J.P. Euzéby : Dictionnaire de Bactériologie Vétérinaire |
Créé le 29 janvier 2002
ISOBACULUM, ISOBACULUM MELIS
Voir aussi le fichier ¤ Carnobacteriaceae.
Le genre Isobaculum et son unique espèce, Isobaculum melis, ont été validement publiés en janvier 2002 pour une unique souche bactérienne (la souche CCUG 37660) isolée de l'intestin d'un blaireau (Meles meles*) mort d'un accident de la route.
Isobaculum melis est un bacille à Gram positif, non sporulé, catalase négative et dont le principal acides gras cellulaire est l'acide oléique. Ces caractères phénotypiques évoquent une espèce du genre ¤ Carnobacterium. Toutefois, la souche CCUG 37660 possède un peptidoglycane du type A3alpha (voir le fichier ¤ "Classification des peptidoglycanes selon Schleifer et Kandler") et l'étude des séquences des ARNr 16S révèle un pourcentage d'homologie inférieur ou égal à 95 p. cent entre la souche CCUG 37660 et les souches types des différentes espèces du genre ¤ Carnobacterium.
Les études phylogénétiques révèlent également une parenté avec la souche type de Desemzia incerta** (pourcentage d'homologie des séquences des ARNr 16S de 94,5 p. cent) mais le peptidoglycane de Desemzia incerta est du type A4alpha et les principaux acides gras de cette bactérie sont l'acide hexadécanoïque, l'acide hexadécénoïque et l'acide cis-vaccénique.
Les caractères biochimiques (étudiés par des techniques traditionnelles et à l'aide de galeries API rapid ID32Strep, API CORYNE et API ZYM) permettent de distinguer facilement la souche CCUG 37660 de Desemzia incerta ou des ¤ Carnobacterium sp. et Collins et al. proposent, pour cette souche, l'appellation de Isobaculum melis.
On peut remarquer qu'aucune hybridation ADN - ADN n'a été effectuée et que la description de Isobaculum melis repose sur une unique souche alors que la description correcte d'une espèce bactérienne devrait reposer sur l'étude d'un minimum de 5 à 10 souches (voir Christensen et al. 2001 ou Rosselló-Mora et Amann 2001).
Le genre Isobaculum est actuellement classé dans la famille des ¤ Carnobacteriaceae.
Le genre Isobaculum est constitué de bacilles à Gram positif mais pouvant se décolorer facilement, non sporulés, immobiles, aéro-anaérobies, catalase et oxydase négatives, sensibles à la vancomycine (disques chargés à 30 µg), non pigmentés et non hémolytiques après culture sur gélose Columbia au sang de cheval.
La culture est observée à 10 °C mais aucune croissance n'est observée à 45 °C ou en présence de 6,5 p. cent de NaCl. Les autres caractères culturaux ne sont pas donnés dans la publication de Collins et al. On sait seulement que le germe cultive à 37 °C dans une atmosphère normale.
En bouillon MRS***, la croissance ne s'accompagne pas de la production de gaz. Le métabolisme du glucose conduit principalement à la formation d'acide lactique et d'acide acétique.
L'esculine est hydrolysée et une réponse positive est observée pour la production d'une arginine di-hydrolase, d'une pyrrolydonyl arylamidase et d'une bêta-glucosidase.
Une réponse négative est obtenue pour les tests hydrolyse de l'amidon, hydrolyse de la gélatine, hydrolyse de l'urée, VP, utilisation du pyruvate.
Le peptidoglycane est du type A3alpha, les ménaquinones sont absentes, les acides gras cellulaires sont principalement des acides gras non ramifiés saturés ou mono-insaturés, le G + C p. cent est de 39.
L'unique souche de Isobaculum melis présente les caractères suivants :
. Réponse positive aux tests phosphatase acide (réaction faiblement positive), estérase lipase C8 (réaction faiblement positive), estérase C4 (réaction faiblement positive), bêta-glucosidase, acide pyroglutamique arylamidase, phosphoaminidase, bêta-mannosidase, acidification (galeries API) du D-glucose, du ribose et du tréhalose. En utilisant un milieu à base d'infusion de cœur, le glycérol est également acidifié.
. Réponse négative aux tests réduction des nitrates, hydrolyse de l'hippurate, alanine phénylalanine proline arylamidase, chymotrypsine, cystine arylamidase, alpha-fucosidase, alpha-galactosidase, bêta-galactosidase, alpha-glucosidase, bêta-glucuronidase, glycine tryptophane arylamidase, alpha-mannosidase, leucine arylamidase, lipase C14, pyrazinamidase, trypsine, valine arylamidase, acidification (galeries API) du L-arabinose, du D-arabitol, de la cyclodextrine, du méthyle bêta-D-glucopyranoside, du glycogène, du lactose, du maltose, du mannitol, du mélibiose, du mélézitose, du pullulane, du D-raffinose, du saccharose, du sorbitol, du D-tagatose et du D-ylose.
. La réponse au test N-acétyl-bêta-glucosaminidase est positive avec la galerie API rapid ID32Strep mais négative avec les galeries API ZYM et API CORYNE. La réponse au test phosphatase alcaline varie également selon les systèmes utilisés mais les auteurs ne donnent aucune précision complémentaire.
. Avec une galerie API rapid ID32Strep, le profil numérique est 3 0 1 2 0 3 1 0 0 4 0 et on obtient le profil numérique 4 1 4 0 3 0 0 avec une galerie API CORYNE.
L'absence de mobilité permet de différencier Isobaculum melis de Desemzia incerta, de Carnobacterium alterfunditum, de Carnobacterium funditum, de Carnobacterium inhibens et de Carnobacterium mobile.
L'absence d'acidification du maltose et du saccharose différencie Isobaculum melis des ¤ Carnobacterium sp. (à l'exception de Carnobacterium mobile qui est maltose négatif) et de Desemzia incerta.
L'habitat et l'éventuel pouvoir pathogène de Isobaculum melis ne seront connus que lorsque d'autres souches seront isolées.
Orientation bibliographique
CHRISTENSEN (H.), BISGAARD (M.), FREDERIKSEN (W.), MUTTERS (R.), KUHNERT (P.) et OLSEN (J.E.) : Is characterization of a single isolate sufficient for valid publication of a new genus or species? Proposal to modify Recommendation 30b of the Bacteriological Code (1990 Revision). Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2001, 51, 2221-2225.
COLLINS (M.D.), FARROW (J.A.E.), PHILLIPS (B.A.), FERUSU (S.) et JONES (D.) : Classification of Lactobacillus divergens, Lactobacillus piscicola, and some catalase-negative, asporogenous, rod-shaped bacteria from poultry in a new genus, Carnobacterium. Int. J. Syst. Bacteriol., 1987, 37, 310-316.
COLLINS (M.D.), HUTSON (R.A.), FOSTER (G.), FALSEN (E.) et WEISS (N.) : Isobaculum melis gen. nov., sp. nov., a Carnobacterium-like organism isolated from the intestine of a badger. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2002, 52, 207-210.
ROSSELLÓ-MORA (R.) et AMANN (R.) : Review. The species concept for prokaryotes. FEMS Microbiol. Rev., 2001, 25, 39-67.
STACKEBRANDT (E.), SCHUMANN (P.), SWIDERSKI (J.) et WEISS (N.) : Reclassification of Brevibacterium incertum (Breed 1953) as Desemzia incerta gen. nov., comb. nov. Int. J. Syst. Bacteriol., 1999, 49, 185-188.
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* : Quelques informations sur Meles meles :
. Classification d'après le NCBI Taxonomy Browser : Eukaryota ; Metazoa ; Chordata ; Craniata ; Vertebrata ; Euteleostomi ; Mammalia ; Eutheria ; Carnivora ; Fissipedia ; Mustelidae ; Melinae ; Meles ; Meles meles.
. Caractéristiques physiques, biologie, éthologie : University of Michigan Museum of Zoology, Animal Diversity Web : Meles meles
Desemzia incerta est la nouvelle combinaison, validement publiée en 1999, pour reclasser Brevibacterium incertum. Desemzia incerta présente peu d'intérêt en médecine vétérinaire car elle a été isolée uniquement des ovaires d'un insecte de la famille des Cicadidae (famille qui inclut, par exemple, la cigale) : Tibicen linnei.
Classification Tibicen linnei d'après le NCBI Taxonomy Browser : Eukaryota ; Metazoa ; Arthropoda ; Tracheata ; Hexapoda ; Insecta ; Pterygota ; Neoptera ; Paraneoptera ; Hemiptera ; Euhemiptera ; Cicadoidea ; Cicadidae ; Tibiceninae ; Tibicen ; Tinicen linnei.
Photographie de Tibicen linnei : University of Michigan Museum of Zoology, UMMZ Insect Division, Cicadas of Michigan, Tibicen linnei
*** : Composition (pour 1 litre de milieu) du bouillon MRS (DeMan, Rogosa et Sharpe)
Glucose : 20,0 g
Peptone : 10,0 g
Extraits de viande de bœuf : 8,0 g
Acétate de sodium 3H2O : 5,0 g
Extraits de levure : 4,0 g
K2HPO4 : 2,0 g
Citrate d'ammonium : 2,0 g
MgSO4.7H2O : 0,2 g
MnSO4.4H2O : 0,05 g
Tween 80 : 1,0 mL