J.P. Euzéby : Dictionnaire de Bactériologie Vétérinaire |
Créé le 02 septembre 2005
Dernière modification le 14 avril 2006
OCEANOBACILLUS ONCORHYNCHI
Le genre Oceanobacillus et l'espèce Oceanobacillus iheyensis ont été validement publiés le 15 mai 2002 pour une unique souche bactérienne (la souche HTE831 = JCM 11309 = DSM 14371) isolée de sédiments marins prélevés à une profondeur de 1050 mètres. Oceanobacillus iheyensis est une espèce non halophile (mais pouvant cultiver en présence de 22 p. cent de NaCl) et alcalophile facultative (croissance à des pH compris entre 6,5 et 10).
Les bactéries alcalophiles facultatives (cultivant à pH 7, mais pouvant également cultiver à un pH supérieur à 9) et les bactéries alcalophiles obligatoires (croissance optimale pour un pH supérieur à 9 et incapables de croître à pH 7) sont présentes dans le sol, l'eau douce ou l'eau de mer. Plusieurs genres bactériens renferment des espèces ou des souches alcalophiles (voir la note infrapaginale *). Ces bactéries font l'objet de multiples travaux car leurs enzymes présentent de nombreuses applications industrielles (fabrication des lessives, industrie des pâtes à papier, obtention de la cyclodextrine à partir de l'amidon ...).
Lors d'une étude ayant pour but de caractériser des bactéries alcalophiles présentes dans l'eau douce, Yumoto et al. isolent, du mucus cutané d'une truite arc-en-ciel (Oncorhynchus mykiss**), une souche bactérienne (la souche R-2 = JCM 12661 = NCIMB 14022), alcalophile obligatoire. Cet isolement a été effectué à l'aide de milieux PYA*** tamponnés à pH 10.
L'étude des ARNr 16S révèle que la souche R-2 est apparentée à Oceanobacillus iheyensis (96,7 p. cent d'homologie de séquence avec la souche HTE831). Toutefois, les hybridations ADN-ADN, effectuées entre la souche R-2 et la souche type de Oceanobacillus iheyensis, montrent que le pourcentage d'homologie est de 21 p. cent. La souche R-2 constitue donc une nouvelle genomospecies (voir le fichier ¤ "Définitions d'une genomospecies et d'une espèce bactérienne").
Le G + C p. cent de la souche R-2 (38,5) est plus élevé que celui de la souche HTE831 (35,8).
Les profils des acides gras ainsi que les caractères phénotypiques permettent de différencier les souches R-2 et HTE831.
Pour ces différentes raisons, Yumoto et al. proposent de placer la souche R-2 dans une nouvelle espèce, Oceanobacillus oncorhynchi, dont la nomenclature a été validement publiée le 11 juillet 2005.
Le 06 avril 2006, Romano et al. valident la publication de Oceanobacillus oncorhynchi subsp. incaldanensis pour une souche bactérienne isolée d'algues vivant dans une source d'eau sulfureuse. En accord avec la règle 40d du Code de Nomenclature, la description de cette sous-espèce crée, automatiquement, la sous espèce Oceanobacillus oncorhynchi subsp. oncorhynchi.
La description de l'espèce Oceanobacillus oncorhynchi et de la sous-espèce Oceanobacillus oncorhynchi subsp. incaldanensis conduisent à modifier la définition du genre Oceanobacillus.
Le genre Oceanobacillus rassemble des bacilles à Gram positif, sporulés (spore ovale, terminale ou subterminale et déformante) ou non sporulés (Oceanobacillus oncorhynchi subsp. incaldanensis), mobiles grâce à une ciliature péritriche, aérobies (Oceanobacillus iheyensis, Oceanobacillus oncorhynchi subsp. incaldanensis) ou aéro-anaérobies (Oceanobacillus oncorhynchi subsp. oncorhynchi), alcalophiles facultatifs (Oceanobacillus iheyensis, Oceanobacillus oncorhynchi subsp. incaldanensis) ou obligatoires (Oceanobacillus oncorhynchi subsp. oncorhynchi), catalase et oxydase positives, capables de croître à des températures comprises entre 15 et 40 °C, non halophiles mais pouvant cultiver en présence de 22 p. cent de NaCl, donnant des colonies circulaires de couleur blanche ou beige.
Le genre Oceanobacillus est généralement placé dans la famille des Bacillaceae (ordre des Bacillales, classe des "Bacilli", phylum ou division des "Firmicutes", domaine ou empire des "Bacteria").
Outre les caractères du genre, l'unique souche de Oceanobacillus oncorhynchi subsp. oncorhynchi est constituée de bacilles de 1,1 à 1,4 µm de longueur sur 0,4 à 0,6 µm de diamètre, alcalophiles obligatoires (absence de croissance à pH 7 ou 8, mais capables de croître à un pH de 9 ou de 10), cultivant de manière optimale à 30-36 °C et en présence de 7 p. cent de NaCl.
. Une réponse positive est obtenue avec les tests réduction des nitrates, hydrolyse du Tween 40, acidification**** du D-fructose, du D-galactose, du D-glucose, du maltose, du D-mannose, du mélibiose, du raffinose, du saccharose et du tréhalose.
. Une réponse négative est notée pour les tests ONPG, phénylalanine désaminase, production d'indole, hydrolyse de l'amidon, hydrolyse de la caséine, hydrolyse de l'ADN, hydrolyse de la gélatine, hydrolyse des Tween 20, 60 et 80, acidification du D-arabinose, du myo-inositol, du lactose, du sorbitol et du D-xylose.
L'unique souche de Oceanobacillus oncorhynchi subsp. oncorhynchi a été isolée du mucus cutané d'une truite arc-en-ciel. Aucun pouvoir pathogène n'a été mis en évidence.
Orientation bibliographique
LU (J.), NOGI (Y.) et TAKAMI (H.) : Oceanobacillus iheyensis gen. nov., sp. nov., a deep-sea extremely halotolerant and alkaliphilic species isolated from a depth of 1050 m on the Iheya Ridge. FEMS Microbiol. Lett., 2001, 205, 291-297.
NIELSEN (P.), FRITZE (D.) et PRIEST (F.G.) : Phenetic diversity of alkaliphilic Bacillus strains: proposal for nine new species. Microbiology, 1995, 141, 1745-1761.
ROMANO, (I.), LAMA (L.), NICOLAUS (B.), POLI (A.), GAMBACORTA (A.) et GIORDANO (A.) : Oceanobacillus oncorhynchi subsp. incaldanensis subsp. nov., an alkalitolerant halophile isolated from an algal mat collected from a sulfurous spring in Campania (Italy), and emended description of Oceanobacillus oncorhynchi. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2006, 56, 805-810.
SOROKIN (D.Y.) : Is there a limit for high-pH life? Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2005, 55, 1405-1406
YUMOTO (I.), HIROTA (K.), NODASAKA (Y.) et NAKAJIMA (K.) : Oceanobacillus oncorhynchi sp. nov., a halotolerant obligate alkaliphile isolated from the skin of a rainbow trout (Oncorhynchus mykiss), and emended description of the genus Oceanobacillus. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2005, 55, 1521-1524.
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* : Quelques genres bactériens renfermant des espèces ou des souches alcalophiles facultatives ou obligatoires
Alkalibacter, Alkalibacterium, Alkaliflexus, Alkalilimnicola, Alkaliphilus, Alkalispirillum, Amphibacillus, Anaerobranca, Anoxybacillus, Anoxynatronum, Bacillus, Bogoriella, Carnobacterium, Cellulomonas, Clostridium, Desulfonatronovibrio, Desulfonatronum, Desulfotomaculum, Dietzia, Ectothiorhodospira, Exiguobacterium, Halomonas, Halonatronum, Halorubrum, Heliorestis, Marinilactibacillus, Marinospirillum, Methanobacterium, Methanohalophilus, Methylomicrobium, Methylophaga, Natrialba, Natroniella, Natronincola, Natronobacterium, Natronococcus, Natronomonas, Natronorubrum, Nitrobacter, Nitrosomonas, Nocardiopsis, Oceanobacillus, Paenibacillus, Pandoraea, Paracoccus, Pseudomonas, Rhodobaca, Roseinatronobacter, Salinicoccus, Salinivibrio, Silanimonas, Spirochaeta, Streptomyces, Thermococcus, Thioalkalicoccus, Thioalkalimicrobium, Thioalkalivibrio, Thiorhodospira, Tindallia ...
Les espèces les plus alcalophiles (Bacillus firmus, Nitrosomonas halophila souche ANs 5) sont capables de cultiver à des pH compris entre 11,3 et 11,4. Selon Sorokin, les publications décrivant des bactéries capables de cultiver à un pH supérieur sont à considérer avec beaucoup de prudence. Voir : Sorokin (D.Y.) : Is there a limit for high-pH life? Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2005, 55, 1405-1406).
Classification d'après le NCBI Taxonomy Browser : Eukaryota ; Fungi/Metazoa group ; Metazoa ; Eumetazoa ; Bilateria ; Coelomata ; Deuterostomia ; Chordata ; Craniata ; Vertebrata ; Gnathostomata ; Teleostomi ; Euteleostomi ; Actinopterygii ; Actinopteri ; Neopterygii ; Teleostei ; Elopocephala ; Clupeocephala ; Euteleostei ; Protacanthopterygii ; Salmoniformes ; Salmonoidei ; Salmonidae ; Oncorhynchus ; Oncorhynchus mykiss.
Pour plus d'informations sur cette espèce voir le fichier Oncorhynchus mykiss in FishBase.
*** : Milieu PYA (Peptone Yeast extract Alkaline)
La composition de ce milieu est donnée dans plusieurs publications. Voir par exemple l'article de Yumoto et al. disponible gratuitement sur Internet : YUMOTO (I.), YAMAGA (S.), SOGABE (Y.), NODASAKA (Y.), MATSUYAMA (H.), NAKAJIMA (K.) and SUEMORI (A.): Bacillus krulwichiae sp. nov., a halotolerant obligate alkaliphile that utilizes benzoate and m-hydroxybenzoate. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2003, 53, 1531-1536.).
La recherche de l'acidification des sucres a été effectuée selon la méthode de Hugh et Leifson dans des milieux à pH 10 et contenant 0,008 p. cent de bleu de thymol.