J.P. Euzéby : Dictionnaire de Bactériologie Vétérinaire |
Créé le 02 juin 2003
Dernière mise à jour le 30 janvier 2008
OCHROBACTRUM
Autre dénomination :
Ochrobactrum anthropi : CDC groupe Vd.
Le genre Ochrobactrum et l'espèce Ochrobactrum anthropi ont été proposés par Holmes et al. en 1988 pour des souches bactériennes préalablement rassemblées dans le groupe CDC Vd ou considérées comme des Achromobacter sp. Sur la base des hybridations ADN - ADN, les auteurs reconnaissaient l'existence de deux genomospecies (voir le fichier ¤ "Définitions d'une genomospecies et d'une espèce bactérienne"). La genomospecies 1 comprenant les souches présentant de fortes homologies ADN - ADN avec la souche ATCC 49188 (souche type de l'espèce) et la genomospecies 2 regroupant les souches présentant de fortes homologies ADN - ADN avec la souche LMG 3301.
Dix ans plus tard, Velasco et al. placent les souches de la genomospecies 2 dans une nouvelle espèce, Ochrobactrum intermedium.
Ultérieurement, d'autres espèces ont été incluses dans le genre Ochrobactrum (voir Ochrobacterum in List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature).
La seule espèce présentant un intérêt en médecine vétérinaire, Ochrobactrum gallinifaecis, a été décrite dans le numéro de mai 2003 de International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology.
Le genre Ochrobactrum rassemble des bacilles à Gram négatif, aux extrémités arrondies, non sporulés, mobiles grâce à une ciliature péritriche (la ciliature peut être dégénérée et réduite à un ou à deux flagelles), strictement aérobies, à métabolisme strictement respiratoire, oxydase et catalase positives, chimio-organotrophes, capables d'utiliser de nombreux acides aminés, sucres ou acides organiques comme unique source de carbone, non indologènes (caractère non étudié pour Ochrobactrum gallinifaecis), n'hydrolysant ni l'esculine ni la gélatine (caractère non étudié pour Ochrobactrum gallinifaecis) ni l'ADN (caractère non étudié pour Ochrobactrum gallinifaecis).
La croissance est optimale pour une température comprise entre 20 et 37 °C. Sur gélose nutritive, les colonies sont non pigmentées.
Le genre Ochrobactrum est apparenté au genre Brucella (famille des Brucellaceae, ordre des "Rhizobiales", subdivision alpha de la classe des Proteobacteria). L'analyse des séquences des ARNr 16S montre que Ochrobactrum intermedium est l'espèce la plus proche de Brucella melitensis.
Les méthodes utilisées pour étudier les caractères phénotypiques des diverses espèces diffèrent selon les auteurs. La seule étude prenant en compte les cinq espèces du genre fait appel à des tests non commercialisés* et difficiles à mettre en œuvre dans un laboratoire de diagnostic. En 2000, Lebuhn et al. proposaient une différenciation des espèces basée sur l'utilisation de galeries BIOLOG-GN, API 20E et API 20NE ainsi que sur la sensibilité à trois antibiotiques et l'aspect des colonies. Cette étude est malheureusement antérieure à la description de Ochrobactrum gallinifaecis, unique espèce d'intérêt vétérinaire.
Ochrobactrum gallinifaecis cultive à 25-37 °C sur une gélose de MacConkey, sur une gélose nutritive, sur une gélose trypticase soja, sur une gélose R2A** mais non sur une gélose SS. Sur une gélose trypticase soja, une culture est observée pour une température d'incubation comprise entre 10 et 37 °C, mais aucune culture n'est observée à 4 ou à 45 °C. Sur gélose nutritive, les colonies sont beiges, translucides, luisantes, à contour régulier et leur diamètre est d'environ 2 mm après 24 heures d'incubation à 25-30 °C. L'aspect translucide des colonies de Ochrobactrum gallinifaecis semble contraster avec l'aspect opaque décrit pour les colonies des autres espèces du genre.
L'habitat des Ochrobactrum sp. est constitué par le sol, l'eau et les végétaux. Ochrobactrum anthropi est également retrouvé dans l'environnement hospitalier.
Ochrobactrum anthropi, Ochrobactreum haematophilum, Ochrobactrum intermedium et Ochrobactrum pseudogrignonense sont isolés de divers prélèvements d'origine humaine (sang, plaies, urine, vagin, rectum, fèces, oreille, gorge, crachats, liquide pleural, abcès, pus, liquide céphalo-rachidien, kératite...). Des bactériémies sont décrites principalement chez des patients cancéreux ou neutropéniques et elles sont souvent associées à la pose de cathéters et d'implants péricardiaques.
L'unique souche de Ochrobactrum gallinifaecis a été isolée des fientes d'un poulet.
Le diagnostic de genre est extrêmement difficile. Le genre Ochrobactrum doit être distingué des autres taxons regroupant des bacilles à Gram négatif, mobiles, non fermentatifs, oxydase positive et non indologènes [Agrobacterium radiobacter (Rhizobium radiobacter), Agrobacterium sp., Sphingomonas sp., Achromobacter sp., Pseudomonas-like groupe 2, groupes CDC OFBA-1, O-1, O-2, O-3 et WO-1...]. Malheureusement, certains caractères considérés comme importants pour le diagnostic différentiel (ONPG, DNase, réduction des nitrates, ADH, uréase, hydrolyse de l'esculine, phénylalanine désaminase, acidification des sucres, sensibilité à la polymyxine B...) ne sont pas indiqués pour l'espèce Ochrobactrum gallinifaecis.
Il est intéressant de remarquer que l'utilisation de galeries API 20NE peut conduire à identifier comme Ochrobactrum anthropi des souches appartenant en fait à l'espèce Brucella melitensis ou à l'espèce ¤ Brucella microti.
Orientation bibliographique
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* : Les tests utilisés par Kämpfer et al. sont décrits dans une publication de 1991. Ce sont principalement des tests d'assimilation et d'hydrolyse de substrats marqués par le p-nitrophénol ou la p-nitroanilide.
Référence : KÄMPFER (P.), STEIOF (M.) et DOTT (W.) : Microbiological characterization of a fuel-oil contaminated site including numerical identification of heterotrophic water and soil bacteria. Microb. Ecol., 1991, 21, 227-251.
La composition et le mode de préparation de la gélose R2A (R2A Agar Oxoid n° CM 906 ou Merck n° 1.00416) sont donnés dans le fichier R2A Agar (format pdf) du site Merck Microbiology Manual, The Merck Chemical Databases
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