J.P. Euzéby : Dictionnaire de Bactériologie Vétérinaire |
Créé le 30 janvier 2004
HESPELLIA
Voir aussi le fichier ¤ Lachnospiraceae.
Systématique
Les élevages de porcs engendrent des quantités importantes d'excréments qui sont une source de nuisance, de pollution et parfois de conflits entre les éleveurs et leurs proches voisins.
Les excréments liquides, traités dans des fosses à lisier, dégagent une odeur désagréable et produisent de l'ammoniac éventuellement nocif pour l'homme et les animaux. L'émission d'odeurs nauséabondes et d'ammoniac est due au métabolisme bactérien et notamment à l'action de bactéries anaérobies strictes. Le brassage des lisiers permet une aération et donc une limitation du développement des micro-organismes anaérobies sans toutefois abolir totalement les nuisances.
Les bactéries présentes dans les lisiers de porcs sont mal connues. Whitehead et Cotta ont cependant caractérisé de nombreuses espèces dont des Clostridium spp., des Lactobacillus spp., des Streptococcus spp., ¤ Bacteroides coprosuis et de nombreuses espèces encore innomées.
Lors d'une étude cherchant à apprécier la diversité des populations bactériennes présentes dans les lisiers de porcs, Whitehead et al. ont isolé quatre souches de bacilles à Gram positif, anaérobies strictes, non sporulés et représentant de nouveaux taxons.
Les analyses phylogénétiques (séquences des ARNr 16S) permettent de placer ces quatre souches dans le groupe XIVa de Collins et al. Ce vaste groupe rassemble des taxons portant des noms de genre variés : Acetitomaculum, Clostridium, Eubacterium, Peptostreptococcus, Roseburia, Ruminococcus et Streptococcus. Ultérieurement, des espèces appartenant aux genres Anaerostipes, Butyrivibrio, Catonella, Coprococcus, Dorea, Johnsonella, Lachnospira et Sporobacterium seront également placées dans le groupe XIVa.
Au sein du groupe XIVa, les quatre souches isolées de lisiers de porcs forment une branche distincte dont le taxon le plus proche est le clone OTU-95, non cultivable et mis en évidence par Leser et al. dans le tractus gastro-intestinal de porcs. Toutefois, l'analyse des séquences des ARNr 16S fait apparaître 6,1 à 6,4 p. cent de divergence entre le clone OTU-95 et les souches isolées de lisiers.
L'étude des séquences des ARNr 16S montre que les quatre souches isolées de lisiers se répartissent en deux sous-groupes. Les ARNr 16S des deux souches placées dans le premier sous-groupe présentent 100 p. cent d'homologie et il en va de même pour les ARNr 16S des deux souches constituant le deuxième sous-groupe. Les homologies de séquence entre ces sous-groupes atteignent un maximum de 97 p. cent.
Conformément aux conclusions de Stackebrandt et Goebel et compte tenu des caractères phénotypiques (Cf. infra), Whitehead et al. proposent la création du nouveau genre Hespellia constitué de deux espèces, Hespellia porcina et Hespellia stercorisuis. L'ensemble de ces nouvelles nomenclatures sera validement publié le 20 janvier 2004.
Les taxons initialement placés dans groupe XIVa sont actuellement placés dans la famille des ¤ Lachnospiraceae à laquelle appartient le genre Hespellia.
Caractères bactériologiques
Le genre Hespellia est constitué de bacilles à Gram positif, de 0,5 à 1,0 µm de diamètre sur 1,5 à 5,0 µm de longueur, se présentant de manière isolée ou groupés par deux ou formant de courtes chaînes, immobiles et non sporulés.
Les Hespellia sp. sont des bactéries anaérobies strictes, catalase et oxydase négatives, ne réduisant pas les nitrates, fermentant le glucose et d'autres sucres en produisant de l'hydrogène, de l'acide formique, de l'acide acétique, de l'acide lactique et de l'acide propionique.
. Une réponse positive est observée pour l'hydrolyse de l'esculine, pour l'hydrolyse de l'amidon, et pour l'utilisation du fructose, du maltose, du mannose, du saccharose et du xylose.
. Une réponse négative est notée pour la production d'acide butyrique, pour la production d'indole, pour l'hydrolyse de la gélatine et pour l'utilisation de l'inuline, du raffinose et du rhamnose.
. Après 48 heures d'incubation dans une atmosphère contenant 80 p. cent d'azote et 20 p. cent de dioxyde de carbone, les colonies obtenues sur une gélose RGM/glucose* sont grisâtres, convexes, lisses, brillantes et translucides. Elles sont non hémolytiques sur un milieu contenant du sang (origine non précisée !). Sur gélose bile-esculine**, les colonies ont une couleur noire.
. Le G + C p. cent est compris entre 43,7 et 43,8. L'espèce type est Hespellia stercorisuis.
. Le genre Hespellia appartient à la famille des Clostridiaceae, à l'ordre des Clostridiales, à la classe des "Clostridia", à la division ou phylum des "Firmicutes" et au domaine ou empire des "Bacteria".
Au sein du groupe XIVa, l'absence d'endospore différencie les Hespellia sp. des Clostridium sp. ou des Sporobacterium sp. ; l'absence de formes incurvées permet d'éliminer le genre Lachnospira ; l'absence de mobilité et les produits terminaux du métabolisme distingue les Hespellia sp. des Butyrivibrio sp. et des Roseburia sp. ; l'hydrolyse de l'amidon et les produits terminaux du métabolisme les distinguent des Dorea sp. ; la morphologie et les produits terminaux du métabolisme les différencient des Coprococcus sp. et des Ruminococcus sp.
Hespellia stercorisuis utilise l'amygdaline, le cellobiose et le lactose, mais elle n'utilise ni l'arabinose ni l'inositol. Des résultats inverses sont obtenus avec Hespellia porcina.
Orientation bibliographique
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LESER (T.D.), AMENUVOR (J.Z.), JENSEN (T.K.), LINDECRONA (R.H.), BOYE (M.) et MOLLER (K.) : Culture-independent analysis of gut bacteria: the pig gastrointestinal tract microbiota revisited. Appl. Environ. Microbiol., 2002, 68, 673-690.
MILLER (D.N.) : Accumulation and consumption of odorous compounds in feedlot soils under aerobic, fermentative, and anaerobic respiratory conditions. J. Anim. Sci., 2001, 79, 2503-2512.
STACKEBRANDT (E.) et GOEBEL (B.M.) : Taxonomic note: A place for DNA-DNA reassociation and 16S rRNA sequence analysis in the present species definition in bacteriology. Int. J. Syst. Bacteriol., 1994, 44, 846-849.
WHITEHEAD (T.R.) et COTTA (M.A.) : Characterisation and comparison of microbial populations in swine faeces and manure storage pits by 16S rDNA gene sequence analyses. Anaerobe, 7, 181-187.
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La composition du milieu RGM est décrite dans l'article HESPELL (R.B.), WOLF (R.) et BOTHAST (R.J.) : Fermentation of xylans by Butyrivibrio fibrisolvens and other ruminal bacteria. Appl. Environ. Microbiol., 1987, 53, 2849-53.
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** : Milieu bile-esculine (composition en grammes par litre) :
Extrait de viande : 3,0
Peptone de viande : 5,0
Bile de bœuf : 40,0
Esculine : 1,0
Citrate de fer : 0,5
Agar : 14,5
Ce milieu peut être enrichi de 5 p. cent de sérum de cheval.