J.P. Euzéby : Dictionnaire de Bactériologie Vétérinaire

Créé le 12 septembre 2003

MYCOBACTERIUM PINNIPEDII

Dénomination vernaculaire : Dans les textes rédigés en anglais, Mycobacterium pinnipedii est souvent désigné par les termes de "seal bacillus".

Systématique

 
Le genre Mycobacterium est l'unique genre de la famille des Mycobacteriaceae¹ et, au sein de ce genre, les espèces Mycobacterium africanum, Mycobacterium bovis, ¤ Mycobacterium caprae, "Mycobacterium canettii"², Mycobacterium microti et Mycobacterium tuberculosis sont responsables de tuberculoses chez l'homme et/ou l'animal. Les études d'hybridation ADN-ADN, l'étude du polymorphisme électrophorétique des iso-enzymes, le séquençage des ARNr 16S et 23S, le séquençage des séquences intergéniques ADNr 16S-ADNr 23S, le séquençage des gènes codant pour la protéine du choc thermique Hsp65, le séquençage des gènes rpoB, katG, rpsL, gyrA et dnaJ, l'électrophorèse des protéines cellulaires et l'analyse des fragments de restriction obtenus avec EcoRI (technique RFEL dans laquelle les fragments sont marqués au ³²P) montrent que ces quatre espèces constituent en fait une unique genomospecies (pour la définition d'une genomospecies voir le fichier Définitions d'une genomospecies et d'une espèce bactérienne). Tous ces taxons devraient donc être considérés comme des sous-espèces (ou des biovars) d'une unique espèce qui, en raison des règles de priorité, devrait être appelée Mycobacterium tuberculosis. Toutefois, pour des raisons essentiellement liées à leur importance médicale et vétérinaire (le pouvoir pathogène et le spectre d'hôtes de ces espèces ne sont pas identiques), aucune proposition formelle n'a été faite et les noms de Mycobacterium africanum, Mycobacterium bovis, ¤ Mycobacterium caprae, Mycobacterium microti et Mycobacterium tuberculosis conservent un statut dans la nomenclature. Ces taxons sont fréquemment rassemblés sous la dénomination de mycobactéries du "complexe Mycobacterium tuberculosis" ou de "bacilles de la tuberculose". L'évolution supposée des taxons placés dans le "complexe Mycobacterium tuberculosis" figure dans la note infrapaginale n° 3.

À partir des années 1986, des cas de tuberculose ont été observés en Australie, en Nouvelle-Zélande, en Uruguay et en Argentine chez des pinnipèdes sauvages de la famille des Otariidae : Arctocephalus australis⁴ (otarie à fourrure d'Amérique du Sud), Arctocephalus forsteri⁵ (otarie à fourrure de Nouvelle-Zélande), Arctocephalus pusillus doriferus⁶ (otarie à fourrure d'Australie), Arctocephalus tropicalis⁷ (otarie à fourrure de l'île Amsterdam), Neophoca cinerea⁸ (lion de mer d'Australie) et Otaria flavescens ou Otaria byronia⁹ ( lion de mer austral ou lion de mer d'Amérique du Sud).
Des cas de tuberculose ont également été diagnostiqués chez des animaux élevés en captivité en Australie (Neophoca cinerea, Arctocephalus forsteri), en Uruguay (Otaria flavescens ou Otaria byronia) et au Royaume-Uni (Arctocephalus australis).
Les examens bactériologiques permettaient de mettre en évidence des souches de mycobactéries appartenant au "complexe Mycobacterium tuberculosis". Même si quelques études permettaient de rapprocher ces souches de Mycobacterium bovis, la majorité des auteurs soulignaient que les souches isolées des pinnipèdes formaient un groupe distinct au sein du "complexe Mycobacterium tuberculosis".
Des souches de Mycobacterium sp., très proches ou identiques aux souches isolées des pinnipèdes, ont été mises en évidence chez un tapir terrestre (Tapirus terrestris¹⁰) élevé en captivité au Royaume-Uni et vivant dans un enclos proche du bassin des otaries, chez un bovin néo-zélandais et chez un dresseur d'otaries.

La souche isolée de l'homme, la souche isolée d'un bovin, la souche isolée d'un tapir et 34 souches isolées de pinnipèdes ont été analysées par Cousins et al. et comparées à d'autres souches du "complexe Mycobacterium tuberculosis". Il est très surprenant de remarquer que les souches de Mycobacterium africanum, de Mycobacterium bovis et de Mycobacterium tuberculosis, utilisées par ces auteurs, ne sont pas les souches types de ces taxons !
. L'étude des acides mycoliques, des séquences des gènes gyrA, des séquences des gènes katG et des séquences des ARNr 16S permettent de confirmer que les 37 souches appartiennent bien au "complexe Mycobacterium tuberculosis".
. Les résultats de la FAFLP¹¹ (Fluorescent Amplified-Fragment Length Polymorphism) utilisant les enzymes de restriction EcoRI et MseI, du spoligotypage¹² et du séquençage des gènes mtp40, pncA et oxyr montrent que ces souches forment un groupe unique au sein du "complexe Mycobacterium tuberculosis".
. En dépit de la présence du gène codant pour la protéine MPB70¹³, aucune des 37 souches n'excrète l'antigène MPB70 (recherche effectuée à l'aide d'une technique immuno-enzymatique).
. Compte tenu de leur habitat naturel, de leurs caractères génétiques et de leurs caractères phénotypiques, Cousins et al. proposent la dénomination de Mycobacterium pinnipedii qui sera validement publiée le 12 septembre 2003.

Les travaux de Brosch et al. confirment que Mycobacterium pinnipedii constitue un taxon particulier au sein du "complexe Mycobacterium tuberculosis". En effet, par comparaison avec Mycobacterium tuberculosis, le génome des souches isolées des pinnipèdes se caractérise par la délétion des séquences RD7, RD8, RD9, RD10 et RD^seal (RD pour Regions of Difference).

Les résultats obtenus par la technique FAFLP ainsi que l'étude des spoligotypes suggèrent que les souches de Mycobacterium pinnipedii ont une origine clonale.

Caractères bactériologiques

La description de Mycobacterium pinnipedii, telle qu'elle est donnée par Cousins et al., ne respecte pas les recommandations édictées en 1992 par le "Sous-comité de taxonomie du genre Mycobacterium"¹⁴.

Les souches de Mycobacterium pinnipedii présentent les caractères du genre Mycobacterium¹⁵. Elles rassemblent des bacilles acido-alcoolo-résistants, non sporulés, immobiles, pouvant former des "cordes" peu serrées (le terme de "corde" désigne des bacilles groupés en amas allongés et torsadés).

La croissance est favorisée par le pyruvate de sodium et elle est généralement observée après 3 à 6 semaines sur des milieux à l'œuf incubés à 36 ou 37 °C. Les colonies sont dysgoniques, rugueuses, plates, non photochromogènes.

Mycobacterium pinnipedii ne réduit pas les nitrates et n'accumule pas de niacine (quelques souches donnent cependant un résultat faiblement ou moyennement positif). Il est sensible à 50 µg/mL de PZA (pyrazinamide et à 1 µg/mL de TCH (hydrazide de l'acide thiophène-2-carboxylique) à l'exception des souches isolées de Nouvelle-Zélande (ces souches sont toutefois sensibles à 10 µg/mL de TCH).

Toutes les souches hébergent les séquences génétiques IS6110, IS1081, mtp40 et MPB70 (la protéine MPB70 n'est toutefois pas détectée). Le codon 57 du gène pncA code pour une histidine et la base en position 285 du gène oxyR est une guanine.

Quelques caractères permettant de différencier Mycobacterium pinnipedii des autres taxons inclus dans le "complexe Mycobacterium tuberculosis" figurent dans le tableau I.

Habitat et pouvoir pathogène

Mycobacterium pinnipedii est responsable de tuberculoses chez les pinnipèdes. Les animaux sauvages infectés sont fréquemment retrouvés morts sur les plages. Lorsque l'état clinique des animaux peut être observé, on note généralement une anorexie, une perte de poids, de la toux et des difficultés respiratoires.
A l'autopsie les animaux présentent des lésions granulomateuses, de couleur blanche, localisées sur les poumons et sur les nœuds lymphatiques associés. Ces granulomes sont parfois présents sur le foie et sur les nœuds lymphatiques mésentériques.

Le spectre d'hôtes de Mycobacterium pinnipedii semble vaste puisque des cas d'infection ont été décrits chez un homme (tuberculose pulmonaire chez un dresseur d'otaries australien), un tapir (élevé en captivité à proximité d'un bassin d'otaries) et un bovin néo-zélandais.

Expérimentalement, l'inoculation de Mycobacterium pinnipedii au cobaye et au lapin provoque la mort des animaux en six semaines.

Diagnostic bactériologique

Après décontamination des prélèvements à la soude (méthode de Petroff), les prélèvements sont ensemencés sur un milieu de Löwenstein-Jensen modifié (remplacement du glycérol par du pyruvate de sodium) et sur un milieu de Stonebrink¹⁶ incubés à 37 °C. Lors de l'isolement, la culture est toujours lente et n'apparaît qu'au bout de 4 à 8 semaines.

Le diagnostic de genre est facile mais le diagnostic d'espèce n'est pas à la portée de tous les laboratoires (voir tableau I). La souche devra être confiée à un laboratoire spécialisé dans l'étude des mycobactéries et tout particulièrement dans l'étude des bacilles tuberculeux.
De plus, il convient de rappeler que Mycobacterium pinnipedii est l'agent d'une zoonose et que cette espèce sera probablement placée dans la catégorie des germes présentant un niveau de risque 3 (voir le fichier ¤ "Classification des bactéries en fonction du risque d'infection pour l'homme"), ce qui rend nécessaire l'envoi des souches à un laboratoire de référence.

Sensibilité aux antibiotiques

La sensibilité aux antibiotiques a été testée en utilisant le système MGIT (Mycobacterial Growth Indicator Tube, Becton Dickinson). Le système MGIT utilise des tubes contenant un bouillon de Middlebroock 7H9 et un marqueur dont la fluorescence est inhibée par l'oxygène. La croissance des mycobactéries conduit à une consommation de l'oxygène et à l'apparition d'une fluorescence détectée par un automate.

Les résultats obtenus avec 11 souches montrent que Mycobacterium pinnipedii est sensible à l'isoniazide, à la rifampicine, à la streptomycine, à l'éthambutol et à l'acide para-aminosalicylique.

Orientation bibliographique

Site Web : Tuberculose. Techniques de diagnostic en mycobactériologie (Michel Fabre, Frédéric Augu & Stéphane Lecaudey)

AHMED (N.), ALAM (M.), MAJEED (A.A.), RAHMAN (S.A.), CATALDI (A.), COUSINS (D.), SEYED (E.) et HASNAIN (S.E.) : Genome sequence based, comparative analysis of the fluorescent amplified fragment length polymorphisms (FAFLP) of tubercle bacilli from seals provides molecular evidence for a new species within the Mycobacterium tuberculosis complex. Infect. Genetics Evol., 2003, 2, 193-199.

ARANAZ (A.), LIÉBANA (E.), GÓMEZ-MAMPASO (E.), GALÁN (J.C.), COUSINS (D.), ORTEGA (A.), BLÁZQUEZ (J.), BAQUERO (F.), MATEOS (A.), SÚAREZ (G.) et DOMÍNGUEZ (L.) : Mycobacterium tuberculosis subsp. caprae subsp. nov.: a taxonomic study of a new member of the Mycobacterium tuberculosis complex isolated from goats in Spain. Int. J. Syst. Bacteriol, 1999, 49, 1263-1273.

ALITO (A.), ROMANO (M.I.), BIGI (F.), ZUMARRAGA (M.), CATALDI (A.) : Antigenic characterization of mycobacteria from South American wild seals. Vet. Microbiol., 1999, 68, 293-299.

BASTIDA (R.), LOUREIRO (J.), QUSE (V.), BERNARDELLI (A.), RODRIGUEZ (D.) et COSTA (E.) : Tuberculosis in a wild subantartic fur seal from Argentina. J. Wildlife Dis., 1999, 35, 796-798.

BERNARDELLI (A.), BASTIDA (R.), LOUREIRO (J.), MICHELIS (H.), ROMANO (M.I.), CATALDI (A.) et COSTA (E.) : Tuberculosis in sea lions and fur seals from the south-western Atlantic coast. Rev. Sci. Tech. Off. Int. Epiz., 1996, 15, 985-1005.

BROSCH (R.), GORDON (S.V.), MARMIESSE (M.), BRODIN (P.), BUCHRIESER (C.), EIGLMEIER (K.), GARNIER (T.), GUTIERREZ (C.), HEWINSON (G.), KREMER (K.), PARSONS (L.M.), PYM (A.S.), SAMPER (S.), VAN SOOLINGEN (D.) et COLE (S.T.) : A new evolutionary scenario for the Mycobacterium tuberculosis complex. Proc. Natl. Acad. Sci. USA., 2002, 99, 3684-3689.

COUSINS (D.V.), BASTIDA (R.), CATALDI (A.), QUSE (V.), REDROBE (S.), DOW (S.), DUIGNAN (P.), MURRAY (A.), DUPONT (C.), AHMED (N.), COLLINS (D.M.), BUTLER (W.R.), DAWSON (D.), RODRIGUEZ (D.), LOUREIRO (J.), ROMANO (M.I.), ALITO (A.), ZUMARRAGA (M.) et BERNARDELLI (A.) : Tuberculosis in seals caused by a novel member of the Mycobacterium tuberculosis complex: Mycobacterium pinnipedii sp. nov. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 53, 1305-1314.

COUSINS (D.V.), WILLIAMS (S.N.), REUTER (R.), DORSHAW (D.), CHADWICK (B.), COUGHRAN (D.), COLLINS (P.) et GALES (N.) : Tuberculosis in wild seals and characterisation of the seal bacillus. Aust. Vet. J., 1993, 70, 92-97.

FORSHAW (D.) et PHELPS (G.R.) : Tuberculosis in a captive colony of pinnipeds. J. Wildlife Dis., 1991, 27, 288-295.

GOULDING (J.N.), STANLEY (J.), SAUNDERS (N.) et ARNOLD (C.) : Genome-sequence-based fluorescent amplified-fragment length polymorphism analysis of Mycobacterium tuberculosis. J. Clin. Microbiol., 2000, 38, 1121-1126.

LIÉBANA (E.), ARANAZ (A.), FRANCIS (B.) et COUSINS (D.) : Assessment of genetic markers for species differentiation within the Mycobacterium tuberculosis complex. J. Clin. Microbiol., 1996, 34, 933-938.

MOSTOWY (S.), COUSINS (D.), BRINKMAN (J.), ARANAZ (A.) et BEHR (M.A.) : Genomic deletions suggest a phylogeny for the Mycobacterium tuberculosis complex. J. Infect. Dis., 2002, 186, 74-80.

ROMANO (M.I.), ALITO (A.), BIGI (F.), FISANOTTI (J.C.) et CATALDI (A.) : Genetic characterization of mycobacteria from South American wild seals. Vet. Microbiol., 1995, 47, 89-98.

WOODS (R.), COUSINS (D.V.), KIRKWOOD (R.) et OBENDORF (D.L.) : Tuberculosis in a wild Australian fur seal (Arctocephalus pusillus doriferus) from Tasmania. J. Wildlife Dis., 1995, 31, 83-86.

ZUMARRAGA (M.J.), BERNARDELLI (A.), BASTIDA (R.), QUSE (V.), LOUREIRO (J.), CATALDI (A.), BIGI (F.), ALITO (A.), CASTRO RAMOS (M.), SAMPER (S.), OTAL (I.), MARTIN (C.) et ROMANO (MI.) : Molecular characterization of mycobacteria isolated from seals. Microbiology, 1999, 145, 2519-2526.

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Note 1 : La famille des Mycobacteriaceae

La famille des Mycobacteriaceae constitue avec les familles des Corynebacteriaceae (genres Corynebacterium et Turicella), des Dietziaceae (genre Dietzia) des Gordoniaceae (genre Gordonia) des Nocardiaceae (genres ¤ Nocardia et ¤ Rhodococcus) et des Tsukamurellaceae (genres Tsukamurella), le sous-ordre des Corynebacterineae placé dans l'ordre des Actinomycetales (voir le fichier ¤ Actinobacteria). Elle est constituée d'un unique genre, le genre Mycobacterium qui compte de multiples espèces dont deux (Mycobacterium avium et Mycobacterium fortuitum) sont divisées en sous-espèces (voir : ¤ Mycobacterium in ¤ List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature).

La définition de la famille des Mycobacteriaceae et de son unique genre repose sur trois critères : l'acido-alcoolo-résistance, la composition des acides mycoliques et la valeur du G + C. p. cent.

. Acido-alcoolo-résistance
Les mycobactéries, après avoir été colorées à chaud par la fuchsine phéniquée de Ziehl ou à froid par la fuchsine phéniquée de Kinyoun ou à froid par l'auramine, retiennent les colorants même après avoir été traitées par l'action successive ou simultanée d'acide et d'alcool. Cette propriété tinctoriale repose sur la présence d'acides mycoliques (Cf. infra).
Les espèces des genres Corynebacterium, Dietzia, Gordonia, ¤ Nocardia, ¤ Rhodococcus et Tsukamurella peuvent présenter un caractère d'acido-résistance, notamment lorsqu'elles sont cultivées dans des milieux riches en lipide mais elles sont décolorées par l'action conjointe d'acide et d'alcool.

. Composition des acides mycoliques
Les acides mycoliques sont des acides gras à longue chaîne carbonée, alpha-ramifiés et bêta-hydroxylés. Ils sont des constituants majeurs de la paroi et ils sont liés au peptidoglycane par l'intermédiaire d'arabinogalactane. Ils constituent une barrière hydrophobe autour de la bactérie, prévenant l'action décolorante des acides et des alcools et ils confèrent à la bactérie une résistance à des agents chimiques ce qui est mis à profit pour l'isolement de ces germes dans un prélèvement plurimicrobien (méthodes de décontamination).
Les espèces des genres Corynebacterium, Dietzia, Gordonia, ¤ Nocardia, ¤ Rhodococcus et Tsukamurella synthétisent également des acides mycoliques. La structure des acides mycoliques diffère selon les genres et cette propriété est mise à profit en taxonomie. Contrairement aux acides mycoliques des autres genres, ceux des mycobactéries sont des molécules de haut poids moléculaire, contenant entre 60 et 90 atomes de carbone et qui, après pyrolyse, libèrent des esters comprenant 22 à 26 atomes de carbone. De plus, seules certaines espèces du genre Mycobacterium synthétisent des acides mycoliques porteurs de fonctions oxygénées supplémentaires (méthoxyl, cétone, époxyde, carboxylique).

. G + C p. cent
À l'exception de Mycobacterium leprae (G + C p. cent compris entre 54 et 57), toutes les mycobactéries ont un G + C p. cent variant de 61 à 71.

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Note 2 : "Mycobacterium canettii"

En 1969, Canetti isole d'un patient français une souche de Mycobacterium tuberculosis donnant des colonies lisses ce qui est tout à fait inhabituel pour cette espèce. En 1997, van Soolingen et al. décrivent la souche So93, isolée d'un enfant somalien âgé de deux ans et présentant des adénites. Les caractères phénotypiques de cette souche sont identiques à ceux de Mycobacterium tuberculosis mais les colonies de la souche So93 sont lisses même si, au cours des repiquages, on peut voir apparaître des colonies rugueuses. Quelle que soit la morphologie des colonies, la souche So93 est pathogène pour le cobaye.
Les souches Canetti et So93 se caractérisent par leurs séquences DR (Direct Repeat), par la présence d'une seule copie de la séquence d'insertion IS1081, par la délétion de la séquence RD^can (RD pour Regions of Difference), par la séquence de leurs gènes recA, par la présence de 26 espaceurs non retrouvés chez les autres taxons du "complexe Mycobacterium tuberculosis" (voir ci-dessous la note 12) et par la structure de leurs glycolipides et de leurs lipo-oligosaccharides. Pour ces différentes raisons, les souches Canetti et So93 occupent une place à part au sein des mycobactéries du "complexe Mycobacterium tuberculosis".

En ce qui concerne la nomenclature, la publication de van Soolingen et al. constitue une véritable source de confusion. En effet, ces auteurs proposent de rassembler les souches Canetti et So93 au sein d'un taxon qu'ils dénomment "Mycobacterium canetti" (sic) ou "Mycobacterium tuberculosis subsp. Canetti" (sic) ou Mycobacterium tuberculosis type Canetti. Si on ajoute que les auteurs ne désignent aucune souche type et que la description de leur taxon est loin d'être conforme aux exigences du Code de Nomenclature, on comprend qu'aucune des dénominations proposées par van Soolingen et al. ne possède un statut "officiel" dans la nomenclature bactérienne.
Par la suite, et selon les auteurs, ce taxon sera appelé "Mycobacterium canettii" (corrig.) ou "Mycobacterium tuberculosis subsp. canettii" (corrig.). Dans de nombreuses publications ces noms ne sont pas écrits entre guillemets ce qui peut laisser croire, à tort, que ces nomenclatures ont été validement publiées.

L'habitat de "Mycobacterium canettii" n'est pas connu avec certitude. Selon van Soolingen et al. le réservoir de germes pourrait être une espèce animale. En 1998, une publication rapporte l'isolement d'une souche de "Mycobacterium canettii" chez un patient suisse âgé de 56 ans, contaminé par le virus HIV et présentant des signes de tuberculose mésentérique. Ce patient a effectué plusieurs voyages en Afrique de l'est et les auteurs considèrent que la contamination a probablement eu lieu en Afrique. Toutefois, ce malade ne semble avoir eu aucun contact avec des animaux ce qui remet en cause l'hypothèse d'un réservoir animal.

Références:
. PFYFFER (G.E.), AUCKENTHALER (R.), VAN EMBDEN (J.D.) et VAN SOOLINGEN (D.) : Mycobacterium canettii, the smooth variant of M. tuberculosis, isolated from a Swiss patient exposed in Africa. Emerg. Infect. Dis., 1998, 4, 631-634.
. VAN SOOLINGEN (D.), HOOGENBOEZEM (T.), DE HAAS (P.E.W.), HERMANS (P.W.M.), KOEDAM (M.A.), TEPPEMA (K.S.), BRENNAN (P.J.), BESRA (G.S.), PORTAELS (F.), TOP (J.), SCHOULS (L.M.) and VAN EMBDEN (J.D.A.): A novel pathogenic taxon of the Mycobacterium tuberculosis complex, Canetti: characterization of an exceptional isolate from Africa. Int. J. Syst. Bacteriol, 1997, 47, 1236-1245.

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Note 3 : Evolution des espèces du "complexe Mycobacterium tuberculosis"

La mise en évidence de délétions dans le génome des espèces placées dans le "complexe Mycobacterium tuberculosis" suggère l'évolution suivante :
. Toutes les souches dérivent d'un ancêtre commun.
. La présence de 26 espaceurs (voir ci-dessous la note 12), non retrouvés chez les autres espèces, semble indiquer que "Mycobacterium canettii" est la première espèce à avoir divergé à partir de l'ancêtre commun. Cette espèce se distingue également des autres espèces par la perte de la séquence RD^can (RD pour Regions of Difference).
. Les autres espèces dériveraient de Mycobacterium tuberculosis par pertes successives de séquences génomiques.
. Selon les souches, Mycobacterium africanum se caractérise par la perte de la séquence RD9 ou par la perte des séquences RD9, RD7, RD8 et RD10.
. À partir de Mycobacterium africanum, la perte de la séquence RD^mic aurait donné naissance à Mycobacterium microti et la perte de la séquence RD^seal à Mycobacterium pinnipedii.
. Toujours à partir de Mycobacterium africanum, la perte des séquences RD12 et RD13 aurait conduit à l'émergence de ¤ Mycobacterium caprae puis la perte supplémentaire de la séquence RD4 à Mycobacterium bovis. Les souches de BCG possèdent des délétions supplémentaires : perte de la séquence RD1 pour la souche BCG Tokyo et perte des séquences RD1, RD2 et RD14 pour la souche BCG Pasteur.

Ces résultats, résumés dans le tableau ci-dessous, montrent que l'hypothèse d'une évolution de Mycobacterium tuberculosis à partir de souches de Mycobacterium bovis est erronée. En fait, Mycobacterium bovis ainsi que les autres espèces du "complexe Mycobacterium tuberculosis" (à l'exception de "Mycobacterium canettii") semblent dériver de Mycobacterium tuberculosis.

Références :
. BROSCH (R.), GORDON (S.V.), MARMIESSE (M.), BRODIN (P.), BUCHRIESER (C.), EIGLMEIER (K.), GARNIER (T.), GUTIERREZ (C.), HEWINSON (G.), KREMER (K.), PARSONS (L.M.), PYM (A.S.), SAMPER (S.), VAN SOOLINGEN (D.) et COLE (S.T.) : A new evolutionary scenario for the Mycobacterium tuberculosis complex. Proc. Natl. Acad. Sci. USA., 2002, 99, 3684-3689.
. MOSTOWY (S.), COUSINS (D.), BRINKMAN (J.), ARANAZ (A.) et BEHR (M.A.) : Genomic deletions suggest a phylogeny for the Mycobacterium tuberculosis complex. J. Infect. Dis., 2002, 186, 74-80.

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Note 4 : Arctocephalus australis (otarie à fourrure d'Amérique du Sud)

Classification d'après le NCBI Taxonomy Browser : Eukaryota ; Fungi/Metazoa group ; Metazoa ; Eumetazoa ; Bilateria ; Coelomata ; Deuterostomia ; Chordata ; Craniata ; Vertebrata ; Gnathostomata ; Teleostomi ; Euteleostomi ; Sarcopterygii ; Tetrapoda ; Amniota ; Mammalia ; Theria ; Eutheria ; Carnivora ; Pinnipedia ; Otariidae ; Arctocephalus ; Arctocephalus australis.

Pour des informations sur Arctocephalus australis voir le fichier Arctocephalus australis sur le site Animal Diversity Web (Museum of Zoology, University of Michigan).

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Note 5 : Arctocephalus forsteri (otarie à fourrure de Nouvelle-Zélande)

Classification d'après le NCBI Taxonomy Browser : Eukaryota ; Fungi/Metazoa group ; Metazoa ; Eumetazoa ; Bilateria ; Coelomata ; Deuterostomia ; Chordata ; Craniata ; Vertebrata ; Gnathostomata ; Teleostomi ; Euteleostomi ; Sarcopterygii ; Tetrapoda ; Amniota ; Mammalia ; Theria ; Eutheria ; Carnivora ; Pinnipedia ; Otariidae ; Arctocephalus ; Arctocephalus forsteri.

Pour des informations sur Arctocephalus forsteri voir le fichier Arctocephalus forsteri sur le site Animal Diversity Web (Museum of Zoology, University of Michigan).

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Note 6 : Arctocephalus pusillus doriferus (otarie à fourrure d'Australie)

Classification d'après le NCBI Taxonomy Browser : Eukaryota ; Fungi/Metazoa group ; Metazoa ; Eumetazoa ; Bilateria ; Coelomata ; Deuterostomia ; Chordata ; Craniata ; Vertebrata ; Gnathostomata ; Teleostomi ; Euteleostomi ; Sarcopterygii ; Tetrapoda ; Amniota ; Mammalia ; Theria ; Eutheria ; Carnivora ; Pinnipedia ; Otariidae ; Arctocephalus ; Arctocephalus pusillus ; Arctocephalus pusillus doriferus.

Pour des informations sur Arctocephalus pusillus doriferus voir le fichier Arctocephalus pusillus sur le site Animal Diversity Web (Museum of Zoology, University of Michigan).

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Note 7 : Arctocephalus tropicalis (otarie à fourrure de l'île Amsterdam)

Classification d'après le NCBI Taxonomy Browser : Eukaryota ; Fungi/Metazoa group ; Metazoa ; Eumetazoa ; Bilateria ; Coelomata ; Deuterostomia ; Chordata ; Craniata ; Vertebrata ; Gnathostomata ; Teleostomi ; Euteleostomi ; Sarcopterygii ; Tetrapoda ; Amniota ; Mammalia ; Theria ; Eutheria ; Carnivora ; Pinnipedia ; Otariidae ; Arctocephalus ; Arctocephalus tropicalis.

Pour des informations sur Arctocephalus tropicalis voir le fichier Arctocephalus tropicalis sur le site Animal Diversity Web (Museum of Zoology, University of Michigan).

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Note 8 : Neophoca cinerea (lion de mer d'Australie).

Classification d'après le NCBI Taxonomy Browser : Eukaryota ; Fungi/Metazoa group ; Metazoa ; Eumetazoa ; Bilateria ; Coelomata ; Deuterostomia ; Chordata ; Craniata ; Vertebrata ; Gnathostomata ; Teleostomi ; Euteleostomi ; Sarcopterygii ; Tetrapoda ; Amniota ; Mammalia ; Theria ; Eutheria ; Carnivora ; Pinnipedia ; Otariidae ; Neophoca ; Neophoca cinerea.

Pour des informations sur Neophoca cinerea voir le fichier Neophoca cinerea sur le site Animal Diversity Web (Museum of Zoology, University of Michigan).

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Note 9 : Otaria flavescens ou Otaria byronia ( lion de mer austral ou lion de mer d'Amérique du Sud)

Classification d'après le NCBI Taxonomy Browser : Eukaryota ; Fungi/Metazoa group ; Metazoa ; Eumetazoa ; Bilateria ; Coelomata ; Deuterostomia ; Chordata ; Craniata ; Vertebrata ; Gnathostomata ; Teleostomi ; Euteleostomi ; Sarcopterygii ; Tetrapoda ; Amniota ; Mammalia ; Theria ; Eutheria ; Carnivora ; Pinnipedia ; Otariidae ; Otaria ; Otaria byronia.

Pour des informations sur Otaria byronia voir le fichier Otaria byronia sur le site Animal Diversity Web (Museum of Zoology, University of Michigan) ou le fichier South American Sea Lion sur le site Seal Conservation Society.

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Note 10 : Tapirus terrestris (tapir terrestre, tapir d'Amérique)

Classification d'après le NCBI Taxonomy Browser : Eukaryota ; Fungi/Metazoa group ; Metazoa ; Eumetazoa ; Bilateria ; Coelomata ; Deuterostomia ; Chordata ; Craniata ; Vertebrata ; Gnathostomata ; Teleostomi ; Euteleostomi ; Sarcopterygii ; Tetrapoda ; Amniota ; Mammalia ; Theria ; Eutheria ; Perissodactyla ; Tapiridae ; Tapirus ; Tapirus terrestris.

Pour des informations sur Tapirus terrestris voir le fichier Tapirus terrestris sur le site Animal Diversity Web (Museum of Zoology, University of Michigan).

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Note 11 : Pour des renseignements sur l'AFLP, le lecteur pourra consulter les articles (accessibles en ligne) ou les sites cités dans le fichier AFLP:AMPLIFIED FRAGMENT LENGTH POLYMORPHISMS du site PCRLinks.com - The Web Guide of Polymerase Chain Reaction.

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Note 12 : Spoligotypage

Les régions DR (Direct Repeat), spécifiques du "complexe Mycobacterium tuberculosis", sont constituées de l'alternance de séquences identiques appelées DR et de séquences différentes les unes des autres et appelées espaceurs (spacers). Un espaceur donné peut être présent chez une espèce et être absent chez les autres représentants du "complexe Mycobacterium tuberculosis".
Le spoligotypage (pour spacers oligotyping) exploite le polymorphisme de l'ADN des espaceurs situés entre les séquences DR. Chez Mycobacterium tuberculosis, 43 espaceurs sont situés entre les séquences DR. Chez Mycobacterium bovis, ¤ Mycobacterium caprae et Mycobacterium pinnipedii les espaceurs 39 à 43 sont absents.

Au sein de l'espèce Mycobacterium pinnipedii, il est possible de reconnaître quatre spoligotypes différents :
Le spoligotype SS-1 (souches d'origine australienne et la grande majorité des souches d'origine argentine) caractérisé par l'absence des espaceurs 1 à 3, 7 à 22 et 39 à 43.
Le spoligotype SS-2 (une souche isolée en Argentine) caractérisé par l'absence des espaceurs 1 à 3, 7 à 22, 35, 36 et 39 à 43.
Le spoligotype SS-3 (souches isolées au Royaume-Uni) caractérisé par l'absence des espaceurs 1 à 3, 7 à 22, 28 et 39 à 43.
Le spoligotype SS-4 (souches néo-zélandaises) caractérisé par l'absence des espaceurs 1 à 24 et 39 à 43.

D'autres caractéristiques concernant les espaceurs des mycobactéries du "complexe Mycobacterium tuberculosis" sont sonnées dans le tableau Quelques caractères permettant de différencier les mycobactéries du "complexe Mycobacterium tuberculosis".

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Note 13 : Antigène MPB70

Bien que le gène codant pour la protéine MPB70 soit présent chez toutes les espèces du "complexe Mycobacterium tuberculosis", la protéine MPB70 n'est excrétée (détection à l'aide d'une technique immuno-enzymatique) que par les souches de Mycobacterium bovis.

Ainsi, les résultats de l'étude de Liébana et al. montrent que 100 p. cent des souches de Mycobacterium bovis (178 souches dont 17 souches de BCG) excrètent l'antigène MBP70 alors que pour les autres espèces les résultats sont les suivants :
Mycobacterium africanum : 1 souche sur 11 excrète l'antigène MPB70 ;
Mycobacerium pinnipedii : 0 souche sur 17 excrète l'antigène MPB70 ;
Mycobacterium microti : 0 souche sur 7 excrète l'antigène MPB70 ;
Mycobacterium tuberculosis : 1 souche sur 36 excrète l'antigène MPB70 ;
Myocbacterium sp. (souches n'appartenant pas au "complexe Mycobacterium tuberculosis") : 0 souche sur 24 excrète l'antigène MPB70.

Référence : LIÉBANA (E.), ARANAZ (A.), FRANCIS (B.) et COUSINS (D.) : Assessment of genetic markers for species differentiation within the Mycobacterium tuberculosis complex. J. Clin. Microbiol., 1996, 34, 933-938.

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Note 14 :

Le Code de Nomenclature conseille de respecter les normes établies par les divers sous-comité de nomenclature (recommandation 30b) mais le respect de ces normes n'est pas une obligation.
Pour de plus amples informations, voir le fichier Minimal standards for the description of new taxa in List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature.

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Note 15 : Caractères bactériologiques du genre Mycobacterium

Les mycobactéries sont des bacilles droits ou légèrement incurvés, de 0,2 à 0,6 mm de diamètre sur 1,0 à 10,0 mm de longueur, présentant parfois des renflements ou des ramifications, formant occasionnellement des hyphes rampants qui se fragmentent très facilement en éléments bacillaires (Mycobacterium farcinogenes et Mycobacterium senegalense donnent des filaments qui se fragmentent peu), ne formant jamais d'hyphes aériens visibles à l'œil nu, prenant difficilement la coloration de Gram mais considérés comme à Gram positif (en fait, la paroi des mycobactéries possède une structure plus complexe que la paroi des bactéries à Gram positif et, sur un frottis coloré par la technique de Gram, les mycobactéries apparaissent souvent comme non colorées, sous la forme de "fantômes" ce qui les fait qualifier parfois de "à Gram neutre"), acido-alcoolo-résistants (coloration de Ziehl-Neelsen, coloration de Kinyoun, coloration fluorescente à l'auramine phéniquée), immobiles, non sporulés, aérobies stricts, catalase positive.

Sur le plan structural, elles se caractérisent par une paroi originale, très riche en lipides (60 p. cent des constituants) et dont la constitution explique, au moins partiellement, les propriétés tinctoriales, la pathogénicité et la résistance à divers antibiotiques.
La paroi est constituée de 3 couches. La plus interne, qualifiée de squelette pariétal, est formée d'un peptidoglycane sur lequel est fixé un polymère d'arabino-galactane composé de l'alternance de molécules d'arabinose et de galactose qui s'attachent par des liaisons esters à des acides mycoliques situés dans la couche intermédiaire (apparaissant comme un espace clair en microscopie électronique). La partie externe de la paroi, est formée d'une matrice de phospholipides (phospholipides simples estérifiés par des acides tuberculostéariques et phospholipides contenant du mannose), de molécules amphiphiles (sulpholipides, phénolglycolipides, dimycolates de tréhalose...), de protéines dont certaines sont sans doute des porines et de mycosides. Les mycosides sont des peptidoglycolipides dont la structure antigénique permet, pour certaines espèces, de décrire des sérovars. Chez certaines souches, la couche externe de mycosides peut être très épaisse et forme une pseudocapsule. La paroi est traversée de part en part par des molécules de lipo-arabinomananne qui sont ancrées par leur partie lipidique dans la membrane cytoplasmique et dont la partie polysaccharidique gagne la surface cellulaire. Ces molécules joueraient un rôle dans la cohésion de la paroi.

Selon les espèces, le temps de génération des mycobactéries varie de 2 heures à plus de 200 heures et les colonies ne sont visibles qu'après un temps d'incubation compris entre 2 jours et 10 semaines, voire plus. En fonction de leur vitesse de croissance, les espèces du genre Mycobacterium sont divisées en 2 groupes :
. les mycobactéries à croissance lente, ne formant des colonies qu'après 7 jours de culture et incapables de cultiver sur des milieux bactériologiques standards ;
. les mycobactéries à croissance rapide, formant des colonies en moins de 7 jours et aptes à se développer sur gélose nutritive ou peptonée.
Les mycobactéries à croissance lente possède une seule copie des gènes codant pour les ARNr alors que celles à croissance rapide en possèdent au moins deux.
Les colonies sont lisses (S) ou rugueuses (R), eugoniques (de taille importante) ou dysgoniques (colonies minuscules), non pigmentées ou produisant des pigments caroténoïdes non diffusibles. Dans ce dernier cas, on distingue les espèces photochromogènes (pigmentation apparaissant lorsque la culture est réalisée à la lumière) et les espèces scotochromogènes (pigmentation également visible après culture à l'obscurité). Certaines espèces n'ont jamais pu être cultivées in vitro (Mycobacterium leprae) ou ne sont que très difficilement cultivables (¤ Mycobacterium genavense, ¤ Mycobacterium lepraemurium).

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Note 16 : Milieu de Stonebrink

KH₂PO₄ (anhydre) : 3.5 g
Na₂HPO₄.12H₂O : 2.0 g
Pyruvate de sodium : 6.3 g
Eau distillée : qsp. 500 mL
Œufs frais entiers : 1000 mL
Solution aqueuse de vert malachite à 2 p. cent : 20 mL

Référence : GRANGE (J.M.), YATES (M.D.) et DE KANTOR (I.N.) : Guidelines for speciation within the Mycobacterium tuberculosis complex. Second edition, World Health Organization. Document disponible sur Internet au format PDF.

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