J.P. Euzéby : Dictionnaire de Bactériologie Vétérinaire |
Créé le 15 mars 2007
PUNICEICOCCALES, PUNICEICOCCACEAE, PUNICEICOCCUS
Le genre Puniceicoccus et l'espèce Puniceicoccus vermicola ont été créés pour accueillir une unique souche bactérienne (la souche IMCC1545 = KCCM 42343 = NBRC 101964) isolée de l'intestin d'un vers marin (Periserrula leucophryna*) vivant dans la zone intertidale de l'île de Donggum (golfe de Corée, Mer Jaune).
La souche IMCC1545 appartient au phylum ou division des "Verrucomicrobia".
Le phylum des "Verrucomicrobia", phylogénétiquement apparenté au phylum des "Chlamydiae", a été proposé par Hedlund et al. en 1998 et il a été divisé en cinq groupes par Hugenholtz et al.
. Le groupe V1, actuellement appelé la famille des Verrucomicrobiaceae, rassemble (i) des bactéries à prosthèques** vivant dans l'eau douce (genres Prosthecobacter et Verrucomicrobium, (ii) le genre Rubritalea dont l'unique espèce (Rubritalea marina) a été isolée d'une éponge du genre Porifera et (iii) le genre Akkermansia dont l'unique espèce (Akkermansia muciniphila) a pour habitat l'intestin de l'homme.
. Le groupe V2 (ou famille des "Xiphinematobacteriaceae") et le groupe V3 sont constitués de bactéries vivant dans le sol ou dans des sédiments. Leur importance quantitative est considérable (107 à 108 bactéries par gramme de sol) et à elles représenteraient entre 1 à 10 p. cent de la flore du sol.
. Le groupe V4 comprend (i) Opitutus terrae isolé du sol, (ii) Alterococcus agarolyticus (espèce halophile, thermotolérante, vivant dans l'eau de mer, dégradant l'agar des algues rouges et primitivement classé par erreur dans la famille des ¤ Enterobacteriaceae) et (iii) "Fucophilus fucoidanolyticus" isolé d'un concombre de mer.
Des bactéries naines (volume cellulaire de l'ordre de 0.03 à 0.04 µm3), encore inommées, vivant dans le sol, sont également placées dans le groupe V4. Ces bactéries naines sont des bactéries à Gram négatif, non capsulées, non sporulées et anaérobies. Elles sont généralement groupées par deux et une seule des deux cellules porte un flagelle
. Le groupe V5 comprend des bactéries non encore cultivées et vivant dans les eaux usées.
Les analyses phylogénétiques permettent de rapprocher la souche IMCC1545 des espèces du groupe V4. Toutefois, les pourcentages d'homologie obtenus avec les autres espèces de ce groupe n'excèdent pas 86,5 ce qui montre que la souche IMCC1545 mérite d'être placée dans un nouveau genre. La souche IMCC1545 peut être caractérisée par ses caractères phénotypiques si bien que le 08 mars 2007, Choo et al. valident la publication du genre Puniceicoccus et de l'espèce Puniceicoccus vermicola.
Ces auteurs proposent également la classe des Opitutae pour accueillir les espèces du groupe V4. Au sein de cette classe, ils distinguent deux ordres : l'ordre des Opitutales (famille des Opitutaceae, genres Alterococcus et Opitutus) et l'ordre des Puniceicoccales (famille des Puniceicoccaceae, genres "Fucophilus" et Puniceicoccus).
L'ordre des Puniceicoccales et la famille des Puniceicoccaceae rassemblent des bactéries à Gram négatif isolées principalement de l'environnement marin. L'individualisation de ces taxons repose avant tout sur des considérations phylogénétiques (étude des ARNr 16S) et leurs descriptions phénotypiques sont identiques à celle du genre Puniceicoccus.
Le genre Puniceicoccus est constitué par des coques à Gram négatif, aéro-anaérobies, halophiles, produisant un pigment caroténoïde et dont la seule quinone respiratoire est la ménaquinone 7.
Outre les caractères du genre, Puniceicoccus vermicola se présente sous la forme de coques, de 0,3 à 0,5 µm de diamètre, immobiles et dépourvus de flagelle, oxydase et catalase négatives.
. En utilisant une galerie API 20NE, une réponse négative est obtenue pour les tests réduction des nitrates, indole, acidification du glucose, arginine di-hydrolase, uréase, hydrolyse de l'esculine, gélatinase et bêta-galactosidase (PNPG).
. L'ensemencement d'une galerie API ZYM permet d'obtenir une réponse positive pour les tests phosphatase alcaline, estérase (C4), estérase lipase (C8), phosphatase acide et naphtol-AS-BI-phosphohydrolase.
Les colonies obtenues sur une gélose Marine Agar 2216, incubée à 20 °C, sont circulaires, lisses, convexes, opaques, d'une couleur légèrement rougeâtre et leur diamètre est compris entre 0,3 et 0,5 mm après 5 jours d'incubation. Après trois semaines d'incubation, le diamètre des colonies atteint 3 mm.
Une croissance est obtenue pour une température comprise entre 8 et 40 °C (optimum 25 à 30 °C), pour un pH compris entre 5 et 12 (optimum 7,0 à 7,5) et pour des concentrations en NaCl variant de 1 à 10 p. cent (optimum 3,0 à 3,5 p. cent).
La souche IMCC1545 de Puniceicoccus vermicola est sensible à l'érythromycine et à la tétracycline. Elle résiste à l'ampicilline, au chloramphénicol, à la gentamicine, à la kanamycine, à la pénicilline G, à la rifampicine, à la streptomycine et à la vancomycine.
L'habitat de Puniceicoccus vermicola n'est pas connu avec certitude. La souche IMCC1545 a été isolée de l'intestin d'un vers marin. Aucun pouvoir pathogène n' a été attribué à cette espèce.
Orientation bibliographique
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HEDLUND (B.P.), GOSINK (J.J.) et STALEY (J.T.) : Verrucomicrobia div. nov., a new division of the Bacteria containing three new species of Prosthecobacter. Antonie Leeuwenhoek, 1997, 72, 29-38.
Hugenholtz (P.), Goebel (B.M.) et Pace (N.R.) : Impact of culture-independent studies on the emerging phylogenetic view of bacterial diversity. J. Bacteriol., 1998, 180, 4765-4774.
Janssen (P.H.), Schuhmann (A.), Morschel (E.), et Rainey (F.A.) : Novel anaerobic ultramicrobacteria belonging to the Verrucomicrobiales lineage of bacterial descent isolated by dilution culture from anoxic rice paddy soil. Appl. Environ. Microbiol., 1997, 63, 1382-1388.
SCHEUERMAYER (M.), GULDER (T.A.M.), BRINGMANN (G.) et HENTSCHEL (U.) : Rubritalea marina gen. nov., sp. nov., a marine representative of the phylum 'Verrucomicrobia', isolated from a sponge (Porifera). Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2006, 56, 2119-2124.
STALEY (J.T.), DE BONT (J.A.M.) et DE JONGE (K.) : Prosthecobacter fusiformis gen. and sp. nov., nom. rev. Int. J. Syst. Bacteriol., 1980, 30, 595.
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Classification (d'après le NCBI Txonomy Browser) : Eukaryota ; Fungi/Metazoa group ; Metazoa ; Eumetazoa ; Bilateria ; Coelomata ; Protostomia ; Annelida/Echiura/Pogonophora group ; Annelida ; Polychaeta ; Palpata ; Aciculata ; Phyllodocida ; Nereididae ; Periserrula ; Periserrula leucophryna.
Ce vers marin se caractérise par une taille importante pouvant atteindre 56 cm de longueur et un diamètre de 1,3 cm.
La prosthèque est une extension cellulaire portée par certaines bactéries appendiculées. Il s'agit d'une sorte d'appendice ou de prolongement comprenant le cytoplasme et les enveloppes cellulaires. La prosthèque permet à la bactérie de se fixer sur une surface solide et de la coloniser.