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Créé le 18 juin 1999
PAENIBACILLUS
Voir aussi le fichier ¤ Paenibacillaceae.
Autres dénominations :
Classification
Systématique
L'étude de la séquence des ARNr 16S a révélé que le genre Bacillus est constitué d'au moins 10 groupes phylogéniques. En 1993, Ash et al. proposent de reclasser les 10 espèces du groupe 3 (Bacillus alvei, Bacillus amylolyticus, Bacillus azotofixans, Bacillus gordonae, Bacillus larvae, Bacillus macerans, Bacillus macquariensis, Bacillus pabuli, Bacillus polymyxa et Bacillus pulvifaciens) ainsi que Bacillus validus (dont la séquence de l’ARNr est proche de celles des espèces du groupe 3) dans le nouveau genre Paenibacillus. Ce genre a été validé en octobre 1994 par inscription sur la liste de validation n° 51 mais, en raison d’une erreur, seule l’espèce type (Paenibacillus polymyxa) figurait sur cette liste. En 1995, cette omission a été corrigée et les 10 autres espèces ont été ajoutées à la liste n° 52 avec une date de validation correspondant à octobre 1994. Parmi ces 11 espèces, seules Paenibacillus alvei, Paenibacillus larvae, Paenibacillus macerans, Paenibacillus polymyxa et Paenibacillus pulvifaciens ont ou peuvent avoir une importance en biologie vétérinaire.
Ultérieurement, le genre Paenibacillus a subi quelques remaniements et il s'est enrichi de nombreuses espèces (voir le fichier Paenibacillus in List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature). Seules les modifications et les ajouts concernant les espèces d'intérêt vétérinaire (Paenibacillus apiarius, Paenibacillus larvae subsp. larvae, Paenibacillus larvae subsp. pulvifaciens, Paenibacillus lentimorbus, Paenibacillus popilliae et Paenibacillus thiaminolyticus) feront l'objet d'un bref commentaire : . "Bacillus apiarius" a été décrit par Katznelson en 1955. Cette espèce est citée dans la 8ème édition du "Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology" mais, elle n’a pas été retenue dans les "Approved Lists of Bacterial Names" en raison du faible nombre de souches caractérisées. Dans le "Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology", "Bacillus apiarius" est considéré comme incertae sedis. La détermination du G + C p. cent et des études d’homologie ADN - ADN, effectuées sur 15 souches, révèlent l’existence de 2 genomospecies (pour la définition d'une genomospecies voir le fichier Définitions d'une genomospecies et d'une espèce bactérienne). Les 6 souches placées dans le genomospecies 1 sont étroitement apparentées à Paenibacillus (Bacillus) thiaminolyticus alors que les 9 souches placées dans le genomospecies 2 constituent un groupe homogène et distinct de toutes les autres espèces des genres Bacillus ou Paenibacillus isolées chez les abeilles. L’étude de la séquence des gènes codant pour l’ARNr 16S montre que les souches du groupe 2 appartiennent au genre Paenibacillus et, comme il est possible de les identifier par des caractères phénotypiques, Nakamura propose de les placer dans une nouvelle espèce, Paenibacillus apiarius.
. La comparaison de 4 souches de Paenibacillus larvae et de 4 souches de Paenibacillus pulvifaciens montre que ces bactéries présentent des homologies ADN - ADN supérieure à 81 p. cent (ce pourcentage atteint même la valeur de 90 lorsque l’étude porte sur les souches types). Paenibacillus larvae et Paenibacillus pulvifaciens constituent donc une unique espèce. Cette conclusion est confortée par l’analyse des acides gras, par l’électrophorèse des protéines et par l’analyse du polymorphisme des fragments de restriction effectué selon 3 techniques différentes. Toutefois, ces bactéries se différencient par des caractères phénotypiques, par des caractères génétiques et par leur pouvoir pathogène si bien que Heyndrickx et al. (1996) considèrent qu’elles constituent des sous-espèces. La nomenclature de Paenibacillus larvae a priorité sur celle de Paenibacillus pulvifaciens aussi, Paenibacillus pulvifaciens doit être renommé Paenibacillus larvae subsp. pulvifaciens ce qui crée, en accord avec la règle 46 du Code de Nomenclature, la sous-espèce Paenibacillus larvae subsp. larvae.
. Bacillus lentimorbus et Bacillus popilliae sont deux bactéries phénotypiquement proches et des études antigéniques avaient conduit à en faire une seule espèce comprenant 3 sous-espèces : "Bacillus popilliae subsp. popilliae", "Bacillus popilliae subsp. lentimorbus" et "Bacillus popilliae subsp. melolonthae" (ou fribourgensis). Toutefois, les hybridations ADN - ADN montrent qu'elles constituent deux espèces distinctes.
. La nomenclature de "Bacillus thiaminolyticus", proposée dès 1951, n’a pas été incluse dans les "Approved Lists of Bacterial Names" car aucun caractère ne permettait de distinguer facilement cette espèce de Paenibacillus (Bacillus) alvei. En 1988, une étude de taxonomie numérique avait montré que l’espèce pouvait être définie d’après ses caractères phénotypiques. Ultérieurement, la détermination de la valeur du G + C p. cent et les études d’hybridation ADN-ADN montrent d’une part que cette espèce constitue un groupe homogène et d’autre part qu’elle est distincte des autres espèces de Bacillus sp. Le nom de Bacillus thiaminolyticus a donc été rétabli et l’espèce a fait l’objet d’une nouvelle description. En 1997, Shida et al. déterminent le statut taxonomique de 6 espèces de Bacillus sp. (dont Bacillus thiaminolyticus) présentant des caractères phénotypiques proches des Paenibacillus sp. Les résultats de l'analyse de la séquence de l'ADNr 16S ainsi que la composition en acide gras leur permettent de valider la nouvelle combinaison de Paenibacillus thiaminolyticus.
Caractères bactériologiques
Description du genre Depuis les travaux de Ash et al., la description du genre Paenibacillus a évolué. Actuellement, elle est la suivante : Bacilles présentant la structure des bactéries à Gram positif mais pouvant apparaître Gram positif ou Gram négatif ou Gram variable, le plus souvent mobiles grâce à une ciliature péritriche, formant une spore ovale déformante (la sporulation est parfois très difficile à observer in vitro), aéro-anaérobies ou aérobies stricts. Caractères variables : présence d'un cristal parasporal, croissance à pH 5,6, croissance à 50 °C, croissance en présence de 0,001 p. cent de lysozyme, catalase (généralement positive sauf pour Paenibacillus larvae), oxydase, nitrate réductase, VP, indole, uréase, hydrolyse de la caséine, de l'amidon, de la tyrosine, de la thiamine et des polysaccharides. La croissance peut nécessiter des milieux complexes et elle est optimale pour une température de 28 à 40 °C (à l'exception de Paenibacillus macquariensis qui cultive mieux pour des températures comprises entre 20 et 23 °C) et pour un pH de 7 (toutefois, certaines espèces sont alcalophiles). Les amorces PAEN515F (5'-GCTCGGAGAGTGACGGGTACCTGAGA) et 843F (5'-TCGATACCCTTGGTGCCGAAGT) peuvent être utilisées pour un diagnostic de genre. L'espèce type est Paenibacillus polymyxa. Description des espèces d'intérêt vétérinaire
. Les souches de Bacillus alvei sont constituées de bacilles aéro-anaérobies, à Gram variable, de 2 à 5 mm de longueur sur 0,5 à 0,8 mm de diamètre, le plus souvent mobiles, souvent groupés en longues chaînes, formant des spores ovales déformantes, centrales ou terminales, non accompagnées d'un cristal parasporal.
. Paenibacillus apiarius est un bacille mobile, de 3 à 5 mm de longueur sur 0,7 à 0,8 mm de diamètre, à Gram variable, sporulé (les spores sont déformantes, elles ont une forme rectangulaire et ne sont pas accompagnées d'un cristal parasporal), aéro-anaérobie, oxydase négative, catalase et nitrate réductase positives.
. Les souches de Paenibacillus larvae sont constituées de bacilles aéro-anaérobies, droits ou légèrement incurvés, aux extrémités arrondies, de 1,5 à 6 mm de longueur sur 0,5 mm de diamètre, se présentant de manière isolée ou groupés en chaînes, parfois mobiles, présentant une spore ovoïde, centrale ou sub-terminale pouvant déformer la cellule bactérienne. La sporulation ne s'accompagne pas de la formation d'un cristal parasporal.
. Paenibacillus lentimorbus est un bacille aéro-anaérobie, de 1,8 à 7,0 mm de longueur sur 0,5 à 0,7 mm de diamètre, à Gram variable ou à Gram négatif durant la phase exponentielle de croissance, formant des spores ovales, déformantes, sub-terminales ou terminales et pouvant former un cristal parasporal. La sporulation qui se produit facilement dans les larves d'insectes infectées n'a pas été observée in vitro.
. La description de Paenibacillus macerans est identique à celle de Bacillus macerans telle qu'elle figure dans le "Bergey's Manual of Systematic Bacteriology". Paenibacillus macerans est un bacille aéro-anaérobie, de 2,5 à 5,0 mm de longueur sur 0,5 à 0,7 mm de diamètre, mobile, à Gram variable, formant une spore ovale, terminale et déformante, non accompagnée d'un cristal parasporal. Paenibacillus macerans dégrade la pectine et des polysaccharides végétaux mais pas ou peu la cellulose.
. La description de Paenibacillus polymyxa est identique à celle de Bacillus polymyxa telle qu'elle est donnée dans le "Bergey's Manual of Systematic Bacteriology". Paenibacillus polymyxa est un bacille aéro-anaérobie, de 2,0 à 5,0 mm de longueur sur 0,6 à 0,8 mm de diamètre, mobile, formant une spore ovale, déformante, centrale ou terminale, non accompagnée d'un cristal parasporal. Paenibacillus polymyxa synthétise des lévanes à partir du saccharose et s'entoure alors d'un matériel muqueux (capsule) qui ne diffuse pas dans le milieu environnant.
. Paenibacillus popilliae est un bacille aéro-anaérobie, de 1,3 à 5,2 mm de longueur sur 0,5 à 0,8 mm de diamètre, à Gram variable ou à Gram négatif durant la phase exponentielle de croissance mais à Gram positif au moment de la sporulation. Les spores sont ovales, déformantes, centrales ou terminales et un cristal parasporal est le plus souvent visible. La sporulation qui se produit facilement dans les larves d'insectes infectées est difficile à obtenir in vitro.
. Paenibacillus thiaminolyticus est un bacille de 2,0 à 3,0 mm de longueur sur 0,5 à 1,0 mm de diamètre, à Gram positif, formant une spore ovale déformante, aéro-anaérobie, catalase et oxydase positives, réduisant généralement les nitrates en nitrites, indologène, hydrolysant l'amidon et la caséine, dégradant la tyrosine et la thiamine, assimilant l'acétate, le citrate, le fumarate, le malate et le succinate, acidifiant (sans gaz) le D-fructose, le D-galactose, le D-glucose, le lactose, le maltose, le D-mannose, le mélibiose, le D-ribose, le saccharose, la salicine et le tréhalose.
. Les principaux caractères permettant de différencier les espèces d'intérêt vétérinaire figurent sur le tableau I.
Habitat et pouvoir pathogène
Les Paenibacillus sp. sont des bactéries du sol mais, certaines espèces sont pathogènes pour les insectes ou peuvent, occasionnellement, être responsables d'infections chez les mammifères. L'espèce la plus importante en bactériologie vétérinaire est Paenibacillus larvae subsp. larvae.
. Paenibacillus larvae subsp. larvae est l’agent étiologique de la loque américaine qui atteint les larves operculées d’abeilles (Apis mellifera, Apis sp.). La loque américaine a une distribution mondiale et c’est une des maladies infectieuses des abeilles les plus graves cliniquement et économiquement si bien qu’elle est placée sur la liste B de l’Office International des Épizooties. En France, c'est une "maladie réputée légalement contagieuse".
. Paenibacillus larvae subsp. pulvifaciens est associé à une maladie rare des abeilles, appelée "powdery scale", qui se traduit par la présence de larves de couleur jaunâtre ou brunâtre et excessivement friables.
. Paenibacillus alvei a été isolé du sol, des larves d’abeilles et du couvain d’abeilles atteintes de loque européenne. Actuellement, on considère que Bacillus alvei n’est pas la cause de la loque (due à ¤ Melissococcus plutonius) mais ce germe est un saprophyte capable de se développer sur les larves mortes et sa présence constitue un indicateur de la maladie. In vitro, Paenibacillus alvei stimule la production de toxine botulinique F et il pourrait stimuler la croissance de Clostridium botulinum (souches produisant de la toxine F) dans le miel.
. Paenibacillus lentimorbus et Paenibacillus popilliae sont connus pour leur pouvoir larvicide vis-à-vis des représentant de la famille des Scarabeidae (Popillia japonica, Cyclocephala borealis, Cyclocephala hirta, Cyclocephala parallela, Anomola orientalis, Papuana uninodis, Papuana woodlarkiana, Melolontha melolonthae, Odontria sp.). Les souches de Paenibacillus lentimorbus produisant un cristal parasporal ont toutes été isolées d'insectes autres que Popillia japonica. Les larves qui se nourrissent dans le sol, absorbent des spores qui germent dans l'intestin. Les formes végétatives ainsi formées pénètrent dans l'hémolymphe, se multiplient puis sporulent et provoquent la mort des larves. Au moment de la mort, le nombre de spores dans l'hémolymphe peut atteindre 5X1010 par mL. Les larves mortes ont une coloration laiteuse d'où le nom de "milky disease" donné à la maladie. L'infection à Paenibacillus lentimorbus conduit à la formation de caillots qui bloquent la circulation de l'hémolymphe et conduit à des gangrènes. Compte tenu des ravages provoqués par les Scarabeidae, des travaux ont été consacrés à l'utilisation de Paenibacillus popilliae en tant qu'agent de lutte biologique contre les insectes. Aux États Unis, cette espèce est utilisée depuis plus de 50 ans dans la lutte contre les larves de Popillia japonica (hanneton nuisible aux prairies). Compte tenu des difficultés de sporulation in vitro, les spores sont produites par infection de larves de Popillia japonica. Depuis 1985, une préparation de spores, obtenues in vitro, est commercialisée mais, elle semble contenir des spores de Paenibacillus polymyxa ou de Paenibacillus amylolyticus et non des spores de Paenibacillus popilliae.
. Paenibacillus macerans et Paenibacillus polymyxa sont isolés de végétaux, notamment de végétaux en décomposition. En raison de son action sur les fibres végétales (dégradation de la pectine et de divers polysaccharides), Paenibacillus macerans participe au rouissage du lin. Paenibacillus polymyxa est très répandu dans le milieu extérieur et cette espèce peut contaminer des denrées alimentaires. Paenibacillus macerans a été isolé d’avortements chez les bovins et Paenibacillus polymyxa d'avortements chez les ovins. . Paenibacillus apiarius et Paenibacillus thiaminolyticus ont été isolés de larves d’abeilles mortes. Paenibacillus thiaminolyticus, également isolé des fèces de l'homme, avait été impliqué dans la loque européenne des abeilles qui est due, en fait, à ¤ Melissococcus plutonius.
Diagnostic bactériologique
L'identification du genre Paenibacillus est difficile et le diagnostic se réalise au niveau de l'espèce (voir les caractères bactériologiques mentionnés ci-dessus et le tableau I). Le diagnostic de la loque américaine doit être précoce pour éviter la propagation de la maladie. Le prélèvement est constitué d'un morceau de rayon de 15 X 15 cm qui doit parvenir au laboratoire enveloppé dans du papier. L'utilisation d'autres emballages peut conduire à des macérations préjudiciables à l'identification et doit être prohibée.
Un diagnostic d'orientation peut avoir recours à plusieurs méthodes :
Sensibilité aux antibiotiques et prophylaxie
Paenibacillus larvae subsp larvae est généralement sensible à l'ampicilline, à l'amoxicilline, aux tétracyclines, aux macrolides, à la lincomycine et au sulfathiazol.
La loque américaine est une "maladie réputée légalement contagieuse" et une déclaration de maladie doit être faite à la Direction des Services Vétérinaires du département qui appliquera la législation sanitaire apicole.
Adresse utile en médecine vétérinaire (diagnostic de la loque américaine)
AFSSA, Laboratoire de pathologie des petits ruminants et des abeilles. "Les Templiers", 105 route des Chappes, Sophia Antipolis, BP 12, 06410 Biot.
Orientation bibliographique
Systématique, caractères bactériologiques Voir aussi le fichier Paenibacillus in List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature. ASH (C.), PRIEST (F.G.) et COLLINS (M.D.) : Molecular identification of rRNA group 3 bacilli (Ash, Farrow, Wallbanks and Collins) using a PCR probe test. Proposal for the creation of a new genus Paenibacillus. Antonie van Leeuwenhoek, 1993, 64, 253-260. CLAUS (D.) et BERKELEY (R.C.W.) : Genus Bacillus Cohn 1872, 174AL. In: P.H.A. SNEATH, N.S. MAIR, M.E. SHARPE and J.G. HOLT (ed.) Bergey’s manual of systematic bacteriology, vol. 2, The Williams & Wilkins Co., Baltimore, 1986, p. 1105-1139. 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AVIS JURIDIQUE IMPORTANT : Les informations qui figurent sur ce site sont soumises à une clause de non responsabilité et sont protégées par un copyright.
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Extraits de levure : 1,5 p. cent
. Bouillon : composition identique mais sans agar.
** : Milieu J. D'après : HORNITZKY (M.A.Z.) et NICHOLLS (P.J.) : J medium is superior to sheep blood agar and brain heart infusion agar for the isolation of Bacillus larvae from honey samples. J. Apicultural Res., 1993, 32, 51-52. . Milieu gélosé :
Extraits de levure : 1,5 p. cent
. Bouillon : composition identique mais sans agar.
*** : Gélose aux extraits de sol (composition pour 1 litre)
Sol : 500,0 g
Ajouter 500 g de sol de jardin à 1 litre d'eau. Autoclaver 3 heures à 121 °C. Filtrer sur papier Whatman n° 2. Ajouter les autres composants au filtrat. Ajuster le volume à un litre avec de l'eau. Chauffer doucement jusqu'à ébullition. Distribuer dans des tubes. Autoclaver 15 min à 121 °C.
Thermorésistance des spores de Paenibacillus larvae subsp. larvae :
8 heures à 100 °C pour des spores contenues dans le couvain malade
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