J.P. Euzéby : Dictionnaire de Bactériologie Vétérinaire |
Créé le 18 janvier 2005
STREPTOCOCCUS MARIMAMMALIUM
Systématique
Parmi les coques à Gram positif et catalase négative, le genre Streptococcus est quantitativement le plus important (voir le fichier Streptococcus in List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature).
Avant le 11 janvier 2005, si on fait exception de quelques souches de ¤ Streptococcus equi subsp. zooepidemicus et de ¤ Streptococcus dysgalactiae subsp. equisimilis, seules deux espèces du genre Streptococcus avaient été identifiées chez les mammifères marins, ¤ Streptococcus halichoeri et ¤ Streptococcus phocae.
Streptococcus marimammalium est la nomenclature validement publiée le 11 janvier 2005 pour une nouvelle espèce de streptocoques identifiée chez des mammifères marins. L'individualisation de cette espèce repose sur deux souches, isolées en 2003 et en 2004, d'un phoque gris (Halichoerus grypus*) et d'un phoque veau-marin (Phoca vitulina**). Ces souches étaient phénotypiquement semblables à des streptocoques, mais il était impossible de les identifier.
En 2005, Lawson et al. publient les résultats d'une étude phylogénétique montrant que ces souches constituent une nouvelle espèce.
L'analyse des séquences des ARNr 16S permet de placer ces deux souches dans le genre Streptococcus. L'espèce phylogénétiquement la plus proche est Streptococcus acidominimus (94,3 p. cent d'homologie) suivie de ¤ Streptococcus thoraltensis (93,9 p. cent d'homologie), ¤ Streptococcus hyovaginalis (93,7 p. cent d'homologie), ¤ Streptococcus suis (93,6 p. cent d'homologie), ¤ Streptococcus pluranimalium (93,2 p. cent d'homologie), ¤ Streptococcus ovis (93,2 p. cent d'homologie) et ¤ Streptococcus minor (93,0 p. cent d'homologie).
En accord avec les conclusions de Stackebrandt et Goebel, un pourcentage d'homologie inférieur à 97 suggère que ces souches forment une nouvelle genomospecies (voir le fichier ¤ "Définitions d'une genomospecies et d'une espèce bactérienne").
L'analyse des profils électrophorétiques des protéines cellulaires*** confirme que les deux souches isolées forment un groupe homogène et distinct des autres espèces du genre Streptococcus. Les espèces les plus proches étant ¤ Streptococcus porcinus, Streptococcus salivarius et Streptococcus vestibularis.
Les caractères bactériologiques permettent de caractériser les souches si bien qu'il est possible de leur donner un nom (voir le fichier ¤ "Définitions d'une genomospecies et d'une espèce bactérienne"). Lawson et al. proposent celui de Streptococcus marimammalium.
Caractères bactériologiques et diagnostic bactériologique
Les souches de Streptococcus marimammalium se présentent sous la forme de coques à Gram positif, groupés par deux ou en courtes chaînes, immobiles, non sporulés, aéro-anaérobies, catalase négative.
Les deux souches étudiées par Lawson et al. possédaient l'antigène du groupe C de Lancefield. Toutefois, deux autres souches, isolées en 2001 et en 2005, n'agglutinent pas avec les sérums spécifiques des groupes A à G.
Les caractères biochimiques ont été étudiés en utilisant des galeries API. Comme c'est fréquemment le cas pour les articles décrivant de nouveaux streptocoques, il existe des contradictions dans la publication de Lawson et al. et les résultats des tests bactériologiques classiques varient selon les différentes parties du texte ! En fait, les auteurs accordent peu d'importance aux caractères biochimiques qui ne sont que des alibis permettant de valider la publication d'une nouvelle nomenclature (voir le fichier ¤ "Définitions d'une genomospecies et d'une espèce bactérienne").
En utilisant des galeries API Rapid ID 32 Strep, une réponse positive est observée pour les tests alanine phénylalanine proline arylamidase, phosphatase alcaline, bêta-galactosidase et acidification du lactose.
Une réponse variable est notée pour les tests glycine tryptophane arylamidase, uréase, arginine di-hydrolase et acidification du maltose. En cas de positivité, les réponses sont faiblement positives.
Une réponse négative est obtenue avec les autres tests présents dans la galerie (bêta-glucosidase, bêta-glucuronidase, alpha-galactosidase, N-acétyl-bêta-glucosaminidase, bêta-mannosidase, acide pyroglutamique arylamidase, hydrolyse de l'hippurate, acidification du L-arabinose, du D-arabitol, de la cyclodextrine, du méthyl-3-D-glucopyranoside, du glycogène, du maltose, du mannitol, du mélibiose, du mélézitose, du pullulane, du raffinose, du ribose, du saccharose, du sorbitol, du tagatose et du tréhalose).
L'emploi de galeries API 20 Strep permet d'obtenir une réponse positive pour les tests phosphatase alcaline, leucine arylamidase et acidification du lactose. La production d'une arginine di-hydrolase est variable selon les souches et tous les autres tests sont négatifs (VP, hydrolyse de l'hippurate, hydrolyse de l'esculine, pyrrolidonyl arylamidase, alpha-galactosidase, bêta-glucuronidase, acidification de l'amidon, du L-arabinose, de l'inuline, du glycogène, du mannitol, du sorbitol, du tréhalose, du raffinose et du ribose).
En utilisant des galeries API ZYM, seuls les tests phosphatase alcaline, phosphatase acide (réponse faible), chymotrypsine, leucine arylamidase et valine arylamidase sont positifs.
Après 24 heures d'incubation à 37 °C et dans une atmosphère enrichie en dioxyde de carbone, les colonies obtenues sur une gélose Columbia au sang de mouton sont grisâtres et leur diamètre est compris entre 0,2 et 0,3 mm. Après 72 heures d'incubation, les colonies s'entourent d'une zone d'hémolyse bêta.
Aucune croissance n'est observée sur gélose de MacConkey.
L'isolement peut être réalisé sur une gélose au sang incubée en aérobiose. Après avoir vérifié l'appartenance au genre Streptococcus, le diagnostic sera orienté par l'origine des souches.
Le tableau I présente les principaux caractères permettant de distinguer les streptocoques isolés des mammifères aquatiques.
Quelques caractères bactériologiques, permettant de différencier les streptocoques bêta-hémolytiques (ou pouvant être bêta-hémolytiques), sont présentés dans le tableau II.
Habitat et pouvoir pathogène
Les deux souches ayant permis de caractériser Streptococcus marimammalium ont été isolées à la faveur d'autopsies. Toutefois, Lawson et al. ne donnent aucune indication en ce qui concerne les lésions observées. Ils précisent cependant que la souche identifiée chez un phoque veau-marin a été isolée d'un poumon.
Le site de la CCUG fait état de la caractérisation de deux autres souches. L'une provient d'un poumon d'un marsouin (Phocoena phocoena****) et l'autre a été isolée du cerveau et des reins d'un phoque gris.
Orientation bibliographique
LAWSON (P.A.), FOSTER (G.), FALSEN (E.) et COLLINS (M.D.) : Streptococcus marimammalium sp. nov., isolated from seals. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2005, 55, 271-274.
STACKEBRANDT (E.) et GOEBEL (B.M.) : Taxonomic note: A place for DNA-DNA reassociation and 16S rRNA sequence analysis in the present species definition in bacteriology. Int. J. Syst. Bacteriol., 1994, 44, 846-849.
VANDAMME (P.), TORCK (U.), FALSEN (E.), POT (B.), GOOSSENS (H.) et KERSTERS (K.) : Whole-cell protein electrophoretic analysis of viridans streptococci: evidence for heterogeneity among Streptococcus mitis biovars. Int. J. Syst. Bacteriol., 1998, 48, 117-125.
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Classification d'après le NCBI Txonomy Browser : Eukaryota ; Fungi/Metazoa group ; Metazoa ; Eumetazoa ; Bilateria ; Coelomata ; Deuterostomia ; Chordata ; Craniata ; Vertebrata ; Gnathostomata ; Teleostomi ; Euteleostomi ; Sarcopterygii ; Tetrapoda ; Amniota ; Mammalia ; Theria ; Eutheria ; Carnivora ; Pinnipedia ; Phocidae ; Halichoerus, Halichoerus grypus.
Pour d'autres informations, voir le fichier Halichoerus grypus sur le site University of Michigan, Museum of Zoology.
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Pour d'autres informations, voir le fichier Phoca vitulina, Harbor Seal sur le site University of Michigan, Museum of Zoology.
*** : Profils électrophorétiques des protéines bactériennes
Il existe une forte corrélation entre les homologies ADN - ADN et les similitudes des profils électrophorétiques des protéines bactériennes. Les souches bactériennes (bactéries à Gram positif et à Gram négatif) présentant des profils protéiques similaires présentent également de fortes homologies ADN - ADN. Dans le cas d'une bactérie à Gram positif, il est souvent plus facile d'étudier les protéines car il est difficile d'extraire de l'ADN en quantité suffisante pour réaliser des études d'homologie.
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