J.P. Euzéby : Dictionnaire de Bactériologie Vétérinaire

Créé le 03 février 2004
Modifié le 31 août 2004

Classification des bactéries en fonction du risque d'infection pour les animaux : classification adoptée par la Commission de Génie Génétique (CGG)

Voir aussi le fichier Classification des bactéries en fonction du risque d'infection pour l'homme.

Sommaire

Introduction

Définitions

Commentaires

Classe Ea 1
Classe Ea 2
Classe Ea 3
Autres espèces non incluses dans une classe de risque

Notes

Introduction

En application de l'article L236-4 du Code rural, un arrêté fixant la liste des agents biologiques pathogènes pour les animaux devrait être publié au Journal Officiel. Toutefois, cet arrêté n'est pas encore paru.
À la connaissance de l'auteur, le seul document officiel français, publié et librement disponible, est celui de la Commission de Génie Génétique (CGG). Il nous a semblé utile de présenter la "classification des bactéries en fonction du risque d'infection pour les animaux" telle qu'elle a été adoptée par la CGG (voir cependant la note infrapaginale). Quelques remarques ont été incluses dans ce fichier pour attirer l'attention sur quelques imperfections.

La liste adoptée par la CGG est basée sur le rapport établi par le comité Technique CEN/TC233 "Biotechnologie".
Le tableau de classification des pathogènes animaux émane en partie de la norme CR 12894/1997 (norme AFNOR X42-208), émanant elle-même du WG49 du CEN TC 233.

La liste adoptée par la CGG est disponible sur le site Ministère délégué à la Recherche et aux Nouvelles Technologies. Voir le site Commission de Génie Génétique et notamment le fichier Principes de classement et guide officiels de la Commission de Génie Génétique (avril 2000) (format pdf).

Définitions

Les définitions citées ci-dessous sont celles données dans la liste adoptée par la CGG.

Classe Ea1
Microorganismes qui peuvent provoquer des maladies chez les animaux et qui présentent à des degrés divers les caractéristiques suivantes : importance géographique limitée, transmissibilité interespèce faible ou nulle, vecteurs ou porteurs inexistants. L'incidence économique et/ou médicale est limitée. Ils ne nécessitent normalement pas de mesures particulières de confinement. Il existe habituellement une prophylaxie et/ou un traitement efficace.

Classe Ea2
Microorganismes qui provoquent des épizooties graves chez les animaux. La diffusion interespèce peut être importante. Cela nécessite de mettre en œuvre des réglementations sanitaires pour les espèces répertoriées par les autorités de chaque pays concerné. Une prophylaxie médicale ou des réglementations sanitaires existent.

Classe Ea3
Microorganismes qui provoquent des panzooties ou des épizooties extrêmement graves chez les animaux avec un taux de mortalité élevé et éventuellement des conséquences économiques dramatiques dans les zones d'élevage atteintes. En général, il n'existe pas de traitement prophylactique médical connu ; une politique de confinement, rendu obligatoire si nécessaire, est la seule mesure possible.

Commentaires

Les erreurs orthographiques figurant dans la liste adoptée par la CGG ont été corrigées. Par exemple, le nom Clostridium sordelli a été corrigé en Clostridium sordellii.

L'auteur de ce fichier a choisi d'utiliser les nomenclatures les plus récentes. De ce fait, quelques nomenclatures citées dans la liste adoptée par la CGG ont été modifiées. Toutefois, les basonymes et, le cas échéant, les autres synonymes validement publiés sont indiqués entre crochets.
Il convient de rappeler que pour une nouvelle combinaison (combinatio nova) ou pour un nom nouveau (nomen novum), un bactériologiste peut utiliser le basonyme ou un autre synonyme validement publié.
En revanche, lorsque la nomenclature d'un taxon a été validement publiée, il n'est pas licite (au sens du Code de Nomenclature) d'employer un nom dépourvu de statut dans la nomenclature. Toutefois, de telles nomenclatures "illicites" sont parfois citées dans la liste adoptée par la CGG. Par exemple "Pasteurella anatipestifer", "Pasteurella piscida" (sic), "Streptococcus pluton"...
Pour des renseignements complémentaires voir les fichiers La nomenclature bactérienne et Glossaire de nomenclature bactérienne.

Certains noms cités dans la liste adoptée par la CGG ne sont pas validement publiés et ne figurent même pas (i) dans l'Index Bergeyana ou (ii) dans les sixième, septième, huitième et neuvième éditions du Bergey's Manual of Determinative Bacteriology ou (iii) dans la première édition du Bergey's Manual of Systematic Bacteriology ou (iv) dans le fichier "Taxonomic Outline of the Procaryotes, Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, Second Edition".
Dans ces conditions, l'auteur de ce fichier est incapable de savoir à quelles bactéries correspondent les nomenclatures citées. C'est le cas de "Corynebacterium cystides", de "Flexibacter salmonis", de "Martiella refringerns", de "Pasteurella anguilliseptica" et de "Pseudomonas pneumoniae".
Bien que les nomenclatures de "Bacillus apisepticus" et de "Mycobacterium piscium" figurent dans des ouvrages anciens il est également impossible d'identifier ces espèces.
Ces problèmes de dénomination illustrent parfaitement la nécessité de disposer d'une nomenclature correcte (au sens du Code de Nomenclature) pour que tous les bactériologistes puissent se comprendre sans ambiguïté.
Pour des renseignements complémentaires voir les fichiers La nomenclature bactérienne et Glossaire de nomenclature bactérienne.

Pour les Salmonella sp., la citation des sérovars a été mise en conformité avec les recommandations de Le Minor et Popoff (Int. J. Syst. Bacteriol., 1987, 37, 465-468.).
Pour des renseignements complémentaires voir le fichier Nomenclature des salmonelles.

Il est certainement extrêmement difficile d'établir une classification des bactéries en fonction du risque d'infection pour les animaux. Toutefois, on peut être surpris par le classement retenu. Exemples : la citation de Yersinia enterocolitica dans la classe Ea 3 ; l'inclusion de Brucella melitensis biovar Ovis (Brucella ovis) dans la classe Ea 3 alors que Brucella melitensis figure dans la classe Ea 2 ; la présence de toutes les espèces du genre Leptospira (citées dans la liste) au sein de la classe Ea 1 à l'exception de Leptospira santarosai, espèce pour laquelle aucune classe de risque n'est indiquée.

On peut également déplorer des erreurs (Clostridium colinum est considéré comme une bactérie pathogène pour les chevaux, les moutons et les chèvres ! Borrelia harveyi est considérée comme une espèce pathogène pour les oiseaux !) ou une liste incomplète des espèces animales infectées (lorsque cette liste est notoirement insuffisante, l'abréviation "etc." a été rajoutée).
Inversement, il peut arriver que le spectre d'hôtes soit plus restreint que celui indiqué. Par exemple, dans la liste adoptée par la CGG, les espèces infectées par Renibacterium salmoninarum sont les poissons alors que le pouvoir pathogène de cette bactérie n'a été décrit que chez des espèces de la sous-famille des Salmoninae.

Il est aussi regrettable que des bactéries importantes en médecine vétérinaire aient été omises de la liste adoptée par la CGG. Par exemple, des espèces du genre Acholeplasma, Actinobaculum suis (Eubacterium suis, Actinomyces suis), Aegyptianella pullorum, Anaplasma phagocytophilum (Ehrlichia phagocytophila), des espèces du genre Bacteroides, Borrelia anserina, des espèces du genre Brachyspira, de nombreux représentant de la famille des Enterobacteriaceae, des représentants de la famille des Flavobacteriaceae, Fusobacterium necrophorum, des espèces du genre Helicobacter, des espèces du genre Leptospira, des espèces du genre Mycobacterium, des espèces du genre Mycoplasma, les Nocardia sp., Plesiomonas shigelloides, des espèces du genre Rickettisa, des espèces du genre Staphylococcus, des espèces du genre Vibrio...
Inversement cette liste renferme des espèces qui ne sont qu'exceptionnellement pathogènes pour les animaux (Vibrio cholerae) et même des bactéries qui n'infectent pas les espèces animales (Actinobacillus hominis, Leptospira wolbachii).

Classe Ea 1 - Classe Ea 2 - Classe Ea 3 - Autres espèces non incluses dans une classe de risque

Bactéries incluses dans la classe Ea 1

. Actinobacillus pleuropneumoniae (porcs)

. Aeromonas salmonicida (poissons)

. Anaplasma centrale (bovins)

. Anaplasma marginale (bovins)

. Anaplasma ovis (moutons)
Note: Anaplasma ovis est également cité dans le chapitre "Autres espèces non incluses dans une classe" lorsque les infections concernent les bovins.

. Avibacterium paragallinarum (Haemophilus paragallinarum), souches du sérovar A * (volailles)

. "Bacillus apisepticus"* (abeilles)

. Bordetella bronchiseptica (chiens, chats, etc.)

. Bordetella bronchiseptica (porcs, en association avec Pasteurella multocida)

. Borrelia burgdorferi (chiens, chats)

. Brucella melitensis biovar Canis [Brucella canis] (chiens)

. Burkholderia mallei [Pseudomonas mallei] (chevaux)

. Campylobacter fetus (bovins, moutons, chèvres)

. Campylobacter jejuni (mammifères, oiseaux)

. Chlamydophila psittaci* [Chlamydia psittaci] (volailles)

. Corynebacterium pseudotuberculosis (moutons, chèvres, chevaux)

. Coxiella burnetii (bovins, moutons, etc.)

. Edwardsiella ictaluri (poissons)

. Erysipelothrix rhusiopathiae (porcs, moutons, etc.)

. Escherichia coli (souches responsables de septicémies chez les volailles, souches entéropathogènes pour les porcs et les veaux, souches responsables de mammites chez les bovins)

. "Flexibacter salmonis"* (poissons)

. Haemophilus parasuis (porcs)

. Histophilus somni* (bovins, etc.)

. Klebsiella pneumoniae (nombreuses espèces)

. Leptospira borgpetersenii (nombreuses espèces)

. Leptospira inadai (nombreuses espèces)

. Leptospira interrogans (nombreuses espèces)

. Leptospira kirschneri (nombreuses espèces)

. Leptospira noguchii (nombreuses espèces)

. Leptospira weilii (nombreuses espèces)

. Leptospira wolbachii* (nombreuses espèces)

. Mannheimia haemolytica [Pasteurella haemolytica] (moutons, chèvres, bovins)

. "Martiella refringerns"* (Ostrea edulis)

. Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis [Mycobacterium paratuberculosis] (nombreuses espèces)

. Mycoplasma agalactiae (moutons, chèvres)

. Mycoplasma bovigenitalium (bovins)

. Mycoplasma bovis (bovins)

. Mycoplasma californicum (bovins)

. Mycoplasma capricolum subsp. capricolum* (moutons, chèvres)

. Mycoplasma capricolum subsp. capripneumoniae* (moutons, chèvres)

. Mycoplasma gallisepticum (volailles)

. Mycoplasma hyopneumoniae (porcs)

. Mycoplasma mycoides subsp. mycoides* cultivar LC = Large Colony (chèvres)

. Mycoplasma synoviae (volailles)

. Paenibacillus larvae subsp. larvae [Paenibacillus larvae, Bacillus larvae] (abeilles)

. Pasteurella multocida (ruminants, volailles)
Note: Pasteurella multocida est également cité dans le chapitre "Autres espèces non incluses dans une classe" lorsque les infections concernent les porcs (types D et A).

. Piscirickettsia salmonis (poissons)

. Renibacterium salmoninarum (poissons)

. Riemerella anatipestifer [Moraxella anatipestifer]* (canards, dindes)

. Salmonella Abortusequi (chevaux)

. Salmonella Abortusovis (moutons, chèvres)

. Salmonella Dublin (bovins)

. Salmonella Typhimurium (nombreuses espèces)

. Staphylococcus aureus subsp. aureus (bovins, etc.)

. Streptococcus agalactiae (bovins)

. Streptococcus dysgalactiae (bovins)

. "Streptococcus pluton"* (abeilles)

. Streptococcus suis (porcs)

. Streptococcus uberis (bovins)

. Vibrio cholerae* (poissons)

. Vibrio salmonicida (poissons)

Bactéries incluses dans la classe Ea 2

. Bacillus anthracis (nombreuses espèces)

. Brucella melitensis biovar Abortus [Brucella abortus] (bovins)

. Brucella melitensis (moutons, chèvres)

. Brucella melitensis biovar Suis [Brucella suis] (porcs)

. Burkholderia pseudomallei [Pseudomonas pseudomallei] (chevaux, vaches, etc.)

. Chlamydophila abortus* (moutons, chèvres)

. Clostridium chauvoei (bovins, etc.)

. Clostridium perfringens (bovins, moutons, etc.)

. Dermatophilus congolensis (bovins, moutons, etc.)

. Ehrlichia ruminantium [Cowdria ruminantium] (bovins)

. Francisella tularensis subsp. holarctica [Francisella tularensis type B] (lagomorphes, etc.)

. Francisella tularensis subsp. tularensis [Francisella tularensis type A] (lagomorphes, etc.)

. Listeria monocytogenes* (mammifères, oiseaux, poissons)

. Mycobacterium avium subsp. avium (volailles, etc.)

. Mycobacterium bovis (bovins, etc.)

. Mycobacterium simiae (singes)

. Mycobacterium tuberculosis (bovins, chiens, chats, animaux sauvages)

. Salmonella Enteritidis (volailles)

. Salmonella Gallinarum* (volailles)

. Streptococcus equi subsp. equi (chevaux)

. Taylorella equigenitalis [Haemophilus equigenitalis] (chevaux)

Bactéries incluses dans la classe Ea 3

. Brucella melitensis biovar Ovis [Brucella ovis] (moutons, chèvres)

. Yersinia enterocolitica (rongeurs, etc.)

. Yersinia pestis (rongeurs, etc.)

. Yersinia pseudotuberculosis* (rongeurs, lapins, oiseaux)

Bactéries représentant un danger pour les animaux mais non incluses dans l'une des classes Ea 1, Ea 2 ou Ea 3

. Actinobacillus equuli (mammifères)

. Actinobacillus hominis* (bovins, moutons)

. Actinobacillus lignieresii (mammifères)

. Actinobacillus suis (espèces non précisées)

. Actinomyces bovis (porcs, chiens, chevaux bovins)

. Aeromonas hydrophila (poissons)

. Anaplasma ovis (bovins)
Note: Anaplasma ovis est également cité dans la classe Ea 1 lorsque les infections concernent les ovins.

. Arcanobacterium pyogenes [Actinomyces pyogenes, Corynebacterium pyogenes] (bovins, etc.)

. Bordetella avium (dindes, etc.)

. Borrelia harveyi* (volailles)

. Brachyspira hyodysenteriae [Serpulina hyodysenteriae, Treponema hyodysenteriae] (porcs)

. Clostridium botulinum (bovins, visons, etc.)

. Clostridium colinum* (chevaux, moutons, chèvres)

. Clostridium haemolyticum (moutons, bovins)

. Clostridium novyi (bovins, moutons, porcs)

. Clostridium septicum (bovins, moutons, etc.)

. Clostridium sordellii* (bovins, moutons)

. Clostridium spiroforme (lapins)

. Clostridium tetani (moutons, chèvres, etc.)

. Corynebacterium bovis (bovins)

. "Corynebacterium cystides"* (bovins, moutons)

. Corynebacterium renale (bovins, moutons, etc.)

. "Corynebacterium salmoninarum"* (poissons)

. Dichelobacter nodosus [Bacteroides nodosus] (moutons, etc.)

. Edwardsiella tarda = Edwardsiella anguillimortifera (poissons)

. Ehrlichia spp* [Bartonella (sic)] (mammifères oiseaux)

. Flavobacterium columnare [Flexibacter columnaris, Cytophaga columnaris] (poissons)

. Flavobacterium hydatis* [Cytophaga aquatilis] (poissons)

. Leptospira santarosai (nombreuses espèces)

. Listonella anguillarum [Vibrio anguillarum] (poissons)

. Melissococcus plutonius* (abeilles)

. Moraxella equi (espèces non précisées)

. Moraxella ovis [Moraxella (subgen. Branhamella) ovis, Neisseria ovis] (espèces non précisées)

. Mycobacterium marinum (poissons)

. Mycobacterium microti (espèces non précisées)

. "Mycobacterium piscium"* (poissons)

. Mycobacterium xenopi (espèces non précisées)

. Mycoplasma dispar (bovins)

. Mycoplasma hyosynoviae (porcs)

. Mycoplasma iowae (volailles)

. Mycoplasma meleagridis (volailles)

. Mycoplasma mycoides subsp. mycoides* cultivar SC = Small Colony (ruminants)

. Ornithobacterium rhinotracheale (volailles)

. "Pasteurella anguilliseptica"* (poissons)

. Pasteurella multocida (porcs)
Note: Pasteurella multocida est également cité dans la classe Ea 1 lorsque les infections concernent les ruminants et les volailles.

. Photobacterium damselae subsp. piscicida* (poissons)

. Pseudomonas aeruginosa (espèces non précisées)

. Pseudomonas anguilliseptica (poissons)

. "Pseudomonas pneumoniae"* (visons)

. Rhodococcus equi [Corynebacterium equi] (cheval, etc.)

. Salmonella Choleraesuis (oiseaux)

. Salmonella choleraesuis subsp. arizonae (chevaux, oiseaux, etc.)

. Tenacibaculum maritimum* [Flexibacter maritimus, Cytophaga marina] (poissons)

. Yersinia pseudotuberculosis (volailles, oiseaux, lièvres)

. Yersinia ruckeri (poissons)

Notes :

"Bacillus apisepticus"

"Bacillus apisepticus" ne figure pas dans les Approved Lists of Bacterial Names et cette nomenclature n'a jamais été validement publiée depuis le 1er janvier 1980.

D'après l'Index Bergeyana, "Bacillus apisepticus" Burnside 1928 a été ultérieurement appelé "Proteus apisepticus" (Burnside 1928) Prévot 1953 ou "Pseudomonas apiseptica" (Burnside 1928) Landerkin et Katznelson 1959. Ces diverses dénominations n'ont pas de statut dans la nomenclature bactérienne.

La sixième édition du Bergey's Manual of Determinative Bacteriology cite "Bacillus apisepticus" dans l'appendice III du chapitre consacré à la famille des "Bacteriaceae", en précisant que cette espèce est pathogène pour les abeilles (Apis mellifera). Cette espèce ne sera plus citée dans les septième, huitième et neuvième éditions de ce manuel et elle n'apparaît ni dans la première édition du Bergey's Manual of Systematic Bacteriology ni dans le fichier "Taxonomic Outline of the Procaryotes, Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, Second Edition".

Dans son Traité de Systématique Bactérienne, Prévot cite cette espèce sous le nom de "Proteus apisepticus" en précisant qu'il s'agit d'une espèce insuffisamment décrite.

En pratique, il semble très difficile, voire impossible, de savoir à quelle bactérie correspond "Bacillus apisepticus".