|
||
|
Créé le 13 novembre 2001
MYCOBACTERIUM FORTUITUM, MYCOBACTERIUM PEREGRINUM
Autres dénominations :
Note : Pour une information concernant les poissons cités dans ce fichier, voir le site FishBase (rentrer le nom du genre et le nom de l'espèce dans le fichier Search FishBase).
Systématique
Les souches apparentées à Mycobacterium fortuitum avaient reçu différentes appellations : Mycobacterium fortuitum, "Mycobacterium giae", "Mycobacterium minetti", Mycobacterium fortuitum biovar Peregrinum (Mycobacterium peregrinum), "Mycobacterium ranae", Mycobacterium chelonei (sic), Mycobacterium abscessus, "Mycobacterium borstelense", "Mycobacterium friedmanii" et "Mycobacterium runyonii".
En 1980, la nomenclatures de Mycobacterium fortuitum a été retenue par les Approved Lists of Bacterial Names. Ultérieurement, Mycobacterium fortuitum a été subdivisé en deux sous-espèces (Mycobacterium fortuitum subsp. fortuitum et Mycobacterium fortuitum subsp. acetamidolyticum) et Mycobacterium peregrinum a été individualisé de Mycobacterium fortuitum. La création de deux sous-espèces au sein de l'espèce Mycobacterium fortuitum a été proposée en 1986 par Tsukamura et al. pour trois souches de mycobactéries isolées de crachats. Ces trois souches présentent 94 p. cent d'homologie ADN - ADN avec la souche type de Mycobacterium fortuitum mais elles se différencient de cette espèce par leurs caractères phénoypiques (utilisation du glutamate, utilisation de l'acétamide et composition des acides mycoliques). Cette proposition, validement publiée par inscription de Mycobacterium fortuitum subsp. acetamidolyticum sur la liste de validation n° 21, conduit, automatiquement, à la création de la sous-espèce Mycobacterium fortuitum subsp. fortuitum. Les données concernant Mycobacterium fortuitum subsp. acetamidolyticum sont très peu nombreuses et une recherche sur la base de données PubMed, effectuée le 24 octobre 2001, ne retrouve que quatre publications citant cette sous-espèce. Mycobacterium peregrinum a été décrit en 1962 mais une étude de taxonomie numérique effectuée en 1972 avait conclut que cette espèce était identique à Mycobacterium fortuitum. Au vu de ce résultat, Mycobacterium peregrinum n'a pas été inclus dans les Approved Lists of Bacterial Names. Ultérieurement, des études d'homologie ADN - ADN ont montré que ces deux taxons constituaient deux genomospecies2 différentes. En 1992, Kusonoki et Ezaki confirment ces résultats, ils montrent que ces deux taxons se différencient par leurs caractères phénotypiques et ils valident la nomenclature de Mycobacterium peregrinum. Les souches autrefois regroupées sous le nom de biovariant trois de Mycobacterium fortuitum sont actuellement réparties dans quatre nouvelles espèces : Mycobacterium boenickei, Mycobacterium brisbanense, Mycobacterium houstonense et Mycobacterium neworleanense. Compte tenu de ces changements, la liste des espèces constituant le "complexe Mycobacterium fortuitum" est donnée dans la note 1.
Les souches connues sous le nom de "Mycobacterium salmoniphilum" Ross1960 étaient considérées comme des représentants de Mycobacterium fortuitum ou de ¤ Mycobacterium chelonae. En novembre 2007, Whipps et al. montrent que la majorité de ces souches constituent une nouvelle espèce pour laquelle ils valident la nomenclature de ¤ Mycobacterium salmoniphilum (ex Ross 1960) Whipps et al. 2007, sp. nov., nom. rev.
Caractères bactériologiques
Mycobacterium fortuitum et Mycobacterium peregrinum sont des mycobactérie non responsables de tuberculose (MAMT pour mycobactéries autres que les mycobactéries de la tuberculose) appartenant au groupe IV de la classification de Runyon3 (mycobactéries à croissance rapide).
Outre les caractères généraux de la famille des Mycobacteriaceae4 et du genre Mycobacterium5, Mycobacterium fortuitum et Mycobacterium peregrinum présentent les caractères suivants :
Habitat et pouvoir pathogène
Les données concernant Mycobacterium peregrinum et Mycobacterium fortuitum subsp. acetamidolyticum sont peu nombreuses. Il est probable que l'habitat et le pouvoir pathogène de ces bactéries soient comparables à ceux de Mycobacterium fortuitum subsp. fortuitum. Toutefois, Mycobacterium peregrinum a été isolé de la glace de machines à glace alors que la présence de Mycobacterium fortuitum subsp. fortuitum dans ce type d'habitat n'a pas été rapporté. Mycobacterium fortuitum subsp. fortuitum est une sous-espèce largement répandue dans l'environnement. Elle est isolée de l'eau douce, de l'eau de mer, du sol et des eaux usées. Mycobacterium fortuitum subsp. fortuitum résiste mieux au chlore que les bactéries coliformes, il est apte à se multiplier dans l'eau distillée, il est isolé d'échantillons d'eau potable, il est isolé des systèmes de purification d'eau à usage domestique et il est présent dans les biofilms des conduites d'eau. Ces caractéristiques permettent de comprendre que cette bactérie puisse survivre et se multiplier dans les réseaux d'eau si bien que l'eau peut être à l'origine d'infections nosocomiales.
Chez l'homme, Mycobacterium fortuitum subsp. fortuitum est à l'origine de contaminations de plaies traumatiques ou chirurgicales et, plus rarement, d'infections cutanées (abcès chroniques ou ulcères chroniques), d'infections des tissus mous, d'ostéomyélites, de bactériémies (notamment consécutives à la pose de cathéters), d'infections pulmonaires chez des patients présentant une pathologie pulmonaire sous-jacente... Les infections de la cornée préalablement attribuées à Mycobacterium fortuitum subsp. fortuitum semblent en fait dues à ¤ Mycobacterium chelonae.
Chez l'animal, Mycobacterium fortuitum subsp. fortuitum est isolé de diverses espèces sauvages (mouches, amphibiens, reptiles, poissons, sangliers, phoques...) et domestiques (poissons, oiseaux, bovins, carnivores, équidés, porcs). Les animaux porteurs de Mycobacterium fortuitum subsp. fortuitum sont des animaux sains ou des animaux malades.
Diagnostic bactériologique
La mise en évidence de bactéries acido-alcoolo-résistantes dans les lésions permet de soupçonner une infection à Mycobacterium sp. Le diagnostic nécessite la mise en culture du prélèvement suivie de l'identification des bactéries. Mycobacterium fortuitum cultive généralement en 5 à 7 jours sur une gélose trypticase soja au sang de mouton ou sur milieu 7H11. Les caractères permettant de différencier Mycobacterium fortuitum et Mycobacterium peregrinum des espèces du "complexe Mycobacterium fortuitum" figurent dans le tableau I et les caractères permettant de différencier Mycobacterium fortuitum subsp. fortuitum des autres mycobactéries pathogènes pour les poissons (¤ Mycobacterium abscessus, ¤ Mycobacterium chelonae, ¤ Mycobacterium marinum, ¤ Mycobacterium pseudoshottsii, ¤ Mycobacterium salmoniphilum, ¤ Mycobacterium shottsii et Mycobacterium sp. souche RH20007) sont donnés dans le tableau II.
L'analyse des acides gras cellulaires est une technique réservée aux laboratoires spécialisés et il en va de même pour diverses techniques génétiques. Parmi ces dernières, outre le séquençage des ARNr 16S, on peut citer :
Sensibilité aux antibiotiques
Mycobacterium fortuitum résiste à de nombreux antibiotiques classiquement utilisés lors de mycobactérioses et la recherche de la sensibilité in vivo est souhaitable même si cette bactérie est généralement sensible à l'amikacine, à la ciprofloxacine, à l'enrofloxacine, à l'imipénème, à la céfoxitine, à la clarithromycine ou à l'azithromycine.
Orientation bibliographique
Site Web : Tuberculose. Techniques de diagnostic en mycobactériologie (Michel Fabre, Frédéric Augu & Stéphane Lecaudey)
BERCOVIER (H.) et VINCENT (V.) : Mycobacterial infections in domestic and wild animals due to Mycobacterium marinum, M. fortuitum, M. chelonae, M. porcinum, M. farcinogenes, M. smegmatis, M. scrofulaceum, M. xenopi, M. kansasii, M. simiae and M. genavense. Rev. Sci. Tech. Off. Int. Epiz., 2001, 20, 265-290. BRAGG (R.R.), HUCHZERMEYER (H.F.A.K.) et HANISCH (M.A.M.) : Mycobacterium fortuitum isolated from three species of fish in South Africa. Onderstepoort J. Vet. Res., 1990, 57, 101-102. BROWN-ELLIOT (B.A.) et WALLACE Jr (R.J.) : Clinical and taxonomic status of pathogeneic nonpigmented or late-pigmenting rapidly growing mycobacteria. Clin. Microbiol. Rev., 2002, 15, 716-746. CHOU (S.), CHEDORE (P.) et KASATIYA (S.) : Use of gas chromatographic fatty acid and mycolic acid cleavage product determination to differentiate among Mycobacterium genavense, Mycobacterium fortuitum, Mycobacterium simiae, and Mycobacterium tuberculosis. J. Clin. Microbiol., 1998, 36, 577-5779. COVERT (T.C.), RODGERS (M.R.), REYES (A.L.) et STELMA Jr. (G.N.) : Occurrence of nontuberculous mycobacteria in environmental samples. Appl. Environ. Microbiol., 1999, 65, 2492-2496. DEVALLOIS (A.), SENG GOH (K.) et RASTOGI (N.) : Rapid identification of mycobacteria to species level by PCR-restriction fragment length polymorphism analysis of the hsp65 gene and proposition of an algorithm to differentiate 34 mycobacterial species. J. Clin. Microbiol., 1997, 35, 2969-2973. DULIN (M.P.) : A review of tuberculosis (mycobacteriosis) in fish. Vet. Med, May 1979, 731-735. FALKINHAM (J.O.) : Epidemiology of infection by nontuberculous mycobacteria. Clin. Microbiol. Rev., 1996, 9, 177-215. HALL-STOODLEY (L.) et LAPPIN-SCOTT (H.) : Biofillm formation by the rapidly growing mycobacterial species Mycobacterium fortuitum. FEMS Microbiol. Lett., 1998, 168, 77-84. HECKERT (R.A.), ELANKUMARAN (S.), MILANI (A.) et BAYA (A.) : Detection of a new Mycobacterium species in wild striped bass in the Chesapeake Bay. J. Clin. Microbiol., 2001, 39, 710-715. IRWIN (P.J.), WHITHEAR (K.), LAVELLE (R.B.) et PARRY (B.W.) : Acute brochopneumonia associated with Mycobacterium fortuitum in a dog. Aust. Vet. J., 2000, 78, 254-257. KUSUNOKI (S.) et EZAKI (T.) : Proposal of Mycobacterium peregrinum sp. nov., nom. rev., and elevation of Mycobacterium chelonae subsp. abscessus (Kubica et al.) to species status: Mycobacterium abscessus comb. nov. Int. J. Syst. Bacteriol., 1992, 42, 240-245. LEWIS (D.T.) et KUNKLE (G.A.) : Opportunistic rapid-growing mycobacterial infections. In : C.E. GREENE : Infectious diseases of the dog and cat. W.B. Saunders Company, second edition, Philadelphia, 1998, pp.322-325. MALIK (R.), WIGNEY (D.I.), DAWSON (D.), MARTIN (P.), HUNT (G.B.) et LOVE (D.N.) : Infection of the subcutis and skin of cats with rapidly growing mycobacteria: a reveiw of microbiological and clinical findings. J. Feline Méd. Surg., 2000, 2, 35-48. MASON (I.), BOND (R.), GUNN-MOORE (D.A.) et SPARKES (A.) : The skin. In : I. RAMSEY et B. TENNANT : Manual of canine and feline infectious diseases. Bristish Small Animal Veterinary Association, Gloucester, 2001, pp. 197-218. PARK (H.Y.), JANG (H.), KIM (C.), CHUNG (B.), CHANG (C.L.), PARK (S.K.) et SONG (S.) : Detection and identification of mycobacteria by amplification of the internal transcribed spacer regions with genus-and species-specific PCR primers. J. Clin. Microbiol., 2000, 38, 4080-4085. RAAD (I.I.), VARTIVARIAN (S.), KHAN (A.) et BODEY (G.P.) : Catheter-related infections caused by the Mycobacterium fortuitum complex: 15 cases and review. Rev. Infect. Dis., 1991, 13, 1120-1125. RINGUET (H.), AKOUA-KOFFI (C.), HONORE (S.), VARNEROT (A.), VINCENT (V.), BERCHE (P.), GAILLARD (J.L.) et PIERRE-AUDIGIER (C.) : hsp65 sequencing for identification of rapidly growing mycobacteria. J. Clin. Microbiol., 1999, 37, 852-857. ROTH (A.), REISCHL (U.), STREUBEL (A.), NAUMANN (L.), KROPPENSTEDT (R.M.), HABICHT (M.), FISCHER (M.) et MAUCH (H.) : Novel diagnostic algorithm for identification of mycobacteria using genus-specific amplification of the 16S-23S rRNA gene spacer and restriction endonucleases. J. Clin. Microbiol., 2000, 38, 1094-1104. STEINGRUBE (V.A.), GIBSON (J.L.), BROWN (B.A.), ZHANG (Y.), WILSON (R.W.), RAJAGOPALAN (M.) et WALLACE Jr. (R.J.) : PCR amplification and restriction endonuclease analysis of a 65-kilodalton heat shock protein gene sequence for taxonomic separation of rapidly growing mycobacteria. J. Clin. Microbiol., 1995, 33, 149-153. STUDDERT (V.P.) et HUGHES (K.L.) : Treatment of opportunistic mycobacterial infections with enrofloxacin in cats. J. Amer. Vet. Med. Assoc., 1992, 201, 1388-1390. TALAAT (A.M.), REIMSCHUESSEL (R.) et TRUCKSIS (M.) : Identification of mycobacteria infecting fish to the species level using polymerase chain reaction and restriction enzyme analysis. Vet. Microbiol., 1997, 58, 229-237. TALAAT (A.), TRUCKSIS (M.), KANE (A.S.) et REIMSCHUESSEL (R.) : Pathogenicity of Mycobacterium fortuitum and Mycobacterium smegmatis to goldfish, Carassius auratus. Vet. Microbiol., 1999, 66, 151-164. TSUKAMURA (M.), YANO (I.), and IMAEDA (T.): Mycobacterium fortuitum subsp. acetamidolyticum, a new subspecies of Mycobacterium fortuitum. Microbiol. Immunol., 1986, 30, 97-110. VAN DUIJN (C.) : Tuberculosis in fishes. J. Small. Anim. Pract., 1981, 22, 391-411. WHIPPS (C.M.), BUTLER (W.R.), POURAHMAD (F.), WATRAL (V.G.) et KENT (M.L.) : Molecular systematics support the revival of Mycobacterium salmoniphilum (ex Ross 1960) sp. nov., nom. rev., a species closely related to Mycobacterium chelonae. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2007, 57, 2525-2531. WOODS (G.L.), BERGMANN (J.S.), WITEBSKY (F.G.), FAHLE (G.A.), WANGER (A.), BOULET (B.), PLAUNT (M.), BROWN (B.A.) et WALLACE Jr. (R.J.) : Multisite reproducibility of results obtained by the broth microdilution method for susceptibility testing of Mycobacterium abscessus, Mycobacterium chelonae, and Mycobacterium fortuitum. J. Clin. Microbiol., 1999, 37, 1676-1682.
AVIS JURIDIQUE IMPORTANT : Les informations qui figurent sur ce site sont soumises à une clause de non responsabilité et sont protégées par un copyright.
Le "complexe Mycobacterium fortuitum" rassemble Mycobacterium fortuitum subsp. fortuitum, Mycobacterium fortuitum subsp. acetamidolyticum, Mycobacterium peregrinum ainsi que des souches autrefois qualifiées de "Mycobacterium fortuitum du complexe biovariant trois" : Mycobacterium boenickei, Mycobacterium brisbanense, Mycobacterium houstonense et Mycobacterium neworleanense (voir le fichier Mycobacterium in List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature).
2 : Pour la définition d'une genomospecies voir le fichier Définitions d'une genomospecies et d'une espèce bactérienne.
Pour des raisons pratiques, les mycobactéries sont réparties en trois groupes : (i) Mycobacterium leprae ; (ii) les mycobactéries responsables de tuberculoses ou mycobactéries du complexe Mycobacterium tuberculosis (Mycobacterium africanum, Mycobacterium bovis, Mycobacterium microti et Mycobacterium tuberculosis) et (iii) les mycobactéries autres que les mycobactéries de la tuberculose (MAMT ou MOTT pour mycobacteria other than tuberculosis). Les MAMT étaient autrefois qualifiées de "mycobactéries atypiques" termes qui sont généralement abandonnés car ils pouvaient laisser croire que ces espèces n'étaient pas d'authentiques mycobactéries.
Dans la classification de Runyon, les MAMT sont distingués en quatre groupes :
La famille des Mycobacteriaceae La famille des Mycobacteriaceae constitue, avec les familles des Corynebacteriaceae (genres Corynebacterium et Turicella), des Dietziaceae (genre Dietzia), des Gordoniaceae (genre Gordonia), des Nocardiaceae (genres ¤ Nocardia et ¤ Rhodococcus), des Tsukamurellaceae (genres Tsukamurella) et des "Williamsiaceae" (genre Williamsia), le sous-ordre des Corynebacterineae placé dans l'ordre des Actinomycetales (voir le fichier ¤ Actinobacteria). Elle est constituée d'un unique genre, le genre Mycobacterium qui compte, à la date du 03 octobre 2001, 90 espèces dont trois (Mycobacterium avium, Mycobacterium fortuitum et Mycobacterium tuberculosis) sont divisées en sous-espèces (voir : ¤ Mycobacterium dans ¤ List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature). La définition de la famille des Mycobacteriaceae et de son unique genre repose sur trois critères : l'acido-alcoolo-résistance, la composition des acides mycoliques et la valeur du G + C. p. cent.
. Acido-alcoolo-résistance
. Composition des acides mycoliques
. G + C p. cent
Caractères bactériologiques du genre Mycobacterium Les mycobactéries sont des bacilles droits ou légèrement incurvés, de 0,2 à 0,6mm de diamètre sur 1,0 à 10,0 mm de longueur, présentant parfois des renflements ou des ramifications, formant occasionnellement des hyphes rampants qui se fragmentent très facilement en éléments bacillaires (Mycobacterium farcinogenes et Mycobacterium senegalense donnent des filaments qui se fragmentent peu), ne formant jamais d’hyphes aériens visibles à l'œil nu, prenant difficilement la coloration de Gram mais considérés comme à Gram positif (en fait, la paroi des mycobactéries possède une structure plus complexe que la paroi des bactéries à Gram positif et, sur un frottis coloré par la technique de Gram, les mycobactéries apparaissent souvent comme non colorées, sous la forme de "fantômes" ce qui les fait qualifier parfois de "à Gram neutre"), acido-alcoolo-résistants (coloration de Ziehl-Neelsen, coloration de Kinyoun, coloration fluorescente à l’auramine phéniquée), immobiles, non sporulés, aérobies stricts, catalase positive.
Sur le plan structural, elles se caractérisent par une paroi originale, très riche en lipides (60 p. cent des constituants) et dont la constitution explique, au moins partiellement, les propriétés tinctoriales, la pathogénicité et la résistance à divers antibiotiques.
Selon les espèces, le temps de génération des mycobactéries varie de 2 heures à plus de 200 heures et les colonies ne sont visibles qu’après un temps d'incubation compris entre 2 jours et 10 semaines, voire plus. En fonction de leur vitesse de croissance, les espèces du genre Mycobacterium sont divisées en 2 groupes :
Les termes de "tuberculose des poissons" ou de "fish tuberculosis" ne devraient pas être utilisés car ils peuvent laisser supposer que Mycobacterium fortuitum est à l'origine d'une véritable tuberculose. De plus, pour les personnes étrangères au monde médical, le mot tuberculose peut faire croire que cette bactérie est responsable de tuberculoses chez l'homme.
En 1997, Heckerts et al. isolent, de bars d'Amérique (Morone saxatilis), une souche de mycobactérie désignée Mycobacterium sp. RH2000. Les bars présentaient des lésions cutanées et des granulomes disséminés dans divers organes. Mycobacterium sp. RH2000 possède une séquence d'insertion particulière et les analyses phylogénétiques révèlent une parenté avec Mycobacterium ulcerans, Mycobacterium tuberculosis et Mycobacterium marinum. Les caractères bactériologiques permettent de différencier cette souche des espèces phylogénétiquement apparentées ainsi que des espèces du genre Mycobacterium pathogènes pour les poissons. Mycobacterium sp. souche RH2000 semble constituer une nouvelle espèce pour laquelle les auteurs suggèrent la dénomination de "Mycobacterium chesapeaki". Toutefois, des études complémentaires et notamment des études d'hybridation ADN - ADN sont nécessaires avant que cette nouvelle nomenclature puisse être validement publiée.
|
||