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Dernière mise à jour le 01 juin 2010
Index alphabétique des taxons cités dans les titres des fichiers
D'une manière générale, les nomenclatures retenues sont les nomenclatures les plus récemment proposées. Par exemple, Serpulina hyodysenteriae (Treponema hyodysenteriae) est étudiée dans le fichier Brachyspira hyodysenteriae. Les nouvelles nomenclatures peuvent être facilement trouvées en consultant List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature. Toutefois, pour faciliter la recherche d'un renseignement, les principaux synonymes sont indiqués. Note : Ce site est restreint aux quelques taxons cités ci-dessous et le contenu et/ou la forme des fichiers sont susceptibles d'être modifiés. Il doit être considéré comme un préalable à un travail de plus grande ampleur (voir le fichier ¤ "Introduction").
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Actinobacillus arthritidis (taxon 9 de Bisgaard) Actinobacillus equuli ("Shigella equuli") Actinobacillus equuli subsp. equuli Actinobacillus equuli subsp. haemolyticus (taxon 11 de Bisgaard) Actinobacillus genomospecies 1 Actinobacillus genomospecies 2 (taxon 9 de Bisgaard) Actinobacillus minor (Haemophilus sp. minor group) Actinobacillus pleuropneumoniae (Haemophilus pleuropneumoniae) Actinobaculum suis (Eubacterium suis, Actinomyces suis) Actinomyces pyogenes, voir Arcanobacterium pyogenes Actinomyces suis, voir Actinobaculum suis Aeromonas salmonicida subsp. pectinolytica Afipia felis genomospecies A, Afipia genomospecies 1, 2, 3 et 3-related Alcaligenes aquamarinus, voir Halomonas aquamarina Alistipes putredinis (Bacteroides putredinis) Alteromonas colwelliana, voir Shewanella colwelliana Alteromonas hanedai, voir Shewanella hanedai Alteromonas putrefaciens, voir Shewanella putrefaciens Alteromonas tetraodonis, voir Pseudoalteromonas tetraodonis Anaplasma phagocytophilum (Ehrlichia phagocytophila) Anaplasma platys ("Ehrlichia platys") Arcanobacterium pyogenes (Corynebacterium pyogenes, Actinomyces pyogenes) "Arthromitus sp.", voir Systématique des espèces placées dans le "groupe Bacillus cereus" Atopobium fossor (Eubacterium fossor) Bacillus alvei, voir Paenibacillus alvei Bacillus larvae, voir Paenibacillus larvae "Bacillus piliformis", voir Clostridium piliforme Bacillus pulvifaciens, voir Paenibacillus larvae subsp. pulvifaciens Bacillus lentimorbus, voir Paenibacillus lentimorbus Bacillus macerans, voir Paenibacillus macerans Bacillus polymyxa, voir Paenibacillus polymyxa Bacillus popilliae, voir Paenibacillus popilliae Bacillus sphaericus, voir Lysinibacillus sphaericus Bacillus thiaminolyticus, voir Paenibacillus thiaminolyticus Bacteroides macacae, voir Porphyromonas macacae Bacteroides melaninogenicus subsp. macacae, voir Porphyromonas macacae Bacteroides nodosus, voir Dichelobacter nodosus Bacteroides putredinis, voir Alistipes putredinis Bacteroides salivosus, voir Porphyromonas macacae Bacteroides ruminicola, voir Prevotella ruminicola Bacteroides ruminicola subsp. brevis, voir Prevotella brevis Bartonella elizabethae (Rochalimaea elizabethae) Bartonella henselae (Rochalimaea henselae) Bartonella peromysci (Grahamella peromysci) Bartonella talpae (Grahamella talpae) Bartonella vinsonii (Rochalimaea vinsonii) Beneckea harveyi, voir Vibrio harveyi Bergeyella zoohelcum (Weeksella zoohelcum) Bifidobacterium infantis, voir Bifidobacterium longum Bifidobacterium lactis, voir Bifidobacterium animalis Bifidobacterium psychraerophilum Bifidobacterium suis, voir Bifidobacterium longum Bifidobacterium thermacidophilum subsp. porcinum Brachyspira hyodysenteriae (Treponema hyodysenteriae, Serpulina hyodysenteriae) Brachyspira pilosicoli (Serpulina pilosicoli) Brucella melitensis biovar Canis Burkholderia gladioli (Pseudomonas gladioli) Burkholderia mallei (Pseudomonas mallei) Burkholderia pseudomallei (Pseudomonas pseudomallei) Calymmatobacterium granulomatis, voir Klebsiella Campylobacter cinaedi, voir Helicobacter cinaedi Campylobacter fennelliae, voir Helicobacter fennelliae Campylobacter lari (Campylobacter lari subsp. lari, Campylobacter lari subsp. concheus) "Candidatus Borrelia texasensis" "Candidatus Helicobacter bovis" "Candidatus Helicobacter heilmannii" "Candidatus Helicobacter suis" "Candidatus Myoplasma haematoparvum" "Candidatus Mycoplasma haemodidelphis" "Candidatus Mycoplasma haemolamae" "Candidatus Mycoplasma haemominutum" "Candidatus Neoehrlichia lotoris" "Candidatus Neoehrlichia mikurensis" "Candidatus Xenohaliotis californiensis" CDC groupe D2, voir Corynebacterium urealyticum CDC groupe EF-4, voir Neisseria animaloris, Neisseria zoodegmatis CDC groupe Vd, voir Ochrobactrum Chlamydia pecorum, voir Chlamydophila pecorum Chlamydia pneumoniae, voir Chlamydophila pneumoniae Chlamydia psittaci, voir Chlamydophila psittaci Chryseobacterium meningosepticum, voir Elizabethkingia meningoseptica Chryseobacterium scophthalmum (Flavobacterium scophthalmum) Citrobacter rodentium (Citrobacter freundii biovar 4280) Clavibacter toxicus, voir Rathayibacter toxicus Clostridium difficile ("Bacillus difficilis") Clostridium piliforme ("Bacillus piliformis") Corynebacterium camporealensis Corynebacterium equi, voir Rhodococcus equi Corynebacterium glucuronolyticum Corynebacterium pseudotuberculosis Corynebacterium pyogenes, voir Arcanobacterium pyogenes Corynebacterium urealyticum (CDC groupe D2) Cowdria ruminantium, voir Ehrlichia ruminantium Cytophaga columnaris, voir Flavobacterium columnare Cytophaga marina, voir Tenacibaculum maritimum Cytophaga psychrophila, voir Flavobacterium psychrophilum Deleya aquamarina, voir Halomonas aquamarina Dichelobacter nodosus (Bacteroides nodosus) Ehrlichia phagocytophila, voir Anaplasma phagocytophilum "Ehrlichia platys", voir Anaplasma platys Ehrlichia risticii, voir Neorickettsia risticii Ehrlichia ruminantium (Cowdria ruminantium) Elizabethkingia meningoseptica Enterococcus porcinus, voir Enterococcus villorum Eubacterium fossor, voir Atopobium fossor Eubacterium suis, voir Actinobaculum suis Eubacterium tarantellae (Eubacterium tarantellus) Flavobacterium balustinum, voir Chryseobacterium balustinum Flavobacterium branchiophilum (Flavobacterium branchiophila) Flavobacterium columnare (Flexibacter columnaris, Cytophaga columnaris) Flavobacterium gleum, voir Chryseobacterium gleum Flavobacterium indologenes, voir Chryseobacterium indologenes Flavobacterium indoltheticum, voir Chryseobacterium indoltheticum Flavobacterium meningosepticum, voir Elizabethkingia meningoseptica Flavobacterium psychrophilum (Flexibacter psychrophilus, Cytophaga psychrophila) Flavobacterium scophthalmum, voir Chryseobacterium scophthalmum Flexibacter columnaris, voir Flavobacterium columnare Flexibacter maritimus, voir Tenacibaculum maritimum Flexibacter ovolyticus, voir Tenacibaculum ovolyticum Flexibacter psychrophilus, voir Flavobacterium psychrophilum "Flexispira", voir Helicobacter "Flexispira" taxon 1, voir Helicobacter trogontum "Flexispira" taxon 2, voir Helicobacter bilis "Flexispira" taxon 3, voir Helicobacter bilis "Flexispira" taxon 4, voir Helicobacter trogontum "Flexispira" taxon 5, voir Helicobacter trogontum "Flexispira" taxon 6, voir Helicobacter trogontum "Flexispira" taxon 8, voir Helicobacter bilis "Flexispira" taxon 9, voir Helicobacter bilis "Flexispira" taxon 11, voir Helicobacter aurati Fluoribacter bozemanae, voir Legionella bozemanae Fluoribacter dumoffii, voir Legionella dumoffii Fluoribacter gormanii, voir Legionella gormanii Francisella noatunensis subsp. noatunensis Francisella noatunensis subsp. orientalis Francisella philomiragia (Yersinia philomiragia) Francisella piscicida : voir Francisella noatunensis Fusobacterium prausnitzii, voir Faecalibacterium prausnitzii Gallicola barnesae (Peptostreptococcus barnesae) Gardnerella vaginalis (Haemophilus vaginalis) Gardnerella vaginalis-like organisms Grahamella peromysci, voir Bartonella peromysci Grahamella talpae, voir Bartonella talpae Haemobartonella, voir Espèces hémotropes du genre Mycoplasma Haemophilus avium, voir Avibacterium "Haemophilus agni", voir Histophilus somni Haemophilus equigenitalis, voir Taylorella equigenitalis "Haemophilus gallinarum", voir Avibacterium Haemophilus haemoglobinophilus ("Hemophilus (sic) canis") Haemophilus paragallinarum, voir Avibacterium Haemophilus pleuropneumoniae, voir Actinobacillus pleuropneumoniae "Haemophilus somnus", voir Histophilus somni Haemophilus vaginalis, voir Gardnerella vaginalis "Hemophilus (sic) canis", voir Haemophilus haemoglobinophilus Halomonas aquamarina (Alcaligenes aquamarinus, Deleya aquamarina) "Haverhillia moniliformis", voir Streptobacillus moniliformis Helicobacter bilis ("Flexispira" taxons 2, 3, 8 et 9) "Helicobacter Bird-B", "Helicobacter Bird-C" Helicobacter cinaedi (Campylobacter cinaedi) Helicobacter fennelliae (Campylobacter fennelliae) Helicobacter trogontum ("Flexispira" taxon 1, "Flexispira" taxon 4, "Flexispira" taxon 5 et "Flexispira" taxon 6) Helicobacter typhlonius ("Helicobacter typhlonicus") "Histophilus ovis", voir Histophilus somni Klebsiella ornithinolytica, voir Raoultella Klebsiella planticola, voir Raoultella Klebsiella terrigena, voir Raoultella Klebsiella trevisanii, voir Raoultella Lawsonia intracellularis ("Ileal symbiont intracellularis", "Candidatus intracellularis") Listonella damsela, voir Photobacterium damselae Lucibacterium harveyi, voir Vibrio harveyi Marinilactibacillus psychrotolerans Melissococcus plutonius ("Streptococcus pluton") Moraxella anatipestifer, voir Riemerella anatipestifer Moritella marina (Vibrio marinus) Moritella viscosa (Vibrio viscosus) Mycobacterium abscessus (Mycobacterium chelonae subsp. abscessus, Mycobacterium chelonei subsp. abscessus) Mycobacterium bovis subsp. caprae, voir Mycobacterium caprae Mycobacterium caprae (Mycobacterium tuberculosis subsp. caprae, Mycobacterium bovis subsp. caprae) Mycobacterium chelonae (Mycobacterium chelonae subsp. chelonae, Mycobacterium chelonei, Mycobacterium chelonei subsp. chelonei) Mycobacterium chelonae subsp. abscessus, voir Mycobacterium abscessus Mycobacterium peregrinum (Mycobacterium fortuitum biovar Peregrinum) Mycobacterium tuberculosis subsp. caprae, voir Mycobacterium caprae Mycoplasma haemocanis (Haemobartonella canis ) Mycoplasma haemofelis (Haemobartonella felis) Mycoplasma haemomuris (Haemobartonella muris) Mycoplasma haemosuis, voir Mycoplasma suis "Mycoplasma mycoides cluster", voir Mycoplasma leachii Mycoplasma ovis (Eperythrozoon ovis) Mycoplasma suis (Eperythrozoon suis, Mycoplasma haemosuis, "Candidatus Mycoplasma haemosuis") Mycoplasma wenyonii (Eperythrozoon wenyonii) Neisseria weaveri (CDC groupe M-5, "Neisseria parelongata") Neorickettsia risticii (Ehrlichia risticii) Orientia tsutsugamushi (Rickettsia tsutsugamushi) "Pasteurella anatipestifer", voir Riemerella anatipestifer Pasteurella anatis, voir Gallibacterium anatis Pasteurella avium, voir Avibacterium Pasteurella dagmatis ("Pasteurella gas", Pasteurella pneumotropica biovar Henriksen) Pasteurella gallinarum, voir Avibacterium Pasteurella granulomatis, voir Mannheimia granulomatis Pasteurella haemolytica, voir Mannheimia haemolytica "Pasteurella piscicida", voir Photobacterium damselae subsp. piscicida "Pasteurella species A", voir Avibacterium Pasteurella taxon 16 de Bisgaard Pasteurella trehalosi (souches du biovar T de Pasteurella haemolytica), voir Bibersteinia trehalosi Pasteurella ureae, voir Actinobacillus ureae Pasteurella volantium, voir Avibacterium Peptococcus indolicus, voir Peptoniphilus indolicus Peptoniphilus indolicus (Peptococcus indolicus, Peptostreptococcus indolicus) Peptostreptococcus barnesae, voir Gallicola barnesae Peptostreptococcus indolicus, voir Peptoniphilus indolicus Pneumocoque, voir Streptococcus pneumoniae Porphyromonas gulae (Porphyromonas gingivalis souches du biovar animal) Porphyomonas macacae (inclut les souches de Porphyromonas (Bacteroides) salivosa Porphyromonas salivosa, voir Porphyomonas macacae Prevotella brevis (Bacteroides ruminicola subsp. brevis) Prevotella multiacidus, voir Mitsuokella multacida Prevotella ruminicola (Bacteroides ruminicola) Propionibacterium australiense Proteus morganii, voir Morganella morganii Pseudoalteromonas haloplanktis subsp. tetraodonis voir Pseudoalteromonas tetraodonis Pseudoalteromonas piscicida ("Flavobacterium piscicida", "Pseudomonas piscicida") Pseudoalteromonas tetraodonis (Alteromonas tetraodonis, Pseudoalteromonas haloplanktis subsp. tetraodonis) Pseudomonas gladioli, voir Burkholderia gladioli Pseudomonas mallei, voir Burkholderia mallei Pseudomonas maltophilia, voir Stenotrophomonas maltophilia Pseudomonas pseudomallei, voir Burkholderia pseudomallei Rathayibacter toxicus (Clavibacter toxicus) Rhodococcus equi (Corynebacterium equi) Rickettsia felis (ELB agent) Rickettsia tsutsugamushi, voir Orientia tsutsugamushi Riemerella anatipestifer (Moraxella anatipestifer, "Pasteurella anapestifer", "Pfeifferella anatipestifer") Rochalimaea elizabethae, voir Bartonella elizabethae Rochalimaea henselae, voir Bartonella henselae Rochalimaea vinsonii, voir Bartonella vinsonii Ruminobacter, voir Succinivibrionaceae Sarcobium lyticum, voir Legionella lytica Serpulina, voir Brachyspira "Shigella equuli", voir Actinobacillus equuli "Spirillum minus" ("Spirillum minor") Staphylococcus aureus subsp. anaerobius ("Micrococcus pyogenes ovis", microcoque de Morel) Staphylococcus caseolyticus, voir Macrococcus caseolyticus Staphylococcus piscifermentans Staphylococcus pseudintermedius Staphylococcus pulvereri, voir Staphylococcus vitulinus Staphylococcus schleiferi subsp. coagulans Staphylococcus vitulinus (Staphylococcus vitulus [sic]) Stenotrophomonas maltophilia (Pseudomonas maltophilia, Xanthomonas maltophilia) Stomatococcus mucilaginosus, voir Rothia mucilaginosa Streptobacillus moniliformis ("Haverhillia moniliformis") Streptococcus adjacens, voir Granulicatella Streptococcus bovis, voir Streptococcus equinus, Streptococcus gallolyticus Streptococcus caprinus, voir Streptococcus equinus, Streptococcus gallolyticus Streptococcus cecorum, voir Enterococcus cecorum Streptococcus defectivus, voir Abiotrophia Streptococcus difficilis, voir Streptococcus agalactiae Streptococcus durans, voir Enterococcus durans Streptococcus equi subsp. equi Streptococcus equi subsp. ruminatorum Streptococcus equi subsp. zooepidemicus ("Streptococcus zooepidemicus") "Streptococcus equisimilis", voir Streptococcus dysgalactiae Streptococcus faecalis, voir Enterococcus faecalis Streptococcus faecium, voir Enterococcus faecium Streptococcus gallinarum, voir Enterococcus gallinarum Streptococcus infantarius, voir Streptococcus equinus, Streptococcus gallolyticus Streptococcus intestinalis, voir Streptococcus alactolyticus Streptococcus lutetiensis, voir Streptococcus equinus, Streptococcus gallolyticus Streptococcus macedonicus, voir Streptococcus equinus, Streptococcus gallolyticus Streptococcus morbillorum, voir Gemella morbillorum Streptococcus parauberis (Streptococcus uberis type II) Streptococcus pasteurianus, voir Streptococcus equinus, Streptococcus gallolyticus "Streptococcus pluton", voir Melissococcus plutonius Streptococcus saccharolyticus, voir Enterococcus saccharolyticus Streptococcus shiloi, voir Streptococcus iniae Streptococcus waius, voir Streptococcus equinus, Streptococcus gallolyticus "Streptococcus zooepidemicus", voir Streptococcus equi subsp. zooepidemicus Succinimonas, voir Succinivibrionaceae Succinivibrio, voir Succinivibrionaceae Tatlockia maceachernii, voir Legionella maceachernii Tatlockia micdadei, voir Legionella micdadei Taxon 1 de Bisgaard, voir Gallibacterium anatis Taxon 5 de Bisgaard, voir Actinobacillus Taxon 8 de Bisgaard, voir Actinobacillus Taxon 9 de Bisgaard, voir Actinobacillus arthritidis Taxon 11 de Bisgaard, voir Actinobacillus equuli subsp. haemolyticus Taxon 12 de Bisggard, voir Actinobacillus muris Taxon 13 de Bisgaard, voir Pasteurella canis Taxon 19 de Bisgaard, voir Pasteurella mairii Taxon 26 de Bisgaard, voir Actinobacillus Taxon 28 de Bisgaard, voir Ornithobacterium rhinotraceale Taxon 33 de Bisgaard, voir Volucribacter Taxon 50 de Bisgaard, voir Avibacterium endocarditidis Taylorella equigenitalis (Haemophilus equigenitalis) Treponema hyodysenteriae, voir Brachyspira hyodysenteriae Vibrio carchariae, voir Vibrio harveyi Vibrio damsela, voir Photobacterium damselae Vibrio harveyi (Beneckea harveyi, Lucibacterium harveyi) Vibrio marinus, voir Moritella marina Vibrio parahaemolyticus (Beneckea parahaemolytica) Vibrio penaeicida ("Vibrio sp. PJ") Vibrio shilonii (Vibrio shiloi), voir Vibrio mediterranei Vibrio tapetis ("Vibrio P1") Vibrio trachuri, voir Vibrio harveyi Vibrio viscosus, voir Moritella viscosa Vibrio vulnificus (Beneckea vulnifica) Vibrio wodanis, voir Aliivibrio wodanis Vitellibacter vladivostokensis Weeksella zoohelcum, voir Bergeyella zoohelcum Wohlfahrtiimonas chitiniclastica Xanthomonas maltophilia, voir Stenotrophomonas maltophilia Yersinia philomiragia, voir Francisella philomiragia
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