J.P. Euzéby : Dictionnaire de Bactériologie Vétérinaire |
Créé le 14 janvier 2009
SHARPEA, SHARPEA AZABUENSIS
Voir aussi le fichier ¤ Lactobacillaceae.
En 1994, Collins et al. étudient la phylogénie du genre Clostridium et ces auteurs proposent la création de 20 groupes numérotés de I à XIX (le groupe XIV étant lui-même divisé en deux groupes, XIVa et XIVb). Le groupe I correspond au genre Clostridium sensu stricto. Les autres groupes rassemblent des souches, des espèces ou des genres de l'ordre des Clostridiales ainsi que des taxons préalablement classés dans différents ordres du phylum des "Firmicutes".
Le groupe XVII, tel qu'il a été décrit par Collins et al., comprenait les espèces Lactobacillus catenaformis et Lactobacillus vitulinus qui ne sont pas d'authentiques représentants du genre Lactobacillus et qui devraient être reclassées dans un nouveau genre. Ultérieurement, le groupe XVII s'est enrichi de l'espèce Catenibacterium mitsuokai et de l'espèce Sharpea azabuensis. Le genre Sharpea et l'espèce Sharpea azabuensis ont été proposés par Morita et al. et ces nomenclatures ont été validement publiées en décembre 2008.
La description du genre Sharpea et de l'espèce Sharpea azabuensis repose sur l'étude de quatre souches isolées des fèces de quatre chevaux pur-sang élevés au Japon.
. Les hybridations ADN-ADN montrent que les quatre souches constituent une unique genomospecies* (pourcentages d'hybridation égaux ou supérieurs à 81,8). Les séquences des ARNr 16S des quatre souches présentent plus de 99 p. cent de similitude ce qui suggère également que les souches appartiennent à une même espèce.
. Une analyse phylogénétique révèle que les quatre souches isolées de chevaux sont apparentées à Lactobacillus catenaformis, à Lactobacillus vitulinus et à Catenibacterium mitsuokai. Toutefois, les pourcentages de similitude obtenus entre la souche ST18 (qui sera désignée comme la souche type de Sharpea azabuensis) et les souches types de Lactobacillus catenaformis, de Lactobacillus vitulinus et de Catenibacterium mitsuokai, sont inférieurs à 90. Les hybridations ADN-ADN, réalisées entre la souche ST18 et les souches types de Lactobacillus catenaformis, de Lactobacillus vitulinus et de Catenibacterium mitsuokai, montrent que les pourcentages d'hybridation sont inférieurs ou égaux à 36,1.
Les résultats de l'étude phylogénétique et des hybridations ADN-ADN sont donc compatibles avec la création d'un nouveau genre et d'une nouvelle espèce.
La description du genre Sharpea est la suivante : bactéries à Gram positif, groupées en courtes chaînes, non sporulées, strictement anaérobies, à métabolisme hétérofermentaire et possédant un peptidoglycane du type A1γ (voir le fichier ¤ "Classification des peptidoglycanes selon Schleifer et Kandler").
La genre Sharpea est actuellement classé dans la famille des ¤ Lactobacillaceae.
Les souches de Sharpea azabuensis regroupent des bacilles de 2 à 10 µm de longueur sur 0,7 à 1,0 µm de diamètre, immobiles, catalase négative, incapables de croître en aérobiose, métabolisant le glucose en produisant de l'acide D-lactique et du dioxyde de carbone.
. Une réponse positive est obtenue pour les tests suivants : acidification** de l'amidon (une souche donne une réponse faiblement positive), du cellobiose, du fructose, du galactose, du glucose, du lactose, du mannose et du mélibiose.
. Une réponse négative est notée pour l'acidification du D-arabinose, du mannitol, du mélézitose, du rhamnose, du D-ribose, du sorbitol et du D-xylose.
. L'acidification du raffinose, de la salicine et du tréhalose est variable selon les souches.
Après 24 heures d'incubation à 37 °C et en anaérobiose, les colonies obtenues sur une gélose BL*** sont plates, lisses, circulaires (ou présentant parfois de petites ondulations), de consistance butyreuse, de couleur brune et leur diamètre est compris entre 1 et 2,5 mm.
La température optimale de croissance est de 37 °C. Une culture est visible à 45 °C, mais pas après incubation à 15 °C.
La présence de 3 p. cent de NaCl n'inhibe pas la croissance alors qu'aucune culture n'est observée en présence de 4,5 p. cent de NaCl.
Orientation bibliographique
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Pour la définition d'une genomospecies voir le fichier ¤ "Définition d'une genomospecies et d'une espèce bactérienne".
Le milieux utilisé par Morita et al. est le suivant :
Peptone (Becton Dickinson) : 10 g
Trypeptone (Becton Dickinson) : 10 g
Peptone de soja (Becton Dickinson) : 3 g
KH2PO4 (Nacalai tesque) : 2,5 g
Extraits de viande (Becton Dickinson) : 3 g
NaCl (Nacalai tesque) : 2 g
Chlorhydrate de L-cystéine (Nacalai tesque) : 0,3 g
Hémine (Nacalai tesque) : 0,005 g
Thioglycolate de sodium (Nacalai tesque) : 0,3 g
Pourpre de bromocrésol (Nacalai tesque) : 0,17 g
pH : 6,8
Les sucres ou dérivés sont ajoutés au milieu à raison de 10 grammes par litre.
La gélose BL (pour Blood Liver), utilisée par Morita et al., est commercialisée par Eiken Chemical Co. La consultation du site internet de Eiken Chemical n'a pas permis à l'auteur de ce fichier de trouver la formule de la gélose BL.