J.P. Euzéby : Dictionnaire de Bactériologie Vétérinaire

Créé le 01 décembre 2005

OXALOBACTERACEAE

Voir aussi les fichiers :
¤ Burkholderiales, Burkholderiaceae
¤ Janthinobacterium

La famille des Oxalobacteraceae est décrite dans la deuxième édition du "Bergey's Manual of Systematic Bacteriology" et cette nomenclature sera validement publiée en janvier 2006 par citation sur la liste de validation 107.
Cette famille est définie sur la base des séquences des ARNr 16S. La famille des Oxalobacteraceae rassemble des procaryotes à Gram négatif, non sporulés, présentant une grande diversité métabolique puisque cette famille inclut à la fois des bactéries anaérobies et des bactéries aérobies.

La famille des Oxalobacteraceae est placée dans l'ordre des ¤ Burkholderiales (classe des ¤ Betaproteobacteria, phylum des ¤ "Proteobacteria", domaine ou empire des "Bacteria" ou des "Eubacteria"). Elle est constituée des genres Collimonas, Duganella, Herbaspirillum, Herminiimonas, Janthinobacterium, Massilia, Naxibacter, Oxalicibacterium, Oxalobacter et Telluria.
Seul le genre ¤ Janthinobacterium présente un intérêt en médecine vétérinaire.

Les souches de Collimonas fungivorans, unique espèce du genre, se présentent sous la forme de bacilles à Gram négatif, droits ou légèrement incurvés, mobiles grâce à des flagelles polaires auxquels se rajoutent parfois des flagelles latéraux, aérobies, oxydase positive, catalase négative ou faiblement positive et hydrolysant la chitine.
Collimonas fungivorans est associée à des champignons vivant dans des sols sablonneux.

Le genre Duganella (Duganella violaceinigra et Duganella zoogloeoides) est constitué de bacilles à Gram négatif, droits ou légèrement incurvés, mobiles, aérobies, à métabolisme strictement respiratoire, catalase positive.
Duganella zoogloeoides acidifie le glucose et donne une réponse positive aux tests oxydase, uréase et hydrolyse de l'amidon. Des résultats inverses sont obtenus avec Duganella violaceinigra. Duganella zoogloeoides donne des colonies de couleur jaune alors que les colonies de Duganella violaceinigra sont de couleur violette presque noire.
Les Duganella spp. sont isolées du milieu extérieur (eaux usées ou sol).

Le genre Herbaspirillum a été proposé en 1986 pour une unique espèce, Herbaspirillum seropedicae. Ultérieurement, ce genre s'est enrichi de sept autres espèces (voir le fichier Herbaspirillum in List of Prokaryotic Names with Standing in Nomenclature).
Les Herbaspirillum spp. sont des bacilles à Gram négatif, généralement incurvés, mobiles grâce à une ciliature monotriche, à métabolisme respiratoire, pouvant oxyder les sucres, oxydase positive, catalase variable, nitrate réductase variable, possédant une température optimale de croissance comprise entre 25 et 37 °C.
Les Herbaspirillum spp. vivent soit en association avec des graminées ou des légumineuses (certaines espèces fixent l'azote atmosphérique) soit dans le sol et l'eau.
Herbaspirillum chlorophenolicum dégrade les chlorophénols (utilisés comme agents de préservation du bois et dans les produits phytosanitaires).

Herminiimonas fonticola, unique espèce du genre, se présente sous la forme de bacilles à Gram négatif, mobiles grâce à un unique flagelle polaire, chimio-organotrophes, aérobies, catalase et oxydase positives, donnant des colonies pigmentées en jaune, capables de croître pour des températures comprises entre 10 et 35 °C (température optimale de croissance d'environ 30 °C) et pour des pH variant de 6 à 9,5.
Les souches de Herminiimonas fonticola ont été isolées de bouteilles d'eau minérale d'origine portugaise.

Les souches de Massilia timonae, seule espèce du genre, sont constituées de bacilles droits à Gram négatif, mobiles grâce à un unique flagelle polaire auquel se rajoutent parfois des flagelles latéraux, aérobies, catalase et oxydase positives, nitrate réductase variable selon les souches, acidifiant le glucose, le lévulose, le maltose et le xylose, hydrolysant l'amidon et l'esculine, hydrolysant la gélatine à 25 °C, donnant une réponse négative aux tests indole, uréase, LDC, ODC, ADH et production d'hydrogène sulfuré (milieu TSI), cultivant à 25 et à 35 °C mais pas à 42 °C, cultivant sur une gélose de MacConkey ou une gélose trypticase soja en donnant des colonies de couleur jaune paille, ne cultivant pas sur une gélose Salmonella-Shigella ou dans un bouillon nutritif contenant 6 p. cent de NaCl.
Les souches de Massilia timonae ont été isolées chez l'homme du sang, du liquide céphalo-rachidien et d'un cas d'ostéomyélite.

L'unique souche de Naxibacter alkalitolerans (unique espèce du genre) provient d'un échantillon de sol collecté dans la province de Yunan (Chine).
Naxibacter alkalitolerans est constitué de bacilles à Gram négatif, aux extrémités arrondies, mobiles grâce à un unique flagelle polaire, chimio-organotrophes, aérobies, catalase et oxydase positives, hydrolysant l'urée, la gélatine, l'acétamide, la xanthine, l'hypoxanthine, l'esculine, la kératine, la chitine, l'ADN, le Tween 20 et le Tween 80, donnant une réponse positive aux tests production d'hydrogène sulfuré, ODC, bêta-glucosidase, bêta-galactosidase, alpha-glucosidase et alpha-galactosidase, donnant une réponse négative aux tests nitrate réductase, indole, ADH, LDC et N-acétyl-bêta-glucosaminidase.

Les souches de Oxalicibacterium flavum ont été isolées du sol, à proximité de plantes (Mesembryanthenum sp.) accumulant de l'acide oxalique.
Cette espèce est un petit bacille à Gram négatif, mobile grâce à une ciliature polaire (un à trois flagelles), aérobie, catalase et oxydase positives, chimio-organotrophe, métabolisant l'oxalate, donnant des colonies à surface rugueuse et pigmentées en jaune.

Le genre Oxalobacter (Oxalobacter formigenes et Oxalobacter vibrioformis) rassemble des bacilles droits ou incurvés, à Gram négatif, anaérobies, utilisant l'oxalate comme principale source de carbone et d'énergie.
Oxalobacter formigenes est immobile alors que Oxalobacter vibrioformis est mobile grâce à la présence de 1 ou 2 flagelles polaires.
Les Oxalobacter spp. sont isolés du rumen des bovins et des ovins, des fèces de l'homme, du porc, du cobaye et du rat, de l'eau douce et de sédiments marins.

Le genre Telluria [Telluria chitinolytica et Telluria mixta (Pseudomonas mixta)] est constitué de bacilles à Gram négatif, pouvant donner des filaments d'une taille de 30 µm dans les vieilles cultures, mobiles grâce à un unique flagelle polaire auquel peut se rajouter des flagelles latéraux, accumulant des granules de poly-bêta-hydroxybutyrate, aérobies, à métabolisme oxydatif, catalase et oxydase positives, chimio-organotrophes, sensibles au NaCl (la croissance est faible en présence de 0,5 p. cent de NaCl et nulle pour une concentration en NaCl de 1,5 p. cent), hydrolysant la gélatine, la caséine, l'esculine, l'ADN, le Tween 40, le Tween 60 et le Tween 80, cultivant à des températures comprises entre 20 et 45 °C.
Les Telluria spp. ont pour habitat le sol et notamment la rhizosphère.

Orientation bibliographique

ALLISON (M.J.), MacGREGOR (B.J.), SHARP (R.) et STAHL (D.A.) : Genus I. Oxalobacter Allison, Dawson, Mayberry and Foss 1985b, 375^VP (Effective publication: Allison, Dawson, Mayberry and Foss 1985a, 6). In : D.J. BRENNER, N.R. KRIEG, J.T. STALEY and G. M. GARRITY (eds), Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology, second edition, vol. 2 (The Proteobacteria), part C (The Alpha-, Beta-, Delta-, and Epsilonproteobacteria), Springer, New York, 2005, pp. 624-627.

BALDANI (J.I.), BALDANI (V.L.D.), SELDIN (L.) et DÖBEREINER (J.) : Characterization of Herbaspirillum seropedicae gen. nov., sp. nov., a root-associated nitrogen-fixing bacterium. Int. J. Syst. Bacteriol., 1986, 36, 86-93.

BALDANI (J.I.), POT (B.), KIRCHHOF (G.), FALSEN (E.), BALDANI (V.L.D.), OLIVARES (F.L.), HOSTE (B.), KERSTERS (K.), HARTMANN (A.), GILLIS (M.) et DÖBEREINER (J.) : Emended description of Herbaspirillum; inclusion of [Pseudomonas] rubrisubalbicans, a mild plant pathogen, as Herbaspirillum rubrisubalbicans comb. nov.; and classification of a group of clinical isolates (EF group 1) as Herbaspirillum species 3. Int. J. Syst. Bacteriol., 1996, 46, 802-810.

BOWMAN (J.P.), SLY (L.I.), HAYWARD (A.C.), SPIEGEL (Y.) et STACKEBRANDT (E.) : Telluria mixta (Pseudomonas mixta Bowman, Sly, and Hayward 1988) gen. nov., comb. nov., and Telluria chitinolytica sp. nov., soil-dwelling organisms which actively degrade polysaccharides. Int. J. Syst. Bacteriol., 1993, 43, 120-124.

DE BOER (W.), LEVEAU (J.H.J.), KOWALCHUK (G.A.), KLEIN GUNNEWIEK (P.J.A.), ABELN (E.C.A.), FIGGE (M.J.), SJOLLEMA (K.), JANSE (J.D.) et VAN VEEN (J.A.) : Collimonas fungivorans gen. nov., sp. nov., a chitinolytic soil bacterium with the ability to grow on living fungal hyphae. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2004, 54, 857-864.

DING (L.) et YOKOTA (A.) : Proposals of Curvibacter gracilis gen. nov., sp. nov. and Herbaspirillum putei sp. nov. for bacterial strains isolated from well water and reclassification of [Pseudomonas] huttiensis, [Pseudomonas] lanceolata, [Aquaspirillum] delicatum and [Aquaspirillum] autotrophicum as Herbaspirillum huttiense comb. nov., Curvibacter lanceolatus comb. nov., Curvibacter delicatus comb. nov. and Herbaspirillum autotrophicum comb. nov. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2004, 54, 2223-2230.

FERNANDES (C.), RAINEY (F.A.), NOBRE (M.F.), PINHAL (I.), FOLHAS (F.) et DA COSTA (M.S.) : Herminiimonas fonticola gen. nov., sp. nov., a Betaproteobacterium isolated from a source of bottled mineral water. Syst. Appl. Microbiol., 2005, 28, 596-603.

GARRITY (G.M.), BELL (J.A.) et LILBURN (T.) : Family II. Oxalobacteraceae fam. nov. In : D.J. BRENNER, N.R. KRIEG, J.T. STALEY and G. M. GARRITY (eds), Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology, second edition, vol. 2 (The Proteobacteria), part C (The Alpha-, Beta-, Delta-, and Epsilonproteobacteria), Springer, New York, 2005, p. 623.

HIRAISHI (A.), SHIN (Y.K.) et SUGIYAMA (J.) : Proposal to reclassify Zoogloea ramigera IAM 12670 (P. R. Dugan 115) as Duganella zoogloeoides gen. nov., sp. nov. Int. J. Syst. Bacteriol., 1997, 47, 1249-1252.

IM (W.T.), BAE (H.S.), YOKOTA (A.) et LEE (S.T.) : Herbaspirillum chlorophenolicum sp. nov., a 4-chlorophenol-degrading bacterium. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2004, 54, 851-855.

KIRCHHOF (G.), ECKERT (B.), STOFFELS (M.), BALDANI (J.I.), REIS (V.M.) et HARTMANN (A.) : Herbaspirillum frisingense sp. nov., a new nitrogen-fixing bacterial species that occurs in C4-fibre plants. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2001, 51, 157-168.

LA SCOLA (B.), BIRTLES (R.J.), MALLET (M.N.) et RAOULT (D.) : Massilia timonae gen. nov., sp. nov., isolated from blood of an immunocompromised patient with cerebellar lesions. J. Clin. Microbiol., 1998, 36, 2847-2852.

LI (W.J.), ZHANG (Y.Q.), PARK (D.J.), LI (C.T.), XU (L.H.), KIM (C.J.) et JIANG (C.L.) : Duganella violaceinigra sp. nov., a novel mesophilic bacterium isolated from forest soil. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2004, 54, 1811-1814.

LINDQUIST (D.), MURRILL (D.), BURRAN (W.P.), WINANS (G.), JANDA (J.M.) et PROBERT (W.) : Characteristics of Massilia timonae and Massilia timonae-like isolates from human patients, with an emended description of the species. J. Clin. Microbiol., 2003, 41, 192-196.

TAMER (A.Ü.), ARAGNO (M.) et SAHIN (N.) : Isolation and characterization of a new type of aerobic, oxalic acid utilizing bacteria, and proposal of Oxalicibacterium flavum gen. nov., sp. nov. Syst. Appl. Microbiol., 2002, 25, 513-519.

VALVERDE (A.), VELÁZQUEZ (E.), GUTIÉRREZ (C.), CERVANTES (E.), VENTOSA (A.) et IGUAL (J.M.) : Herbaspirillum lusitanum sp. nov., a novel nitrogen-fixing bacterium associated with root nodules of Phaseolus vulgaris. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2003, 53, 1979-1983.

XU (P.), LI (W.J.), TANG (S.K.), ZHANG (Y.Q.), CHEN (G.Z.), CHEN (H.H.), XU (L.H.) et JIANG (C.L.) : Naxibacter alkalitolerans gen. nov., sp. nov., a novel member of the family 'Oxalobacteraceae' isolated from China. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2005, 55, 1149-1153.

AVIS JURIDIQUE IMPORTANT : Les informations qui figurent sur ce site sont soumises à une clause de non responsabilité et sont protégées par un copyright.