J.P. Euzéby : Dictionnaire de Bactériologie Vétérinaire |
Créé le 29 septembre 2005
ROSEIVIRGA, ROSEIVIRGA ECHINICHOMITANS
Le genre Roseivirga et l'espèce Roseivirga ehrenbergii ont été validement publiés le 11 janvier 2005 pour une unique souche bactérienne isolée d'une algue verte (Ulva fenestrata). L'analyse de la séquence des ARNr 16S montre que cette bactérie est apparentée à Flexibacter tractuosus et à Reichenbachia agariperforans, mais qu'elle forme un groupe distinct au sein du phylum des "Bacteroidetes".
Le 14 septembre 2005, Nedashkovskaya et al. valident la publication de Roseivirga echinicomitans pour une unique souche, isolée en septembre 2002, d'un oursin (Strongylocentrotus intermedius*) récolté dans le Golf Pierre le Grand (Baie de Troitsa, Mer du Japon ou Mer de l'Est). Une étude phylogénétique révèle que la séquence de l'ARNr 16S de cette souche présente 99 p. cent d'homologie avec celle de la souche type de Roseivirga ehrenbergii. De plus, les caractères phénotypiques ainsi que la composition des acides gras et la valeur du G + C p. cent sont compatibles avec le placement de cette souche au sein du genre Roseivirga.
Il est intéressant de noter qu'aucune hybridation ADN-ADN n'a été réalisée et qu'une homologie de séquence des ARNr 16S de 99 p. cent ne permet pas d'affirmer que deux souches appartiennent à deux espèces différentes (voir le fichier ¤ "Définitions d'une genomospecies et d'une espèce bactérienne").
Selon Nedashkovskaya et al., le genre Marinicola** (validement publié le 18 mars 2005) serait un synonyme ultérieur et hétérotypique de Roseivirga ce qui conduit ces auteurs à modifier la définition du genre Roseivirga. Toutefois, Nedashkovskaya et al. ne proposent aucun changement de nomenclature pour Marinicola seohaensis (unique espèce du genre Marinicola) ce qui pose un problème.
Ainsi, dans la description originale, le genre Roseivirga rassemblait des bactéries immobiles. Dans la nouvelle description, il rassemble des souches immobiles ou pouvant être mobiles par glissement. Or, seule l'espèce Marinicola seohaensis est mobile par glissement. Si un auteur accepte la synonymie proposée par Nedashkovskaya et al., le genre Roseivirga contient une espèce mobile par glissement que l'on est obligé d'appeler Marinicola seohaensis car Nedashkovskaya et al. n'ont pas pris la peine de proposer une nouvelle nomenclature pour ce taxon !
Le genre Roseivirga Nedashkovskaya et al. 2005 emend. Nedashkovskaya et al. 2005 est constitué de bacilles à Gram négatif, pouvant être mobiles par glissement, non sporulés, aérobies, produisant un pigment carétonoïde non diffusible et parfois de la flexirubine, chimio-organotrophes, donnant une réponse positive aux tests oxydase, catalase et phosphatase alcaline, pouvant hydrolyser l'ADN, le Tween 20 et le Tween 40.
La principale ménaquinone respiratoire est une ménaquinone à sept unité isoprénoïdes, les acides gras cellulaires sont des acides insaturés ramifiés et non ramifiés.
Le genre Roseivirga est placé dans la famille des "Flexibacteraceae" (classe des "Sphingobacteria", division or phylum des "Bacteroidetes", domaine ou empire des "Bacteria").
Outre les caractères du genre, Roseivirga echinicomitans, seule espèce à avoir un intérêt (tout relatif) en médecine vétérinaire, rassemble des bacilles de 0,3 à 0,5 µm de diamètre sur 2,1 à 3,2 µm de longueur, immobiles, cultivant à des températures comprises entre 4 et 31 °C, capables de croître en présence de 1 à 8 p. cent de NaCl. Après culture sur une gélose "marine agar 2216", les colonies sont circulaires, à contour régulier, brillantes, pigmentées en rose et leur diamètre est compris entre 2 et 3 mm.
La plupart des caractères bactériologiques cités ci-dessous ont été étudiés avec des galeries API 20E, API 20NE et API ZYM. Les caractères qui permettent de distinguer facilement Roseivirga echinicomitans et Roseivirga ehrenbergii (qui donne un résultat inverse) sont écrits en bleu.
. Une réponse positive est notée pour les tests réduction des nitrates, alpha-galactosidase, bêta-galactosidase, bêta-glucosidase, N-acétyl-bêta-glucosaminidase, hydrolyse de l'esculine, hydrolyse de la gélatine, hydrolyse du Tween 40, estérase (C4), estérase lipase (C8), leucine arylamidase, valine arylamidase, cystine arylamidase, trypsine, alpha-chymotrypsine, naphtol-AS-BI-phosphohydrolase, alpha-glucosidase, phosphatase acide, phosphatase alcaline, acidification de l'amygdaline, assimilation de l'adipate, de la N-acétylglucosamine et du maltose, sensibilité à la benzylpénicilline, à la streptomycine et à la tétracycline.
. Une réponse négative est obtenue avec les tests croissance à 37 °C, VP, indole, production d'hydrogène sulfuré, hydrolyse de l'ADN, hydrolyse de l'agar, hydrolyse de la caséine, hydrolyse de l'amidon, hydrolyse du Tween 20, hydrolyse du Tween 80, hydrolyse de la cellulose (carboxyméthylcellulose et cellulose sous forme cristalline), hydrolyse de la chitine, lipase (C14), alpha-mannosidase, acidification de l'adonitol, du L-arabinose, du D-cellobiose, du dulcitol, du L-fucose, du D-galactose, du glycérol, de la N-acétylglucosamine, du D-glucose, de l'inositol, du D-lactose, du D-maltose, du mannitol, du D-mélibiose, du L-raffinose, du L-rhamnose, du D-saccharose, du L-sorbose et du DL-xylose, assimilation du L-arabinose, du D-lactose, du malonate, du D-mannose, du mannitol, de l'inositol et du sorbitol.
Orientation bibliographique
NEDASHKOVSKAYA (O.I.), KIM (S.B.), LEE (D.H.), LYSENKO (A.M.), SHEVCHENKO (L.S.), FROLOVA (G.M.), MIKHAILOV (V.V.), LEE (K.H.) et BAE (K.S.) : Roseivirga ehrenbergii gen. nov., sp. nov., a novel marine bacterium of the phylum 'Bacteroidetes', isolated from the green alga Ulva fenestrata. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2005, 55, 231-234.
NEDASHKOVSKAYA (O.I.), KIM (S.B.), LYSENKO (A.M.), PARK (M.S.), MIKHAILOV (V.V.), BAE (K.S.) et PARK (H.Y.) : Roseivirga echinicomitans sp. nov., a novel marine bacterium isolated from the sea urchin Strongylocentrotus intermedius, and emended description of the genus Roseivirga. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 55, 1797-1800.
STACKEBRANDT (E.) et GOEBEL (B.M.) : Taxonomic note: A place for DNA-DNA reassociation and 16S rRNA sequence analysis in the present species definition in bacteriology. Int. J. Syst. Bacteriol., 1994, 44, 846-849.
YOON (J.H.), KANG (S.J.), LEE (C.H.) et OH (T.K.) : Marinicola seohaensis gen. nov., sp. nov., isolated from sea water of the Yellow Sea, Korea. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2005, 55, 859-863.
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* : Strongylocentrotus intermedius
Classification d'après le NCBI Taxonomy Browser : Eukaryota ; Fungi/Metazoa group ; Metazoa ; Eumetazoa ; Bilateria ; Coelomata ; Deuterostomia ; Echinodermata ; Eleutherozoa ; Echinozoa ; Echinoidea ; Euechinoidea ; Echinacea ; Echinoida ; Strongylocentrotidae ; Strongylocentrotus, Strongylocentrotus intermedius.
Strongylocentrotus intermedius fait l’objet d’une récolte commerciale, notamment dans les mers de Chine, du Japon, d’Okhotsk et de Béring. Cette espèce est un modèle d'étude en biologie du développement et une substance antitumorale et immunosuppressive, la 3'-sulphonoquinovosyl 1'-monoacylglycéride, a été extraite de son intestin.
Pour une photographie de cette espèce, voir le fichier http://www.hokudai.ac.jp/fsc/usujiri/Strongylocentrotus intermedius.html ou le fichier http://www.fegi.ru/PRIMORYE/atlas/at25.htm.
L'unique souche de Marinicola seohaensis (unique espèce du genre Marinicola Yoon et al. 2005) a été isolée d'un échantillon d'eau de la mer Jaune (bras de mer de l'océan Pacifique séparant la Chine de la Corée). Une analyse phylogénétique montrait que cette espèce était apparentée à Reichenbachia agariperforans, mais qu'elle formait un groupe distinct au sein du phylum des "Bacteroidetes".
L'étude phylogénétique de Yoon et al. ne pouvait prendre en compte Roseivirga ehrenbergii dont la description n'a été faite que deux mois avant la publication de leur article.