J.P. Euzéby : Dictionnaire de Bactériologie Vétérinaire |
Créé le 07 février 2005
LARIBACTER, LARIBACTER HONGKONGENSIS
Note : Pour une information concernant les poissons cités dans ce fichier, voir le site FishBase (entrer le nom du genre et le nom de l'espèce dans le fichier Search FishBase).
Systématique
Les nomenclatures de Laribacter et de Laribacter hongkongensis ont été effectivement publiées en décembre 2001, puis validement publiées le 11 septembre 2002 par inscription sur la liste de validation n° 87.
Initialement, l'espèce Laribacter hongkongensis a été décrite sur la base d'une unique souche (la souche HKU1 = DSM 14985 = LMG 21516) isolée du sang et d'un empyème chez un patient cirrhotique âgé de 54 ans.
L'analyse des séquences des ARNr 16S montre que la souche HKU1 présente 93,8 p. cent d'homologie avec la souche type de Microvirgula aerodenitrificans, 92,3 p. cent d'homologie avec la souche type de Vogesella indigofera et moins de 92,8 p. cent d'homologie avec les autres représentants de la classe des "Betaproteobacteria".
Les caractères phénotypiques permettent de caractériser la souche HKU1, aussi, en accord avec les conclusions de Stackebrandt et Goebel, Yuen et al. proposent la création d'un nouveau genre et d'une nouvelle espèce, Laribacter hongkongensis.
Laribacter hongkongensis est généralement classé dans la famille des ¤ Neisseriaceae (ordre des "Neisseriales", classe des "Betaproteobacteria", phylum des "Proteobacteria", domaine des "Bacteria").
Caractères bactériologiques
La souche HKU1 rassemble des bacilles à Gram négatif, spiralés, immobiles et dépourvus de flagelles, non sporulés, aéro-anaérobies, non capnophiles, totalement inactifs vis-à-vis des sucres (ni fermentation ni oxydation ni assimilation).
. Une réponse positive est notée pour les tests catalase, oxydase, réduction des nitrates, uréase et ADH.
. Une réponse négative est obtenue avec les tests ONPG, LDC, ODC, TDA, production d'hydrogène sulfuré, indole, VP, gélatinase, hydrolyse de l'esculine, utilisation du citrate et du malonate.
. En utilisant une galerie API 20NE, seuls l'adipate, le caprate et le malonate sont assimilés.
. L'utilisation d'une galerie API 20E permet d'obtenir le code 2 0 1 0 0 0 4 et l'utilisation d'une galerie API 20NE le code 1 3 0 0 0 7 4.
Laribacter hongkongensis cultive à des températures comprises entre 25 et 42 °C (absence de culture à 4 °C, 44 °C et 50 °C) et tolère des concentrations en NaCl pouvant atteindre 2 p. cent.
En aérobiose, sur une gélose au sang de mouton, les colonies sont non hémolytiques, grisâtres et leur diamètre est d'environ 1 mm après 24 heures d'incubation à 37 °C.
Une croissance est également observée sur une gélose de MacConkey.
Ultérieurement, d'autres souches ont été isolées. Elles présentent des caractères similaires à la souche HKU1, mais elles sont mobiles grâce à une ciliature amphitriche.
La mobilité et la présence de flagelles sont des caractères phénotypiques importants. Les différences observées entre la souche type et les autres souches de l'espèce illustrent bien le fait que la souche type n'est pas obligatoirement la souche la plus représentative d'une espèce (voir l'entrée ¤ "Souche type" in ¤ "Glossaire de nomenclature bactérienne").
Habitat et pouvoir pathogène
À l'exception de la souche type, les autres souches de Laribacter hongkongensis ont été isolées de patients présentant une gastro-entérite et de poissons.
Dans une première étude, six souches de Laribacter hongkongensis ont été caractérisées chez six individus (trois habitants de Hong-Kong et trois suisses). Tous les patients souffraient de diarrhée et le germe a été isolé en culture pure (sur un milieu sélectif) à partir des selles. À l'exception d'une souche entérotoxinogène de Escherichia coli, aucun autre agent pathogène n'a pu être identifié.
Dans une deuxième étude, 17 souches de Laribacter hongkongensis ont été isolées à partir de 3788 individus atteints de gastro-entérites (diarrhées et éventuellement vomissements, douleurs abdominales, fièvre, maux de tête). Par contre, aucune souche n'a été mise en évidence chez 1894 individus sains. Quatre-vingt-quatorze p. cent des malades avaient consommé des poissons d'eau douce ou des filets de poissons d'eau douce.
Une enquête épidémiologique, réalisée à Hongkong, n'a pas permis d'isoler cette espèce à partir du contenu intestinal de porcs, de vaches, de poulets, de canards, d'oies et de poissons de mer (Acanthopagrus australis, Nemipterus virgatus, Eleutheronema tetradactylum, Pseudosciaena crocea, Halichoeres chloropterus, Parastromateus niger). En revanche, Laribacter hongkongensis a été isolé de poissons d'eau douce.
Ainsi, l'examen du contenu intestinal de 360 poissons d'eau douce appartenant à six espèces différentes* a permis d'isoler Laribacter hongkongensis du contenu intestinal de 24 p. cent des animaux : 36 amours blancs ou carpes herbivores (Ctenopharyngodon idella), 32 carpes marbrées ou carpes chinoises ou carpes à grosse tête (Aristichthys nobilis), 15 "mud carps" (Cirrhinus molitorella) et 3 achigans à grande bouche ou black-bass à grande bouche ou perches noires (Micropterus salmoides).
Au moins deux souches de Laribacter hongkongensis ont également été isolées de filets de poissons d'eau douce (espèces non précisées).
L'habitat de Laribacter hongkongensis pourrait être le tube digestif des poissons d'eau douce. La consommation de poissons crus ou insuffisamment cuits (brève cuisson à la vapeur) serait à l'origine de la contamination de l'homme. Comme pour la majorité des germes responsables de toxi-infections alimentaires, on ne peut exclure la possibilité d'une contamination accidentelle d'aliments destinés à être consommés crus (contamination croisée). La répartition géographique du germe semble large car l'infection de l'homme a été décrite chez des individus habitant ou ayant séjourné à Hong-Kong, au Japon, en Suisse, en Tunisie et à Cuba.
L'électrophorèse de l'ADN en champ pulsé (enzyme SpeI) montre que la plupart des souches isolées de malades sont apparentées ce qui suggère que certains clones soient particulièrement pathogènes.
Comme le souligne Farmer III et al., l'isolement de Laribacter hongkongensis lors de gastro-entérites ne prouve pas que cette bactérie soit à l'origine de la pathologie observée. D'autres travaux sont nécessaires pour prouver que Laribacter hongkongensis est bien l'agent étiologique de gastroentérites humaines.
Diagnostic bactériologique
Laribacter hongkongensis cultive facilement sur les milieux de culture classiques.
Pour faciliter son isolement au sein d'une flore complexe, Lau et al. utilisent une gélose de MacConkey contenant 32 µg/mL de céfopérazone. Ce milieu, incubé en aérobiose, donne de meilleurs résultats que le milieu CCDA [Charcoal Cefoperazone (32 µg/mL) Deoxycholate Agar] incubé en aérobiose ou dans une atmosphère micro-aérophile.
Laribacter hongkongensis présente des caractères phénotypiques pouvant évoquer ¤ Photobacterium damselae, Comamonas testosteroni ou Pseudomonas alcaligenes, notamment lorsque l'on a recours à des systèmes d'identification prêt à l'emploi.
Toutefois, ¤ Photobacterium damselae acidifie le glucose et produit une lysine décarboxylase alors que Comamonas testosteroni et Pseudomonas alcaligenes sont uréase négative et arginine di-hydrolase négative.
Laribacter hongkongensis peut être confondu avec une espèce du genre ¤ Campylobacter ou ¤ Arcobacter lorsque l'isolement est effectué sur une gélose CCDA incubée dans une atmosphère micro-aérophile. Toutefois, l'aérotolérance de cette espèce permet facilement de la différencier des ¤ Campylobacter sp. et la présence d'une uréase la différencie des ¤ Arcobacter sp.
Sensibilité aux antibiotiques
Laribacter hongkongensis (20 souches étudiées) est sensible à l'association amoxicilline acide clavulanique, au méropénème, à la lévofloxacine et à la gentamicine. Une résistance est observée vis-à-vis de l'ampicilline, du cefuroxime, de la ceftriaxone et de l'éryhtromycine. Une sensibilité variable selon les souches est notée pour la tétracycline (4 souches résistantes).
Six souches sur sept souches étudiées étaient également sensibles au cotrimoxazole.
Selon Woo et al. le traitement antibiotique devrait être réservé aux individus immunodéprimés ou aux individus souffrant de gastroentérites sévères. Les antibiotiques de choix seraient soit une quinolone (traitement des adultes) soit une association amoxicilline acide clavulanique (traitement des enfants).
Orientation bibliographique
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Pour chacune des six espèces (Ctenopharyngodon idella, Aristichthys nobilis, Cirrhinus molitorella, Micropterus salmoides, Siniperca chuatsi et Oreochromis mossambicus), les auteurs ont recherché Laribacter hongkongensis dans le contenu intestinal de 60 animaux.
Les poissons ont été prélevés dans des points de vente et, pour leur grande majorité d'entre eux, il s'agissait de poissons d'élevage.