J.P. Euzéby : Dictionnaire de Bactériologie Vétérinaire

Créé le 27 août 2001

PEPTONIPHILUS, PEPTONIPHILUS INDOLICUS

Autres dénominations :
. Peptoniphilus asaccharolyticus : "Staphylococcus asaccharolyticus", "Micrococcus asaccharolyticus", Peptococcus asaccharolyticus, Peptostreptococcus asaccharolyticus.
. Peptoniphilus harei : Peptostreptococcus harei.
. Peptoniphilus indolicus : "Micrococcus indolicus", Peptococcus indolicus, Peptostreptococcus indolicus.
. Peptoniphilus ivorii : Peptostreptococcus ivorii.
. Peptoniphilus lacrimalis : Peptostreptococcus lacrimalis.

Systématique

Le genre Peptoniphilus a été validement publié en juillet 2001 pour des coques à Gram positif, anaérobies stricts, préalablement classés dans les genres Peptococcus et/ou Peptostreptococcus.

En 1980, les genres Peptococcus (Peptococcus asaccharolyticus, Peptococcus glycinophilus, Peptococcus indolicus, Peptococcus magnus, Peptococcus niger, Peptococcus prevotii, Peptococcus saccharolyticus) et Peptostreptococcus (Peptostreptococcus anaerobius, Peptostreptococcus micros, Peptostreptococcus parvulus, Peptostreptococcus productus) ont été retenus dans les Approved Lists of Bacterial Names.
Toutefois, aucun caractère bactériologique ne permettait de distinguer ces deux genres si bien que leur systématique a connu de nombreux bouleversements.

Genre Peptococcus :
. En 1981, Peptococcus saccharolyticus a été transféré dans le genre Staphylococcus et la nouvelle combinaison Staphylococcus saccharolyticus a été validement publiée en 1984.
. En 1983, Cato et al. montrent que Peptococcus glycinophilus est un synonyme ultérieur de Peptostreptococcus micros et cette espèce n'est plus reconnue en tant que telle.
. En se basant sur les valeurs des G + C p. cent, Ezaki et al. (1983) transfèrent Peptococcus asaccharolyticus, Peptococcus indolicus, Peptococcus magnus et Peptococcus prevotii dans le genre Peptostreptococcus.
. En 1986, Ezaki and Yabuuchi transfèrent dans le genre Peptostreptococcus l'espèce Peptococcus heliotrinreducens (espèce décrite en 1976, non incluse dans les Approved Lists mais dont le nomenclature a été validement publiée en 1983).
. A la suite de ces diverses modifications, le genre Peptococcus est restreint à son espèce type, Peptococcus niger.

Genre Peptostreptococcus
. Depuis la publication des Approved Lists, 14 autres espèces ont été incluses dans le genre Peptostreptococcus : cinq espèces préalablement placées dans le genre Peptococcus (Cf. supra) et neuf nouvelles espèces (Peptostreptococcus barnesae, Peptostreptococcus harei, Peptostreptococcus hydrogenalis, Peptostreptococcus ivorii, Peptostreptococcus lacrimalis, Peptostreptococcus lactolyticus, Peptostreptococcus octavius, Peptostreptococcus tetradius et Peptostreptococcus vaginalis).
. Entre le 01 janvier 1983 et le 31 décembre 2000, cinq espèces ont été exclues de ce genre : Peptostreptococcus heliotrinreducens a été transféré dans le genre Slackia, Peptostreptococcus magnus dans le genre Finegoldia, Peptostreptococcus micros dans le genre Micromonas, Peptostreptococcus parvulus dans le genre Streptococcus puis dans le genre Atopobium et Peptostreptococcus productus dans le genre Ruminococcus.
. En juillet 2001, la réorganisation du genre Peptostreptococcus a été poursuivie par Ezaki et al. qui, à l'exception de l'espèce type (Peptostreptococcus anaerobius), reclassent toutes les autres espèces dans trois nouveaux genres, les genres Anaerococcus, ¤ Gallicola et Peptoniphilus. Ces propositions reposent sur des études phylogénétiques antérieures (notamment sur les résultats obtenus en 1994 par Collins et al.) et sur la possibilité de caractériser les genres Anaerococcus, Gallicola, Peptoniphilus et Peptostreptococcus par des caractères biochimiques et chimiotaxonomiques.

Le genre Peptoniphilus a ainsi été proposé pour des espèces ne fermentant pas les sucres, utilisant les peptones et les acides aminés comme source d'énergie, produisant du butyrate comme principal produit terminal du métabolisme et dont le peptidoglycane est du type A4bêta (voir le fichier ¤ "Classification des peptidoglycanes selon Schleifer et Kandler"). Parmi les cinq espèces de ce genre (Peptoniphilus asaccharolyticus, Peptoniphilus harei, Peptoniphilus indolicus, Peptoniphilus ivorii et Peptoniphilus lacrimalis) seul Peptoniphilus indolicus présente un intérêt en médecine vétérinaire.

Caractères bactériologiques

 Outre les caractères cités ci-dessus, le genre Peptoniphilus rassemble des coques à Gram positif, pouvant se décolorer rapidement, non sporulés, immobiles, groupés en paires, en tétrades, en courtes chaînes ou en amas, anaérobies stricts, ne produisant pas de caproate et dont la valeur du G + C p. cent est comprise entre 30 et 34.
Au sein des coques à Gram positif anaérobies stricts, l'absence d'acidification des sucres permet de distinguer facilement le genre Peptoniphilus des genres Anaerococcus, ¤ Atopobium, Coprococcus, Peptostreptococcus (réduit à son espèce type, Peptostreptococcus anaerobius) et Ruminococcus qui regroupent tous des bactéries capables de fermenter les sucres. Les Peptoniphilus sp. se différencient des espèces des genres Finegoldia, Gallicola et Micromonas dont les souches ne produisent pas de butyrate et de Peptococcus niger (unique espèce du genre Peptococcus) qui produit à la fois du butyrate et du caproate.

Les souches de Peptoniphilus indolicus sont constituées de coques, parfois ovoïdes, de 0,5 à 0,6 µm de diamètre. Plus de 95 p. cent des souches présentent la particularité, unique au sein des coques à Gram positif anaérobies stricts, de coaguler le plasma de lapin ou de veau.
. Un caractère positif est obtenu pour les tests réduction des nitrates (réaction allant jusqu'au stade azote après 4 jours d'incubation), production de gaz après culture en gélose profonde, production d'indole, phosphatase alcaline, arginine arylamidase, phénylalanine arylamidase, leucine arylamidase, histidine arylamidase et tyrosine arylamidase (réaction faiblement positive).
. Une réponse négative est notée pour les tests catalase, uréase, arginine di-hydrolase, alpha-galactosidase, bêta-galactosidase, alpha-glucosidase, bêta-glucosidase, bêta-glucuronidase, proline arylamidase, acide pyroglutamique arylamidase et utilisation du citrate.
. La production d'hydrogène sulfuré (papier à l'acétate) donne des résultats variables selon le milieu de culture utilisé.

La température optimale de croissance est de 37 °C et, à des températures de 22 ou de 44,5 °C, seule une croissance très faible est observée.
La culture doit être effectuée en atmosphère anaérobie et, de préférence, en présence de 10 p. cent de dioxyde de carbone. Après 24 heures d'incubation sur une gélose au sang de veau, les colonies sont minuscules. Après 48 heures, les colonies sont circulaires, à contour régulier, convexes, de couleur verdâtre ou jaunâtre et leur diamètre est de 0,5 à 0,8 mm. Si l'incubation est prolongée, le diamètre des colonies peut atteindre 2 mm. La production d'hémolysines est variable et trois types de résultats sont observés : colonies non hémolytiques, colonies s'entourant après 72 heures d'incubation d'une étroite zone d'hémolyse presque complète ou colonies s'entourant d'une large zone d'hémolyse incomplète après 24 heures d'incubation. La consistance des colonies est variable et certaines souches donnent des colonies granuleuses ou friables, difficiles à mettre en suspension.

Par immunodiffusion double en gel, Høi Sørensen a identifié six sérovars (de A à F). Le sérovar C et dans une moindre mesure les sérovars B, D et E semblent les plus communs.

Habitat et pouvoir pathogène

L'habitat de Peptoniphilus indolicus n'est pas connu avec certitude mais cette espèce pourrait être un constituant des flores des bovins et des porcs. Chez les bovins, elle est isolée de la conjonctive, de la muqueuse nasale, des amygdales, du vagin, de la peau de la mamelle et de la peau de l'espace interdigité. Chez les porcs elle est présente dans la cavité orale, dans le pharynx, dans les cavités nasales, dans la région ombilicale et dans la région interdigitée.

Peptoniphilus indolicus peut être isolé, en association avec d'autres bactéries et notamment ¤ Arcanobacterium pyogenes, de diverses infections des bovins (abcès de la glande mammaire, mammites, pneumonies) et des porcs (abcès sous-cutanés, abcès musculaires, abcès hépatiques, abcès pulmonaires). Cependant, cette espèce est principalement connue pour son rôle étiologique dans les mammites d'été des bovins.

Les mammites d'été sont des infections de répartition géographique mondiale et dont l'étiologie est complexe. En effet, plusieurs espèces bactériennes ont été incriminées et, notamment, ¤ Arcanobacterium pyogenes, Fusobacterium necrophorum, Peptoniphilus indolicus, Porphyromonas levii, ¤ Streptococcus dysgalactiae et un coque micro-aérophile désigné sous le nom de coque de Stuart-Schwan. Dans la majorité des cas, les examens bactériologiques révèlent la présence de 4 à 6 espèces bactériennes et, selon les enquêtes, Peptoniphilus indolicus est présent dans 15 à plus de 85 p. cent des cas.
Expérimentalement, l'infection peut être reproduite en inoculant dans la mamelle une association ¤ Arcanobacterium pyogenes et Peptoniphilus indolicus ou une association ¤ Arcanobacterium pyogenes, Fusobacterium necrophorum et Peptoniphilus indolicus. L'inoculation de la mamelle avec une culture pure de Peptoniphilus indolicus conduit à une colonisation de la glande mammaire mais les sécrétions ne sont modifiées que dans un tiers des cas.
Ces mammites évoluent sur un mode enzootique, durant les mois d'été, chez les génisses et chez les vaches taries. En Europe, la majorité des cas est observée en juillet, en août et en septembre ce qui s'expliquerait par l'abondance des mouches à cette période de l'année. Les mouches semblent en effet jouer un rôle dans la transmission de l'infection. En Europe, Hydrotaea irritans est l'insecte le plus souvent incriminé même si une seule étude a pu démontrer le rôle de cette mouche dans la contamination des animaux sains. Expérimentalement, après ingestion d'un repas contaminé, Peptoniphilus indolicus est présent durant 96 heures dans l'intestin des mouches et la bactérie est régurgitée lors d'un repas ultérieur ce qui peut constituer une source de contamination. La survie de la bactérie à la surface des mouches est inférieure à 24 heures mais ce temps est suffisant pour qu'une éventuelle transmission à des animaux sains soit possible. Dans d'autres régions du monde, d'autres espèces de mouches pourraient constituer des vecteurs. L'importance des arthropodes dans la transmission est étayée par le fait que l'incidence des mammites d'été diminue si des mesures de lutte contre les insectes sont mises en place.

Peptoniphilus indolicus est très rarement isolé de prélèvements d'origine humaine. Murdoch fait toutefois état de l'isolement, en culture pure, de deux souches. L'une provenait d'une lésion cutanée chez un berger et l'autre d'un abcès superficiel.

Diagnostic bactériologique

Les Peptoniphilus sp. sont des coques anaérobies stricts mais ils ne sont pas rapidement tués par l'oxygène et ils peuvent rester viables durant plusieurs heures dans un prélèvement exposé à une atmosphère normale. Toutefois, il est conseillé d'ensemencer rapidement les prélèvements ou de les placer dans un milieu de transport pour anaérobie. Pour le diagnostic des mammites d'été, selon Madsen et al., les sécrétions mammaires peuvent être placées dans un tube rempli à ras bord à condition que l'ensemencement soit effectué dans les 48 heures.

Peptoniphilus indolicus peut être isolé sur divers milieux de culture (gélose trypticase soja au sang, gélose Columbia au sang, gélose cœur-cervelle au sang...), fraîchement préparés et incubés au moins deux jours à 37 °C dans une atmosphère anaérobie enrichie en dioxyde de carbone. L'enrichissement des milieux en vitamine K ou en hémine n'est pas nécessaire.
Des milieux sélectifs (par exemple une gélose au phényléthanol ou une gélose Schaedler additionnée de colistine et d'acide nalidixique) ont été préconisés pour l'isolement des Peptostreptococcus sp. À la connaissance de l'auteur ils ne sont pas (rarement ?) utilisés en médecine vétérinaire et aucune publication ne fait état de leur intérêt pour l'isolement de Peptoniphilus (Peptostreptococcus) indolicus.

L'identification des coques à Gram positif anaérobies stricts est difficile car il n'existe pas de schéma d'identification bien codifié et facile à utiliser par les laboratoires de diagnostic. Dans un premier temps, il conviendra de vérifier que la souche est bien anaérobie afin de ne pas faire de confusion avec des coques aéro-anaérobies ou micro-aérophiles mais ne cultivant qu'en anaérobiose lors de l'isolement (par exemple, ¤ Gemella morbillorum). L'utilisation d'un disque de métronidazole peut aider à différencier les coques anaérobies stricts des coques micro-aérophiles ou aéro-anaérobies car seuls les coques anaérobies sont sensibles à cet antibiotique.
La caractérisation des produits du métabolisme par chromatographie gaz-liquide ou l'étude de la composition du peptidoglycane ne sont pas effectuées en routine par les laboratoires de diagnostic vétérinaire. L'identification de Peptoniphilus indolicus sera orientée par la production d'une coagulase et confirmée par l'étude des caractères biochimiques. Les principaux caractères permettant de différencier Peptoniphilus indolicus des autres coques à Gram positif anaérobies stricts et incapables de fermenter les sucres sont donnés dans le tableau I.

Sensibilité aux antibiotiques

Les résultats obtenus avec 15 souches de Peptoniphilus indolicus isolées de mammites d'été montrent une sensibilité à la pénicilline G, à l'amoxicilline, au céfoxitine, à l'oxytétracycline, à la clindamycine, au tinidazole et au chloramphénicol. Par contre, la spiramycine et l'ofloxacine sont peu actives. Lors d'infections expérimentales associant ¤ Arcanobacterium pyogenes, Fusobacterium necrophorum et Peptoniphilus indolicus, un traitement associant la pénicilline G et le tinidazole ne donne pas de meilleurs résultats qu'une simple pénicillinothérapie.

Orientation bibliographique

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