J.P. Euzéby : Dictionnaire de Bactériologie Vétérinaire |
Créé le 17 septembre 2003
STAPHYLOCOCCUS EQUORUM
Sur la base de critères génétiques (détermination du G + C p. cent et hybridations ADN - ADN), chimiotaxonomiques (composition de la paroi) et biochimiques, Schleifer et al. 1984 proposent la nomenclature de Staphylococcus equorum pour onze souches de staphylocoques isolées de la peau de chevaux sains. Cette nomenclature sera validée en 1985 par inscription sur la liste de validation n° 17.
En 2003, Place et al. décrivent deux souches de staphylocoques (les souches RP33 et RP29 = DSM 15097), isolées de la surface de Küssnachter [fromages au lait de vaches, à pâte mi-dure, à croûte lavée et fabriqués à Küssnacht (Suisse)]. L'étude des séquences des ARNr 16S et des gènes hsp60 (codant pour une protéine du choc thermique) révèle une étroite parenté de ces deux souches avec la souche type de Staphylococcus equorum (la souche DSM 20674). Toutefois, les résultats des hybridations ADN - ADN, effectuées entre la souche DSM 20674 et la souche DSM 15097, révèlent un pourcentage d'homologie de 67,6 p. cent. Les caractères phénotypiques permettent de distinguer ces deux souches si bien que Place et al. proposent de les placer dans une nouvelle sous-espèce de Staphylococcus equorum, Staphylococcus equorum subsp. linens. En accord avec la règle 40d (anciennement la règle 46) du Code de Nomenclature, la description de Staphylococcus equorum subsp. linens crée, automatiquement, la sous-espèce Staphylococcus equorum subsp. equorum. Ces nomenclatures seront validement publiées le 12 septembre 2003 par inscription sur la liste de validation n° 93.
Les descriptions de Staphylococcus equorum et de Staphylococcus equorum subsp. equorum, proposées en 1984*, ne suivent pas les recommandations édictées en 1999 par le "Sous-comité de taxonomie des staphylocoques et des streptocoques"**. De manière un peu surprenante, il en va de même pour la description de Staphylococcus equorum subsp. linens.
Les souches de Staphylococcus equorum rassemblent des coques à Gram positif, non sporulés, immobiles, de 0,5 à 1,8 µm de diamètre, se présentant de manière isolée ou groupés par deux ou en courtes chaînes ou en amas, coagulase négative, ne cultivant pas dans la portion anaérobie d'un tube de milieu glucosé semi-solide au thioglycolate, catalase positive et oxydase négative.
Les résultats des tests biochimiques indiqués ci-dessous sont ceux obtenus par Place et al. en testant deux souches de Staphylococcus equorum subsp. equorum et deux souches de Staphylococcus equorum subsp. linens à l'aide du système API ID 32 STAPH (bioMérieux) et du système MicroLog (Biolog).
. Une réponse positive est notée pour les tests réduction des nitrates, acidification du fructose, du D-glucose et du D-mannose.
. Une réponse négative est observée pour les tests VP, arginine di-hydrolase, ornithine décarboxylase, arginine arylamidase, hydrolyse de l'esculine et acidification du cellobiose.
. La réponse est variable vis-à-vis des tests résistance à la novobiocine, bêta-galactosidase, bêta-glucuronidase, uréase (réponse généralement positive), phosphatase alcaline, pyrrolidonyl arylamidase, acidification du L-arabinose, de l'arbutine, du D-galactose, de la N-acétyl-glucosamine, du D-lactose, du maltose, du maltotriose, du D-mannitol, du D-raffinose, du D-ribose, du saccharose, de la salicine, du turanose, du D-tréhalose et du D-ylose.
. Le diagnostic différentiel entre Staphylococcus equorum subsp. equorum, Staphylococcus equorum subsp. linens, Staphylococcus xylosus et Staphylococcus succinus subsp. casei peut reposer sur les caractères donnés dans le tableau I. Il est important de remarquer que Staphylococcus equorum subsp. linens est le seul de ces quatre taxons à être sensible à la novobiocine.
D'autres caractères permettant de différencier Staphylococcus equorum subsp. equorum de quelques espèces du genre Staphylococcus résistantes à la novobiocine et oxydase négative sont donnés dans le tableau II.
. En se basant sur les caractères biochimiques, il est difficile de distinguer Staphylococcus equorum subsp. equorum et Staphylococcus xylosus. En revanche, l'utilisation de techniques issues de la biologie moléculaire (ribotypage ou analyse du profil de restriction des gènes codant pour les ARNr, RAPD ou PCR-based random amplified polymorphic DNA, ITS-PCR ou16S-23S ribosomal-DNA intergenic spacer PCR) permettent de différencier ces taxons.
La température optimale de croissance est de l'ordre de 30 à 32 °C et aucune culture n'est obtenue à 42 °C. Après 48 heures d'incubation, les colonies sont blanches (rarement jaunâtres), opaques, parfois hémolytiques et leur diamètre est compris entre 1 et 6 mm.
Initialement, les souches de Staphylococcus equorum subsp. equorum ont été isolées de la peau saine de chevaux. Ultérieurement, des souches de cette sous-espèce ont été isolées du chat, de l'homme (vagin, plaie, sang), de produits de charcuterie, de la surface de fromages à croûtes lavées, de la peau de la mamelle des chèvres, du lait de chèvres et de fromages de chèvres.
Staphylococcus equorum subsp. equorum participe au développement des arômes des jambons crus et des fromages à croûtes lavées et certaines souches de cette sous-espèce servent de ferment d'affinage.
La souche WS 2733 de Staphylococcus equorum subsp. equorum, isolée d'un fromage à raclette français, produit un antibiotique peptidique (la microcine P1) capable d'inhiber de nombreuses souches de bactéries à Gram positive et notamment les souches de ¤ Listeria monocytogenes. Dans la mesure où la microcine P1 s'avérerait non utilisable en thérapeutique, la souche WS 2733 pourrait servir de ferment afin d'inhiber le développement de ¤ Listeria monocytogenes.
Quelques souches isolées de lait de chèvre produisent une entérotoxine proche de l'entérotoxine E. Toutefois, les quantités de toxine produites sont faibles et, in vitro, dans des conditions considérées comme optimales, on obtient moins de 100 ng de toxine par millilitre de surnageant. À la connaissance de l'auteur, les souches de Staphylococcus equorum subsp. equorum n'ont jamais été incriminées dans des intoxinations alimentaires.
Les deux souches de Staphylococcus equorum subsp. linens ont été isolées de la surface de fromages suisses à croûte lavée et fabriqués à partir de lait de vaches.
L'intérêt de cette sous-espèce en tant que ferment d'affinage a fait l'objet de deux études.
. Dans une première étude, 30 tonnes de Küssnachter ont été lavées durant quatre semaines avec une suspension contenant une souche de Debaryomyces hansenii, une souche de Geotricum candidum, une souche de ¤ Brevibacterium linens, une souche de Corynebacterium ammoniagenes et la souche type de Staphylococcus equorum subsp. linens. Durant le reste de la période d'affinage, les fromages ont été lavés avec une solution de NaCl à 3 p. cent. Après 12 semaines d'affinage, 28 p. cent de la flore de surface était constituée de Staphylococcus equorum subsp. linens. La croûte des fromages ainsi affinés était d'une excellente qualité hygiénique comme en témoigne l'absence de Escherichia coli, l'absence de ¤ Listeria monocytogenes, l'absence de Staphylococcus aureus subsp. aureus et le faible nombre de moisissures.
. La deuxième étude a consisté à comparer deux lots de fromages à raclette. Le premier lot était traité avec un ferment d'affinage dont la composition était identique à celle mentionnée ci-dessus alors que pour le deuxième lot, la souche de Staphylococcus equorum subsp. linens était remplacée par une souche de Staphylococcus succinus subsp. casei. Après cinq mois d'affinage, les deux lots de fromage ont été consommés par un jury de dégustateurs. Les résultats montrent que le premier lot de fromage à raclette avait un goût plus doux ce qui est considéré comme une qualité pour ce type de fromage.
Staphylococcus equorum subsp. linens est sensible à tous les antibiotiques testés par Place et al. (ampicilline, gentamicine, streptomycine, néomycine, kanamycine, ofloxacine, chloramphénicol, tétracycline, érythromycine, lincomycine, ceftriaxone, oxacilline, vanocmycine et novobiocine). Cette sensibilité vient renforcer l'intérêt de cette sous-espèce en tant que ferment d'affinage car elle ne peut transmettre des gènes de résistance aux bactéries de la flore intestinale de l'homme.
Orientation bibliographique
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Bien que la nomenclature de Staphylococcus equorum subsp. equorum ait été formellement proposée en 2003, cette sous-espèce doit être citée comme Staphylococcus equorum subsp. equorum Schleifer et al. 1984 et sa description, non modifiée par Place et al., est identique à celle proposée en 1984 pour l'espèce Staphylococcus equorum.
Pour des informations complémentaires voir le fichier ¤ "Nomenclature bactérienne".
** Tests à mettre en œuvre pour la description d'une nouvelle espèce du genre Staphylococcus selon les recommandations du "Sous-comité de taxonomie des staphylocoques et des streptocoques".
(D'après : FRENEY (J.), KLOOS (W.E.), HAJEK (V.), WEBSTER (J.A.), BES (M.), BRUN (Y.) et VERNOZY-ROZAND (C.) : Recommended minimal standards for description of new staphylococcal species. Int. J. Syst. Bacteriol., 1999, 49, 489-502.)
Le Code de Nomenclature conseille de respecter les normes établies par les divers sous-comité de nomenclature (recommandation 30b) mais le respect de ces normes n'est pas une obligation.
Pour de plus amples informations, voir le fichier Minimal standards for the description of new taxa in List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature.
Lors de sa réunion du 31 juillet 2002, le "Sous-comité de taxonomie des staphylocoques et des streptocoques" a estimé que certaines des normes présentées ci-dessous, comme la composition du peptidoglycane, apparaissent difficiles à effectuer en routine [voir : WHILEY (R.A.) et KILIAN (M.) : International Committee on Systematics of Prokaryotes. Subcommittee on the taxonomy of staphylococci and streptococci. Minutes of the closed meeting, 31 July 2002, Paris, France. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2003, 53, 915-917].
Tests permettant de placer une souche dans le genre Staphylococcus :
Critères phénotypiques :
. Morphologie et coloration de Gram : les staphylocoques sont des coques à Gram positif.
. Catalase : à l'exception de ¤ Staphylococcus aureus subsp. anaerobius, de Staphylococcus saccharolyticus et de quelques rares souches appartenant aux autres espèces, les staphylocoques sont catalase positive.
. Mobilité : les staphylocoques sont immobiles.
. Type respiratoire : à l'exception de ¤ Staphylococcus aureus subsp. anaerobius et de Staphylococcus saccharolyticus, les staphylocoques sont aéro-anaérobies.
. Croissance en anaérobiose dans un milieu glucosé semi-solide au thioglycolate : la plupart des staphylocoques cultivent (parfois de manière modérée) en anaérobiose. Toutefois Staphylococcus arlettae, Staphylococcus equorum, Staphylococcus kloosii et ¤ Staphylococcus vitulinus ne cultivent pas dans la portion anaérobie du tube.
. Oxydation/fermentation du glucose : les staphylocoques ont un métabolisme fermentatif.
. Composition de la paroi : les ponts interpeptidiques du peptidoglycane contiennent de la glycine et des acides téchoïques sont présents.
Critères phénotypiques additionnels :
. Acidification du glycérol : la plupart des souches acidifient le glycérol en aérobiose en présence de 0,4 mg/L d'érythromycine. La présence d'érythromycine a pour but d'inhiber la croissance des microcoques. Toutefois, certaines souche de staphylocoques sont sensibles à 0,4 mg/L d'érythromycine et Brun et Bes (2000) conseillent l'utilisation d'un milieu dépourvu de cet antibiotique.
. Sensibilité à la lysostaphine : la plupart des souches sont sensibles à 200 mg/L de lysostaphine.
. Sensibilité au lysozyme : les staphylocoques résistent à 25 mg/L de lysozyme.)
. Sensibilité à la furazolidone : les staphylocoques sont sensibles à la furazolidone (disques chargés à 100 µg).
. Sensibilité à la bacitracine : les staphylocoques sont résistants à la bacitracine (disques chargés avec 0,04 unité).
. Sensibilité au composé vibriostatique O/129 (2,4-diamino-6,7-diisopropyloptéridine) : les staphylocoques sont résistants au O/129 (disques chargés à 0,5 mg)
. Structure des lipoquinones : les staphylocoques synthétisent des ménaquinones dont les unités isoprénoïdes sont insaturées.
. Structure des acides gras cellulaires : les staphylocoques synthétisent de l'acide eicosanoïque et octadécanoïque.
. Structure de la fructose-1,6-biphosphate aldolase : la fructose-1,6-biphosphate aldolase appartient à la classe I et elle n'est donc pas inactivée par l'éthylène diamine tétra-acétique.
Critères génotypiques :
. G + C p. cent : le G + C p. cent des staphylocoques est compris entre 30 et 40.
. Séquençage des ADNr 16S
Tests à réaliser pour la description d'une nouvelle espèce :
(La description d'une nouvelle espèce devrait être effectuée sur la base d'au moins 5 souches)
Tests phénotypiques :
. Caractères culturaux (conditions de croissance, aspect des colonies, pigmentation, hémolyse...).
. Sensibilité à 1,6 µg de novobiocine par mL de gélose P.
. Acidification des sucres (L-arabinose, D-cellobiose, bêta-D-fructose, D-fucose, D-galactose, D-glucose, alpha-lactose, D-mannitol, raffinose, D-mannose, maltose, D-mélézitose, D-ribose, saccharose, salicine, D-tréhalose, D-turanose, xylitol, D-xylose).
. Analyse des produits de fermentation (formation d'acide D-lactique ou d'acide L-lactique).
. Nitrate réductase.
. Phosphatase alcaline.
. Arginine di-hydrolase.
. Ornithine décarboxylase.
. Uréase.
. Oxydase.
. Recherche d'une staphylocoagulase.
. Recherche d'une protéine de liaison au fibrinogène ("clumping factor").
. Recherche d'une nucléase thermostable.
Tests phénotypiques additionnels :
. Acidification de la N-acétylglucosamine, de l'esculine, du D-mélibiose, du L-rhamnose.
. Réaction de Voges-Proskauer.
. Sensibilité à la fosfomycine (seul Staphylococcus saprophyticus est naturellement résistant à cet antibiotique).
. Hydrolyse du Tween 80.
. Lécithinase.
. Recherche de fibrinolysine ou staphylokinase.
. Recherche de bêta-galactosidase, bêta-glucuronidase, pyrrolidonyl arylamidase, arginine arylamidase...
. Sensibilité à divers antibiotiques, désinfectants et métaux lourds.
. Recherche d'une hémolyse alpha ou bêta vis-à-vis des globules rouges de mouton ou d'une hémolyse delta vis-à-vis de globules rouges humains.
. Activité staphylolytique (lyse de la souche FDA 209P de Staphylococcus aureus subsp. aureus).
. Structure de la membrane cytoplasmique.
. Analyse électrophorétique des protéines cellulaires.
. Recherche de la protéine A.
Tests génotypiques :
. Hybridations ADN - ADN et étude de la stabilité thermique des hybrides.
Tests génotypiques additionnels :
. Ribotypage.