J.P. Euzéby : Dictionnaire de Bactériologie Vétérinaire |
Créé le 13 février 2008
ODORIBACTER, "ODORIBACTER DENTICANIS"
Autres dénominations :
. "Odoribacter denticanis" : "Porphyromonas denticanis", "Wernerella denticanis".
. Odoribacter splanchnicus : Bacteroides splanchnicus
Lors d'une étude portant sur l'étiologie des parodontites canines, Hardham et al. isolent 27 souches d'une bactérie qu'ils appellent "Porphyromonas denticanis". Ultérieurement, 16 de ces souches ont fait l'objet d'une étude taxonomique.
L'analyse des séquences des ARNr 16S montre que ces souches sont apparentées à Bacteroides splanchnicus. En dépit de son nom, Bacteroides splanchnicus est une espèce qui est plus proche des Porphyromonas spp. que des Bacteroides spp. et, en 1994, Paster et al. considéraient qu'elle pourrait être placée dans un nouveau genre. L'analyse des séquences des gènes fimA confirment que les souches d'origine canine forment un groupe distinct, apparenté aux Porphyromonas spp.
Aussi, en janvier 2008, Hardham et al. proposent la création d'un nouveau genre, le genre Odoribacter qui comprend deux espèces Odoribacter splanchnicus comb. nov. (basonyme : Bacteroides splanchnicus) et "Odoribacter denticanis" sp. nov. Seule l'espèce "Odoribacter denticanis" présente un intérêt en médecine vétérinaire.
Contrairement aux nomenclatures de Odoribacter et de Odoribacter splanchnicus, la nomenclature de "Odoribacter denticanis" n'est pas validement publiée car la souche type de cette espèce est une souche brevetée [règle 30(4) du Code de Nomenclature; voir le fichier Alterations to the Bacteriological Code in List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature].
La définition du genre Odoribacter telle qu'elle est donnée par Hardham et al. est très succincte !
Le genre Odoribacter rassemble des bacilles à Gram négatif, fusiformes, anaérobies, non sporulés, immobiles, catalase positive, donnant des colonies pigmentées en noir après plus de sept jours de culture à 37 °C sur une gélose au sang.
Les souches de "Odoribacter denticanis" forment des colonies punctiformes, commençant à se pigmenter en brun foncé noir après 10 à 12 jours d'incubation à 37 °C. Sur une gélose Brucella au sang* (Anaerobe Systems), les colonies sont hémolytiques. Après culture sur une gélose au jaune d'œufs** (Anaerobe Systems), "Odoribacter denticanis" ne produit ni lécithinase ni lipase.
Les caractères biochimiques de la souche type ont été étudiés en utilisant des galeries RapID Ana II et des cartes Vitek ANI. En utilisant une galerie RapID Ana II seuls les tests indole et leucyl-glycine sont positifs. En utilisant une carte Vitek ANI seuls les tests indole et triphényl de tétrazolium sont positifs.
Les bactéries résistent à la kanamycine, à la vancomycine et à la colistine.
En utilisant une galerie RapID Ana II, "Odoribacter denticanis" se différencie facilement de Odoribacter splanchnicus car cette dernière espèce donne une réponse positive aux tests alpha-galactosidase, alpha-fucosidase, N-acétylglucosaminidase, hydrolyse de l'arginine, hydrolyse du pyrrolidonyl et indole, ainsi qu'à deux autres tests dont la nature n'est pas mentionnée par les auteurs (!!!).
Odoribacter splanchnicus est une espèce isolée chez l'homme des fèces, du vagin et d'infections abdominales.
Les souches de "Odoribacter denticanis" ont été isolées de chiens atteints de parodontite et dont la profondeur de la poche parodontale excédait 3 mm.
Le prélèvement peut être constitué par une pointe de papier stérile plongée dans la poche parodontale et laissée en place durant cinq secondes. La pointe de papier est ensuite plongée dans 0,5 mL de bouillon "phytone - extraits de levure - glucose" enrichi en hémine et ménadione (voir la note ***). Après une agitation de 30 secondes (vortex), l'isolement est réalisé sur une gélose Brucella au sang (Anaerobe Systems) incubée à 37 °C en anaérobiose (5 p. cent d'hydrogène, 5 p. cent de dioxyde de carbone, 90 p. cent d'azote).
L'identification par des techniques bactériologiques classiques sera très délicate car les caractères phénotypiques étudiés par les auteurs sont peu nombreux. De plus, Hardham et al. n'indiquent pas quels sont les caractères permettant de différencier les Odoribacter spp. des Porphyromonas spp. La souche type n'étant pas disponible, il sera impossible à un bactériologiste d'étudier d'autres caractères phénotypiques. Seule l'étude des séquences des ARNr 16S peut permettre le diagnostic (dans la base de données "Entrez Nucleotide", "Odoribacter denticanis" est désigné sous la nomenclature de "Wernerella denticanis").
L'administration de "Odoribacter denticanis" à des souris conduit à une parodontite dont la gravité est au moins équivalente à celle obtenue avec la souche ATCC 53977 de Porphyromonas gingivalis.
Orientation bibliographique
HARDHAM (J.M.), DREIER (K.), WONG (J.), SFINTESCU (C.) and EVANS (R.T.): Pigmented-anaerobic bacteria associated with canine periodontitis. Vet. Microbiol., 2005, 106, 119-128.
HARDHAM (J.M.), KING (K.W.), DREIER (K.), WONG (J.), STRIETZEL (C.), EVERSOLE (R.R.), SFINTESCU (C.) and EVANS (R.T.): Transfer of Bacteroides splanchnicus to Odoribacter gen. nov. as Odoribacter splanchnicus comb. nov., and description of Odoribacter denticanis sp. nov., isolated from the crevicular spaces of canine periodontitis patients. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2008, 58, 103-109.
PASTER (B.), DEWHIRST (F.E.), OLSEN (I.) et FRASER (G.J.) : Phylogeny of Bacteroides, Prevotella, and Porphyromonas spp. and related bacteria. J. Bacteriol., 1994, 176, 725-732.
SHAH (H.N.) et COLLINS (M.D.) : Proposal for reclassification of Bacteroides asaccharolyticus, Bacteroides gingivalis, and Bacteroides endodontalis in a new genus, Porphyromonas. Int. J. Syst. Bacteriol., 1988, 38, 128-131.
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* : Brucella Blood Agar (Anaerobe Systems). D'après le site Anaerobe Systems Catalog.
Digestion pancréatique de caséine 10.0 g
Peptone de soja 3.0 g
Tissus animaux 10.0 g
D-glucose 1.0 g
Extraits de levure 2.0 g
Chlorure de dodium 5.0 g
Bisulfite de sodium 0.1 g
Tryptophane 0.2 g
Hémine (solution à 0.1%) 5.0 ml
Vitamine K1 (solution à 1%) 1.0 ml
L-cystine 0.4 g
Agar 15.0 g
Sang de mouton 45.5 mL
Eau distillée 1000.0 mL
pH 7.1 +/- 0.2 à 25 °C.
** : Egg Yolk Agar (Anaerobe Systems). D'après le site Anaerobe Systems Catalog.
Digestion pancréatique de caséine 20.0 g
Extraits de levure 5.0 g
Pyruvate 0.5 g
Chlorure de sodium 2.5 g
D-glucose 2.0 g
L-tryptophane 0.2 g
Tween 80 1.0 mL
Hémine (solution à 0.1%) 5.0 ml
Vitamine K1 (solution à 1%) 1.0 ml
L-cystine 0.4 g
Phosphate de sodium 5.0 g
Sulfate de magnésium (solution à 5%) 0.2 ml
Agar 20.0 g
Suspension de jaune d'œufs 100.0 ml
Eau distillée 1000.0 ml
pH 7.0 +/- 0.2 à 25 °C.
*** : Modified Phytone-Yeast-Glucose. D'après (WO/2003/054755) VACCINE FOR PERIODONTAL DISEASE
Phytone 3%
Extraits de levure 0,3%
Glucose 0,3%
Thioglycollate de sodium 0,05%
Chlorure de sodium 0,5%
Hémine (ajoutée après autoclavage) 5 pg/mL
Ménadione (ajoutée après autoclavage) 0,5 g/mL
Bicarbonate de sodium 0,2%
pH 7,0
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