il ou elle a amendé) ; abréviation emend.
Emendavit est la troisième personne du singulier du parfait du verbe emendere = corriger, amender, améliorer (en corrigeant ce qui est défectueux)... et peut se traduire par il ou elle a amendé.
L'abréviation emend. (suivie de la date et du nom des auteurs responsables de la modification) peut être ajoutée après le nom d'un ¤ taxon lorsque la description du ¤ taxon est modifiée.
Etymologie (etymology or derivation)
Avant le 14 décembre 2000, la recommandation 6(5) conseillait de donner l'étymologie (explication de l'origine et de l'évolution historique d'un mot) d'un nom de genre ou d'une épithète. De fait, l'étymologie était généralement indiquée lorsqu'une nomenclature était proposée dans ¤ IJSB/IJSEM.
L'obligation de fournir l'étymologie de toutes nouvelles nomenclatures date de la modification de la règle 27(2) b publiée le 14 décembre 2000 (voir ¤ Plan standardisé pour la description d'un nouveau taxon). La nouvelle règle 27(2) b n'est pas ¤ rétroactive.
On peut remarquer que la nomenclature de Anaplasma platys (nom proposé après le 14 décembre 2000) est illégitime car l'étymologie de platys n'est pas indiquée dans la publication validant cette espèce.
La notion de genospecies a été proposée par Ravin (1963) et la définition donnée ci-dessous est partiellement empruntée à M. Véron (Systématique bactérienne in L. Le Minor et M. Véron, Bactériologie Médicale, 2e édition, Médecine-Sciences, Flammarion, Paris, 1989, pp.113-145).
Une genospecies est un ¤ taxon regroupant des bactéries qui peuvent être phénotypiquement hétérogènes mais qui peuvent se recombiner après transfert d'une partie de leur matériel génétique.
La définition d'une genospecies est donc restrictive et ne s'applique qu'aux seuls groupes bactériens dans lesquels existent des transferts génétiques suivis de recombinaison. Une genospecies (au sens de Ravin) ne doit pas être confondue avec une genomospecies (voir le fichier Définitions d'une genomospecies et d'une espèce bactérienne).
Exemple:
Toutes les souches du genre Acinetobacter constituent une unique genospecies puisqu'elles sont capables de transformer une souche spontanément compétente de Acinetobacter sp. auxotrophe pour le tryptophane (la souche BD413 = trpE27 = ATCC 33308).
En revanche, à la date du 31 décembre 2003, on reconnaît dans le genre Acinetobacter plus de 30 genomospecies dont 17 ont reçu un nom.
Genre grammatical d'un genre bactérien (gender of a generic name)
Le nom d'un genre bactérien peut être au masculin, au féminin ou au neutre. Il est important de connaître le genre grammatical d'un nom de genre bactérien car une épithète spécifique ou sous-spécifique, traitée comme un adjectif, doit s'accorder avec le nom de genre.
Une liste complète des genres bactériens classés selon leur genre grammatical est donnée dans le fichier Genders of generic names in List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature.
Voir aussi le chapitre Nomenclature des noms des genres et des sous-genres in La nomenclature bactérienne.
Lorsqu'une ¤ souche type est désignée dans l'article proposant une nouvelle espèce ou une nouvelle sous-espèce, la ¤ souche type est qualifiée de souche holotype.
Depuis la parution des ¤ Listes Approuvées des Noms Bactériens, toutes les ¤ souches types proposées dans un article publié in extenso dans ¤ IJSB/IJSEM sont des souches holotypes car la description d'une nouvelle espèce ou d'une nouvelle sous-espèce, sans désignation de la ¤ souche type, serait invalide.
La notion de souche holotype ne présente un intérêt que pour les espèces ou les sous-espèces citées dans une ¤ liste de validation.
Par exemple, Bacteroides buccalis et Bacteroides capillus sont des nomenclatures validement publiées par inscription sur la liste de validation n° 8. Pour Bacteroides buccalis, la ¤ souche type est désignée dans la ¤ publication effective et elle est une souche holotype. Inversement, la ¤ souche type de Bacteroides capillus, non citée dans la ¤ publication effective, n'a été établie qu'au moment de l'inscription du nom sur la liste de validation par le biais d'une communication personnelle à l'éditeur de cette liste. La ¤ souche type de Bacteroides capillus n'est donc pas une souche holotype.
La nomenclature des bactéries (procaryotes) n'est pas indépendante de la nomenclature utilisée en botanique, en zoologie ou en virologie. En pratique, cela signifie qu'une nomenclature bactérienne ne doit pas être un homonyme d'un nom déjà attribué à une plante (plantes supérieures, algues, champignons...) ou à un animal (vertébrés, invertébrés, protozoaires...) ou à un virus. Par exemple, le genre Micromonas, validement publié en juillet 2000, est ¤ illégitime car la nomenclature de Micromonas est déjà utilisée pour une algue. D'autres exemples sont donnés dans List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature (voir: Microsphaera, Microcyclus, Pirella, Reichenbachia, Rhizomonas, Serpula...).
Quelques bases de données, concernant la taxonomie et la nomenclature des eucaryotes et des virus, sont listées dans le fichier Links (chapitre Biological Nomenclature) in List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature.
De plus, une nomenclature ne doit pas être un homonyme d'une autre nomenclature bactérienne. En bactériologie, l'homonymie entre deux procaryotes désigne l'attribution d'un même nom à deux ¤ taxons d'un même ¤ rang hiérarchique dont les descriptions sont basées sur des nomenclatures types différentes. Le premier nom publié est qualifié d'homonyme antérieur ou de senior homonyme et l'autre est qualifié d'homonyme ultérieur ou d'homonyme junior. Un homonyme ultérieur est une nomenclature ¤ illégitime.
Par exemple, Neisseria weaveri Anderson et al. 1993 (souche type ATCC 51223) est une nomenclature ¤ illégitime car elle est un homonyme ultérieur de Neisseria weaveri Holmes et al 1993 (souche type ATCC 51410).
Une nomenclature est illégitime lorsqu'elle ne respecte pas une ou plusieurs règles du ¤ Code de Nomenclature.
Attention, une nomenclature ¤ validement publié peut être illégitime ! Quelques exemples de nomenclatures validement publiées mais illégitimes sont donnés dans l'entrée ¤ Publication valide.
International Bulletin of Bacterial Nomenclature and Taxonomy
International Bulletin of Bacterial Nomenclature and Taxonomy est l'ancien nom de ¤ International Journal of Systematic Bacteriology lui-même devenu ¤ International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology.
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology (IJSEM)
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology (IJSEM) a été créé le 1er janvier 2000 pour succéder à ¤ International Journal of Systematic Bacteriology (IJSB).
IJSEM est une publication officielle du ¤ Comité International de Systématique des Procaryotes et de sa ¤ Commission Judiciaire.
L'ancêtre de IJSEM, ¤ l'International Bulletin of Bacterial Nomenclature and Taxonomy, a été fondé en 1951 pour contribuer à la stabilisation de la nomenclature bactérienne et pour permettre des échanges entre tous les bactériologistes intéressés par la nomenclature et la classification des bactéries. L'¤ International Bulletin of Bacterial Nomenclature and Taxonomy était publié par le "Iowa State College Press" et son premier comité éditorial comprenait des bactériologistes très célèbres tels que R.E. Buchanan, R.S. Breed et S.T. Cowan.
En 1966, ce périodique est devenu ¤ International Journal of Systematic Bacteriology et sa publication a d'abord été assurée par l'American Society for Microbiology (ASM). À partir de janvier 1998, la publication a été reprise par la Society for General Microbiology (SGM) principalement pour des raisons financières (l'ASM ne voulait plus supporter le déficit de la publication).
En 1996, ¤ l'ICSP a décidé de modifier le nom de la publication pour celui de International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology et ce changement a pris effet en janvier 2000. Les raisons de ce changement sont doubles : (i) depuis de nombreuses années ¤ IJSB publiait des articles concernant les levures et (ii) le comité éditorial a souhaité élargir la publication à des articles concernant tous les eucaryotes unicellulaires.
IJSEM paraît tous les deux mois (six numéros publiés en janvier, mars, mai, juillet, septembre et novembre) et chaque tome représente plus de 2000 pages (2350 pages pour le tome 52 de l'année 2002). Cette revue bénéficie d'une subvention de ¤ l'IUMS et la publication d'un article dans IJSEM est gratuite.
IJSEM est la revue de référence pour toutes les personnes intéressées par les divers aspects de la systématique bactérienne.
. Toute nouvelle nomenclature doit être publiée dans IJSEM pour obtenir le statut de ¤ nomenclature validement publiée. Le recours à une unique publication pour accéder au statut de nomenclature validement publiée, confère à la bactériologie un avantage certain sur la botanique ou la zoologie. En effet, pour ces disciplines, la description d'un nouveau ¤ taxon peut s'effectuer dans une multitude de publications qui ne sont pas toujours indexées par les bases de données (voir MINELLI (S.): The status of taxonomic literature. Trends in Ecology and Evolution, 2003, 18, 75-76.).
. Aucun changement de nomenclature ne peut être validement publié s'il n'est pas annoncé dans IJSEM.
. La description originelle de très nombreux ¤ taxons (509 pour l'année 2002) est effectuée dans ce périodique.
. IJSEM publie les comptes rendus des réunions de ¤ l'ICSP, de la ¤ Commission Judiciaire et des divers ¤ sous-comités de taxonomie ainsi que les ¤ opinions de la ¤ Commission Judiciaire.
. Toutes demandes de modification du ¤ Code de Nomenclature, toutes demandes concernant l'interprétation du ¤ Code, toutes demandes de dérogation aux règles du ¤ Code, toutes propositions de ¤ souches néotypes, toutes propositions visant à changer une ¤ souche type... doivent être publiées dans IJSEM.
. De nombreux articles sont consacrés à l'identification, à la phylogénie, à la biodiversité et à la classification des bactéries.
La publication s'effectue sous la responsabilité d'un éditeur en chef (Editor), de plusieurs éditeurs associés (Associate Editors), d'un éditeur en charge des ¤ listes de notification et des ¤ listes de validation (Lists Editor) et d'un bureau éditorial en charge des problèmes pratiques (Managing Editors).
La composition du comité éditorial ainsi que de nombreux autres renseignements sont disponibles sur Internet (voir http://intl-ijs.sgmjournals.org/). Les résumés peuvent être librement consultés sur le site IJSEM Online mais le texte intégral des articles est réservé aux abonnés. Sur le site IJSEM Online il est également possible d'effectuer des recherches bibliographiques et de consulter librement la liste des articles acceptés pour publication (souvent accompagnés du texte intégral) ainsi que le sommaire du prochain numéro.
International Journal of Systematic Bacteriology (IJSB)
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology (IJSB) est l'ancien nom de ¤ International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology (IJSEM).
Une nomenclature est légitime lorsqu'elle respecte l'ensemble des règles du ¤ Code de Nomenclature.
Attention, une nomenclature ¤ validement publiée n'est pas obligatoirement une nomenclature légitime ! Quelques exemples de nomenclatures validement publiées mais non légitimes sont donnés dans l'entrée ¤ Publication valide.
Listes Approuvées des Noms Bactériens (Approved Lists of Bacterial Names) ; abréviation AL
La nomenclature bactérienne moderne a pris naissance le 01 janvier 1980 lorsque les Listes Approuvées des Noms Bactériens (Approved Lists of Bacterial Names) furent publiées dans ¤ IJSB. Cette date remplace celle du 01 mai 1753 (date de publication par Karl von Linné de Species Plantarum) pour déterminer la priorité des dénominations bactériennes.
Les Listes Approuvées sont au nombre de deux, une liste pour les noms des taxons d'un rang hiérarchique supérieur au genre et une liste pour les noms de genres, d'espèces et de sous-espèces. Seuls les ¤ taxons bien décrits et pour lesquels une ¤ nomenclature type était disponible ont été retenus. Toutes les bactéries incomplètement caractérisées et de nombreux synonymes ont été éliminés si bien que le nombre des ¤ taxons est passé de plus de 29 000 ou de 35 000 à 2 336. Les noms publiés avant le 1er janvier 1980 mais non inclus dans une des Listes Approuvées n'ont plus de statut dans la nomenclature. Toutefois, de tels noms peuvent faire l'objet d'une nouvelle publication valide (voir ¤ nomen revictum).
Dans un travail aussi complexe que les Listes Approuvées des Noms Bactériens, les erreurs étaient inévitables et la plupart d'entre elles ont été corrigées dans les Listes Approuvées des Noms Bactériens, édition corrigée publiées en 1989.
Il est intéressant de remarquer que ce sont les listes et non les noms qui ont fait l'objet d'une approbation d'où l'intitulé de Listes Approuvées des Noms Bactériens (Approved Lists of Bacterial Names) et non de Listes des Noms Bactériens Approuvés (Lists of Approved Bacterial Names).
Les noms inclus dans les Listes Approuvées des Noms Bactériens sont cités dans le fichier Names included in the Approved Lists of Bacterial Names in List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature.
Pour des renseignements complémentaires, voir le chapitre Les Approved Lists of Bacterial Names in La nomenclature bactérienne.
Liste de Notification (Notification List)
Une nomenclature proposée dans un article publié par ¤ IJSB/IJSEM n'est ¤ validement publiée et ¤ légitime qu'à la condition de respecter les exigences du ¤ Code de Nomenclature. Certains bactériologistes connaissent mal les règles du ¤ Code et peuvent croire, à tort, que tous les noms proposés dans ¤ IJSB/IJSEM ont un statut dans la nomenclature. Afin d'aider les bactériologistes, la ¤ Commission Judiciaire a décidé de créer des listes de notification qui rassemblent les ¤ nomenclatures correctes publiées dans un précédent numéro de ¤ IJSB/IJSEM. Ces listes sont établies par un responsable (Lists Editor) désigné par le ¤ Comité International de Systématique des Procaryotes.
Lors de l'inscription sur une liste de notification, la nomenclature peut faire l'objet d'une correction typographique ou orthographique. Ainsi, dans l'article publié par Dumler et al. en 2001, ces auteurs transfèrent Ehrlichia phagocytophila dans le genre Anaplasma sous la forme d'une ¤ nouvelle combinaison qu'ils dénomment Anaplasma phagocytophila. L'épithète spécifique est un adjectif qui doit s'accorder avec le nom Anaplasma qui est un neutre. Aussi, dans la liste de notification cette nouvelle combinaison est listée sous la forme de Anaplasma phagocytophilum corrig. Seule cette dernière nomenclature devrait être utilisée.
Liste de validation (Validation List)
Les listes de validation ont pour but de valider les nomenclatures ¤ effectivement mais non validement publiées. Le plus souvent, il s'agit de nomenclatures proposées dans un ouvrage ou dans une revue ou dans un périodique autre que ¤ IJSB/IJSEM. Depuis juillet 1977, ces listes paraissent régulièrement dans les différents numéros de ¤ IJSB/IJSEM.
Les noms cités dans les listes n° 1, 2 et 3 ont été automatiquement inclus dans les ¤ Listes Approuvées des Noms Bactériens.
Lors de l'inscription sur une liste de validation, la nomenclature peut faire l'objet d'une correction typographique ou orthographique. Ainsi, dans un article publié en 2000, Kageyama et Benno proposent la nouvelle espèce Coprobacillus catenaformis. L'épithète spécifique est incorrecte et dans la liste de validation n° 74 elle est listée sous la forme de Coprobacillus cateniformis corrig. Seule cette dernière nomenclature devrait être utilisée.
L'inscription sur une liste de validation doit être demandée par l'auteur qui a proposé la nomenclature ou, éventuellement, par un autre bactériologiste. Les demandes doivent être envoyées à l'adresse suivante:
IJSEM Editorial Office, Society for General Microbiology, Marlborough House, Basingstoke Road, Spencers Wood, Reading RG7 1AG, UK.
e-mail: xxx@sgm.ac.uk (please replace "xxx" by "ijsem")
Tel: +44 (0)118 988 1836
Fax: +44 (0)118 988 1834
L'inscription sur une liste de validation n'est pas automatique ! La demande sera examinée par l'éditeur des listes (Lists Editor, désigné par le le ¤ Comité International de Systématique des Procaryotes) et par l'un des éditeurs de IJSEM, qui décideront ou non d'inclure la nomenclature dans une des listes de validation.
Depuis le 1er septembre 2002, une nouvelle espèce, une nouvelle sous-espèce et une ¤ nouvelle combinaison ne peuvent être validement publiées que si les auteurs montrent que la souche type est disponible dans moins deux ¤ collections de cultures ouvertes aux bactériologistes et situées dans au moins deux pays différents.
Une liste complète des noms validement publiés par inscription sur une liste de validation est donnée dans le fichier Names validly published by announcement in a Validation List in List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature.
Mention incidente (incidental mention)
Les termes de "mention incidente" signifient qu'un auteur a mentionné un nouveau nom sans indiquer clairement qu'il proposait une nouvelle nomenclature ou une ¤ nouvelle combinaison. Un tel nom n'est pas ¤ effectivement publié et, a fortiori, il n'est pas ¤ validement publié.
Par exemple, dans le numéro 2 du tome 54 de la revue J. Antibiot. (Tokyo), Fudou et al. écrivent "A bacterium tentatively named as Haliangium luteum required...". La nomenclature de "Haliangium luteum" ne peut être considérée comme ¤ effectivement publiée, elle ne pourra pas être ¤ validement publiée par inscription dans une ¤ liste de validation et elle n'a pas de statut dans la nomenclature.
Une nomenclature est qualifiée de correcte lorsqu'elle est ¤ validement publiée, ¤ légitime et ¤ prioritaire.
En théorie, seules les nomenclatures correctes doivent être utilisées. Dans la réalité, un bactériologiste peut être amené à utiliser une nomenclature incorrecte lorsque le ¤ taxon n'a pas fait l'objet d'une ¤ publication valide.
Pour des renseignements complémentaires, voir le chapitre Nomenclature validement publiée et existence réelle d'un taxon in La nomenclature bactérienne.
Il peut arriver que certains bactériologistes emploient des nomenclatures incorrectes et tellement obsolètes qu'il devient impossible de savoir à quelles bactéries correspondent ces dénominations. Pour un exemple très démonstratif, voir le fichier Classification des bactéries en fonction du risque d'infection pour les animaux : classification adoptée par la Commission de Génie Génétique (CGG). Il est également surprenant de constater que des nomenclatures incorrectes, comme celle de Mycobacterium hominis (sic), sont encore utilisées par certains organismes internationaux (voir OIE, Code sanitaire pour les animaux terrestres - 2003, Zoonoses transmissibles par les primates non humains).
On peut remarquer qu'un nom peut être considéré comme correct par certains bactériologistes et comme incorrect par d'autres bactériologistes. C'est notamment vrai lorsqu'une ¤ synonymie a été proposée. Ainsi, Young et al. 2001 considèrent que Agrobacterium est un synonyme ultérieur de Rhizobium et, pour ces auteurs, Agrobacterium est un nom incorrect. Cette synonymie n'est pas admise par d'autres auteurs qui considèrent Agrobacterium comme une nomenclature correcte.
Nomen ambiguum (nom ambigu, litigieux, incertain ; ambiguous name)
Un nom est qualifié de nomen ambiguum (adjectif latin ambiguus -a -um) lorsqu'il a été utilisé avec différentes significations. La ¤ Commission Judiciaire peut décider de placer un tel nom sur une des listes des ¤ noms rejetés.
Par exemple, en 1972, Jenkins et al. proposent de faire renaître la nomenclature de Mycobacterium aquae qui avait été primitivement proposée par Maie en 1922. Toutefois, la ¤ souche considérée comme la ¤ souche type de Mycobacterium aquae appartient en fait à l'espèce Mycobacterium smegmatis. De plus, le nom de Mycobacterium aquae a été utilisé par d'autres auteurs pour désigner des ¤ souches de Mycobacterium gordonae. La ¤ Commission Judiciaire a considéré que l'utilisation de Mycobacterium aquae pouvait être à l'origine de confusions et elle a placé cette nomenclature sur la liste des épithètes spécifiques ou sous-spécifiques rejetées (voir ¤ Nomen rejiciendum).
Nomen approbatum (nom admissible, convenable, approuvé) ; abréviation nom. approb.
L'abréviation nom. approb. (nomen approbatum, adjectif latin approbatus -a -um) peut être ajoutée à la citation d'un nom pour indiquer qu'il figure sur l'une des ¤ Listes Approuvées des Noms Bactériens.
Comme les noms cités dans l'une de ces listes ne sont pas approuvés (seules les listes sont approuvées ! Voir l'entrée ¤ Listes Approuvées des Noms Bactériens), il est probable que dans l'esprit des rédacteurs du ¤ Code, l'adjectif approbatum signifie admissible ou convenable et non approuvé.
Nomen confusum (nom mélangé, amalgamé, confus ; name causing confusion)
Un nom est qualifié de nomen confusum (adjectif latin confusus -a -um) lorsque sa ¤ souche type est constituée d'un mélange de germes. La ¤ Commission Judiciaire peut décider de placer un tel nom sur une des listes des ¤ noms rejetés.
Par exemple, la ¤ souche type de "Spirillum lunatum" Williams et Rittenberg 1957 est constituée par un mélange de deux bactéries et, en 1978, Linn et Krieg ont demandé le rejet de "Spirillum lunatum" en tant que nomen confusum.
La demande de Linn et Krieg est justifiée et ce nom devrait être inscrit sur la liste des épithètes spécifiques ou sous-spécifiques rejetés (voir ¤ Nomen rejiciendum).
La ¤ Commission Judiciaire ne semble pas avoir examiné cette demande mais "Spirillum lunatum" n'apparaît pas dans les ¤ Listes Approuvées des Noms Bactériens et cette nomenclature n'a jamais été validement publiée depuis le 1er janvier 1980.
Nomen conservandum (nom devant être conservé, gardé ; conserved name)
L'adjectif verbal neutre conservandum (dérivé du verbe latin conservare signifiant conserver) est utilisé à la place de la phrase "Conservandum est nomen" : "Il faut conserver le nom".
Un nom conservé est un nom qui doit être utilisé en dépit de l'existence de ¤ synonymes ou ¤ d'homonymes antérieurs. Les noms conservés (nomina conservanda) sont inscrits sur l'une des listes des noms conservés et seule la ¤ Commission Judiciaire peut placer un nom sur une telle liste.
La citation d'un nom conservé doit être suivie de l'abréviation "nom. cons." (nomen conservandum).
Une liste des noms conservés est donnée dans le fichier Conserved names of bacterial taxa in List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature.
Nomen dubium (nom douteux, incertain ; doubtful name)
Un nomen dubium (adjectif latin dubius -a -um) est un nom qui a été attribué à des bactéries différentes. La ¤ Commission Judiciaire peut décider de placer un tel nom sur une des listes des ¤ noms rejetés.
Par exemple, aucune des ¤ souches étiquetées Corynebacterium striatum (et disponibles dans les différentes ¤ collections de cultures) ne correspond à la description originelle de cette espèce. L'appellation Corynebacterium striatum est donc attribuée à différentes bactéries et cette nomenclature peut être considérée comme un nomen dubium à moins qu'une ¤ souche, conforme à la description initiale, soit retrouvée.
Nomen novum (nom nouveau ; new name) ; abréviation nom. nov.
Un nomen novum (adjectif latin novus -a -um) est une ¤ nouvelle combinaison dont l'épithète spécifique ou sous-spécifique a du être changée afin d'éviter une ¤ homonymie.
Le nom originel d'un nomen novum est appelé ¤ "basonyme".
Comme il n'existe pas de taxonomie officielle des bactéries, lorsqu'un ¤ taxon est un nomen novum, un bactériologiste peut utiliser aussi bien le ¤ basonyme (ou, le cas échéant, l'un des ¤ synonymes homotypiques) que le nom nouveau.
Exemple : selon son opinion scientifique, un bactériologiste peut utiliser la nomenclature de Actinomadura rugatobispora (nomen novum) ou celle de Microbispora viridis ("basonyme" de Actinomadura rugatobispora).
Pour des renseignements complémentaires voir le chapitre Nom nouveau (nomen novum) in La nomenclature bactérienne.
Nomen nudum (nom nu, découvert, privé de ; bare name)
Un nomen nudum (adjectif latin nudus -a -um) est un nom proposé sans description ou sans référence à une publication préalable. Un tel nom est illégitime.
Par exemple, en 1935, Schoop avait proposé la nomenclature de Halobacterium mais sans décrire ce genre. En 1957, Elazari-Volcani utilise à nouveau la nomenclature de Halobacterium et il propose une description de ce genre. "Halobacterium" Schoop 1935 est un nomen nudum qui ne doit pas être confondu avec Halobacterium Elazari-Volcani 1957 qui est une nomenclature ¤ validement publiée, ¤ légitime, ¤ prioritaire et donc ¤ correcte.
Nomen periculosum (nom dangereux, périlleux, qui crée des dangers ; perilous name)
La notion de nomen periculosum (adjectif latin periculosus -a -um) a été introduite dans l'édition 1990 du ¤ Code de Nomenclature. Elle s'applique à des nomenclatures validement publiées mais dont l'utilisation est susceptible d'avoir des conséquences sanitaires ou économiques dangereuses et importantes. Si la ¤ Commission Judiciaire estime que l'utilisation d'un nom est dangereuse, alors ce nom sera placé sur une des listes des ¤ noms rejetés.
Pour des renseignements complémentaires et des exemples, voir le chapitre Les dérogations aux règles du Code de Nomenclature in La nomenclature bactérienne.
Nomen perplexum (nom obscur, équivoque, inintelligible ; perplexing name)
Un nomen perplexum (adjectif latin perplexus -a -um) est une nomenclature proche ou voisine d'une autre nomenclature si bien que son utilisation peut conduire à des incertitudes ou à des confusions. La ¤ Commission Judiciaire peut décider de placer un tel nom sur une des listes des ¤ noms rejetés.
Par exemple, la ¤ Commission Judiciaire a estimé qu'il existait un risque de confusion entre Peptostreptococcus anaerobius et Peptococcus anaerobius. Cette dernière dénomination pouvant également être considérée comme un ¤ nomen dubium, Peptococcus anaerobius a été placé sur la liste des épithètes spécifiques ou sous-spécifiques rejetés (voir ¤ Nomen rejiciendum) en tant que ¤ nomen dubium et nomen perplexum.
Nomen rejiciendum (nom devant être rejeté, repoussé ; rejected name) ; abréviation nom. rej. ou nom. rejic.
L'adjectif verbal neutre rejiciendum (dérivé du verbe latin rejiciere signifiant rejeter, repousser...) est utilisé à la place de la phrase "Rejiciendum est nomen" : "Il faut rejeter le nom".
Un nom rejeté est un nom qui ne doit plus être utilisé et qui ne peut plus être remis en vigueur (voir ¤ nomen revictum). Les noms rejetés (nomina rejicienda) sont inscrits sur l'une des listes des noms rejetés et seule la ¤ Commission Judiciaire peut placer un nom sur une telle liste.
Une nomenclature primitivement incluse dans les ¤ Listes Approuvées des Noms Bactériens peut être inscrite dans une des listes des noms rejetés.
La citation d'un nom rejeté peut être suivie de l'abréviation "nom. rej." ou "nom. rejic." (nomen rejiciendum).
Une liste des noms rejetés est donnée dans le fichier Rejected names of bacterial taxa in List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature.
Nomen revictum (sic) (nom remis en vigueur, rétabli, ressuscité, renaissant ; revived name)
Le ¤ Code de nomenclature propose de qualifier de nomen revictum (sic) une nomenclature non citée dans les ¤ Listes Approuvées des Noms Bactériens mais validement publiée après le 1er janvier 1980 par un auteur qui estime que le ¤ taxon qu'il décrit est identique à celui dont le nom a été omis des ¤ Listes Approuvées.
Le ¤ Code de Nomenclature traduit nomen revictum par "revived name" c'est à dire nom remis en vigueur, rétabli, ressuscité, renaissant.
En théorie, revictus -a -um est le participe passé du verbe revivo -ere -victum (vivre à nouveau) ou du verbe revinco is, ere, vici, victum (vaincre à son tour, réfuter, confondre, convaincre). En fait, en latin classique, revictus est le participe passé de revinco et l'utilisation du participe passé de revivo n'est pas attestée. De plus, les participes passé latins ont un sens passif (à l'exception des participes passés des verbes déponents et de quelques autres verbes) si bien que revictus, participe passé de revivo, signifierait "ayant été vécu à nouveau" ce qui n'a aucun sens dans le contexte de nomen revictum.
De toute évidence, l'utilisation de revictus est un faux sens !!! Il conviendrait de remplacer nomen revictum par nomen redivivum (de l'adjectif latin redivivus -a -um = qui renaît, qui ressuscite, qui sert une seconde fois) ou par tout autre équivalent latin.
Pour des renseignements complémentaires voir le chapitre Citation d'une nomenclature non retenue dans les Approved Lists mais validement publiée après le 01 janvier 1980 in La nomenclature bactérienne.
La nomenclature est la branche de la ¤ systématique ayant pour but d'attribuer un nom à un ¤ taxon.
Pour des renseignements complémentaires voir le fichier La nomenclature bactérienne.
Nomenclature type (nomenclatural type)
Un ¤ taxon est constitué d'un ou de plusieurs éléments. Par exemple :
. à la date du 13 octobre 2003, l'ordre des Chlamydiales comprend quatre familles et chacune de ces familles est un élément de l'ordre des Chlamydiales ;
. à la date du 13 octobre 2003, l'ordre des Chrysiogenales ne rassemble que la famille des Chrysiogenaceae elle-même constituée par le seul genre Chrysiogenes alors que la famille des Enterobacteriaceae comprend plus de 40 genres ;
. à la date du 13 octobre 2003, les genres Frankia ou Micavibrio sont monospécifiques alors que les genres Streptomyces, Mycoplasma ou Mycobacterium sont constitués de multiples espèces ;
. Les espèces Actinomyces coleocanis, Arcanobacterium hippocoleae, Bartonella clarridgeiae ont été décrites sur la base d'une seule ¤ souche alors que la description d'autres espèces est basée sur plusieurs dizaines de ¤ souches.
Pour chaque ¤ taxon dont la nomenclature est régie par le ¤ Code de Nomenclature un des éléments du taxon doit être désigné comme étant la nomenclature type. Lorsque le ¤ taxon ne comprend qu'un seul élément, celui-ci devient, automatiquement, la nomenclature type.
La nomenclature type est l'élément auquel le nom d'un ¤ taxon est attaché d'une manière permanente. Si la nomenclature type est exclue du ¤ taxon, alors le nom du taxon doit être changé. Ainsi, si un auteur admet que l'espèce type du genre Beneckea (Beneckea campbellii) appartient au genre Vibrio (Vibrio campbellii ¤ comb. nov.) il ne doit plus utiliser la nomenclature de Beneckea et il doit considérer que toutes les espèces de ce genre appartiennent au genre Vibrio ou, éventuellement, à un autre genre. La rétention d'un nom après exclusion de la nomenclature type ne peut être décidée que par la ¤ Commission Judiciaire. Pour des informations complémentaires, voir l'entrée ¤ "Règle 37a : changement du nom d'un taxon consécutif à l'exclusion de la nomenclature type".
. Pour une sous-espèce ou une espèce, la nomenclature type est l'une des souches (voir l'entrée ¤ Souche type).
. Pour un sous-genre ou un genre, la nomenclature type est l'une des espèces.
. Pour une sous-tribu, une tribu, une sous-famille, une famille, un sous-ordre ou un ordre, la nomenclature type est l'un des genres et les noms de ces rangs hiérarchiques sont construits sur la racine de ce genre type.
. Pour une sous-classe ou une classe, la nomenclature type est l'un des ordres.
Contrairement à une idée répandue, la nomenclature type n'est pas nécessairement l'élément le plus typique ou le plus représentatif d'un ¤ taxon.
Pour des informations complémentaires voir le chapitre Les nomenclatures types in La nomenclature bactérienne.
La notion de nomenspecies est due à Ravin (1963) et la définition donnée ci-dessous est empruntée à M. Véron (Systématique bactérienne in L. Le Minor et M. Véron, Bactériologie Médicale, 2e édition, Médecine-Sciences, Flammarion, Paris, 1989, pp.113-145).
Une nomenspecies est un ¤ taxon défini dans un but pratique (médical, industriel, etc.) par quelques caractères intéressants que doivent posséder tous les individus admis dans ce ¤ taxon.
Opinion de la Commission Judiciaire (Judicial Opinion) ; abréviation Jud. Opin.
En réponse à une demande concernant l'interprétation du ¤ Code de Nomenclature ou en réponse à une demande de dérogation aux règles du ¤ Code de Nomenclature, la ¤ Commission Judiciaire doit rédiger une réponse, appelée "Opinion" ou "Opinion de la ¤ Commission Judiciaire" (Judicial Opinion), qui doit être publiée dans ¤ IJSEB/IJSEM.
Une liste des "Opinions de la ¤ Commission Judiciaire" (Opinions A, B, C et Opinions 1 à 63) est donnée dans l'appendice 5 du ¤ Code de Nomenclature.
Les opinions formulées après la publication du ¤ Code de Nomenclature figurent dans le fichier Requests for Opinions and Judicial Opinions in List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature.
Voir le chapitre Orthographe in La nomenclature bactérienne.
Voir ¤ Taxospecies.
Plan standardisé pour la description d'un nouveau taxon (protologue)
En 1999, Brian Tindall a proposé de standardiser la description d'un nouveau ¤ taxon. Lors de sa réunion du 14 août 1999, la ¤ Commission Judiciaire a approuvé cette proposition et, de ce fait, a ajouté plusieurs paragraphes (présentés en bleu dans le texte ci-dessous) à la règle 27(2)..
La règle 27(2) fait partie intégrante de la règle 27 qui est constituée de la règle 27 sensu stricto, des règles 27(1), 27(2), 27(3) et d'une Note. Pour comprendre cette nouvelle règle, il est nécessaire de mentionner également le contenu des règles 27 sensu stricto, 27(1) et 27(3).
. Règle 27 : Le nom d'un nouveau ¤ taxon ou d'une ¤ nouvelle combinaison n'est pas validement publié sauf s'il satisfait aux exigences suivantes :
. Règle 27(1) Le nom est publié dans ¤ IJSB/IJSEM.
. Règle 27(2) La publication dans ¤ IJSB/IJSEM est accompagnée d'une description du ¤ taxon ou de la référence d'une ¤ publication effective décrivant le ¤ taxon.
. La proposition d'un nouveau nom ou d'une ¤ nouvelle combinaison doit être clairement annoncée et indiquée par l'abréviation appropriée (fam. nov., gen. nov., sp. nov., comb. nov. ...).
. L' ¤ étymologie d'un nouveau nom (et si nécessaire d'une ¤ nouvelle combinaison) doit être donnée.
. La description du ¤ taxon doit figurer après la proposition du nouveau nom et de l'étymologie. Elle peut inclure une référence à un tableau ou à une illustration figurant dans le même article ou elle peut renvoyer à une autre publication.
Lors d'un renvoi à une publication précédente celle-ci doit être facilement accessible.
. Règle 27(3) La ¤ nomenclature type d'un ¤ taxon doit être désignée. Pour une espèce ou une sous-espèce, les numéros de la ¤ souche type, attribués par au moins deux ¤ collections de cultures bactériennes accessibles aux bactériologistes et situées dans différents pays, doivent être indiqués.
L'utilisation d'un plan standardisé est applicable à compter du 14 décembre 2000, date de publication du numéro de ¤ IJSEM contenant les comptes rendus des réunions de la ¤ Commission Judiciaire tenues à Sydney en août 1999.
Voir le chapitre Priorité de publication in La nomenclature bactérienne.
Publication effective (effective publication)
Une nomenclature effectivement publiée est une nomenclature publiée en accord avec les règles du ¤ Code de Nomenclature.
Une nomenclature effectivement publiée dans ¤ IJSB/IJSEM est ipso facto une nomenclature validement publiée. Depuis juillet 1991, afin d'aider les bactériologistes, les nomenclatures effectivement publiées dans ¤ IJSB/IJSEM (et donc validement publiées) sont citées dans une ¤ liste de notification.
Lorsque la publication n'est pas effectuée dans ¤ IJSB/IJSEM, la publication effective ne sera validement publiée qu'après insertion dans une ¤ liste de validation.
Le fait de proposer une nouvelle nomenclature lors d'un congrès, dans les résumés d'un congrès, dans un bulletin d'information, dans un périodique non scientifique, dans un catalogue publié par une ¤ collection de cultures, dans un microfilm, dans un CD ROM, ... ne constitue pas une publication effective. Depuis juillet 2008, une publication disponible uniquement sur Internet peut être considérée comme une publication effective.
Depuis le 14 décembre 2000 (date de parution du numéro de IJSEM contenant les comptes rendus des réunions de l'ICSP et de la "Judicial Commission" tenues à Sydney en août 1999), en accord avec la nouvelle recommandation 25a, la publication devrait inclure une description du ¤ taxon en langue anglaise
Quelques exemples de noms couramment utilisés mais non validement publiés sont donnés dans le fichier Some prokaryotic names without standing in nomenclature in List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature.
Pour des renseignement complémentaires voir le chapitre Nomenclatures validement publiées après la parution des Approved Lists of Bacterial Names in La nomenclature bactérienne.
Publication valide (valid publication) ; abréviation VP
Voir aussi l'entrée ¤ Date de validation.
Une nomenclature est validement publiée et possède un statut dans la nomenclature si elle satisfait à l'une des trois conditions suivantes :
1) Le nom est cité dans une des ¤ Listes Approuvées des Noms Bactériens.
2) Le nom est proposé dans un article publié dans ¤ IJSB/IJSEM et cette proposition respecte les règles du ¤ Code de Nomenclature (notamment, la ¤ nomenclature type doit être désignée).
Les noms proposés dans le numéro de IJSB daté d'avril 1991 et les noms proposés dans les numéros ultérieurs de ¤ IJSB/IJSEM doivent, de plus, être cités dans une ¤ liste de notification.
Depuis le 1er septembre 2002, une nouvelle espèce, une nouvelle sous-espèce et une ¤ nouvelle combinaison ne peuvent être validement publiées que si les auteurs fournissent des certificats établis par au moins deux ¤ collections de cultures ouvertes aux bactériologistes et situées dans au moins deux pays différents. Ces certificats doivent attester du dépôt et de la disponibilité des ¤ souches types.
3) Le nom est ¤ effectivement publié dans un ouvrage ou dans un périodique autre que ¤ IJSB/IJSEM mais il est cité dans une des ¤ listes de validation. Pour tous les noms inscrits dans une ¤ liste de validation, la ¤ nomenclature type doit être précisée.
Depuis le 1er septembre 2002, une nouvelle espèce, une nouvelle sous-espèce et une ¤ nouvelle combinaison ne peuvent être validement publiées que si les auteurs fournissent des certificats établis par au moins deux ¤ collections de cultures ouvertes aux bactériologistes et situées dans au moins deux pays différents. Ces certificats doivent attester du dépôt et de la disponibilité des ¤ souches types.
Le recours à une unique publication (¤ IJSB/IJSEM) pour accéder au statut de nomenclature validement publiée, confère à la bactériologie un avantage certain sur la botanique ou la zoologie. En effet, pour ces disciplines, la description d'un nouveau ¤ taxon peut s'effectuer dans une multitude de publications qui ne sont pas toujours indexées par les bases de données (voir MINELLI (S.): The status of taxonomic literature. Trends in Ecology and Evolution, 2003, 18, 75-76.).
Une nomenclature doit être validement publiée pour être ¤ légitime et ¤ correcte, mais un nom validement publié peut être ¤ illégitime (et donc incorrect) s'il n'est pas proposé en conformité avec l'ensemble des règles du Code de Nomenclature.
Exemples :
. Le genre Microcyclus est validement publié mais illégitime car cette nomenclature avait été préalablement attribuée à une algue.
. L'espèce Anaplasma platys est validement publiée mais illégitime car ¤ l'étymologie de l'épithète spécifique n'est pas indiquée.
. L'espèce Microcystis aeruginosa est validement publiée mais illégitime car le genre Microcystis n'a jamais fait l'objet d'une publication valide.
. La ¤ nouvelle combinaison Mycoplasma haemosuis est validement publiée mais illégitime car l'épithète spécifique du ¤ basonyme (Eperythrozoon suis) a été modifiée alors qu'aucune espèce du genre Mycoplasma n'avait pour épithète spécifique suis.
. La correction Mycoplasma phocidae ----> Mycoplasma phocae est validement publiée mais illégitime car une telle correction est interdite depuis le 14 décembre 2000.
. La sous-espèce Photorhabdus temperata subsp. temperata est validement publiée mais illégitime car elle est la seule sous-espèce de l'espèce Photorhabdus temperata.
. La sous-espèce Staphylococcus cohnii subsp. urealyticus est validement publiée mais elle est illégitime car dans le genre Staphylococcus il existe une autre sous-espèce qui a priorité et dont l'épithète sous-spécifique est urealyticus (Staphylococcus capitis subsp. urealyticus).
. La sous-espèce Streptoverticillium reticulum subsp. protomycicum est validement publiée mais illégitime car l'espèce Streptoverticillium reticulum n'a pas de statut dans la nomenclature.
. etc.
Il peut arriver que certains bactériologistes emploient des nomenclatures non validement publiées et tellement obsolètes qu'il devient impossible de savoir à quelles bactéries correspondent ces dénominations. Pour un exemple très démonstratif, voir le fichier Classification des bactéries en fonction du risque d'infection pour les animaux : classification adoptée par la Commission de Génie Génétique (CGG).
Pour des renseignement complémentaires voir le chapitre La notion de nomenclature validement publiée in La nomenclature bactérienne.
Rangs hiérarchiques (taxonomic categories)
Le ¤ Code de Nomenclature reconnaît, en partant du rang hiérarchique le plus élevé, les groupes taxonomiques suivants :
. classe en latin classis ;
. sous-classe en latin subclassis ;
. ordre en latin ordo (abréviation ord.) ;
. sous-ordre en latin subordo (abréviation subord.) ;
. famille en latin familia (abréviation fam.) ;
. sous-famille en latin subfamilia (abréviation subfam.) ;
. tribu en latin tribus ;
. sous-tribu en latin subtribus ;
. genre en latin genus (abréviation gen.) ;
. sous-genre en latin subgenus (abréviation subgen.) ;
. espèce en latin species (abréviation sp.) ;
. sous-espèce en latin subspecies (abréviation subsp.).
Les noms des classes et des sous-classes sont obtenus en ajoutant le suffixe -ia (classe) ou -idae (sous-classe) à la racine du nom du genre type de l'ordre type de la classe.
Les noms des ¤ taxons compris entre la sous classe et le genre sont formés par l'addition d'un suffixe à la racine du nom du genre type : -ales pour l'ordre, -ineae pour le sous-ordre, -aceae pour la famille, -oideae pour la sous-famille, -eae pour la tribu et -inae pour la sous-tribu.
Les noms des ¤ taxons d'un rang hiérarchique supérieur à la classe (divisions ou phylums, domaines, règnes...), les noms des ¤ taxons d'un rang hiérarchique inférieur à la sous-espèce (sérovars, biovars, écovars, phagovars...) et les noms des ¤ "Candidatus" ne sont pas réglementés par le Code de Nomenclature. En pratique cela signifie que de tels noms pourront, en toute "légalité", être désignés d'une manière différente selon les auteurs.
Il existe cependant des coutumes ou des recommandations formulées par ¤ l'ICSP (par exemple pour la désignation des phagovars de Staphylococcus aureus subsp. aureus) qui permettent d'obtenir une certaine harmonisation dans la désignation de ces ¤ taxons (voir par exemple la désignation des ¤ "Candidatus" ou la désignation des sérovars des salmonelles dans le fichier Nomenclature des salmonelles ou la désignation des sérovars des leptospires dans le fichier Leptospira).
Recommandations minimales pour la description d'un nouveau taxon (minimal standards for the description of new taxa)
Voir le fichier Minimal standards for the description of new taxa in List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature.
Règle 37a : changement du nom d'un taxon consécutif à l'exclusion de la nomenclature type (Rule37a: change in the name of a taxon as a result of exclusion of the nomenclatural type)
La règle 37a (1) stipule que le nom d'un ¤ taxon doit être changé si la ¤ nomenclature type est exclue du taxon. La règle 37a (2) précise que la conservation du nom d'un ¤ taxon, après exclusion de la ¤ nomenclature type, ne peut être effectuée que par la ¤ Commission Judiciaire.
La compréhension et l'application de la règle 37a (1) soulèvent de nombreuses difficultés, notamment lorsque cette règle concerne le transfert de l'espèce type d'un genre dans un autre genre. Quelques indications permettant de mieux interpréter cette règle et quelques exemples de problèmes sont donnés ci-dessous.
1) Comme il n'existe pas de taxonomie officielle des bactéries (voir l'entrée ¤ Taxonomie), un bactériologiste n'est pas tenu d'approuver l'exclusion d'une ¤ nomenclature type.
Par exemple, en 1982, Bergan et Kocur proposent de transférer l'espèce type du genre Stomatococcus (Stomatococcus mucilaginosus) dans le genre Rothia sous la forme d'une ¤ nouvelle combinaison, Rothia mucilaginosa. Un bactériologiste qui adhère à la proposition de Bergan et Kocur considérera que le genre Stomatococcus est un ¤ synonyme ultérieur du genre Rothia et il utilisera la nomenclature de Rothia mucilaginosa. Toutefois, un autre bactériologiste peut être en désaccord avec Bergan et Kocur. Un tel bactériologiste considérera que le genre Stomatococcus existe toujours et il continuera à employer la nomenclature de Stomatococcus mucilaginosus.
2) Lorsqu'un auteur propose l'exclusion de l'espèce type d'un genre, il considère que ce genre est un ¤ synonyme ultérieur et hétérotypique d'une autre nomenclature. Il devrait donc proposer un changement de nomenclature pour toutes les espèces incluses dans le genre. Malheureusement, il arrive que certains auteurs ne se plient pas à cette exigence et il en résulte des problèmes impossibles à résoudre.
Ainsi, en 2003, Imhoff propose de transférer l'espèce type du genre Pelodictyon (Pelodictyon clathratiforme) dans le genre Chlorobium. Cet auteur propose également de transférer toutes les espèces du genre Pelodictyon dans le genre Chlorobium, à l'exception de Pelodictyon phaeum. Si un bactériologiste partage le point de vue de Imhoff, il est confronté à un obstacle majeur puiqu'il est obligé d'utiliser la nomenclature de Pelodictyon phaeum alors qu'il considère que Pelodictyon est un ¤ synonyme ultérieur de Chlorobium.
Heureusement, il peut arriver qu'une solution soit apportée à ce type de problème. Par exemple, le 11 mars 2002, Neimark et al. proposent le transfert de Haemobartonella muris (espèce type du genre Haemobartonella) dans le genre Mycoplasma sous la forme d'un ¤ nomen novum, Mycoplasma haemomuris. Ces auteurs omettent cependant d'étudier le cas de Haemobartonella canis. Ultérieurement, dans un article publié le 15 mai 2002, Messick et al. valident la nomenclature de Mycoplasma haemocanis nom. nov. ce qui met fin à la confusion créée par Neimark et al.
3) Certaines difficultés ont pour origine des publications simultanées sans que l'on puisse incriminer les auteurs. L'exemple le plus important en médecine vétérinaire concerne les genres Brachyspira et Serpulina.
Dans un article accepté pour publication le 27 mars 1997 et publié en janvier 1998, Ochiai et al. proposent le transfert de l'espèce type du genre Serpulina dans le genre Brachyspira. Par la suite, les changements de nomenclature préconisés par ces auteurs ont été validement publiés le 16 mars 1998 par inscription sur la ¤ liste de validation n° 64. En octobre 1997, Stanton et al. valident les nomenclatures de Serpulina intermedia et de Serpulina murdochii. Bien sûr, Ochiai et al. ne pouvaient inclure ces espèces dans leur publication et Stanton et al. ne pouvaient pas discuter l'éventuel placement de ces ¤ taxons dans le genre Brachyspira.
Les bactériologistes qui adhéraient à la proposition de Ochiai et al. étaient confrontés à un problème insoluble car ils étaient tenus d'utiliser les nomenclatures de Serpulina intermedia et de Serpulina murdochii alors qu'ils considéraient que Serpulina est un ¤ synonyme ultérieur de Brachyspira ! Ce problème a été résolu en mai 2006 par la publication valide de Brachyspira intermedia comb. nov. et de Brachyspira murdochii comb. nov.
4) Un dernier type de problèmes est lié à une divergence de vue entre différents auteurs. Par exemple, en 2002, Yabuuchi et al. considèrent que l'espèce type du genre Sphingopyxis devrait être placée dans le genre Sphingomonas. Toutefois Godoy et al. ne partagent pas ce point de vue et, en 2003, ils valident la nomenclature de Sphingopyxis chilensis (ce qui est "légal" car il n'existe pas de taxonomie officielle des bactéries !). Un auteur qui partage l'opinion de Yabuuchi et al. sera donc confronté à la difficulté liée à la nomenclature de Sphingopyxis chilensis. Si cet auteur est un taxonomiste, il pourra publier un article montrant que Sphingopyxis chilensis mérite d'être placée dans le genre Sphingomonas ou, éventuellement, dans un autre genre. En revanche, si cet auteur n'est pas un spécialiste en systématique bactérienne, il devra attendre l'éventuelle publication de travaux taxonomiques incluant l'étude de la ¤ souche type de Sphingopyxis chilensis.
Requêtes auprès de la Commission Judiciaire (Request for an Opinion)
Un auteur, souhaitant un éclaircissement sur l'interprétation du ¤ Code de Nomenclature ou souhaitant demander une dérogation aux règles du ¤ Code, doit rédiger un article qui sera publié dans ¤ IJSB/IJSEM dans le cadre d'une rubrique spéciale intitulée "Request for an Opinion". Si les arguments avancés par l'auteur ne sont pas jugés solides, le manuscrit lui sera restitué. En revanche si les arguments semblent fondés, la publication doit se faire aussi vite que possible et la communauté des microbiologistes est invitée à donner son avis.
L'appendice 8 du ¤ Code de Nomenclature précise que la ¤ Commission Judiciaire doit faire connaître son avis soit en publiant une ¤ Opinion soit par tout autre moyen à sa convenance. Dans la réalité, la ¤ Commission Judiciaire répond le plus souvent sous la forme d'une ¤ Opinion ("Judicial Opinion") publiée dans ¤ IJSB/IJSEM.
La Judicial Commission rend un avis favorable ou défavorable, mais tant que cet avis n'est pas publié, la modification proposée n'est pas validement publiée. À plus forte raison, la modification n'est pas valide en cas de demande refusée par la "Judicial Commission".
Voir aussi le fichier Requests for Opinions and Judicial Opinions in List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature.
Rétroactivité des règles (retroactivity of Rules)
Sauf indication contraire, les règles du ¤ Code de Nomenclature sont rétroactives et elles s'appliquent même à des nomenclatures publiées avant 1992 (date de parution de la dernière version du ¤ Code).
Signes diacritiques (diacritic signs)
Les signes diacritiques (de l'adjectif grec diakritikos, qui distingue, apte à distinguer) sont des signes graphiques (points, accents...) qui permettent de préciser la valeur grammaticale, la prononciation ou le sens d'un mot. Aucun signe diacritique ne doit être utilisé en nomenclature bactérienne et les éventuels signes diacritiques, contenus dans les mots utilisés pour former un nom ou une épithète, sont modifiés de la manière suivante :
. ä, ö et ü deviennent ae, oe et ue.
. é, è et ê deviennent e.
. æ, ø et å deviennent ae, oe et aa.
. ß devient ss.
Souche bactérienne (bacterial strain)
Voir aussi les entrées ¤ Holotype, ¤ Souche de référence, ¤ Souche type et ¤ Souche néotype
Une souche est constituée par une succession de cultures dérivées d'une culture pure (le plus souvent une colonie parfaitement isolée). Une souche est généralement conservée dans une ¤ collection qui lui attribue un code d'identification.
Le nombre de cellules ayant permis la constitution de la culture pure (la formation d'une colonie isolée) est le plus souvent inconnu si bien que, contrairement à ce qui est parfois écrit, une souche n'est pas obligatoirement un clone (population de cellules dérivée d'une unique cellule). D'ailleurs, d'après l'Appendice 10 du ¤ Code de Nomenclature, la plupart des souches bactériennes ne sont pas connues pour être des clones.
Souche néotype (neotype strain)
Une souche néotype est une ¤ souche qui remplace la ¤ souche type lorsque cette dernière a été perdue.
La proposition d'une souche néotype doit faire l'objet d'une publication dans ¤ IJSB/IJSEM et cette publication n'est acceptée que dans la mesure où un certificat de perte est fourni par la ou les ¤ collections de cultures qui détenaient la ¤ souche type originelle. Les auteurs doivent montrer qu'en dépit d'une recherche soigneuse de la souche d'origine, celle ci n'a pu être trouvée. Les auteurs doivent également montrer que la souche néotype possède des caractères très proches de la ¤ souche type originale. La souche néotype ainsi proposée (proposed neotype) ne sera "officiellement" adoptée (established neotype) que deux ans après la publication dans ¤ IJSEM sous réserve qu'aucune objection ne soit formulée. En effet, durant un an, les bactériologistes peuvent formuler des objections qui seront alors examinées par la ¤ Commission Judiciaire.
Si la ¤ souche type d'origine est retrouvée après l'adoption officielle de la souche néotype, le problème doit être immédiatement soumis à la ¤ Commission Judiciaire.
Souche de référence (reference strain)
Une souche de référence n'est ni une ¤ souche type ni une ¤ souche néotype. Il s'agit d'une ¤ souche utilisée par différentes équipes lors d'études comparatives. Une ¤ souche peut constituer une souche de référence en raison de ses caractères antigéniques ou de ses caractères biochimiques ou de son pouvoir pathogène...
Bien sûr, il peut arriver qu'une ¤ souche type soit également prise comme souche de référence dans une étude comparative.
Exemple :
. La souche type de Streptococcus equi et de Streptococcus equi subsp. equi est la souche NCTC 9682 (= ATCC 33398 = CCUG 23255 = CIP 102910 = DSM 20561 = LMG 15886). Cette souche doit être utilisée dans tous les travaux de taxonomie concernant cette espèce et cette sous-espèce (voir l'entrée ¤ "Souche type").
. La souche NCTC 9682 peut également servir de souche de référence pour étudier la résistance à la phagocytose ou pour étudier l'importance de la production de phosphatases acides dans la virulence.
. D'autres souches de Streptococcus equi subsp. equi, telles que les souches Bd3221, CF32, 9682, Hidaka/95/2, 4047, TW... sont des souches de référence pour étudier les facteurs de virulence. Toutefois, aucune de ces souches n'est la souche type et leur utilisation dans des études taxonomiques est facultative.
Voir aussi les entrées ¤ Nomenclature type, ¤ Holotype et ¤ Souche néotype.
Pour l'espèce et la sous-espèce, ¤ la nomenclature type est l'une des souches de l'espèce ou de la sous-espèce. Une souche type ne doit pas être confondue avec une ¤ souche de référence !
Comme pour les autres ¤ nomenclatures types, la souche type n'est pas nécessairement la ¤ souche la plus représentative de l'espèce ou de la sous-espèce. Quelques auteurs ont proposé les termes de "souche centrotype" pour désigner la ¤ souche considérée comme la plus typique (!) d'un ¤ taxon. La notion de souche centrotype est extrêmement difficile à définir et elle n'est pas retenue par le ¤ Code de Nomenclature.
Lorsqu'une espèce ou une sous-espèce est décrite sur la base d'une unique ¤ souche, cette souche devient automatiquement la souche type (monotypie).
Si la proposition d'une nouvelle espèce ou d'une nouvelle sous-espèce repose sur l'étude de plusieurs ¤ souches, la souche type est la souche désignée comme telle par les auteurs à l'origine de la proposition. D'après Brenner et al. 2001, les auteurs désignent souvent comme souche type la première ¤ souche isolée.
De manière similaire aux autres ¤ nomenclatures types, la souche type est l'élément auquel le nom d'une espèce est attaché d'une manière permanente. Voir également l'entrée ¤ "Règle 37a : changement du nom d'un taxon consécutif à l'exclusion de la nomenclature type".
La souche type est d'une importance considérable pour la systématique puisqu'une espèce ou une sous-espèce est en fait constituée par la souche type et par l'ensemble des ¤ souches qui sont considérées comme suffisamment proches de la souche type pour être incluses au sein du même ¤ taxon. Il en résulte que dans tous les travaux taxonomiques il est indispensable d'utiliser les souches types des différentes espèces étudiées.
Il est important de remarquer que les critères permettant d'apprécier la similitude entre différentes ¤ souches ont varié selon les époques (voir le fichier Définitions d'une genomospecies et d'une espèce bactérienne in Dictionnaire de Bactériologie Vétérinaire).
Avant le 14 décembre 2000, pour les espèces non cultivables, une souche type pouvait être représentée par une description, par une illustration ou par un exemplaire non viable d'une souche bactérienne.
Depuis le 14 décembre 2000, les nouvelles règles 27 (3) et 30 (3b) du ¤ Code de Nomenclature précisent que la souche type (pour un nouveau ¤ taxon ou une ¤ nouvelle combinaison ou un ¤ nom nouveau) doit correspondre à une souche viable déposée dans au moins deux ¤ collections de cultures situées dans deux pays différents. La souche type peut être une souche brevetée [règle 30 (4)] à condition qu'elle soit clairement identifiée comme telle et qu'elle soit disponible sans restriction pour des études scientifiques. Si la souche type n'est pas accessible (ce qui est le cas de certaines souches brevetées) le nom de l'espèce ou de la sous-espèce n'est pas validement publié.
Les ¤ collections doivent être des collections ouvertes, pérennes, internationalement reconnues et acceptant de délivrer les souches types aux bactériologistes qui en font la demande.
Depuis le 01 août 2002, ¤ l'International Committee on Systematics of Prokaryotes et le Comité Éditorial de ¤ IJSEM exigent que les auteurs d'une nouvelle espèce, d'une nouvelle sous-espèce, d'une ¤ nouvelle combinaison ou d'un ¤ nom nouveau joignent à leurs publications des certificats fournis par les ¤ collections de cultures. Ces certificats doivent attester du dépôt, de la viabilité et de la disponibilité des souches types. Cette procédure s'applique aux nouveaux ¤ taxons proposés in extenso dans ¤ IJSEM et aux nomenclatures validement publiées par inscription sur une ¤ liste de validation.
En pratique :
. Pour une nouvelle espèce ou une nouvelle sous-espèce, un bactériologiste doit envoyer la souche type, accompagnée d'un minimum de renseignements concernant son phénotype et son génotype, à deux ¤ collections ouvertes de son choix situées dans deux pays différents. Les ¤ collections devront (i) s'assurer de la viabilité de la souche (avant et après conservation) et (ii) vérifier ses caractères. Un exemplaire de la souche sera renvoyé à l'auteur pour approbation. À l'issue de ces procédures, la collection attribuera un numéro à la souche et délivrera un certificat. Selon les taxons, l'ensemble de ces procédures peut nécessiter plusieurs semaines. Avant parution de la publication, les ¤ collections sont tenues à un devoir de réserve, elles ne distibuent pas la souche et elles assurent la confidentialité des informations en leur possession.
. Pour une ¤ nouvelle combinaison ou un ¤ nom nouveau, si la souche type a été initialement déposée dans deux ¤ collections situées dans deux pays différents, l'auteur demandera les certificats correspondants. En revanche, si la souche type n'a fait l'objet que d'un seul dépôt, l'auteur devra effectuer un nouveau dépôt dans une nouvelle ¤ collection située dans un autre pays.
Compte tenu de l'importance des souches types, le chapitre 4 (Advisory Notes) du ¤ Code de Nomenclature donne quelques indications concernant la préservation de ces souches.
Si une souche type est perdue, il est possible de proposer une ¤ souche néotype.
Le remplacement d'une souche type (disponible mais considérée comme non adéquate) par une autre souche type nécessite l'avis de la ¤ Commission Judiciaire.
Pour des renseignement complémentaires voir le chapitre Les nomenclatures types : espèces et sous-espèces in La nomenclature bactérienne.
Sous-comités de taxonomie (subcommittees on taxonomy)
Les sous-comités de taxonomie (International Committee on Systematics of Prokaryotes, Subcommittee on the taxonomy of...) sont des comités rassemblant des spécialistes d'un ou de plusieurs groupes bactériens considérés comme voisins. Ces sous-comités sont institués par ¤ l'ICSP (International Committee on Systematics of Prokaryotes) et leur nombre ainsi que leur domaine de compétence peuvent évoluer au cours du temps.
La liste des sous-comités est donnée sur le site de l'ICSP (International Committee on Systematics of Prokaryotes).
En se limitant aux groupes bactériens dont ils ont la responsabilité, ces sous-comités ont pour fonction
(i) d'encourager les recherches ou d'entreprendre des recherches afin d'évaluer les relations existant entre les bactéries ;
(ii) d'établir des recommendations concernant l'utilisation des techniques aptes à différencier les ¤ taxons ;
(iii) de faire des propositions concernant la nomenclature ;
(iv) de formuler des suggestions auprès de la ¤ Commission Judiciaire et de solliciter l'avis de la ¤ Commission Judiciaire lorsqu'il existe des controverses pour l'espèce type d'un genre ou pour la désignation d'une ¤ souche néotype ;
(v) d'étudier le ¤ Code de Nomenclature et de faire des propositions concernant d'éventuelles modifications ;
(vi) de proposer à ¤ l'ICSP, par l'intermédiaire de la ¤ Commission Judiciaire, une désignation jugée adéquate pour les ¤ taxons d'un rang hiérarchique inférieur à la sous-espèce tels que les serovars, les phagovars... ;
(vii) d'établir des recommandations minimales pour la description d'un nouveau ¤ taxon (voir le fichier Minimal standards for the description of new taxa in List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature) ;
(viii) de proposer à ¤ l'ICSP, par l'intermédiaire de la ¤ Commission Judiciaire, une liste de noms dépourvus de statut dans la nomenclature mais qui pourraient être réutilisés.
En ce qui concerne la nomenclature, les avis des sous-comités doivent être approuvés par la ¤ Commission judiciaire et par ¤ l'ICSP pour que les éventuelles modifications proposées aient un statut dans la nomenclature. De manière erronée, certains bactériologistes considèrent que les avis formulés par les divers sous-comités ont force de loi ce qui peut être à l'origine de confusions (voir le chapitre Rôles des sous-comités de taxonomie in La nomenclature bactérienne).
Deux noms sont des synonymes lorsqu'ils désignent des ¤ taxons considérés comme identiques. Les synonymes sont qualifiés de homotypiques (homotypic synonyms) lorsque les ¤ taxons ont la même ¤ nomenclature type et ils sont qualifiés de hétérotypiques (heterotypic synonyms) si les ¤ taxons ont des nomenclatures types différentes.
Depuis le 14 décembre 2000, les termes de homotypique et de hétérotypique remplacent les anciens termes de objectif (objective synonym) et de subjectif (subjective synonym).
Le premier synonyme validement publié est qualifié d'antérieur (earlier synonym) et le ou les synonymes validement publiés ultérieurement sont qualifiés de postérieur ou d'ultérieur (later synonym).
Depuis le 14 décembre 2000, les termes d'antérieur et d'ultérieur remplacent les anciens termes de senior (senior synonym) et de junior (junior synonym).
Un nom cité comme un synonyme devrait être suivi de l'abréviation pro synon. (pro synonymon, pour ou comme synonyme) ou des mots "as synonym" (comme synonyme).
Exemples :
. Rhodococcus equi et Corynebacterium equi ont la même ¤ souche type et sont des synonymes homotypiques.
. Vibrio carchariae et Vibrio trachuri sont considérés comme des bactéries identiques à Vibrio harveyi mais ces trois ¤ taxons ont des ¤ souches types différentes. Aussi, Vibrio carchariae, Vibrio trachuri et Vibrio harveyi sont des synonymes hétérotypiques.
. Vibrio harveyi a priorité si bien que Vibrio carchariae et Vibrio trachuri sont des synonymes postérieurs et hétérotypiques (ou des synonymes ultérieurs et hétérotypiques) de Vibrio harveyi.
. Vibrio carchariae et Vibrio trachuri peuvent être cités de la manière suivante : (i) Vibrio carchariae pro synon. Vibrio harveyi et Vibrio trachuri pro synon. Vibrio harveyi ; ou (ii), de manière plus complète, Vibrio carchariae Grimes et al. 1985 pro synon. Vibrio harveyi (Johnson and Shunk 1936) Baumann et al. 1981 et Vibrio trachuri Iwamoto et al. 1996 pro synon. Vibrio harveyi (Johnson and Shunk 1936) Baumann et al. 1981.
La systématique est la branche de la biologie qui a pour but de classer les êtres vivants de manière rationnelle en se basant sur les ressemblances et sur les relations qui existent entre eux.
Elle repose sur deux disciplines, la ¤ taxonomie (ou taxinomie) et la ¤ nomenclature.
Taxon (en anglais taxon au singulier et taxa au pluriel)
Un taxon (ou unité taxonomique ou groupe taxonomique) est un groupe d'organismes apparentés appartenant à l'un des ¤ rangs hiérarchiques réglementés ou non réglementés par le ¤ Code. Une espèce, un genre ou une famille (¤ rangs hiérachiques réglementés par le Code), mais aussi un sérovar, un phylum ou un règne (catégories non couvertes par les règles du ¤ Code) sont des taxons.
Par exemple, Bacillus anthracis est un taxon de rang spécifique, Bacillus est un taxon de rang générique, les Bacillaceae sont un taxon de rang familial, les Bacillales sont un taxon de rang ordinal, etc.
Dans le ¤ Code de Nomenclature des Bactéries, le terme de taxon fait référence à une unité taxonomique nommée. En revanche, dans d'autres codes de nomenclature, un taxon est une unité taxonomique nommée ou non.
Un taxon comprend ses taxons subordonnés et leurs individus. Par exemple, à la date du 17 octobre 2003, le taxon Flavobacteriaceae Reichenbach et al. 1992 emend. Bernardet et al. 1996, emend Bernardet et al. 2002 comprend les genres Aequorivita, Arenibacter, Aequorivita, Bergeyella, Capnocytophaga, Cellulophaga, Chryseobacterium, Coenonia, Croceibacter, Empedobacter, Flavobacterium, Gelidibacter, Muricauda, Myroides, Ornithobacterium, Polaribacter, Psychroflexus, Psychroserpens, Riemerella, Salegentibacter, Tenacibaculum, Vitellibacter, Weeksella et Zobellia ainsi que les espèces incluses dans ces genres ainsi que les ¤ souches constituant ces espèces.
Taxon d'un rang hiérarchique inférieur à la sous-espèce (infrasubspecific subdivision)
La nomenclature des ¤ taxons d'un rang hiérarchique inférieur à la sous-espèce n'est pas couverte par les règles du Code de Nomenclature. En pratique, ces ¤ taxons peuvent donc être désignés de manières différentes selon les auteurs. En bactériologie médicale, le problème se pose essentiellement pour la désignation des sérovars qui portent un nom ce qui est le cas des sérovars des leptospires et des sérovars des salmonelles de la sous-espèce Salmonella choleraesuis subsp. choleraesuis (voir les fichiers Leptospira et Nomenclature des salmonelles in La nomenclature bactérienne).
L'appendice 10 du Code de Nomenclature donne cependant quelques conseils concernant les ¤ taxons d'un rang hiérarchique inférieur à la sous-espèce. Notamment, cet appendice préconise l'utilisation des suffixes "-var" ou "-forme" (en anglais "-form") de préférence à celui de "-type" car "type" doit être réservé aux nomenclatures types. Selon l'appendice 10, les principaux termes utilisés sont les suivants :
. Biovar (ou biotype ou type physiologique ; abréviation courante bv.) : ¤ taxon d'un rang hiérarchique inférieur à la sous-espèce et caractérisé par ses propriétés biochimiques ou physiologiques.
. Chimioforme (ou chimiotype ou, en anglais, chemoform ou chemotype) : ¤ taxon d'un rang hiérarchique inférieur à la sous-espèce et caractérisé par sa structure chimique.
. Chimiovar (ou en anglais chemovar) : ¤ taxon d'un rang hiérarchique inférieur à la sous-espèce et caractérisé par la production d'un composé chimique.
. Cultivar (abréviation courante cv.) : ¤ taxon d'un rang hiérarchique inférieur à la sous-espèce et caractérisé par ses caractères culturaux.
. Forma specialis (abréviation f. sp.) : ¤ taxon d'un rang hiérarchique inférieur à la sous-espèce, vivant en parasite, en commensal ou en symbiose avec un hôte, et caractérisé par son adaptation à cet hôte.
. Morphovar (morphotype) : ¤ taxon d'un rang hiérarchique inférieur à la sous-espèce et caractérisé par sa morphologie.
. Pathovar (ou pathotype ; abréviation courante pv.) : ¤ taxon d'un rang hiérarchique inférieur à la sous-espèce et caractérisé par son pouvoir pathogène.
. Phagovar (ou phagotype ou lysotype) : ¤ taxon d'un rang hiérarchique inférieur à la sous-espèce et caractérisé par sa sensibilité à différents bactériophages.
. Sérovar ou serovar (ou sérotype ou serotype) : ¤ taxon d'un rang hiérarchique inférieur à la sous-espèce et caractérisé par ses propriété antigéniques.
. Etat (en anglais, state) : ¤ taxon d'un rang hiérarchique inférieur à la sous-espèce et caractérisé par l'aspect de ses colonies et notamment par leur aspect rugeux, lisse ou muqueux.
Taxonomie ou taxinomie (taxonomy)
Voir aussi le fichier Introduction à la taxonomie des procaryotes.
La taxonomie (ou taxinomie ; voir la note 1 in La nomenclature bactérienne) est la science des méthodes qui permettent de classer les organismes en groupes d'affinité ou ¤ taxons.
Par opposition à la ¤ nomenclature, il n'existe pas de classification officielle des bactéries. Cette absence de classification officielle repose sur plusieurs arguments :
. La taxonomie est une science dynamique et sujette à de nombreux changements en fonction des données disponibles.
. Une classification est faite pour le bactériologiste et non pour les bactéries. C'est dire qu'une classification n'est pas obligatoirement élaborée sur la base des seuls critères scientifiques. La taxonomie poursuit des buts pratiques et une classification "populaire" n'est pas forcément une classification exacte.
. La taxonomie peut apparaître confuse et les opinions des bactériologistes sont divergentes. Dans le passé, la taxonomie reposait principalement sur des caractères phénotypiques. Actuellement, la classification s'appuie généralement sur des critères génétiques (hybridation ADN - ADN, séquençage des ADNr 16S, séquençage de divers gènes...). Toutefois, pour des raisons pratiques et notamment en bactériologie médicale, un bactériologiste peut encore utiliser une taxonomie basée sur les phénotypes.
. L'espèce est le seul rang taxonomique bénéficiant d'une définition acceptée par une majorité de bactériologistes même si cette définition n'est pas officielle (voir le fichier Définitions d'une genomospecies et d'une espèce bactérienne in Dictionnaire de Bactériologie Vétérinaire). La définition d'un genre et encore plus les définitions des rangs hiérarchiques supérieurs au genre sont floues et variables selon les auteurs (voir les entrées ¤ Définition d'un genre et ¤ Définition d'un rang hiérarchique supérieur au genre). L'absence de définition précise des rangs hiérarchiques est un obstacle à une taxonomie universelle.
La classification la "plus officielle" est celle qui convient à la majorité des bactériologistes. Certains ouvrages, comme le Bergey's Manual of Systematic Bacteriology ou la 9ème édition du Bergey's Manual of Determinative Bacteriology, s'efforcent de tenir compte des données les plus récentes et de l'avis de nombreux spécialistes. Toutefois les classifications proposées dans ces ouvrages restent officieuses, même si elles sont acceptées par de nombreux bactériologistes.
Plusieurs classifications, basées principalement sur les séquences des gènes codant pour les ARNr 16S (classifications phylogénétiques) sont disponibles sur Internet. C'est notamment le cas de la classification proposée par la seconde édition du Bergey's Manual of Systematic Bacteriology (Taxonomic Outline of the Prokaryotes, Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, Second Edition) et de la classification proposée par le National Center for Biotechnology Information (NCBI Taxonomy Browser). Voir aussi le fichier Hierarchical classification of taxa above the rank of species in List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature.
La notion de taxospecies est due à Ravin (1963) et la définition donnée ci-dessous est inspirée de celle proposée par M. Véron (Systématique bactérienne in L. Le Minor et M. Véron, Bactériologie Médicale, 2e édition, Médecine-Sciences, Flammarion, Paris, 1989, pp.113-145).
Une taxospecies est un ¤ taxon composé d'individus ayant en commun la majorité de leurs caractères phénotypiques ce qui permet de les distinguer des autres taxospecies.
M. Véron préfère le terme de phenospecies à celui de taxospecies.
Trait d'union (hyphenated name)
Les nomenclatures doivent être écrites en un seul mot et elles ne doivent pas contenir de traits d'union.
Ainsi, Nocardia otitidis-caviarum, Propionibacterium acidi-propionici, Salmonella cholerae-suis et Treponema paraluis-cuniculi, nomenclatures citées dans les ¤ Listes Approuvées des Noms Bactériens, ont été corrigées en Nocardia otitidiscaviarum, Propionibacterium acidipropionici, Salmonella choleraesuis et Treponema paraluiscuniculi.
Union Internationale des Sociétés de Microbiologie (International Union of Microbiological Societies ou IUMS)
L'IUMS rassemble des sociétés de microbiologie (affiliées ou associées à l'IUMS) ainsi que organisations partageant les objectifs de l'IUMS. Toute société de microbiologie peut demander son affiliation à l'IUMS dans la mesure où elle comprend au moins 20 membres et dans la mesure où elle organise au minimum une réunion scientifique tous les ans.
Les buts de l'IUMS sont
(i) de promouvoir l'étude de la microbiologie ;
(ii) d'initier, de faciliter et de coordonner les recherches et les activités scientifiques internationales ;
(iii) d'aider à la publication des travaux scientifiques internationaux ;
(iv) de promouvoir l'organisation de réunions scientifiques et d'aider à la publication des comptes rendus de ces réunions ;
(v) de représenter la microbiologie auprès d'autres instances internationales.
L'IUMS est constituée de trois divisions : "Bactériologie et microbiologie appliquée", "Mycologie" et "Virologie".
Les statuts complets de l'IUMS ainsi que la liste des sociétés affiliées sont disponibles sur le site de l'IUMS.
Utilisation de guillemets (quotation marks)
L'utilisation de guillemets n'est pas réglementée par le ¤ Code de Nomenclature. Toutefois, dans de nombreuses publications, certaines nomenclatures sont écrites entre guillemets. Selon les cas, les nomenclatures placées entre guillemets sont des nomenclatures non ¤ validement publiées ou des nomenclatures ¤ illégitimes.
Dans Dictionnaire de Bactériologie Vétérinaire et dans List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature l'usage des guillemets est restreint aux noms non ¤ validement publiés ou aux ¤ noms rejetés.
Utilisation des abréviations AL et VP
Dans certaines publications, la citation d'un ¤ taxon est suivie d'un chiffre avec les abréviations AL ou VP placées en exposant. Le chiffre correspond à un numéro de page et les abréviations correspondent à Approved Lists (la nomenclature a été inscrite dans une des ¤ Listes Approuvées des Noms Bactériens) ou à Valid Publication (la nomenclature a été ¤ validement publiée après le 1er janvier 1980).
L'utilisation des abréviations AL et VP n'est pas prévue par le ¤ Code de Nomenclature et il n'est pas certain qu'elle soit réglementée dans la nouvelle édition. Une inclusion dans la prochaine édition du ¤ Code permettrait cependant de clarifier leurs usages et d'éviter les confusions.
Dans le cas de l'utilisation de l'abréviation AL on peut avoir deux situations différentes :
1) L'abréviation AL est placée après un chiffre qui correspond au numéro de la page de la publication originale.
Exemple : Pasteurella Trevisan 1887, 94AL signifie que la description du genre Pasteurella a été faite à la page 94 de l'article publié en 1887 par Trevisan et que cette nomenclature est citée dans les ¤ Listes Approuvées.
2) L'abréviation AL est placée après un chiffre qui correspond au numéro de la page des ¤ Listes Approuvées des Noms Bactériens.
Exemple : Pasteurella Trevisan 1887, 340AL signifie que le nom Pasteurella est cité à la page 340 des ¤ Listes Approuvées des Noms Bactériens. Ce numéro correspond à la page de l'édition originale des ¤ Listes Approuvées et non la page de la réédition de 1989 (Listes Approuvées des Noms Bactériens, édition corrigée).
Dans le cas de l'abréviation VP, celle-ci est généralement placée après un chiffre qui correspond à un numéro de page dans ¤ IJSB/IJSEM. Ce numéro de page est soit celui d'un article publié in extenso dans ¤ IJSB/IJSEM soit celui d'une ¤ liste de validation.
Exemples :
. Pasteurella skyensis Birkbeck et al. 2002, 703VP signifie que le nom Pasteurella skyensis a été validement publié en 2002 à la page 703 de ¤ International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. La page 703 est la page de l'article de Birkbeck et al. 2002 (publié in extenso dans ¤ IJSEM) dans laquelle figure la description formelle de cette espèce.
. Pasteurellaceae Pohl 1981, 382VP signifie que le nom Pasteurellaceae a été validement publié en 1981 à la page 382 de ¤ International Journal of Systematic Bacteriology. La page 382 est la page de la ¤ liste de validation n° 7 qui cite cette famille.
Utilisation des italiques (italics)
Toutes les nomenclatures sont des mots latins ou latinisés et de tels mots sont traditionnellement écrits en italiques ou ils sont soulignés dans un manuscrit.
La typographie relève du domaine éditorial et non de la nomenclature si bien qu'aucune règle ou recommandation du ¤ Code de Nomenclature ne sont consacrées à l'usage des italiques. Cette absence de directive est volontaire et ne correspond nullement à un oubli.
Toutefois, dans la très grande majorité des publications, les noms des sous-espèces, des espèces, des sous-genres et des genres sont écrits en italiques ou sont soulignés.
Pour les ¤ taxons d'un rang hiérarchique supérieur au genre, la diversité est plus grande car les conventions diffèrent selon les pays. De ce point de vue, il est intéressant de noter que les noms des classes, validement publiés en janvier 2002 par Cavallier-Smith, ne sont pas écrits en italiques dans la ¤ liste de notification publiée en mars 2002.
On peut cependant remarquer
1) que tous les ¤ taxons cités dans le ¤ Code de Nomenclature sont écrits en italiques ;
2) que le chapitre 4 (Advisory Notes) conseille de distinguer les noms scientifiques des ¤ taxons par l'utilisation d'italiques ou de tout autre procédé ;
3) que la préface de la nouvelle édition du ¤ Code de Nomenclature devrait inclure le paragraphe suivant :
As in the previous edition, scientific names under the jurisdiction of the Code, irrespective of rank, are consistently printed in italic type. The Code sets no binding standard in this respect, as typography is a matter of editorial style and tradition not of nomenclature. Nevertheless, editors and authors, in the interest of international uniformity, may wish to consider adhering to the practice exemplified by the Code, which has been well received in general and is being followed in an increasing number of microbiological journals.
Aussi, même si ce n'est pas une obligation, l'auteur de ce fichier conseille l'utilisation des italiques ou du soulignement et il préconise d'écrire Salmonella ou Salmonella, Actinomycetales ou Actinomycetales, Acidobacteria ou Acidobacteria et non Salmonella, Actinomycetales et Acidobacteria.
Utilisation du latin et du grec (Latin language and Greek language)
Toutes les nomenclatures bactériennes sont des mots latins ou latinisés et, selon la règle 57a du ¤ Code de Nomenclature, tous les noms de bactéries devraient respecter de manière stricte la grammaire latine. Quelques indications permettant d'utiliser le latin en bactériologie sont données dans le fichier Le latin dans la nomenclature bactérienne in Dictionnaire de Bactériologie Vétérinaire. Ce fichier cite également quelques dictionnaires latins et grammaires latines disponibles sur Internet.
La nouvelle recommandation 6(3), applicable depuis le 14 décembre 2000, prévoit que les nomenclatures doivent être construites à partir de mots latins ou grecs (mots grecs classiques latinisés) chaque fois qu'il existe un équivalent dans l'une ou l'autre de ces langues.
Par comparaison aux autres langues, le traitement de faveur accordé au grec classique ne semble reposer que sur des considérations historiques. Dans la mesure du possible, et en dépit des habitudes et des coutumes, l'auteur de ce fichier préfère l'utilisation de mots latins.
Contrairement à l'ancienne recommandation 6(3) l'utilisation de noms hybrides (nomina hybrida ; hybrid names) n'est pas formellement déconseillée et il est possible d'utiliser des hybrides latins - grecs (ou grecs - latins) même s'il existe un équivalent latin pour un mot grec ! L'utilisation de tels noms hybrides est d'ailleurs prévue pour les noms de genres et de sous-genres par la règle 10a du ¤ Code de Nomenclature.
Variété (variety) ; abréviation var.
Variété est un synonyme de sous-espèce mais, depuis l'édition de 1975 du ¤ Code de Nomenclature, le terme de variété ne doit plus être utilisé.
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