J.P. Euzéby : Dictionnaire de Bactériologie Vétérinaire

Créé le 15 février 2005

NICOLETELLA, NICOLETELLA SEMOLINA 

Autre dénomination :
Nicoletella semolina : taxons du groupe EF 34 (EF pour Enevold Falsen).

Voir aussi le fichier : ¤ Pasteurellaceae, Pasteurellales.

Systématique

En décembre 2004, Kuhnert et al. ont publié un article consacré à la taxonomie de 19 souches bactériennes isolées des voies respiratoires du cheval et ces auteurs proposent de les placer dans un nouveau genre et une nouvelle espèce, Nicoletella semolina (souche type CCUG 43639). Ces nomenclatures ont été validement publiées le 18 mars 2005 par inscription sur la liste de validation n° 102.

Les analyses phylogénétiques montrent que les souches isolées des voies respiratoires du cheval forment un groupe distinct au sein de la famille des Pasteurellaceae.
Ces analyses ont porté sur l'étude des séquences des gènes codant pour les ARNr 16S (19 souches étudiées), l'analyse des gènes rpoB codant pour la sous-unité bêta de l'ARN polymérase (19 souches étudiées) et l'analyse des gènes infB codant pour le facteur d'initiation 2 (8 souches étudiées).
L'étude des séquences des ARNr 16S montre un pourcentage de divergence supérieur à 5 p. cent avec les genres de la famille des Pasteurellaceae, le genre le plus proche étant le genre ¤ Actinobacillus sensu stricto. Ces pourcentages de divergence sont de 18 p. cent lorsque l'analyse porte sur les séquences des gènes rpoB et de 20 p. cent lorsque l'étude concerne les gènes infB.

Les hybridations ADN-ADN, effectuées avec trois souches dont la souche CCUG 43639, révèlent des pourcentages d'homologie supérieurs à 97. Ces trois souches forment donc une genomospecies (voir le fichier ¤ "Définitions d'une genomospecies et d'une espèce bactérienne").
Les hybridations ADN-ADN, réalisées avec la souche CCUG 43639 et les souches types d'autres espèces de la famille des Pasteurellaceae, montrent que les homologies les plus importantes sont obtenues avec les souches du genre ¤ Actinobacillus sensu stricto et qu'elles sont comprises entre 54 p. cent (avec la souche type de ¤ Actinobacillus lignieresii) et 66 p. cent (avec la souche type de ¤ Actinobacillus capsulatus).
Des pourcentages d'homologie de l'ordre de 60 p. cent avec les ¤ Actinobacillus sp. pourraient permettre d'inclure les souches isolées du cheval au sein du genre ¤ Actinobacillus. Toutefois, les caractères phénotypiques (Cf. infra) et les analyses phylogénétiques (Cf. supra) plaident en faveur de la création d'un nouveau genre.

Le genre Nicoletella est le onzième genre décrit au sein de la famille des Pasteurellaceae qui ne cesse de croître et de se diversifier. Avec les genres Pasteurella et ¤ Actinobacillus, le genre Nicoletella est le troisième genre de la famille à héberger des souches d'origine équine.

Caractères bactériologiques et diagnostic bactériologique

Le genre Nicoletella et l'espèce Nicoletella semolina rassemblent des bacilles à Gram négatif, polymophes, immobiles, catalase positive, oxydase positive, réduisant les nitrates en nitrites, hydrolysant l'urée, capables de croître en l'absence de facteur X (hémine) et de facteur V (NAD), ne cultivant pas sur une gélose de MacConkey.

En utilisant des galeries en tubes, une réponse négative est obtenue pour les tests ADH, LDC, ODC, production d'indole, production d'hydrogène sulfuré, hydrolyse de la gélatine, hydrolyse de l'amidon, croissance sur le milieu au citrate de Simmons, fermentation du L-arabinose, du dulcitol, de l'esculine, du D-fructose, du D-galactose, D-glucose, du m-inositol, du D-lactose, du maltose, du D-mannitol, du D-mannose, du raffinose, du L-rhamnose, de la salicine, du D-saccharose, du D-sorbitol, du L-sorbose, du tréhalose et du D-xylose.
En utilisant des galeries en tubes, une réponse variable selon les souches est observée pour les tests ONPG (quatre souches sur les six étudiées donnent une réponse négative) et phosphatase alcaline (cinq souches sur les six étudiées donnent une réponse négative).

Les caractères phénotypiques des 19 souches de Nicoletella semolina ont également été étudiés à l'aide de galeries API NH.
. Une réponse positive est obtenue pour l'hydrolyse de l'urée et pour l'acidification du D-fructose, du D-glucose et du D-saccharose.
. Soixante cinq p. cent des souches sont bêta-galactosidase négative, 65 p. cent des souches acidifient le D-maltose et 90 p. cent des souches sont phosphatase alcaline négative.
. Une réponse négative est notée pour les autres tests présents dans les galeries API NH (pénicillinase, ODC, lipase, proline arylamidase, gamma glutamyl transférase et indole).

Une acidification du D-fructose, du D-glucose, du D-saccharose et, le plus souvent, du D-maltose est observée avec les galeries API NH alors qu'aucun sucre n'est fermenté avec les techniques classiques en tubes. Cette différence s'expliquerait par le fait que les galeries API NH doivent être ensemencées avec un inoculum lourd (opacité de 4 sur l'échelle de McFarland) et qu'aucune croissance n'est nécessaire à l'obtention des résultats. Dans ces galeries, l'acidification ne reflète pas obligatoirement une fermentation et elle peut résulter d'une dégradation enzymatique des sucres.

Les caractères permettant de différencier le genre Nicoletella des autres genres de la famille des Pasteurellaceae sont donnés dans le tableau I.

Les souches de Nicoletella semolina sont capnophiles et, au moins à l'isolement, elles ne cultivent pas sur une gélose contenant 5 p. cent de sang de mouton ou de cheval. Une croissance optimale est obtenue lorsque les souches sont ensemencées sur une gélose chocolat incubée à 37 °C dans une atmosphère contenant 5 p. cent de dioxyde de carbone.

Les colonies sont grisâtres, non hémolytiques, sans odeur particulière, elles ont l'aspect d'un grain de semoule, elles ne sont pas adhérentes à la gélose et, au contraire, on peut les déplacer facilement à la surface du milieu sans qu'elles perdent leur forme.  Après 24 à 48 heures d'incubation, leur diamètre est compris entre 0,5 et 2 mm.
L'aspect des colonies est tellement typique qu'il oriente fortement le diagnostic.

Habitat et pouvoir pathogène

Toutes les souches de Nicoletella semolina (19 souches décrites par Kuhnert et al. ainsi que 4 souches supplémentaires détenues par la CCUG) ont été isolées des voies respiratoires de chevaux de tous âges présentant des troubles respiratoires et notamment une toux chronique. Dans quelques cas, les animaux présentaient des signes de pneumonie ou de pleurésie ou de bronchite ou un jetage nasal.
Au sein des prélèvements positifs, Nicoletella semolina est isolée en culture pure ou représente le germe dominant.

Les souches, isolées sur une période de sept ans, ont pour origine la Suisse et la Suède. D'après Kuhnert et al. l'isolement de Nicoletella semolina n'est pas exceptionnel. Toutefois, il est encore impossible de savoir si cette bactérie est une espèce émergente ou si son isolement et/ou son identification n'étaient pas réalisés lors d'examens de routine. De même, il est encore impossible de savoir si cette espèce est un agent pathogène ou si elle est simplement associée à des cas d'infections respiratoires.

Diagnostic bactériologique

Le prélèvement est généralement constitué par du liquide de lavage trachéo-bronchique.

Le diagnostic n'est pas difficile à condition de réaliser l'isolement sur une gélose chocolat ou sur une gélose chocolat PolyviteX (bioMérieux) et d'incuber les boîtes dans une atmosphère enrichie en dioxyde de carbone. L'aspect des colonies oriente fortement le diagnostic et l'ensemencement d'une galerie API NH ou, mieux, d'une galerie classique en tubes permet l'identification.

L'absence d'acidification des sucres dans une galerie classique permet de différencier facilement Nicoletella semolina des espèces des genres Pasteurella et ¤ Actinobacillus isolées chez le cheval. La recherche d'une catalase et d'une uréase permettent également de différencier facilement Nicoletella semolina et ¤ Pasteurella caballi.

Orientation bibliographique

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