J.P. Euzéby : Dictionnaire de Bactériologie Vétérinaire |
Crée le 31 août 2004
Dernière mise à jour le 04 février 2008
SALEGENTIBACTER, SALEGENTIBACTER HOLOTHURIUM, SALEGENTIBACTER MISHUSTINAE
Autre dénomination:
Salegentibacter salegens : Flavobacterium salegens.
Le genre Salegentibacter et l'espèce Salegentibacter salegens ont été validement publiés le 10 mai 2000 pour reclasser une espèce préalablement connue sous le nom de Flavobacterium salegens. Les souches de Salegentibacter salegens ont été isolées d'un lac salé et méromictique* de l'Antarctique.
Le 23 juillet 2004, puis le 11 janvier 2005, Nedashkovskaya et al. valident la publication des espèces Salegentibacter holothuriorum et Salegentibacter mishustinae, ce qui confère au genre Salegentibacter une importance (toute relative) en biologie vétérinaire.
. L'unique souche de Salegentibacter holothuriorum, la souche KMM 3524, a été isolée d'un concombre de mer (Apostichopus ou Stichopus japonicus**) péché dans le golf Pierre le Grand (Baie de Troitsa, Mer du Japon ou Mer de l'Est).
. L'unique souche de Salegentibacter mishustinae, la souche KMM 6049, a été isolée d'un oursin (Strongylocentrotus intermedius***) récolté dans le golf Pierre le Grand (Baie de Troitsa, Mer du Japon ou Mer de l'Est).
La séquence de l'ARNr 16S de la souche KMM 3524 présente 98,1 p. cent d'homologie avec la séquence de la souche type de Salegentibacter salegens. Un tel résultat permet de placer cette souche dans le genre Salegentibacter, mais pas de décrire une nouvelle espèce (voir Stackebrandt et Goebel).
Les hybridations ADN-ADN, effectuées entre la souche KMM 3524 et la souche type de Salegentibacter salegens, révèlent une homologie de 38 p. cent et montrent que la souche KMM 3524 constitue une nouvelle genomospecies (voir le fichier ¤ "Définitions d'une genomospecies et d'une espèce bactérienne"). Les caractères phénotypiques différencient facilement la souche KMM 3524 de Salegentibacter salegens ce qui autorise Nedashkovskaya et al. (32004) à décrire la nouvelle espèce Salegentibacter holothuriorum.
La séquence de l'ARNr 16S de la souche KMM 6049 présente 98 p. cent d'homologie avec la séquence de la souche type de Salegentibacter holothuriorum et 97,7 p. cent d'homologie avec la séquence de la souche type de Salegentibacter salegens.
Les hybridations ADN-ADN, effectuées entre la souche KMM 6049 et les souches types de Salegentibacter salegens et de Salegentibacter holothuriorum révèlent que les pourcentages d'homologie sont inférieurs à 45. Les caractères phénotypiques différencient facilement la souche KMM 6049 des autres espèces du genre ce qui permet à Nedashkovskaya et al. (2005) de décrire la nouvelle espèce Salegentibacter mishustinae.
Ultérieurement, le genre Salegentibacter s'est enrichi de nouvelles espèces dépourvues d'intérêt en médecine vétérinaire (voir Salegentibacter in List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature). En 2008, l'espèce Salegentibacter catena a été reclassée dans le genre Salinimicrobium.
Le genre Salegentibacter regroupe des bacilles à Gram négatif, immobiles ou mobiles par glissement, non sporulés, chimio-organotrophes, à métabolisme strictement respiratoire, catalase positive, oxydase positive, dont la principale ménaquinone respiratoire est une ménaquinone à 6 unités isoprénoïdes, cultivant à 34 °C, capables d'hydrolyser le Tween 20 et le Tween (80 (caractère non recherché pour Salegentibacter flavus), capables d'hydrolyser l'amidon, n'acidifiant ni l'inositol ni le mannitol ni le sorbitol.
La culture des Salegentibacter sp. ne nécessite pas de facteur de croissance. Ce sont des bactéries psychrotolérantes, ne produisant pas de flexirubine, donnant des colonies pigmentées en jaune.
Le G + C p. cent varie de 36,8 à 41.
Le genre Salegentibacter est classé dans la famille des ¤ Flavobacteriaceae (ordre des "Flavobacteriales", classe des Flavobacteria, division ou phylum des "Bacteroidetes", domaine ou empire des "Bacteria").
Les principaux caractères permettant de distinguer le genre Salegentibacter des autres genres de la famille des ¤ Flavobacteriaceae sont donnés dans le fichier Caractères bactériologiques permettant de différencier les genres de la famille des Flavobacteriaceae.
Outre les caractères du genre Salegentibacter, Salegentibacter holothuriorum est une espèce halophile (culture dans des milieux contenant entre 1 et 8 p. cent de NaCl) et capable de croître pour des températures comprises entre 4 et 37 °C. Sur le milieu Marine Agar 2216 incubé à 28 °C, les colonies sont circulaires, jaunes, convexes, brillantes, à contour régulier et leur diamètre est compris entre 1 et 3 mm.
D'autres caractères ainsi que les caractères permettant de différencier Salegentibacter holothuriorum des autres espèces du genre sont donnés dans le tableau II.
Salegentibacter mishustinae est une espèce halophile (culture dans des milieux contenant entre 1 et 18 p. cent de NaCl) et cultivant à des températures comprises entre 4 et 36 °C.
Sur le milieu Marine Agar 2216 incubé à 28 °C, les colonies sont circulaires, jaunes, convexes, brillantes, à contour régulier et leur diamètre est compris entre 1 et 3 mm.
D'autres caractères ainsi que les caractères permettant de différencier Salegentibacter mishustinae des autres espèces du genre sont donnés dans le tableau II.
Orientation bibliographique
DOBSON (S.J.), COLWELL (R.R.), McMEEKIN (T.A.) et FRANZMANN (P.D.) : Direct sequencing of the polymerase chain reaction-amplified 16S rRNA gene of Flavobacterium gondwanense sp. nov. and Flavobacterium salegens sp. nov., two new species from a hypersaline Antarctic lake. Int. J. Syst. Bacteriol., 1993, 43, 77-83.
LIM (J.M.), JEON (C.O.), LEE (S.S.), PARK (D.J.), XU (L.H.), JIANG (C.L.) et KIM (C.J.) : Reclassification of Salegentibacter catena Ying et al. 2007 as Salinimicrobium catena gen. nov., comb. nov. and description of Salinimicrobium xinjiangense sp. nov., a halophilic bacterium isolated from Xinjiang province in China. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2008, 58, 438-442.
McCAMMON (S.A.) et BOWMAN (J.P.) : Taxonomy of Antarctic Flavobacterium species: description of Flavobacterium gillisiae sp. nov., Flavobacterium tegetincola sp. nov. and Flavobacterium xanthum sp. nov., nom. rev., and reclassification of [Flavobacterium] salegens as Salegentibacter salegens gen. nov., comb. nov. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2000, 50, 1055-1063.
NEDASHKOVSKAYA (O.I.), KIM (S.B.), LYSENKO (A.M.), MIKHAILOV (V.V.), BAE (K.S.) et KIM (I.S.) : Salegentibacter mishustinae sp. nov, isolated from the sea urchin Strongylocentrotus intermedius. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2005, 55, 235-237.
NEDASHKOVSKAYA (O.I.), SUZUKI (M.), VANCANNEYT (M.), CLEENWERCK (I.), ZHUKOVA (N.V.), VYSOTSKII (M.V.), MIKHAILOV (V.V.) et SWINGS (J.) : Salegentibacter holothuriorum sp. nov, isolated from the edible holothurian Apostichopus japonicus. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2004, 54, 1107-1110.
STACKEBRANDT (E.) et GOEBEL (B.M.) : Taxonomic note: A place for DNA-DNA reassociation and 16S rRNA sequence analysis in the present species definition in bacteriology. Int. J. Syst. Bacteriol., 1994, 44, 846-849.
YOON (J.H.), LEE (M.H.), KANG (S.J.) et OH (T.K.) : Salegentibacter salinarum sp. nov., isolated from a marine solar saltern. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2008, 58, 365-369.
AVIS JURIDIQUE IMPORTANT : Les informations qui figurent sur ce site sont soumises à une clause de non responsabilité et sont protégées par un copyright.
Dans la plupart des lacs, les eaux de surface se mélangent aux eaux profondes. Ce phénomène est lié au vent mais surtout à la densité de l'eau. L'eau possède une densité maximale pour une température de + 4 °C. Durant les mois froids, les eaux de surface coulent et déplacent les eaux profondes. Dans de tels lacs, les nutriments et l'oxygène se répartissent de manière homogène. Le lac est qualifié de monomictique si le mélange des eaux a lieu une seule fois par an et de dimictique si le mélange des eaux a lieu deux fois par an.
Les lacs méromictiques, dont le nombre est estimé à moins de 200, se caractérisent par le fait que leurs eaux ne se mélangent pas. Ce sont généralement de petits lacs, abrités du vent, de profondeur moyenne, mais dont les rives sont escarpées. Les lacs méromictiques sont des lacs stratifiés, dont les eaux profondes ne sont pas renouvelées, si bien qu'elles deviennent putrides et qu'elles ne contiennent pas d'oxygène. Les lacs méromictiques peuvent libérer de manière brutale de grandes quantités de dioxyde de carbone, de méthane et d'autres gaz. Ainsi, le 21 août 1986, l'explosion gazeuse du Lac Nyos (au nord-ouest du Cameroun) a dégagé un kilomètre cube de gaz cabonique et a provoqué 1746 morts ainsi que la perte d'un important cheptel.
** : Apostichopus (ou Stichopus) japonicus
Classification d'après le NCBI Taxonomy Browser : Eukaryota ; Fungi/Metazoa group ; Metazoa ; Eumetazoa ; Bilateria ; Coelomata ; Deuterostomia ; Echinodermata ; Eleutherozoa ; Echinozoa ; Holothuroidea ; Aspidochirotacea ; Aspidochirotida ; Stichopodidae ; Stichopus (ou Apostichopus) ; Stichopus (ou Apostichopus) japonicus.
Pour un bref commentaire concernant le nom de genre (Stichopus ou Apostichopus) voir le fichier About the Latin name of the Japanese sea cucumber
Le concombre de mer est un aliment très apprécié des asiatiques et notamment des chinois et des japonais. De plus, des travaux scientifiques suggèrent que Apostichopus japonicus pourrait être utilisé pour le traitement de certains cancers (lymphomes, cancers du sein).
Au Japon on consomme soit l'animal entier conservé dans du vinaigre ("Sunomono") soit l'animal entier puis séché ("Iriko") soit les intestins coupés en tranches et salés ("Konowata") soit les ovaires séchés ("Konoko").
En Chine, on consomme l'animal séché vendu sous le nom de "Haisheng" (ginseng de mer). Après nettoyage et éviscération, les concombres de mer sont bouillis, salés, puis à nouveau bouillis et enfin séchés au soleil.
Compte tenu de son importance, Apostichopus japonicus fait l'objet d'un élevage en Chine, au Japon, aux Indes, en Indonésie, aux Philippines et en République de Corée.
La FAO a publié un document très intéressant concernant l'élevage du concombre de mer. Voir, Sea cucumber culture.
Pour une photographie de cette espèce, voir Stichopus japonicus sur le site du National Science Museum, Tokyo.
*** : Strongylocentrotus intermedius
Classification d'après le NCBI Taxonomy Browser : Eukaryota ; Fungi/Metazoa group ; Metazoa ; Eumetazoa ; Bilateria ; Coelomata ; Deuterostomia ; Echinodermata ; Eleutherozoa ; Echinozoa ; Echinoidea ; Euechinoidea ; Echinacea ; Echinoida ; Strongylocentrotidae ; Strongylocentrotus, Strongylocentrotus intermedius.
Strongylocentrotus intermedius fait l’objet d’une récolte commerciale, notamment dans les mers de Chine, du Japon, d’Okhotsk et de Béring. Cette espèce est un modèle d'étude en biologie du développement et une substance antitumorale et immunosuppressive, la 3'-sulphonoquinovosyl 1'-monoacylglycéride, a été extraite de son intestin.
Pour une photographie de cette espèce, voir http://www.hokudai.ac.jp/fsc/usujiri/Strongylocentrotus intermedius.html