J.P. Euzéby : Dictionnaire de Bactériologie Vétérinaire |
Créé le 25 novembre 2004
STREPTOCOCCUS HALICHOERI
Systématique
Parmi les coques à Gram positif et catalase négative, le genre Streptococcus est quantitativement le plus important (voir le fichier Streptococcus in List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature).
Avant le 20 septembre 2004, si on fait exception de quelques souches de ¤ Streptococcus equi subsp. zooepidemicus et de ¤ Streptococcus dysgalactiae subsp. equisimilis, seules deux espèces du genre Streptococcus avaient été identifiées chez les mammifères aquatiques, ¤ Streptococcus iniae et ¤ Streptococcus phocae.
L'analyse de prélèvements effectués sur des phoques gris (Halichoerus grypus*) autopsiés à la "Torry Research Station of Aberdeen, Scotland" et l'analyse de prélèvements effectués sur des phoques gris maintenus en captivité au "National Seal Sanctuary in Cornwall**", ont permis d'isoler six souches de coques à Gram positif. Ces souches étaient phénotypiquement semblables à des streptocoques, mais il était impossible de les identifier.
En 2004, Lawson et al. publient les résultats d'une étude phylogénétique montrant que ces souches constituent une nouvelle espèce.
L'analyse des séquences des ARNr 16S, effectuée sur trois souches dont la souche M512/02/1, révèle une homologie de 100 p. cent ce qui montre que ces souches sont étroitement apparentées. Une recherche effectuée dans la base de données Genbank permet de placer ces souches dans le genre Streptococcus. L' espèce phylogénétiquement la plus proche est ¤ Streptococcus phocae (96,9 p. cent d'homologie), suivie de ¤ Streptococcus agalactiae et de ¤ Streptococcus dysgalactiae. En accord avec les conclusions de Stackebrandt et Goebel, un pourcentage d'homologie inférieur à 97 suggère que ces souches forment une nouvelle genomospecies (voir le fichier ¤ "Définitions d'une genomospecies et d'une espèce bactérienne").
L'analyse des profils électrophorétiques des protéines cellulaires*** (trois souches étudiées dont la souche M512/02/1) confirme que les souches isolées des phoques gris forment un groupe homogène et distinct des autres espèces du genre Streptococcus. Les espèces les plus proches étant ¤ Streptococcus thoraltensis et ¤ Streptococcus hyovaginalis.
Les caractères phénotypiques permettent de caractériser les souches si bien que, le 20 septembre 2004, Lawson et al. valident la publication de Streptococcus halichoeri (souche type M512/02/1 = CCUG 48324 = CIP 108195).
Caractères bactériologiques et diagnostic bactériologique
Les souches de Streptococcus halichoeri rassemblent des coques à Gram positif, groupés par deux ou en courtes chaînes, immobiles, non sporulés, aéro-anaérobies, catalase négative et possédant l'antigène du groupe B de Lancefield.
En utilisant des galeries API Rapid ID 32 Strep, une réponse positive est observée pour les tests VP, arginine di-hydrolase, phosphatase alcaline, alanine phénylalanine proline arylamidase, acide pyroglutamique arylamidase, acidification de la cyclodextrine, du maltose, du mannitol, du pullulane et du ribose.
L'acidification du lactose est variable selon les souches.
Une réponse négative est obtenue avec les autres tests présents dans la galerie (bêta-glucosidase, bêta-glucuronidase, bêta-galactosidase, alpha-galactosidase, N-acétyl-bêta-glucosaminidase, bêta-mannosidase, glycine tryptophane arylamidase, hydrolyse de l'hippurate, uréase, acidification du L-arabinose, du D-arabitol, du méthyl-3-D-glucopyranoside, du glycogène, du maltose, du mélibiose, du mélézitose, du raffinose, du saccharose, du sorbitol, du tagatose et du tréhalose).
L'emploi de galeries API 20 Strep permet d'obtenir une réponse positive pour les tests VP, arginine di-hydrolase, phosphatase alcaline, leucine arylamidase, pyrrolidonyl arylamidase, acidification du mannitol et du ribose.
L'acidification du lactose est un caractère variable et une réponse négative est notée pour les autres test de la galerie (hydrolyse de l'hippurate, esculine, alpha-galactosidase, bêta-glucuronidase, bêta-galactosidase, acidification de l'amidon, du L-arabinose, du glycogène, de l'inuline, du raffinose, du sorbitol et du tréhalose).
Après 24 heures d'incubation en aérobiose et à 37 °C, les colonies obtenues sur une gélose Columbia au sang de mouton sont bombées, blanches, non hémolytiques et leur diamètre est 0,5 mm.
L'isolement peut être réalisée sur une gélose au sang incubée en aérobiose. Après avoir vérifié l'appartenance au genre Streptococcus, le diagnostic sera orienté par l'origine des souches, par la présence de l'antigène du groupe B et par l'absence d'hémolyse.
Le tableau I présente les principaux caractères permettant de distinguer les streptocoques isolés des mammifères aquatiques ainsi que les caractères permettant de différencier les streptocoques possédant ou pouvant posséder l'antigène du groupe B.
Habitat et pouvoir pathogène
Les auteurs ne donnent aucune indication en ce qui concerne les lésions observées chez les animaux morts ou les éventuels signes cliniques observés chez les animaux vivants.
Le site de la CCUG précise que la souche type a été isolée des voies respiratoires supérieures, des poumons et de la rate d'un cadavre de phoque gris.
Le site de la CIP classe la souche type de Streptococcus halichoeri comme un agent biologique du groupe 2 !!! C'est à dire un agent biologique pouvant provoquer une maladie chez l'homme et constituer un danger pour les travailleurs. Pour plus de précision sur les agents biologiques du groupe 2, voir le fichier ¤ "Classification des bactéries en fonction du risque d'infection pour l'homme".
Orientation bibliographique
LAWSON (P.A.), FOSTER (G.), FALSEN (E.), DAVISON (N.) et COLLINS (M.D.) : Streptococcus halichoeri sp. nov., isolated from grey seals (Halichoerus grypus). Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2004, 54, 1753-1756.
STACKEBRANDT (E.) et GOEBEL (B.M.) : Taxonomic note: A place for DNA-DNA reassociation and 16S rRNA sequence analysis in the present species definition in bacteriology. Int. J. Syst. Bacteriol., 1994, 44, 846-849.
VANDAMME (P.), TORCK (U.), FALSEN (E.), POT (B.), GOOSSENS (H.) et KERSTERS (K.) : Whole-cell protein electrophoretic analysis of viridans streptococci: evidence for heterogeneity among Streptococcus mitis biovars. Int. J. Syst. Bacteriol., 1998, 48, 117-125.
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Classification d'après le NCBI Txonomy Browser : Eukaryota ; Fungi/Metazoa group ; Metazoa ; Eumetazoa ; Bilateria ; Coelomata ; Deuterostomia ; Chordata ; Craniata ; Vertebrata ; Gnathostomata ; Teleostomi ; Euteleostomi ; Sarcopterygii ; Tetrapoda ; Amniota ; Mammalia ; Theria ; Eutheria ; Carnivora ; Pinnipedia ; Phocidae ; Halichoerus, Halichoerus grypus.
Pour d'autres informations, voir le fichier Halichoerus grypus sur le site University of Michigan, Museum of Zoology.
** : Le sanctuaire national des phoques de la Cornouailles
Pour des renseignements sur le "National Seal Sanctuary in Cornwall", voir sur le site Seal Sanctuary Web site, le fichier National Seal Sanctuary in Cornwall.
*** : Profils électrophorétiques des protéines bactériennes
Il existe une forte corrélation entre les homologies ADN - ADN et les similitudes des profils électrophorétiques des protéines bactériennes. Les souches bactériennes (bactéries à Gram positif et à Gram négatif) présentant des profils protéiques similaires présentent également de fortes homologies ADN - ADN. Dans le cas d'une bactérie à Gram positif, il est souvent plus facile d'étudier les protéines car il est difficile d'extraire de l'ADN en quantité suffisante pour réaliser des études d'homologie.