J.P. Euzéby : Dictionnaire de Bactériologie Vétérinaire

Ce fichier est complété par deux annexes :
. Le latin dans la nomenclature bactérienne dont le but est de rappeler quelques notions de base afin d'aider les bactériologistes à proposer de nouvelles nomenclatures.
. Glossaire de nomenclature bactérienne dont le but est de fournir des renseignements complémentaires et de faciliter la recherche rapide d'un renseignement grâce à la consultation de son sommaire qui cite les noms et expressions en français, en anglais (langue dans laquelle le Code de Nomenclature est rédigé) et, le cas échéant, en latin.

Introduction

La systématique a pour but de classer les êtres vivants de manière rationnelle en se basant sur les ressemblances et sur les relations qui existent entre eux.
Elle repose sur deux disciplines, la taxonomie (ou taxinomie)¹ et la nomenclature. La taxonomie est la science qui permet de classer les organismes en groupes d'affinité ou taxons et la nomenclature est l'ensemble des règles qui président à l'attribution d'un nom à chaque taxon.

Les nomenclatures scientifiques sont des noms latins ou latinisés. Seule l'utilisation d'une nomenclature scientifique permet de communiquer sans ambiguïté et elle présente l'avantage d'indiquer le rang hiérarchique du taxon. Par exemple, l'utilisation du nom vernaculaire "bacille du choléra" prête à confusion car ce terme désigne aussi bien l'agent du choléra de l'homme (Vibrio cholerae) que celui du choléra aviaire (Pasteurella multocida subsp. multocida). De plus l'expression "bacille du choléra" pourrait aussi bien désigner une espèce ou une sous-espèce alors que l'utilisation de Vibrio cholerae désigne clairement une espèce et celle de Pasteurella multocida subsp. multocida désigne clairement une sous-espèce.

La nomenclature est la branche de la systématique bactérienne la plus ignorée des scientifiques. Elle est souvent considérée comme un ensemble de règles apparemment compliquées, obscures, relevant plus du domaine juridique et du domaine linguistique que du domaine scientifique. Pourtant, loin d'être ésotérique ou absurde, la nomenclature est vitale pour la systématique bactérienne. Son but est d'attribuer un nom à un taxon de telle manière qu'il n'existe aucun risque de confusion.

Donner un nom à un taxon bactérien permet de le désigner sans être obligé de décrire tous ses caractères. Par exemple, le placement d'une souche bactérienne dans le genre Salmonella permet à un bactériologiste de comprendre que cette souche rassemble des bacilles à Gram négatif, non sporulés, aéro-anaérobies, très généralement mobiles grâce à une ciliature péritriche, ... En d'autres termes, le nom résume l'ensemble des caractéristiques d'un taxon et l'utilisation d'une nomenclature correcte permet à tous les protagonistes d'une même discipline de se comprendre sans ambiguïté. Ainsi, en bactériologie médicale, il est indispensable que les bactériologistes, les chercheurs, les cliniciens, les épidémiologistes, les responsables de la santé publique, les fabriquants de réactifs ou de galeries d'identification, les fabriquants de vaccins... utilisent une nomenclature commune afin de pouvoir collaborer efficacement.
Malheureusement, il peut arriver que certains bactériologistes emploient des nomenclatures tellement obsolètes qu'il devient impossible de savoir à quelles bactéries correspondent ces dénominations. Pour un exemple très démonstratif, voir le fichier Classification des bactéries en fonction du risque d'infection pour les animaux : classification adoptée par la Commission de Génie Génétique (CGG). Il est également surprenant de constater que des nomenclatures incorrectes, comme celle de Mycobacterium hominis (sic), sont encore utilisées par certains organismes internationaux (voir OIE, Code sanitaire pour les animaux terrestres - 2003, Zoonoses transmissibles par les primates non humains).

Pour être fonctionnel, un système de nomenclature doit être rigoureux, précis, unique, universel et non ambigu. Le but des Codes de Nomenclature est de répondre à ces exigences.

Les changements de nomenclature, concernant parfois des noms utilisés depuis des décennies, sont une source d'exaspération constante pour les bactériologistes. Toutefois, la nomenclature se contente de refléter les progrès taxonomiques qui permettent une caractérisation de plus en plus fine des taxons. Comme le souligne M. Véron, "Ce n'est pas le bactériologiste qui complique à plaisir la nomenclature des bactéries ; c'est au contraire le chercheur qui, avec beaucoup d'humilité, observe la diversité considérable du monde bactérien".

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Le Code de Nomenclature

Il n'existe pas de classification officielle des bactéries et la classification "la plus officielle" est celle adoptée par la majorité des bactériologistes (voir les fichiers Introduction à la taxonomie des procaryotes et Taxons inclus dans les groupes taxonomiques d'un rang hiérarchique supérieur au genre). En revanche, il existe des règles gouvernant la nomenclature bactérienne et dont le respect conduit au concept de "nomenclature correcte" (Cf. infra). Ces règles sont rassemblées dans le "Code International de Nomenclature des Bactéries" ("International Code of Nomenclature of Bacteria") établi par le "Comité International de Systématique des Procaryotes" ("International Committee on Systematics of Prokaryotes" ou ICSP) et notamment par sa "Commission Judiciaire" ("Judicial Commission"). Cette dernière a pour principales missions d'envisager les modifications à apporter au Code et de se prononcer sur tous les problèmes concernant la nomenclature (pour de plus amples informations concernant la "Judicial Commission", voir l'entrée Commission judiciaire in Glossaire de nomenclature bactérienne ou le fichier Definitions and abbreviations in List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature).

C'est à Carl von Linné (1707-1778) que l'on doit les premières propositions concernant la nomenclature des êtres vivants. De manière un peu surprenante, ces propositions et notamment l'utilisation d'une nomenclature "binomiale" pour les espèces, ont été acceptées sans contestation par les scientifiques de son époque. Ultérieurement, lors de congrès internationaux, les botanistes et les zoologistes ont développé des codes de nomenclature distincts. Jusqu'à l'année 1930, la plupart des bactériologistes suivaient le code de nomenclature de botanique, quelques-uns le code de nomenclature de zoologie et d'autres ne respectaient aucune règle.
Lors du premier Congrès International de Microbiologie (Paris, 1930), une commission chargée des problèmes de taxonomie et de nomenclature a été créée. Cette commission a décidé que la nomenclature bactérienne, avec quelques aménagements, devait suivre les principes du code de nomenclature de botanique. Le deuxième Congrès International de Microbiologie (Londres, 1936) a suggéré la création d'un code de nomenclature bactérienne. Ce projet de code a été discuté lors du troisième congrès tenu à New York en 1939 et la décision de rédiger un code de bactériologie a été prise. La première édition du code a fait l'objet d'un tirage limité et réservé aux responsables du quatrième Congrès International de Microbiologie (Copenhague, 1947). Lors de ce congrès, cette première version a été discutée, modifiée puis approuvée et ce texte a été publié en mars 1948 dans le Journal of General Microbiology. Par la suite, plusieurs modifications ont été apportées au Code de Nomenclature et l'édition actuelle, bien que publiée en 1992, a été rédigée en 1990 d'où son nom de "International Code of Nomenclature of Bacteria (1990 Revision)".

Pour des informations complémentaires voir l'entrée Code International de Nomenclature des Bactéries in Glossaire de nomenclature bactérienne.

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La notion de nomenclature correcte

En accord avec la note 5 de la règle 23a, seule une nomenclature correcte doit être utilisée. Le Principe 6 du Code de Nomenclature précise qu'une nomenclature est correcte lorsqu'elle est validement publiée (Cf. infra), prioritaire (Cf. infra) et légitime.
Une nomenclature est qualifiée de légitime lorsqu'elle respecte l'ensemble des règles du Code de Nomenclature. Des exemples de nomenclatures illégitimes sont donnés dans la suite du texte.
Le lecteur pourra également se reporter aux entrées Nomen ambiguum, Nomen confusum, Nomen dubium, Nomen periculosum, Nomen perplexum et Nomen rejiciendum in Glossaire de nomenclature bactérienne.

Ce fichier n'a pas pour but d'envisager la totalité des règles et il sera consacré à quelques points importants et susceptibles d'intéresser une majorité de bactériologistes.

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La notion de nomenclature validement publiée

Une nomenclature est validement publiée si elle est citée dans les Approved Lists of Bacterial Names ou si elle est publiée dans la revue International Journal of Systematic Bacteriology (IJSB) devenue, depuis le 01 janvier 2000, International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology (IJSEM)².
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology est la publication officielle du Comité International de Systématique des Procaryotes.

Les Approved Lists of Bacterial Names

La nomenclature bactérienne moderne a pris naissance le 01 janvier 1980 lorsque les Approved Lists of Bacterial Names furent publiées dans International Journal of Systematic Bacteriology.

La décision d'établir des listes approuvées des dénominations bactériennes a été prise par la "Judicial Commission" lors de son congrès de Leicester (1968) mais il a fallu attendre la réunion de Jérusalem (29 mars 1973) pour qu'un comité spécialisé soit créé.
Ce comité a pris pour base de travail les dénominations figurant dans la 8ème édition du Bergey's Manual of Determinative Bacteriology et il s'est entouré de l'avis des sous-comités de taxonomie de l'ICSP ainsi que de l'avis de divers spécialistes. Afin que chaque bactériologiste puisse donner son opinion, une liste provisoire a été publiée en 1976 puis, au congrès de l'ICSP de 1978, la décision a été prise de publier les listes définitives le 01 janvier 1980. Cette date remplace celle du 01 mai 1753 (date de publication par Karl von Linné de Species Plantarum) pour déterminer la priorité des dénominations bactériennes.

Les Approved Lists of Bacterial Names sont au nombre de deux, une liste pour les noms des taxons d'un rang hiérarchique supérieur au genre et une liste pour les noms des genres, des espèces et des sous-espèces.
Seuls les taxons bien décrits et pour lesquels une nomenclature type était disponible (par exemple une souche type pour les espèces cultivables) ont été retenus. Toutes les bactéries incomplètement caractérisées et de nombreux synonymes ont été éliminés si bien que le nombre des taxons est passé de plus de 29 000 ou de 35 000 à 2 336 (voir le fichier Names included in the Approved Lists of Bacterial Names in List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature).
La "Judicial Commission" peut corriger les Approved Lists et, notamment, elle peut placer une nomenclature sur une des "listes des noms devant être conservés ou rejetés" (Cf. infra).

Les noms publiés avant le 01 janvier 1980 mais non inclus dans les Approved Lists n'ont plus de statut dans la nomenclature. Toutefois, de tels noms peuvent faire l'objet d'une nouvelle publication valide (Cf. infra).

Dans un travail aussi complexe que les Approved Lists, les erreurs étaient inévitables et la plupart d'entre elles ont été corrigées dans les Approved Lists of Bacterial Names, Amended Edition publiées en 1989. Toutefois, d'autres erreurs (dont certaines sont relevées dans List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature) n'ont pas encore été officiellement corrigées.

Dans les Approved Lists, certaines bactéries identiques peuvent porter deux noms différents (ce qui est une illustration de l'absence de taxonomie officielle). Ces deux noms sont des synonymes ³ et un bactériologiste, selon son opinion, peut utiliser, l'une ou l'autre de ces nomenclatures.
Exemples : Corynebacterium equi est un synonyme de Rhodococcus equi, Morganella morganii est un synonyme de Proteus morganii, Moraxella ovis est un synonyme de Neisseria ovis...

Nomenclatures validement publiées après la parution des Approved Lists of Bacterial Names

Les nomenclatures des taxons décrits après le 01 janvier 1980 et les modifications de nomenclature proposées après cette date ne sont validement publiées que dans deux cas : (i) elles sont publiées in extenso dans IJSB ou IJSEM ou (ii) elles figurent dans une des listes de validation régulièrement publiées dans IJSB ou IJSEM.
Le recours à une unique publication pour accéder au statut de nomenclature validement publiée, confère à la bactériologie un avantage certain sur la botanique ou la zoologie. En effet, pour ces disciplines, la description d'un nouveau taxon peut s'effectuer dans une multitude de publications qui ne sont pas toujours indexées par les bases de données [voir MINELLI (S.): The status of taxonomic literature. Trends in Ecology and Evolution, 2003, 18, 75-76.].

(i) Publication in extenso dans International Journal of Systematic Bacteriology ou dans International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology.

La parution dans IJSB ou dans IJSEM ne constitue une publication valide que dans la mesure où les règles du Code de Nomenclature sont respectées. Ainsi, la nomenclature de Clostridium piliforme (publiée dans IJSB) est illégitime car aucune souche type n'a été désignée pour cette espèce. De même, la nomenclature de Microcystis aeruginosa (publiée dans IJSEM) est illégitime car le genre Microcystis n'a jamais été validement publié selon les règles du Code de Nomenclature.

Pour faciliter le travail des bactériologistes, lors de son congrès tenu à Osaka en 1990, la "Judicial Commission" a décidé de publier des listes de notification ["Notification that new names and new combinations have appeared in volume X, N° Y, of the IJSB (ou of the IJSEM")]. Ces listes citent les nouvelles nomenclatures et les modifications de nomenclature validement publiées dans le précédent numéro de IJSB ou de IJSEM. La première liste de notification figure dans le numéro 3 du tome 41 de IJSB (paru en juillet 1991) et elle donne la liste des nomenclatures validement publiées dans le numéro 2 du tome 41.
Quelques erreurs peuvent se glisser dans ces listes ainsi, Clostridium piliforme est cité dans la liste de notification publiée dans le numéro de juillet 1993 de IJSB.

(ii) Publication dans une liste de validation.

Les listes de validation sont régulièrement publiées dans IJSB ou dans IJSEM. Ces listes ont pour but de valider les nomenclatures effectivement publiées, mais non validement publiées. Le plus souvent il s'agit de nomenclatures proposées dans un périodique autre que IJSB/IJSEM ou dans un ouvrage scientifique.
Plus rarement, les listes de validation peuvent servir à valider la publication d'une nomenclature déjà citée dans IJSB/IJSEM. Un exemple récent concerne Thalassobius gelatinovorus, nomenclature proposée dans le numéro de Novembre 2005 de IJSEM. Cette nomenclature ne pouvait être validement publiée car les auteurs n'avaient cité qu'une unique collection bactérienne capable de distribuer la souche type (voir le chapitre ¤ "Publication d'un nouvelle nomenclature"). Afin de réparer cette erreur la liste de validation 107 inclut la nomenclature de Thalassobius gelatinovorus ce qui confère à ce taxon le statut de nomenclature validement publiée.

Une nomenclature est effectivement publiée lorsqu'elle est proposée dans une revue ou dans un ouvrage accessibles à la communauté scientifique. Depuis juillet 2008, un article publié dans une revue scientifique disponible uniquement sur Internet peut constituer une publication effective. Pour être effective, la description d'un nouveau taxon doit être effectuée en respectant les exigences du Code de Nomenclature. Depuis le 14 décembre 2000 (date de parution du numéro de IJSEM contenant les comptes rendus des réunions de l'ICSP et de la "Judicial Commission" tenues à Sydney en août 1999), en accord avec la nouvelle recommandation 25a, la publication devrait inclure une description du taxon en langue anglaise (la publication peut être rédigée en n'importe quelle langue mais la description du taxon devrait être traduite en anglais)⁴.
Le fait de proposer une nouvelle nomenclature lors d'un congrès, dans les résumés d'un congrès, dans un bulletin d'information, dans un périodique non scientifique, dans un catalogue publié par une collection de cultures, dans un microfilm, dans un CD-ROM, ... ne constitue pas une publication effective.
Bien sûr, une nomenclature non effectivement publiée ne peut être validement publiée. Quelques exemples de noms couramment utilisés mais non validement publiés sont donnés dans le fichier Some prokaryotic names without standing in nomenclature in List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature.

Il est important de noter qu'il appartient à l'auteur qui a proposé la nomenclature de demander l'inscription sur une liste de validation. Cette demande est ensuite examinée par un responsable désigné par l'ICSP (Lists Editor) qui décidera ou non d'inclure la nomenclature dans une des listes de validation.
Une équipe décrivant une nouvelle espèce a tout intérêt à valider rapidement la nouvelle nomenclature sous peine de se voir devancer par d'autres auteurs !
Exemple : "Bartonella weissi" (sic) ou "Bartonella weissii" sont des nomenclatures qui ont été respectivement proposées par Marano et al. en 1999 et par Regnery et al. en 2000. Ces dénominations n'ont jamais fait l'objet d'une publication effective car "Bartonella weissi" a été proposée dans GenBank et "Bartonella weissii" a été publiée dans les résumés d'un congrès. En, l'absence de publication effective ces nomenclatures n'ont pu être inscrites dans une liste de validation. En mars 2002, Bermond et al. valident la nomenclature de Bartonella bovis pour des souches isolées du sang de bovins. Les études génétiques montrent que Bartonella bovis et "Bartonella weissii" constituent une unique espèce. La nomenclature de Bartonella bovis a priorité et "Bartonella weissii" ne pourra plus être validement publiée pour ce taxon.

Les listes de validation peuvent comporter des erreurs. Plus d'une centaine d'entre elles ont été corrigées en septembre 2001 par Euzéby et Kudo et d'autres sont mentionnées dans List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature.

Nomenclature validement publiée et existence réelle d'un taxon

Il est important de remarquer que la publication valide d'un nom dans International Journal of Systematic Bacteriology ou dans International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology signifie simplement que le taxon a été décrit en respectant les règles du Code de Nomenclature et ne préjuge pas de la réalité de l'existence du taxon. En effet, certains taxons validement publiés se révèlent des synonymes ultérieurs ("later synonyms") d'autres taxons.
Exemple : Pour Sly et al., Streptococcus caprinus est un synonyme ultérieur de Streptococcus gallolyticus. Si un bactériologiste admet cette synonymie alors il ne doit plus utiliser la nomenclature de Streptococcus caprinus.

Inversement, le fait qu'une nomenclature ne soit pas validement publiée, ne signifie pas que le taxon n'existe pas. Tant qu'un taxon n'a pas fait l'objet d'une publication valide, les bactériologistes sont obligés d'utiliser une nomenclature non officielle et une telle nomenclature est généralement écrite entre guillemets (par exemple, "Aegyptianella botuliformis"). D'autres exemples sont donnés dans le fichier Some prokaryotic names without standing in nomenclature in List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature.

Par contre, dès qu'un taxon a fait l'objet d'une publication valide, la nomenclature validement publiée DOIT être utilisée par tous les bactériologistes.
Exemples :
. La nomenclature de "Streptococcus avium" proposée en 1967 par Nowlan and Deibel, n'a jamais été validement publiée. En 1984, Collins et al. valident pour ce taxon la nomenclature de Enterococcus avium. De ce fait, il devient illicite d'employer le nom de "Streptococcus avium" et seule la nomenclature de Enterococcus avium doit être utilisée.
. "Haemophilus somnus" Bailie 1969, "Haemophilus agni" Kennedy et al. 1958 et "Histophilus ovis" Roberts 1956 n'ont pas été retenus dans les Approved Lists et ces nomenclatures n'ont jamais été publiées dans IJSB ou dans IJSEM. En 2003, Angen et al. valident la publication de Histophilus somni pour désigner ces trois taxons et cette nomenclature doit être utilisée par tous les bactériologistes.

Nomenclatures validement publiées et Internet

Entre le 01 janvier 1980 et le 31 décembre 2005 une moyenne annuelle de 277 nouveaux noms ou nouvelles combinaisons ont été validement publiés (voir le fichier Number of validly published names in List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature). Pour la seule année 2005, le nombre total des modifications (nouveaux taxons, nouvelles combinaisons, Candidatus, synonymies, modifications orthographiques...) s'élève à 774 (voir : le fichier Nomenclatural changes validly published in the 2005 issues of the IJSEM in List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature). Aussi, même pour un lecteur assidu de International Journal of Systematic Bacteriology ou de International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology il est parfois difficile d'assimiler ces nouveautés et de retrouver rapidement un renseignement.

Cette situation n'a pas échappé à l'ICSP qui a patronné la publication des Index of the Bacterial and Yeast Nomenclatural Changes (Moore et al. 1985, Moore et Moore 1989, Moore et Moore 1992). Malheureusement, la dernière édition de ces index date de 1992 et la publication sous la forme d'un fascicule imprimé ne permet pas une mise à jour rapide.

Actuellement, il est possible de consulter sur le réseau Internet, deux sites web régulièrement remis à jour :

. List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature (J.P. Euzéby, SBSV & ENVT).
. Bacterial Nomenclature up-to-date (DSMZ).

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Les rangs hiérarchiques et leurs nomenclatures
(Voir aussi le tableau I)

Généralités

Le Code de Nomenclature reconnaît les groupes taxonomiques suivants : classe (classis), sous-classe (subclassis), ordre (ordo ; abréviation ord.), sous-ordre (subordo ; abréviation subord.), famille (familia ; abréviation fam.), sous-famille (subfamilia ; abréviation subfam.), tribu (tribus), sous-tribu (subtribus), genre (genus ; abréviation gen.), sous-genre (subgenus ; abréviation subgen.), espèce (species ; abréviation sp.), sous-espèce (subspecies ; abréviation subsp.).
Remarques :
. Aucune nomenclature n'a été validement publiée pour les catégories sous-famille et sous-tribu.
. Le terme de variété (varantia, abréviation var.), utilisé par certains auteurs, est un synonyme de sous-espèce mais, depuis la parution de l'édition de 1975 du Code de Nomenclature, son utilisation est proscrite.

Toutes les nomenclatures sont des mots latins ou latinisés et de tels mots sont traditionnellement écrits en italiques ou ils sont soulignés dans un manuscrit. La typographie relève du domaine éditorial et non de la nomenclature si bien que le Code de Nomenclature ne donne aucune directive concernant l'utilisation des italiques ou du soulignement. Cette absence de directive est volontaire et ne correspond nullement à un oubli. D'ailleurs, un paragraphe semblable à celui figurant dans l'International Code of Botanical Nomenclature (voir International Code of Botanical Nomenclature, (Saint Louis Code), Electronic version, Preface) devrait être ajoutée à la préface de la nouvelle édition du Code afin d'attirer l'attention des bactériologistes sur ce point particulier (voir aussi l'entrée Utilisation des italiques in Glossaire de nomenclature bactérienne).
. Dans la très grande majorité des publications, les noms des sous-espèces, des espèces, des sous-genres et des genres sont cependant écrits en italiques ou sont soulignés.
. Pour les taxons d'un rang hiérarchique supérieur au genre, les conventions peuvent différer selon les pays. Il est intéressant de noter que les noms des classes (rang hiérarchique réglementé par le Code de Nomenclature) validement publiés en janvier 2002 par Cavallier-Smith ne sont pas écrits en italiques dans la liste de notification publiée en mars 2002. Toutefois, comme le souligne Sneath (2001), il serait préférable d'écrire tous les noms scientifiques des bactéries en italiques ou de les souligner pour rappeler que ces noms ont une origine latine.
. Quel que soit leur rang hiérarchique, tous les taxons cités dans le Code de Nomenclature sont écrits en italiques et le chapitre 4 (Advisory Notes) conseille de distinguer les noms scientifiques des taxons par l'utilisation d'italiques ou de tout autre procédé. Aussi, l'auteur de ce fichier est favorable à l'utilisation des italiques ou du soulignement et il préconise d'écrire Salmonella ou Salmonella, Actinomycetales ou Actinomycetales, Acidobacteria ou Acidobacteria et non Salmonella, Actinomycetales et Acidobacteria.

Aucun signe diacritique (á, à, â, ä, ã, é, è, ê, ë, í, î, ï, ñ, ó, ò, ô, ö, õ, ú, ù, û, ü, ø, æ...) n'est toléré et les mots ne doivent pas contenir de trait d'union. Par exemple, on doit écrire Bacteroides et non Bacteroïdes ou Nocardia otitidiscaviarum et non Nocardia otitidis-caviarum.

Conformément à la règle 33a (Note 2) du Code de Nomenclature, les abréviations (sp., subsp., gen., fam., nov., ...), placées après un nom scientifique, devraient se distinguer des noms des taxons par une typographie particulière (caractères romains ou caractères romains gras si les noms scientifiques sont en italiques et caractères romains gras si les noms scientifiques sont écrits en caractères romains).
Ainsi, si un auteur choisit d'utiliser des italiques ou des lettres soulignées pour les noms scientifiques, il pourra écrire Streptococcus equi subsp. equi ou Streptococcus equi subsp. equi ou Streptococcus equi subsp. equi ou Streptococcus equi subsp. equi et non Streptococcus equi subsp. equi. Si un auteur choisit l'utilisation des caractères romains pour les noms des taxons, il devrait écrire Streptococcus equi subsp. equi.
L'usage le plus souvent adopté par les auteurs et les publications scientifiques consiste à écrire Streptococcus equi subsp. equi.

Depuis le 14 décembre 2000, conformément à la nouvelle version de la recommandation n° 6, un auteur ne devrait pas donner son patronyme à un taxon qu'il vient de décrire. Ainsi, si l'auteur de ce fichier propose une nouvelle espèce incluse dans un nouveau genre, il ne devrait pas l'appeler Euzebyella euzebyi.

La formation d'un néologisme devrait être évitée lorsqu'il existe un équivalent latin ou grec.
Exemples :
. La nomenclature de Thermococcus aegaeicus (adjectif néo-latin aegaeicus signifiant de la mer Egée) a été remplacée par Thermococcus aegaeus (adjectif latin aegaeus signifiant de la mer Egée) car l'adjectif aegaeus existe en latin et a été utilisé par des auteurs tels que Horace et Virgile.
. La nomenclature de Macrococcus bovicus (adjectif néo-latin bovicus -a -um signifiant relatif aux vaches) est mal choisie car le latin possède de nombreux adjectifs ayant la même signification : bovilis, bovillus, bovinus, bubulus, vaccinus...

Une nomenclature ne doit pas être un homonyme d'une autre nomenclature bactérienne. En bactériologie, le terme d'homonymie s'applique à deux taxons d'un même rang hiérarchique dont les descriptions sont basées sur des nomenclatures types différentes. Le premier nom publié est qualifié d'homonyme antérieur ou senior et l'autre est qualifié d'homonyme ultérieur ou junior. Un homonyme ultérieur est une nomenclature illégitime.
Exemple : Holospora obtusa proposée par Preer et Preer en 1982, est un homonyme ultérieur de Holospora obtusa proposée en 1981 par Gromov et Ossipov car les descriptions de ces deux taxons reposent sur des souches types différentes.
Pour des informations complémentaires voir l'entrée Homonyme in Glossaire de nomenclature bactérienne

Une nomenclature ne doit pas être un homonyme d'un nom déjà attribué à une plante (plantes supérieures, algues, champignons...) ou à un animal (vertébrés, invertébrés, protozoaires...) ou à un virus. Par exemple, le genre Micromonas, validement publié en juillet 2000, est illégitime car la nomenclature de Micromonas est déjà utilisée pour une algue. D'autres exemples sont donnés dans List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature (voir: ¤ Microcyclus, ¤ Pirella, ¤ Quadricoccus, ¤ Reichenbachia, ¤ Rhizomonas, ¤ Serpula ou ¤ Schineria).
Quelques bases de données, concernant la taxonomie et la nomenclature des eucaryotes et des virus, sont répertoriées dans la section "Biological Nomenclature" du fichier Links in List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature.

Les noms des genres ou les noms des épithètes au sein d'un même genre doivent être suffisamment différents pour éviter toutes confusions. Si les noms sont trop proches ils peuvent être considérés comme des nomina perplexa et le nom le plus récent peut être placé sur la liste des noms devant être rejetés (nomina rejicienda, cf. infra). Un exemple hypothétique de tels noms est donné dans le Code de Nomenclature ("Salmonella gamaba" et "Salmonella gambaga") mais on pourrait considérer que Hahella et Hallella ou que Moorella et Moellerella ou que Nitrospira et Nitrospina ou que Propionispira et Propionispora rentrent dans cette catégorie.

Classes et sous-classes

Les noms des classes et des sous-classes prennent une majuscule. Ils sont formés par l'ajout du suffixe -ia (classes) ou idae (sous-classes) à la racine du nom du genre type de l'ordre type.
Exemples de nomenclatures correctes : la classe des Flavobacteriia (genre type de l'ordre type Flavobacterium), la sous classe des Rubrobacteridae (genre type de l'orde type Rubrobacter).
En janvier 2002, Cavalier-Smith a introduit le concept de super-classe (superclassis) mais un tel rang hiérarchique n'est pas reconnu par le Code de Nomenclature (voir le fichier Taxa above the rank of class in List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature).

Ordres, sous-ordres, familles, sous-familles, tribus et sous-tribus

Les noms des taxons d'un rang hiérarchique supérieur au genre et incluant les ordres sont au féminin pluriel, ils prennent une majuscule et ce sont des substantifs ou des adjectifs traités comme des substantifs. Ces noms sont formés en rajoutant un suffixe à la racine du nom du genre type : -ales pour l'ordre, -ineae pour le sous-ordre, -aceae pour la famille, -oideae pour la sous-famille, -eae pour la tribu et -inae pour la sous-tribu.

En latin ou en grec, la racine d'un nom se trouve généralement dans le génitif (voir annexe I). Ainsi, la racine du nom de genre Actinomyces (nom grec actis -inis signifiant un rayon et nom grec myces -etis signifiant un champignon) est actinomycet- d'où les noms corrects donnés à la famille des Actinomycetaceae et à l'ordre des Actinomycetales. En revanche, la nomenclature du sous-ordre des Actinomycineae est incorrecte et elle devrait être remplacée par "Actinomycetineae". D'autres exemples de noms corrects ou incorrects sont donnés dans l'annexe I.

Genres et sous-genres

Les noms des genres et des sous-genres sont au singulier, ils prennent une majuscule, ce sont des substantifs ou des adjectifs traités comme des substantifs et ce sont des noms latins ou latinisés.

Lorsqu'il est suivi d'un nom d'espèce, le nom d'un sous-genre est placé entre parenthèses et il est précédé de l'abréviation "subgen."
Exemple : Moraxella (subgen. Branhamella) catarrhalis.

Les noms de genre et de sous-genre sont identiques pour le taxon qui inclut l'espèce type.
Exemple : Moraxella pour le sous-genre qui inclut l'espèce type du genre Moraxella.

Ces noms peuvent dériver de n'importe quelle origine : noms latins, noms grecs latinisés, noms composés de deux éléments latins ou de deux éléments grecs latinisés ou d'un élément grec latinisé et d'un élément latin, noms vernaculaires latinisés, noms propres latinisés voire même noms arbitraires.
Les noms arbitraires, généralement proposés à partir des abréviations d'institutions scientifiques, permettent d'obtenir des nomenclatures souvent euphoniques :
. Afipia : nom formé à partir de l'abréviation AFIP pour Armed Force Institute of Pathology ;
. Cedecea : nom formé à partir de l'abréviation CDC pour Centers for Disease Control ;
. Desemzia : nom formé à partir de l'abréviation DSMZ pour Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen ;
. Kribbella : nom formé à partir de l'abréviation KRIBB pour Korean Research Institute of Bioscience and Biotechnology ;
. Mesonia : nom formé à partir de l'abréviation MES pour Marine Experimental Station of the Pacific Institute of Bioorganic Chemistry, FEB RAS ;
. Waddlia : nom formé à partir de l'abréviation WADDL pour Washington Animal Disease Diagnostic-Laboratory ;
. Yokenella : nom formé d'après le nom japonais Kokuritsu-yoboueisei-kenkyusho (Institut National Japonais de la Santé).
. ...

Dans le cas d'un nom propre, il est déconseillé d'utiliser le nom d'une personne étrangère à la bactériologie ou aux sciences biologiques. De ce point de vue, on peut remarquer que la nomenclature de Serratia semble mal choisie (Bizio a donné le nom de Serratia à un genre bactérien en l'honneur du physicien italien Serafino Serrati, inventeur d'un bâteau à vapeur). Une liste des noms de genre dérivés d'un patronyme est donnée dans le fichier Genus names formed from personal names in List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature.

Les noms de genre peuvent être au masculin ou au féminin ou au neutre. Une liste complète des genres, classés selon le genre masculin, féminin ou neutre, est disponible sur le fichier Genders of generic names in List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature. L'attribution d'un genre au nom d'un genre bactérien est réglementée par la règle 65 et par la recommandation 10a(2) du Code de Nomenclature :

. Un nom de genre emprunté au latin ou au grec conserve son genre d'origine.
Exemples : Bacillus (nom latin masculin signifiant une baguette) est un nom masculin, Serpens (nom latin masculin signifiant un serpent) est un nom masculin, Massilia (nom latin désignant la ville de Marseille) est un nom féminin, Sarcina (nom latin féminin signifiant un paquet) est un nom féminin, Stella (nom latin féminin signifiant une étoile) est un nom féminin, Chromatium (néologisme latin dérivé du grec neutre chroma signifiant une couleur) est un nom neutre...

. Un nom de genre résultant d'une combinaison de mots latins ou grecs conserve le genre du dernier mot.
Exemples :
1) Tous les noms de genre se terminant par -bacillus (nom latin masculin signifiant une baguette), par -coccus (néologisme latin dérivé du nom grec masculin kokkos signifiant un grain), par -globus (nom latin masculin signifiant un globe, une sphère)... sont des noms masculins.
Le non latin incola (un habitant) est généralement du genre masculin et parfois du genre féminin. Aussi, les noms de genre se terminant par-incola ou par -cola (abréviation dérivée de incola) sont des noms masculins (Alkalilimnicola, Gallicola, Haloincola, Marmoricola, Mycetocola, Natronincola, Nitrincola, Subtercola, ...) ou, plus rarement, des noms féminins (Algicola, Glaciecola ou Thermincola).
Les noms de genre se terminant par -bacter sont également des noms masculins. Pourtant, le mot grec baktêria (bâton) est du genre féminin et son équivalent latin bacterium est du genre neutre. L'attribution du genre masculin résulte d'une décision de la "Judicial Commission".
2) Tous les noms de genre se terminant par -catella (nom latin féminin signifiant une petite chaîne), par -cystis (néologisme latin dérivé du nom féminin grec kustos signifiant un sac), par -monas (nom latin féminin signifiant une unité), par -rhabdus (néologisme latin dérivé du mot grec féminin rhabdos signifiant une baguette) ... sont des noms féminins.
3) Tous les noms de genre se terminant par -baculum (nom latin neutre signifiant un bâton), par -filamentum (nom latin neutre signifiant un assemblage de fils), par -granulum (nom latin neutre signifiant un petit grain), par -nema (néologisme latin dérivé du nom grec neutre nema signifiant un fil)... sont des noms neutres.

. Pour les noms arbitraires, l'auteur ayant proposé la nomenclature a le droit de choisir le genre. Les noms arbitraires, actuellement en vigueur (Afipia, Cedecea, Desemzia, Kribbella, Waddlia et Yokenella) sont du genre féminin.

. Un néologisme latin choisi pour honorer une personne devrait être au féminin quel que soit le sexe de la personne.
Exemples : Burkholderia (en l'honneur du bactériologiste W.H. Burkholder) et Rothia (en l'honneur de la bactériologiste G.D. Roth) sont des noms féminins.

Espèces et sous-espèces

Les noms des espèces sont formés d'une combinaison binaire dont le premier terme est le nom de genre et le deuxième terme est une épithète (épithète spécifique). Le premier terme prend une majuscule et le deuxième terme commence par une minuscule.
Exemple : Mycoplasma mycoides.

Les noms des sous-espèces sont formés d'une combinaison ternaire dont le premier terme est le nom de genre, le deuxième est l'épithète spécifique et le troisième une épithète propre à la sous-espèce (épithète sous-spécifique). Les épithètes prennent une minuscule et elles sont séparées par l'abréviation "subsp.".
Exemple : Mycoplasma mycoides subsp. capri.

Les épithètes spécifique et sous-spécifique sont identiques pour la sous-espèce dont la souche type est celle de l'espèce.
Exemple : Mycoplasma mycoides subsp. mycoides (la souche type de cette sous-espèce est la souche type de l'espèce Mycoplasma mycoides).

Au sein d'un même genre, les épithètes spécifiques ne peuvent être identiques et ceci est également vrai pour les épithètes sous-spécifiques. Ainsi, Staphylococcus cohnii subsp. urealyticus est une nomenclature illégitime car elle a été validement publiée alors qu'il existait déjà une sous-espèce du genre Staphylococcus ayant pour épithète sous-spécifique urealyticus (Staphylococcus capitis subsp. urealyticus).

Les épithètes spécifiques et sous-spécifiques peuvent dériver de n'importe quelle origine et elles peuvent même être composées de manière arbitraire comme c'est le cas pour Bacteroides thetaiotaomicron (non composé à partir des lettres grecques theta, iota et omicron) ou pour Bartonella vinsonii subsp. arupensis (nom dérivé du sigle ARUP pour "Associated and Regional University Pathologists") ou pour Paenibacillus kribbensis (nom dérivé du sigle KRIBB pour "Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology") ou pour Flavobacterium micromati (nom dérivé du projet MICROMAT, "Biodiversity of microbial mats in Antarctica").
Il existe toutefois quelques restrictions et une épithète ne peut pas être un adjectif ordinal d'une valeur supérieure à dix (par exemple undecimus, duodecimus etc.), un nombre ou une lettre.
Lorsqu'une épithète dérive d'un nom propre, il est déconseillé d'utiliser le nom d'une personne étrangère à la bactériologie. Ainsi, les nomenclatures de Streptomyces cavourensis (nommé en l'honneur de C.B. Cavour, principal artisan de l'unité italienne), de Mycobacterium holderi (nommé en l'honneur de Christian Holder, ministre des sciences et de la culture de la Basse Saxe) ou de Legionella gratiana (nommée d'après l'empereur romain Flavius Gratianus) ne semblent pas judicieuses.

Les épithètes spécifiques et sous-spécifiques peuvent être des adjectifs qui doivent s'accorder avec le nom de genre ou des génitifs (au singulier ou au pluriel) ou des nominatifs en apposition ⁵.

Exemples :

. Adjectifs : épithètes constituées de l'adjectif latin albus (masculin), alba (féminin), album (neutre) signifiant blanc : Marinococcus albus (genre masculin), Brevundimonas alba (genre féminin), Methylomicrobium album (genre neutre), Streptomyces albus subsp. albus (genre masculin), Nocardiopsis alba subsp. alba (genre féminin)...
Lorsqu'une espèce est transférée dans un autre genre sous la forme d'une nouvelle combinaison (Cf. infra), il est nécessaire de vérifier l'accord de l'épithète. Ainsi, Methylobacter albus a été transféré dans le genre Methylomicrobium avec la dénomination correcte de Methylomicrobium album.

. Génitifs au singulier : Escherichia coli (génitif singulier du nom latin colum signifiant côlon), Fusobacterium nucleatum subsp. vincentii (génitif singulier du néologisme latin créé à partir du nom du bactériologiste H. Vincent), Helicobacter bilis (génitif singulier du nom latin bilis signifiant bile ; dans cet exemple, le nominatif et le génitif sont identiques mais l'emploi du nominatif en apposition n'aurait aucun sens), Streptococcus equi subsp. equi (génitif singulier du mot latin equus signifiant cheval)...

. Génitifs au pluriel : Aegyptianella pullorum (génitif pluriel du nom latin pullus signifiant petit d'un animal et notamment poulet), Bifidobacterium boum (génitif pluriel du nom latin bos signifiant bœuf, vache), Campylobacter sputorum subsp. sputorum (génitif pluriel du mot latin sputum signifiant crachat), Carnobacterium gallinarum (génitif pluriel du nom latin gallus signifiant coq)...

. Nominatifs en apposition : Aquaspirillum serpens (nominatif du mot latin serpens signifiant serpent ; nom donné à cette espèce en raison de sa morphologie), Bacillus pumilus (nominatif du nom latin pumilus signifiant le nain ; nom donné à cette bactérie en raison de sa taille), Treponema denticola (nominatif du néologisme latin formé à partir du nom latin dens (génitif dentis) signifiant dent et du suffixe -cola dérivé du nom latin incola signifiant un habitant ; nom donné à cette bactérie en raison de son habitat), Eubacterium ramulus (nominatif du nom latin ramulus signifiant petite branche ; nom donné à cette espèce en raison de sa morphologie)...

Les épithètes sont généralement choisies pour attirer l'attention sur un caractère bactériologique de l'espèce (albus, aureus, haemolytica, indologenes, ureae...) ou pour honorer un auteur (falsenii pour Falsen, trueperi pour Trüper, pasteurii pour Pasteur, schleiferi pour Schleifer, ...) ou pour désigner un nom de lieu (birminghamensis pour une espèce isolée originellement à Birmingham, cincinnatiensis pour Cincinnati, yellowstonensis pour le parc de Yellowstone...) ou pour désigner une espèce animale (bovis, boum, suis, canis, caprae, equi, gallinarum...) ou pour faire allusion à l'habitat (ruminis, intestinalis, delphinicola, denticola) ou pour faire allusion au pouvoir pathogène (pestis, tuberculosis, mallei, lymphangitidis, dysenteriae...) ou pour faire allusion simultanément à l'espèce animale et au pouvoir pathogène ou à l'habitat (hyointestinalis, lagogenitalium, otitidiscaviarum, salmonicida, gallicida, anatipestifer...)...
Ces nomenclatures ne doivent pas abuser les bactériologistes : toutes les souches de Staphylococcus aureus ne sont pas pigmentées en jaune ! les souches de Legionella israelensis ne sont pas toujours isolées en Israël ! des souches de Staphylococcus caprae, de Streptococcus suis, de Streptococcus porcinus... peuvent être isolées de l'homme ! Clostridium innocuum est parfois responsable d'infections du tube digestif et d'empyèmes chez l'homme ! Mycobacterium fortuitum peut être pathogène pour l'homme et les animaux ! ...

Dans son chapitre 4, le Code de Nomenclature donne quelques conseils destinés aux auteurs et aux éditeurs de publications scientifiques. Quelques-uns de ces conseils, relatifs à l'abréviation d'un nom de genre lorsqu'il est suivi d'une épithète spécifique, sont présentés dans le chapitre Abréviations des noms de genres in Glossaire de nomenclature bactérienne.

Rangs hiérarchiques non réglementés par le Code de Nomenclature

Il existe d'autres rangs hiérarchiques non régis par les règles du Code de Nomenclature et qui peuvent donc être désignés de manières différentes par divers auteurs :

. Les domaines ou empires :

Les domaines ont été proposés par Woese et al. (1990) sur la base de l'étude des séquences des ARNr 16S. Ces auteurs divisent le monde vivant en trois domaines d'un rang hiérarchique supérieur au règne, les "Eucarya", les "Bacteria" et les "Archaea". En 1994, Trüper suggère de remplacer le terme de domaine par celui d'empire et le terme de "Bacteria" par "Eubacteria".

. Les règnes (voir le fichier Taxa above the rank of class in List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature) :

Selon les auteurs, les règnes (regnum) correspondent aux premières subdivisions au sein des domaines (ou empires) ou occupent un rang hiérarchique supérieur au domaine.
Pour ce qui concerne les règnes considérés comme un rang hiérarchique inférieur au domaine, deux règnes sont généralement reconnus au sein des "Archaea" (le règne des "Euryarchaeota" et le règne des "Crenarchaeota") et, selon Trüper, la classe des Firmibacteria et la classe des Proteobacteria pourraient constituer des règnes au sein du domaine des "Eubacteria".
Le concept de règne placé au-dessus des domaines est dû à Cavalier-Smith. En janvier 2002, cet auteur a proposé la création du règne des Bacteria et il reconnaît les catégories infraregnum (par exemple Eobacteria) et subregnum (par exemple Unibacteria).

. Les divisions ou phylums (voir le fichier Taxa above the rank of class in List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature) :

Les divisions (divisiones ; au singulier divisio) constituent un rang hiérarchique situé entre les règnes et les classes. Les divisions ne sont pas réglementées par le Code de Nomenclature toutefois, la division des Firmicutes et la division des Gracilicutes sont citées dans les Approved Lists of Bacterial Names. Depuis la parution de ces listes, les noms de deux nouvelles divisions (Mendosicutes et Tenericutes) ont été publiés dans la liste de validation n° 15 et en janvier 2002 Cavalier-Smith a proposé la création de huit nouvelles divisions. Cet auteur introduit également les nouvelles catégories de subdivisio (par exemple Euryarchaeota) et de superdivisio (par exemple Exoflagellata).

Le Biocode (ou code universel de nomenclature qui devrait voir le jour dans un avenir plus ou moins lointain) prévoit de remplacer le nom de division par celui de phylum (phylum). Ce remplacement a été anticipé dans la deuxième édition du Bergey's Manual of Systematic Bacteriology qui qualifie les divisions de phylums et neuf de ces phylums ont été cités dans la liste de validation n° 85 publiée dans le numéro de mai 2002 de IJSEM.

. Les "Candidatus" :

Le concept de "Candidatus" a été proposé en 1994 par Murray et Schleifer pour des taxons qui ne peuvent être décrits selon les règles du Code de Nomenclature. Ce sont des procaryotes non cultivables ou qui ne peuvent être cultivés de manière stable et dont on connaît, au moins partiellement, la séquence génomique ainsi que des données concernant la structure, le métabolisme, l'habitat... La notion de "Candidatus" correspond à un statut et non à un rang hiérarchique. Les "Candidatus" ne sont pas régis par le Code de Nomenclature mais l'ICSP a reconnu la validité de ce concept.
Le nom d'un Candidatus correspondant au rang d'espèce est généralement écrit entre guillemets de la manière suivante : Candidatus (écrit en italique avec la première lettre en capitale) + nom du genre (écrit en caractères romains avec la première lettre en capitale) + nom d'espèce (écrit en caractères romains avec la première lettre en minuscule). Exemple : "Candidatus Helicobacter suis".
Pour de plus amples informations voir le fichier List of Candidatus in List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature ou l'entrée Candidatus in Glossaire de nomenclature bactérienne

. Les taxons d'un rang hiérarchique inférieur à la sous-espèce :

Les nomenclatures des taxons d'un rang hiérarchique inférieur à la sous-espèce, bien que non régies par les règles, font l'objet d'un appendice (l'appendice 10) annexé au Code de Nomenclature. Cet appendice rappelle quelques définitions et formule quelques recommandations. L'une des recommandations conseille l'utilisation des suffixes "-var" (biovar, chémovar, cultivar, morphovar, sérovar, phagovar, pathovar) ou "-form" (chémoform) de préférence au suffixe "-type" (biotype, chémotype...). En effet, pour les auteurs du Code de Nomenclature, le terme de "type" doit être réservé aux nomenclatures types.
Pour des informations complémentaires voir l'entrée Taxon d'un rang hiérarchique inférieur à la sous-espèce in Glossaire de nomenclature bactérienne.

En bactériologie médicale, les sérovars d'une espèce ou d'une sous-espèce sont généralement désignés par leurs formules antigéniques (par exemple, Escherichia coli O157:H7 ou Yersinia enterocolitica O3:Ha,b,c). Toutefois, pour les salmonelles de la sous-espèce choleraesuis (Salmonella choleraesuis subsp. choleraesuis) et pour les leptospires, les sérovars sont traditionnellement désignés par un nom.

Pour les salmonelles, on n'utilise, généralement, que le nom des sérovars et, pour éviter toutes confusions, ces noms sont souvent écrits avec une majuscule et en caractères romains.
Exemple : Salmonella Indiana dont la nomenclature complète serait Salmonella choleraesuis subsp. choleraesuis sérovar Indiana.

Pour les leptospires, la désignation préconisée par le "sous-comité de taxonomie des leptospires" est la suivante : les noms des sérogroupes et des sérovars ne sont pas écrits en italiques, les noms des sérogroupes et des sérovars sont écrits avec une première lettre en capitale. Le "sous-comité de taxonomie des leptospires" souligne également qu'il est incorrect d'écrire le nom du sérovar après Leptospira.
Exemple : Les nomenclatures de Leptospira Alice ou de Leptospira alice ou de Leptospira alice sont incorrectes et ce taxon doit être désigné de la manière suivante : Leptospira santarosai sérovar Alice (ou Leptospira santarosai sérogroupe Autumnalis sérovar Alice).

Ces propositions n'étant pas officielles leur respect n'est pas obligatoire et certains auteurs écrivent, par exemple, Salmonella indiana ou Leptospira alice.

Dans tous les cas, l'utilisation de l'abréviation du nom de genre suivie d'un nom de sérovar ou de sérogroupe est illicite car l'abréviation n'est autorisée que lorsqu'elle est suivie d'un nom d'espèce.
Exemples : S. Indiana ou S. indiana ou L. alice ou L. alice sont des nomenclatures incorrectes.
Voir aussi les fichiers Nomenclature des salmonelles" et Leptospira.

Un taxon d'un rang hiérarchique inférieur à la sous-espèce, élevé au rang d'espèce ou de sous-espèce, conserve sa nomenclature si celle-ci est sous une forme latine ou latinisée.
Exemple : En 1999, Gardan et al. ont proposé d'élever Pseudomonas syringae pathovar Cannabina au rang d'espèce avec la nomenclature de Pseudomonas cannabina.

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Les changements de nomenclature

Les progrès taxonomiques conduisent inévitablement à reclasser des bactéries et notamment à transférer des espèces dans un autre genre ou des sous-espèces dans une autre espèce.

Nouvelle combinaison (combinatio nova)

Lorsqu'une espèce (dont la nomenclature est validement publiée) est transférée dans un autre genre ou lorsqu'une sous-espèce (dont le nom est validement publié) est transférée dans une autre espèce elle deviennent des "nouvelles combinaisons" (combinatio nova ; abréviation : comb. nov.) et la précédente nomenclature devient le synonyme originel ("basonyme").
Exemples :
. En 1992 Ludwig et al. proposent de transférer Eubacterium suis dans le genre Actinomyces avec la dénomination de Actinomyces suis comb. nov. Ultérieurement, Lawson et al. transféreront ce taxon dans le genre Actinobaculum sous la forme d'une nouvelle combinaison, Actinobaculum suis.
. En 1993, Segers et al. transfèrent Moraxella anatipestifer dans le nouveau genre Riemerella sous la dénomination de Riemerella anatipestifer.
. En 2001, Dumler et al. créent la nouvelle combinaison de Ehrlichia ruminantium pour Cowdria ruminantium.

Comme il n'existe pas de taxonomie officielle des bactéries, selon sa propre opinion scientifique, un bactériologiste peut utiliser une nomenclature ancienne dans la mesure où elle a été validement publiée et dans la mesure ou elle est légitime.
Exemples :
Il est licite d'utiliser les noms de Eubacterium suis ("basonyme") ou de Actinomyces suis (nouvelle combinaison) ou de Actinobaculum suis (nouvelle combinaison). De même, il est possible d'utiliser les dénominations de Moraxella anatipestifer ("basonyme") et de Riemerella anatipestifer (nouvelle combinaison) ou celle de Cowdria ruminantium ("basonyme") pour Ehrlichia ruminantium (nouvelle combinaison).
En revanche, on ne doit pas utiliser les nomenclatures de "Corynebacterium suis", de "Pfeifferella anatipestifer", de "Pasteurella anatipestifer", de "Rickettsia ruminantium", de "Kurlovia ruminantium" ou de "Nicollea ruminantium" qui n'ont jamais été validement publiées.

Une erreur, parfois commise, consiste à utiliser les termes de combinatio nova lorsqu'une espèce (ou une sous-espèce), décrite après le 01 janvier 1980 mais non validement publiée, est transférée dans un autre genre (ou dans une autre espèce).
Exemple :
En 2001, Dumler et al. proposent de transférer "Ehrlichia platys", espèce décrite par French et Harvey en 1983, dans le genre Anaplasma sous la forme d'une nouvelle combinaison, Anaplasma platys. Toutefois, la nomenclature de "Ehrlichia platys" a été proposée après la publication des Approved Lists et elle n'a jamais été validement publiée si bien que Anaplasma platys est une nouvelle espèce et non une nouvelle combinaison.

Nom nouveau (nomen novum)

Lorsque le transfert d'une espèce (dont la nomenclature est validement publiée) dans un autre genre ou le transfert d'une sous-espèce (dont la nomenclature est validement publiée) dans une autre espèce nécessite un changement d'épithète afin d'éviter une homonymie, la nouvelle nomenclature devient un "nom nouveau" (nomen novum ; abréviation nom. nov.) et non une nouvelle combinaison.
Exemple : En 2002, Neimark et al. transfèrent Haemobartonella felis dans le genre Mycoplasma. La nouvelle combinaison aurait dû être dénommée Mycoplasma felis. Toutefois, la nomenclature de Mycoplasma felis existait déjà et il a été nécessaire de proposer une autre épithète. Neimark et al. ont choisi celle de haemofelis (Mycoplasma haemofelis).

Comme pour les nouvelles combinaisons, selon son opinion scientifique, un bactériologiste peut utiliser une nomenclature ancienne dans la mesure où elle a été validement publiée et dans la mesure où elle est légitime. Ainsi, il est possible d'utiliser les nomenclatures de Haemobartonella felis ("basonyme") ou de Mycoplasma haemofelis (nom nouveau). En revanche l'ancienne dénomination de "Eperythrozoon felis", dépourvue de statut dans la nomenclature, ne doit pas être utilisée.

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Les nomenclatures types
(Voir aussi le tableau I et l'entrée Nomenclature type in Glossaire de nomenclature bactérienne)

Introduction

Pour chaque taxon appartenant à un des rangs hiérarchiques reconnus par le Code de Nomenclature, une nomenclature type doit être désignée.

L'importance de la nomenclature type est considérable car la description d'un taxon repose sur elle et le nom d'un taxon est, en permanence, associé à la nomenclature type. Aussi, le nom d'un taxon doit être changé si la nomenclature type est transférée dans un autre taxon.
Exemples :
. Ochiai et al. (1998) proposent de transférer l'espèce type du genre Serpulina, Serpulina hyodysenteriae, dans le genre Brachyspira sous la forme d'une nouvelle combinaison, Brachyspira hyodysenteriae. Si un bactériologiste accepte un tel transfert, il doit changer la nomenclature de Serpulina pour celle de Brachyspira et considérer que toutes les espèces du genre Serpulina sont en fait des espèces du genre Brachyspira.
. Pour Bailey et Love, la souche type de Fusobacterium pseudonecrophorum est en fait une souche de Fusobacterium varium. Comme la nomenclature de Fusobacterium varium a priorité sur celle de Fusobacterium pseudonecrophorum, un bactériologiste partageant le point de vue de Bailey et Love doit considérer que Fusobacterium pseudonecrophorum est un synonyme ultérieur de Fusobacterium varium et il ne doit plus utiliser la nomenclature de Fusobacterium pseudonecrophorum.
. Pour des informations complémentaires voir l'entrée Règle 37a : changement du nom d'un taxon consécutif à l'exclusion de la nomenclature type in Glossaire de nomenclature bactérienne.

Il en découle que dans tous les travaux de taxonomie, les nomenclatures types devraient être systématiquement étudiées. Malheureusement ce n'est pas toujours le cas. Ainsi, le transfert de Pseudomonas caryophylli dans le genre Burkholderia a été proposé sans étude de la souche type. Toutefois, des travaux ultérieurs incluant la souche type ont confirmé le bien fondé de ce transfert.

Classes et sous-classes

Pour la classe et la sous-classe, la nomenclature type est l'un des ordres inclus dans le taxon.

On peut remarquer que de nombreuses classes ou sous-classes ont été décrites sans désignation d'un ordre type ce qui, en toute rigueur, signifie que leurs nomenclatures sont illégitimes.
Exemples : Actinobacteria, Actinomycetes, Bacteria, Microtatobiotes, Mollicutes, Proteobacteria...

Ordres, sous-ordres, familles, sous-familles, tribus et sous-tribus

Pour l'ordre, le sous-ordre, la famille, la sous-famille, la tribu et la sous-tribu, la nomenclature type est le genre dont le nom sert de racine à la dénomination de ces taxons.

Une erreur fréquemment répandue consiste à désigner une famille type pour les ordres et les sous-ordres. Voir par exemple l'ordre des Halanaerobiales, l'ordre des Halobacteriales, l'ordre des Methanobacteriales, l'ordre des Methanococcales, l'ordre des Methanomicrobiales... En toute rigueur, ces nomenclatures sont illégitimes.

Genres et sous-genres

Pour le genre et le sous-genre, la nomenclature type est l'une des espèces du genre.

Lorsqu'un genre comprend plusieurs sous-genres, un de ceux-ci renferme l'espèce type du genre qui devient automatiquement l'espèce type de ce sous-genre. Rappelons que le nom de ce sous-genre est alors identique au nom de genre.
Exemple :
En 1979, Bøvre propose de diviser le genre Moraxella en deux sous-genres, Moraxella et Branhamella. Cette proposition sera validement publiée en 1984 par inscription sur la liste de validation n° 15.
Le sous-genre Moraxella a pour espèce type Moraxella (subgen. Moraxella) lacunata qui est également l'espèce type du genre Moraxella.

Espèces et sous-espèces

Pour l'espèce et la sous-espèce, la nomenclature type est l'une des souches de l'espèce.

Avant le 14 décembre 2000, pour les espèces non cultivables, une souche type pouvait être représentée par une description, par une illustration ou par un exemplaire non viable d'une souche bactérienne.
Depuis le 14 décembre 2000, la souche type est obligatoirement constituée par une culture vivante. Au moins deux exemplaires de la souche type doivent être déposés dans au moins deux collections de cultures bactériennes ⁶. Ces collections doivent être des collections pérennes, situées dans au moins deux pays différents et ouvertes aux utilisateurs. Le but de ces dispositions est de permettre à tous les bactériologistes d'avoir facilement accès aux souches types. Si la souche type n'est pas accessible (ce qui est le cas de certaines souches brevetées) le nom de l'espèce ou de la sous-espèce n'est pas validement publié.
Depuis le 1er septembre 2002, une nouvelle espèce, une nouvelle sous-espèce et une nouvelle combinaison ne peuvent être validement publiées que si les auteurs fournissent des certificats établis par au moins deux collections de cultures ouvertes aux bactériologistes et situées dans au moins deux pays différents. Ces certificats doivent attester du dépôt et de la disponibilité des souches types. Quelques rares dérogations à cette règle peuvent être accordées lorsque la culture est très délicate (bactéries barophiles obligatoires) et/ou lorsque la manipulation de la souche fait courir un danger certain au personnel (bactéries classées dans le groupe 3) si bien qu'il est impossible de trouver deux collections capables de conserver la souche.

Le remplacement d'une souche type par une autre souche nécessite l'avis de la "Judicial Commission". Par exemple, le remplacement de la souche type de Proteus vulgaris, demandé par Brenner et al. en 1995, a été accepté par la "Judicial Commission" en 1999 (voir le fichier Proteus in List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature).

Si la souche sur laquelle repose la description d'une espèce ne peut être trouvée, il est possible de proposer une nouvelle souche type (souche néotype). La proposition d'une souche néotype doit faire l'objet d'une publication dans International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. Les auteurs doivent montrer qu'en dépit d'une recherche soigneuse de la souche originale, celle ci n'a pu être trouvée. Les auteurs doivent également montrer que la souche néotype possède des caractères très proches de la souche type originale. La souche néotype ainsi proposée ne sera "officiellement" adoptée que deux ans après la publication dans IJSEM sous réserve qu'aucune objection ne soit formulée. En effet, durant un an, les bactériologistes peuvent formuler des objections qui seront alors examinées par la Judicial Commission.
Exemple : la souche type de Campylobacter sputorum a été perdue. En 1986, Roop II et al. ont proposé de la remplacer par la souche VPI S-17 = ATCC 35980. Aucune objection n'ayant été formulée, la souche néotype de Campylobacter sputorum est actuellement la souche VPI S-17 = ATCC 35980.

Lorsqu'une espèce est divisée en plusieurs sous-espèces, l'une des sous-espèces inclut la souche type de l'espèce qui devient automatiquement la souche type de cette sous-espèce. Rappelons que pour cette sous-espèce, les épithètes spécifique et sous-spécifique sont identiques.
Exemple :
En 1994, Funke et al. valident la nomenclature de Actinomyces neuii (souche type DSM 8576) et ces auteurs divisent cette espèce en deux sous-espèces.
Une des sous-espèces inclut la souche DSM 8576. Cette sous-espèce est appelée Actinomyces neuii subsp. neuii et sa souche type est la souche DSM 8576.
La nomenclature des autres sous-espèces ainsi que la désignation de leurs souches types sont à la discrétion des auteurs. En ce qui concerne Actinomyces neuii, Funke et al. ont choisi de dénommer la deuxième sous-espèce Actinomyces neuii subsp. anitratus (souche type DSM 8577).

Contrairement à une idée répandue, la souche type (à ne pas confondre avec une souche de référence) n'est pas obligatoirement la souche qui reflète le mieux les caractères de l'espèce ! Certaines espèces sont individualisées sur la description d'une unique souche (voir par exemple : Actinomyces coleocanis, Arcanobacterium hippocoleae, Bartonella clarridgeiae, Brachyspira aalborgi, Mycobacterium elephantis, Phocoenobacter uteri, Rothia nasimurium, Vagococcus lutrae, Waddlia chondrophila...) qui devient donc la souche type et, les souches ultérieurement décrites, peuvent présenter un ou des caractères importants que ne possède pas la souche originale. De plus, avant l'introduction des techniques modernes de conservation des souches, il était nécessaire de procéder à de nombreux repiquages pouvant conduire à la perte de certains caractères phénotypiques importants.
Quelques exemples de souches types atypiques sont bien connues en bactériologie médicale. Ainsi, la souche type de Listeria monocytogenes possède une structure antigénique atypique, elle n'est pas hémolytique vis-à-vis des hématies de mouton, elle est immobile, elle n'est pas pathogène pour la souris et elle n'est que faiblement cytopathogène pour les cellules Caco-2. La désignation d'une autre souche type peut être proposée mais elle nécessite l'accord de la "Judicial Commission". Dans le cas particulier de Listeria monocytogenes, le remplacement de la souche ATCC 15313 par la souche NCTC 7973, pourtant proposé par le sous-comité de taxonomie des Listeria, a été rejeté par la "Judicial Commission" (voir le fichier Listeria in List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature).

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Citation correcte des taxons

Généralités

La citation complète et correcte d'un taxon ne figure, habituellement, que dans des travaux de systématique et cette citation peut être délicate. Le nom du taxon doit être suivi du nom ou des noms des auteurs ayant décrit le taxon et de la date de publication valide. Si le nombre des auteurs est supérieur à deux, on peut ne citer que le nom du premier auteur suivi de et al. (et alii : et d'autres).
Exemple : Afipia felis Brenner, Hollis, Moss, English, Hall, Vincent, Radosevic, Birkness, Bibb, Quinn, Swaminathan, Weaver, Reeves, O'Connor, Hayes, Tenover, Steigerwalt, Perkins, Daneshvar, Hill, Washington, Woods, Hunter, Hadfield, Ajello, Kaufmann, Wear et Wenger 1992 ou Afipia felis Brenner et al. 1992.

Citation d'un nom inclus dans les Approved Lists of Bacterial Names

La citation d'un nom figurant dans les Approved Lists peut se faire de 3 manières différentes :

. Nom du taxon + noms des auteurs (ou nom du premier auteur suivi de et al. s'il y a plus de 2 auteurs) + date de la publication + la mention Approved Lists 1980 écrite entre parenthèses.
Exemple : Streptococcus Rosenbach 1884 (Approved Lists 1980).

. Nom du taxon + la mention Approved Lists 1980 écrite entre parenthèses.
Exemple : Streptococcus (Approved Lists 1980).

. Nom du taxon + la mention nom. approb. pour nomen approbatum.
Exemple : Streptococcus nom. approb.

Citation d'une nomenclature non retenue dans les Approved Lists mais validement publiée après le 01 janvier 1980

Une nomenclature, publiée avant le 01 janvier 1980 mais non citée dans les Approved Lists, peut à nouveau être utilisée par un auteur.

. Si l'auteur considère que le taxon qu'il décrit est identique à un taxon proposé avant le 01 janvier 1980, il proposera un "nom remis en vigueur, rétabli, ressuscité" (nomen revictum ; abréviation : nom. rev.). L'auteur pourra faire figurer, entre parenthèses, les noms des premiers auteurs et la date de publication précédés de "ex".
Exemple :
En 1983, Garvie et al. valident la nomenclature de Streptococcus dysgalactiae pour un taxon déjà décrit en 1932 par Diernhofer mais non inclus dans les Approved Lists.
La citation de ce taxon peut être la suivante : soit Streptococcus dysgalactiae (ex Diernhofer 1932) Garvie et al. 1983 soit Streptococcus dysgalactiae Garvie et al. 1983.
La première possibilité a l'avantage de souligner que cette nomenclature est utilisée pour un taxon déjà décrit en 1932 et identique à celui proposé par Garvie et al. en 1983.

. En revanche, si l'auteur désire réutiliser une nomenclature non citée dans les Approved Lists pour un taxon qu'il considère comme différent du taxon original, il proposera non pas un nomen revictum mais un nouveau taxon. Dans ce cas, il est possible de faire suivre la citation du taxon de "non" (ou de "not") suivi de la nomenclature d'origine, des noms des premiers auteurs et de la date de première publication.
Exemple :
En 2002, Bermond et al. valident la nomenclature de Bartonella bovis. Pour ces auteurs, ce taxon est différent de l'espèce Bartonella bovis décrite en 1934 par Donatien et Lestoquard et non incluse dans les Approved Lists.
La citation de ce taxon peut être la suivante : soit Bartonella bovis Bermond et al. 2002 non Donatien et Lestoquard 1934 soit Bartonella bovis Bermond et al. 2002.
La première possibilité a l'avantage de souligner que cette nomenclature est utilisée pour un taxon qui n'est pas identique à celui décrit par Donatien et Lestoquard en 1934.

Citation d'une nouvelle combinaison

Dans la citation d'une nouvelle combinaison, les noms des auteurs ayant décrit le taxon pour la première fois doivent figurer entre parenthèses.
Exemple :
En 1983, Pohl et al. proposent de transférer Haemophilus pleuropneumoniae Shope 1964 (Approved Lists 1980) dans le genre Actinobacillus sous la forme d'une nouvelle combinaison, Actinobacillus pleuropneumoniae.
La citation de cette nouvelle combinaison est la suivante : Actinobacillus pleuropneumoniae (Shope 1964) Pohl et al. 1983 dont le "basonyme" est Haemophilus pleuropneumoniae Shope 1964 (Approved Lists 1980).

Il est intéressant de remarquer que le Code de Nomenclature n'envisage pas le statut d'une espèce transférée dans une sous-espèce. Dans List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature, ces taxons sont considérés comme de nouvelles combinaisons.
Exemples :
Bifidobacterium pseudolongum subsp. globosum (Biavati et al. 1982) Yaeshima et al. 1992, comb. nov. "Basonyme" : Bifidobacterium globosum (ex Scardovi et al. 1969) Biavati et al. 1982.

Citation d'un nom nouveau

Contrairement aux nouvelles combinaisons, dans la citation d'un nomen novum, les noms des premiers auteurs ne sont pas cités.
Exemple :
En 1996, Bernardet et al. proposent le transfert de Cytophaga aquatilis Strohl and Tait 1978 (Approved Lists 1980) dans le genre Flavobacterium. Pour éviter une homonymie avec Flavobacterium aquatile (Frankland and Frankland 1889) Bergey et al. 1923 (Approved Lists 1980), Bernardet et al. ont remplacé l'épithète aquatilis par celle de hydatis. Le nomen novum ainsi obtenu doit être cité sous la forme suivante : Flavobacterium hydatis Bernardet et al. 1996, nom. nov.

Citation des sous-espèces résultant de la subdivision d'une espèce

Lorsqu'une espèce est ultérieurement divisée en sous-espèces, l'épithète sous-spécifique de la sous-espèce incluant la souche type doit être identique à l'épithète spécifique. De plus, les noms des auteurs et la date de publication valide attribués à cette sous-espèce sont ceux de l'espèce.
Exemple :
En 1985, De La Fuente et al. proposent la division de l'espèce Staphylococcus aureus Rosenbach 1884 (Approved Lists 1980) en deux sous-espèces. La sous-espèce qui renferme la souche type de Staphylococcus aureus (la souche ATCC 12600) est appelée Staphylococcus aureus subsp. aureus et sa souche type est la souche ATCC 12600. Pour la deuxième sous-espèce, De La Fuente et al. ont choisi le nom de Staphylococcus aureus subsp. anaerobius.
La citation correcte de ces deux sous-espèces est la suivante : Staphylococcus aureus subsp. aureus Rosenbach 1884 et Staphylococcus aureus subsp. anaerobius De La Fuente et al. 1985.

Divers

Lorsqu'un taxon d'un rang hiérarchique inférieur à la sous-espèce est élevé au rang d'espèce ou de sous-espèce, les noms des auteurs et la date attribués au taxon sont ceux de la publication validement publiée dans laquelle le changement de rang hiérarchique est proposé.
Exemple : En 1999, Gardan et al. ont proposé d'élever Pseudomonas syringae pathovar Cannabina au rang d'espèce. La citation correcte de ce taxon est Pseudomonas cannabina (ex Šutic and Dowson 1959) Gardan et al. 1999.

Lorsque la description d'un taxon a été modifiée, il est possible d'ajouter l'abréviation "emend." (pour emendavit parfait du verbe emendo à la troisième personne du singulier et signifiant il ou elle a amendé) suivie du nom des auteurs responsables de la modification et de la date.
Exemple : Corynebacteriaceae Lehmann and Neumann 1907 (Approved Lists 1980) emend. Stackebrandt et al. 1997.

La citation d'un taxon inscrit sur une "liste des noms conservés" (Cf. infra) peut être suivie de l'abréviation "nom. cons." (nomen conservandum signifiant nom devant être conservé) et de la mention "(Opinion X)" ou "(Jud. Opin. X)".
"X" correspond au numéro de l'avis rendu par la "Judicial Commission" et "Jud. Opin." est l'abréviation de "Judicial Opinion".
Exemples :
. Mycobacterium avium Chester 1901 (Approved Lists 1980) nom. cons. (Opinion 47).
. Erysipelothrix rhusiopathiae (Migula 1900) Buchanan 1918 (Approved Lists 1980) nom. cons. (Jud. Opin. 32).

La citation d'un nom inscrit sur une "liste des noms rejetés" (Cf. infra) peut être suivie de l'abréviation "nom. rej." ou "nom. rejic." (nomen rejiciendum signifiant nom devant être rejeté) et de la mention "(Opinion X)" ou "(Jud. Opin. X)". Ce mode de citation n'est pas prévu par l'actuelle édition du Code de Nomenclature mais il devrait être permis par la nouvelle édition et il est utilisé par de nombreux auteurs.
Exemples :
. Pasteurella gallicida (Burrill 1883) Buchanan 1925 (Approved Lists 1980) nom. rej. (Jud. Opin. 58).
. "Mycobacterium aquae" Jenkins et al. 1972 nom. rejic. (Opinion 55).

La citation d'un nom publié comme un synonyme peut être suivie de "pro synon." (pour pro qui, dans ce cas, signifie pour ou comme (dans le but de marquer une identité) et synonymon signifiant synonyme).
Exemple : Vibrio carchariae Grimes et al. 1985 pro synon. Vibrio harveyi (Johnson and Shunk 1936) Baumann et al. 1981.

Lorsqu'une erreur typographique ou orthographique a été corrigée (Cf. infra), il est possible de faire suivre le nom du taxon de l'abréviation "corrig." (pour corrigendum signifiant devant être corrigé).
Exemple : Campylobacter lari corrig. Benjamin et al. 1984.

Signification des abréviations AL et VP

Dans certaines publications, la citation d'un taxon est suivie d'un chiffre avec les abréviations AL ou VP placées en exposant. Le chiffre correspond à un numéro de page et les abréviations correspondent à Approved Lists (la nomenclature a été inscrite dans une des Listes Approuvées des Noms Bactériens) ou à Valid Publication (la nomenclature a été validement publiée après le 1er janvier 1980).

Pour des informations complémentaires voir l'entrée Utilisation des abréviations AL et VP in Glossaire de nomenclature bactérienne.

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Date de validation et priorité de publication

Date de validation

Pour les nomenclatures citées dans les Approved Lists, la date de validation est le 01 janvier 1980.

Pour les noms publiés après le 01 janvier 1980, la date de validation est la date de parution dans International Journal of Systematic Bacteriology ou dans International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology.
Par exemple, la nomenclature de Haemophilus felis a été effectivement publiée en 1992 dans le Journal of Clinical Bacteriology mais validée en 1999 par inscription sur la liste de validation n° 69. La date de validation est donc le 20 avril 1999, date à laquelle a été publié le numéro de International Journal of Systematic Bacteriology incluant la liste de validation n° 69. La citation correcte de ce taxon est la suivante : Haemophilus felis Inzana et al. 1999 et non Haemophilus felis Inzana et al. 1992.

Priorité de publication

. Si deux noms inclus dans les Approved Lists sont en compétition, la priorité est déterminée par la date de publication originale.
Exemple : Kelly et Wood considèrent que Thiobacillus concretivorus Parker 1945 (Approved Lists 1980) et Thiobacillus thiooxidans Waksman and Joffe 1922 (Approved Lists 1980) sont des synonymes hétérotypiques (les deux taxons sont identiques mais ils n'ont pas la même souche type). Dans ces conditions, la nomenclature de Thiobacillus thiooxidans, publiée en 1922, a priorité sur la nomenclature de Thiobacillus concretivorus publiée en 1945.

. Si deux noms inclus dans les Approved Lists sont en compétition et si ces deux noms ont été publiés dans un même article, la priorité est déterminée par l'ordre de la description dans la publication originale.
Exemple : Les nomenclatures de Bifidobacterium infantis Reuter 1963 (Approved Lists 1980) et de Bifidobacterium longum Reuter 1963 (Approved Lists 1980) ont été proposées par Reuter dans un même article et Bifidobacterium longum est cité avant Bifidobacterium infantis. En novembre 2002, Sakata et al. montrent que ces deux espèces sont des synonymes hétérotypiques (voir l'entrée Synonyme in Glossaire de nomenclature bactérienne) et ces auteurs unifient ces deux espèces sous la nomenclature correcte de Bifidobacterium longum Reuter 1963 (Approved Lists 1980).

. Si deux noms publiés après le 01 janvier 1980 sont en compétition, la priorité est déterminée par la date de publication dans International Journal of Systematic Bacteriology ou dans International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology.
Exemple : Actinomyces pyogenes (Glage 1903) Reddy et al. 1982 a priorité sur Actinomyces pyogenes (Glage 1903) Collins and Jones 1983.

. Quand deux noms sont proposés dans le même numéro de International Journal of Systematic Bacteriology ou de International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, la priorité est déterminée par les numéros de pages.
Exemple : La nomenclature de Mycobacterium chlorophenolicum (Apajalahti et al. 1986) Häggblom et al. 1994 est validement publiée à la page 491 du numéro 3 du volume 44 de International Journal of Systematic Bacteriology et elle a priorité sur Mycobacterium chlorophenolicum (Apajalahti et al. 1986) Briglia et al. 1994 validement publiée à la page 498 du même numéro.

. Quand deux noms sont proposés dans un même article paru dans IJSB ou dans IJSEM, la priorité est déterminée par l'ordre de la description dans la publication.

. Lorsque deux noms, apparaissant dans une même liste de validation, sont en compétition, la priorité est déterminée par la date à laquelle le comité éditorial de International Journal of Systematic Bacteriology ou de International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology a reçu la demande de validation (dans les listes de validation, les nomenclatures proposées reçoivent un numéro qui reflète la date de réception).
Exemple : En juillet 1997, un article paru dans International Journal of Systematic Bacteriology montre que Streptococcus gallolyticus et Streptococcus caprinus sont deux synonymes hétérotypiques (les deux taxons sont identiques mais ils n'ont pas la même souche type). Ces deux noms apparaissent dans la liste de validation n° 56 mais Streptococcus gallolyticus (numéro de priorité 2) a priorité sur Streptococcus caprinus (numéro de priorité 7). La nomenclature de Streptococcus caprinus ne devrait plus être employée par les bactériologistes qui admettent cette synonymie.

La procédure des numéros de priorité n'a été mise en place qu'en janvier 1988 (liste de validation n° 24) si bien qu'il est impossible d'établir la priorité de deux synonymes cités dans une même liste de validation publiée avant janvier 1988.
Exemple : Les nomenclatures de Legionella micdadei (décrite par Hébert et al. 1980) et de Legionella pittsburghensis (décrite par Pasculle et al. 1980) ont été validement publiées en 1980 par inscription sur la liste de validation n° 5. Ces deux espèces possèdent la même souche type (la souche TATLOCK = ATCC 33218) et elles sont donc des synonymes homotypiques. Sur la liste de validation n° 5, les numéros de priorité ne sont pas indiqués et il est licite d'utiliser l'une ou l'autre de ces nomenclatures. En pratique, la nomenclature de Legionella pittsburghensis est peu employée et la majorité des auteurs utilise celle de Legionella micdadei.

. Lorsqu'un taxon d'un rang hiérarchique inférieur à la sous-espèce est élevé au rang d'espèce ou de sous-espèce, la date servant à déterminer la priorité est la date à laquelle le changement de rang hiérarchique a été validement publié.
Exemple : En 1999, Gardan et al. ont proposé d'élever Pseudomonas syringae pathovar Cannabina au rang d'espèce avec la nomenclature de Pseudomonas cannabina. La date de priorité est la date de parution dans IJSB soit le 20 avril 1999.

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Les dérogations aux règles du Code de Nomenclature

La "Judicial Commission" a pour mission de résoudre tous les problèmes liés à la nomenclature bactérienne et, notamment, les problèmes résultant d'une application stricte des règles de nomenclature.
La "Judicial Commission" peut se saisir elle-même d'une question ou elle peut être sollicitée par un auteur. Dans ce dernier cas, l'auteur formule une demande de dérogation qui doit être publiée dans International Journal of Systematic Bacteriology ou dans International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, dans le cadre d'une rubrique spéciale intitulée "Request for an opinion". La Judicial Commission rend une Opinion ("Judicial Opinion") favorable ou défavorable mais tant que cet avis n'est pas publié, la modification proposée n'est pas validement publiée. À plus forte raison, la modification n'est pas valide en cas de demande refusée par la "Judicial Commission".
Pour des renseignements complémentaires, voir le fichier Requests for Opinions and Judicial Opinions in List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature.

Parmi les décisions prises par la "Judicial Commission", les plus importantes concernent les modifications à apporter au Code de Nomenclature, le remplacement d'une nomenclature type et l'inscription d'un nom sur l'une des "listes des noms conservés ou rejetés" (nomina taxorum conservanda et rejicienda).
Les listes des noms conservés ou rejetés sont au nombre de cinq :
. Liste 1 : Liste des noms de familles conservés ou rejetés (nomina familiarum conservanda et rejicienda).
. Liste 2 : Liste des noms de genres conservés (nomina generum bacteriorum conservanda).
. Liste 3 : Liste des noms d'espèces conservés (epitheta specifica conservanda).
. Liste 4 : Liste des noms de genres et de sous-genres rejetés (nomina generum et subgenerum bacteriorum rejicienda).
. Liste 5 : Liste des noms d'espèces et de sous-espèces rejetés (epitheta specifica et subspecifica rejicienda).

Lorsqu'une nomenclature est inscrite sur une "liste des noms conservés" elle DOIT être utilisée en dépit de l'existence éventuelle de synonymes ou d'homonymes antérieurs. Inversement, quand une nomenclature est placée sur une "liste des noms rejetés" elle NE DOIT PLUS être utilisée. Conformément à la règle 56 du Code de Nomenclature, le placement d'un nom sur l'une de ces listes n'est pas obligatoirement justifié par des considérations scientifiques.
Une nomenclature citée dans les Approved Lists peut être placée sur une des "listes des noms devant être conservés ou rejetés".
Les listes complètes des "noms devant être conservés ou rejetés" sont données dans les fichiers Conserved names of bacterial taxa et Rejected names of bacterial taxa in List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature.

Exemples d'avis rendus par la "Judicial Commission" et concernant des taxons d'intérêt médical :

1) En 1958, le nom de la famille des Enterobacteriaceae Rahn 1937 (genre type Escherichia) a été placé sur la liste des "noms de familles conservés" et ce placement a été confirmé en 1981.
Cette nomenclature doit être utilisée alors qu'elle est incorrecte pour au moins deux raisons : 1) le genre type est le genre Escherichia (et non Enterobacter) si bien que le nom correct serait "Escherichiaceae" ; 2) en admettant que le nom soit basé sur le genre Enterobacter, elle aurait dû être appelée "Enterobacteraceae" (sans i).
Pour de plus amples informations voir le fichier Enterobacteriaceae in List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature.
Il convient de remarquer que la famille des Enterobacteriaceae est un cas unique car, pour toutes les autres familles, le genre type est celui qui a servi de racine au nom de la famille.

2) Clostridium botulinum (van Ermengem 1896) Bergey et al. 1923 (Approved Lists 1980), Clostridium putrificum (Trevisan 1889) Reddish and Rettger 1922 (Approved Lists 1980) et Clostridium sporogenes (Metchnikoff 1908) Bergey et al. 1923 (Approved Lists 1980) constituent en fait une unique genomospecies ⁷ et la nomenclature de Clostridium putrificum a priorité.
Suite à une demande formulée par Olsen et al., la "Judicial Commission" a décidé 1) d'inscrire Clostridium botulinum sur la liste des "noms d'espèces conservés" pour les souches produisant une neurotoxine ; 2) d'inscrire Clostridium sporogenes sur la liste des "noms d'espèces conservés" pour les souches non toxinogènes et 3) de placer Clostridium putrificum sur la liste des "noms d'espèces et de sous-espèces rejetés".
Ces décisions se basent sur la note 1 de la règle 56a du Code de Nomenclature qui prévoit qu'une nomenclature peut être rejetée lorsque son utilisation est susceptible de faire courir des risques sanitaires ou économiques importants (la nomenclature est alors considérée comme un nom dangereux ou nomen periculosum).

3) En 1981, Bercovier et al. proposent de faire de Yersinia pestis (l'agent de la peste) une sous-espèce de Yersinia pseudotuberculosis (Yersinia pseudotuberculosis subsp. pestis). Cette proposition est scientifiquement justifiée mais Williams a demandé à la "Judicial Commission" de rejeter cette nomenclature car elle risquait de créer une confusion dans l'esprit des médecins et des responsables de la santé publique (nomen periculosum). En 1985, la "Judicial Commission" a accepté la demande de Williams, elle a placé Yersinia pseudotuberculosis subsp. pestis sur la liste des "noms d'espèces et de sous-espèces rejetés" et elle a inscrit Yersinia pestis sur la liste des "noms d'espèces conservés". Aussi, le bacille de la peste doit être dénommé Yersinia pestis.

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Rôles des sous-comités de taxonomie dans la nomenclature bactérienne

Les sous-comités de taxonomie (International Committee on Systematics of Prokaryotes, Subcommittee on the taxonomy of...) sont des comités rassemblant des spécialistes d'un ou de plusieurs groupes bactériens considérés comme voisins. Ces sous-comités sont institués par l'ICSP (International Committee on Systematics of Prokaryotes) et leur nombre ainsi que leur domaine de compétence peuvent évoluer au cours du temps (pour la liste des divers sous-comités voir l'entrée Sous-comités de taxonomie in Glossaire de nomenclature bactérienne).

Ces sous-comités ont pour fonction d'établir des recommandations minimales pour la description d'un nouveau taxon (voir le fichier Minimal standards for the description of new taxa in List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature) et de donner des avis concernant la taxonomie et la nomenclature. En ce qui concerne la nomenclature, les avis des sous-comités doivent être approuvés par la "Judicial Commission" et/ou l'ICSP pour que les éventuelles modifications proposées aient un statut dans la nomenclature.

De manière erronée, certains bactériologistes considèrent que les avis formulés par les divers sous-comités ont force de loi ce qui peut être à l'origine de confusions. Quelques exemples d'interprétations correctes de ces avis sont donnés ci-dessous :

. Le "sous-comité de taxonomie des Pasteurellaceae" a désapprouvé le transfert de Actinobacillus actinomycetemcomitans dans le genre Haemophilus (Haemophilus actinomycetemcomitans comb. nov.). Comme il n'existe pas de taxonomie officielle des bactéries, ce jugement n'invalide pas la nomenclature de Haemophilus actinomycetemcomitans qui peut être utilisée par les bactériologistes estimant que ce taxon est apparenté au genre Haemophilus. Bien sûr, la nomenclature de Actinobacillus actinomycetemcomitans pourra être employée par les bactériologistes qui considèrent que ce taxon est une espèce du genre Actinobacillus.
De manière similaire, le fait que le "sous-comité de taxonomie des bacilles à Gram négatif anaérobies" recommande l'utilisation des nomenclatures Bacteroides heparinolyticus et Bacteroides zoogleoformans n'interdit pas à un bactériologiste d'utiliser les nouvelles combinaisons Prevotella heparinolytica et Prevotella zoogleoformans.

. En juin 1985 (voir IJSB, 1986, 36, 114-115), le "sous-comité de taxonomie des bactéries phototrophes" a proposé que les noms des cyanobactéries, décrites selon les règles du code de nomenclature de botanique, soient reconnus comme validement publiés selon les règles du code de nomenclature des bactéries. Cette proposition n'a jamais été entérinée par l'ICSP et n'a donc aucune valeur juridique. Pourtant, en se basant sur cette proposition, Otsuka et al. décrivent dans IJSEM (IJSEM, 2001, 51, 873-879) l'espèce Microcystis aeruginosa. Pour ces auteurs cette nomenclature est légitime car le genre Microcystis a été validement publié selon les règles du code de botanique. Dans la réalité, l'espèce Microcystis aeruginosa est illégitime car le genre Microcystis, non validement publié selon les règles du code de nomenclature des bactéries, n'a pas de statut dans la nomenclature bactérienne.

. La nomenclature de Staphylococcus vitulus a été corrigée en Staphylococcus vitulinus par Trüper et De' Clari en 1998 et, contrairement à ce qui est parfois écrit, cette correction validement publiée n'a pas besoin d'être approuvée par le "sous-comité de taxonomie des staphylocoques et des streptocoques" pour s'imposer à tous les bactériologistes.

. Le "sous-comité de taxonomie des staphylocoques et des streptocoques", lors de sa réunion du 4 juillet 1994, a émis un avis défavorable à une modification de nomenclature de Streptococcus sanguis. En dépit de cet avis, cette nomenclature a été corrigée en Streptococcus sanguinis. Cette correction a été validement publiée et elle doit être utilisée, d'autant plus que la "Request for an Opinion" de M. Kilian (demandant la conservation de l'ancienne nomenclature) a été rejetée par la Judicial Commission (voir "Requests for Opinions, Judicial Opinions, and actions of the Judicial Commission on Requests for Opinions" in List of Prokaryotic Names with Standing in Nomenclature).

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Orthographe

Baptiser un nouveau taxon est également délicat car il est nécessaire de respecter, de manière stricte, les règles de la grammaire latine. Pour éviter la majorité des erreurs, il convient de lire les documents suivants :

1 BOONE (D.R.) : Naming a new procaryotic taxon (Help for naming new taxa). Disponible sur Internet : http://methanogens.pdx.edu/naming.html
2 BUCHANAN (R.E.) : Taxonomic notes: an aid to formation of bacterial names. Chemical terminology and microbiological nomenclature (reprint). International Journal of Systematic Bacteriology, 1994, 44, 588-590. Également disponible sur Internet : Chemical terminology and microbiological nomenclature.
3 EUZÉBY (J.P.) : Le latin dans la nomenclature bactérienne.
4 LAPAGE (S.P.), SNEATH (P.H.A.), LESSEL (E.F.), SKERMAN (V.B.D.), SEELIGER (H.P.R.) et CLARK (W.A.) : International code of nomenclature of bacteria (1990 Revision). American Society for Microbiology, Washington, D.C., 1992.
5 MacADOO (T.O.) : Nomenclatural literacy. In: M. GOODFELLOW and A.G. O'DONNELL (ed.), Handbook of new bacterial systematics, Academic Press, London, 1993, p. 339-358.
6 TRÜPER (H.G.) : Help! Latin! How to avoid the most common mistakes while giving Latin names to newly discovered prokaryotes. Également disponible sur Internet : Help! Latin! How to avoid the most common mistakes while giving Latin names to newly discovered prokaryotes.
7 TRÜPER (H.G.) : How to name a prokaryote? Etymological considerations, proposals and practical advice in prokaryote nomenclature. FEMS Microbiol. Rev., 1999, 23, 231-249.
8 TRÜPER (H.G.) : Etymology in nomenclature of procaryotes. In : D.R. BOONE and R.W. CASTENHOLZ (éd.), Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, second edition, vol. 1 (The Archaea and the deeply branching and phototrophic Bacteria), Springer-Verlag, New York, 2001, pp. 89-99.

Avant le 14 décembre 2000, tous les bactériologistes avaient le droit de corriger toutes les erreurs typographiques, grammaticales ou orthographiques et d'ajouter l'abréviation "corrig." (corrigendum) au nom du taxon. L'utilisation de l'abréviation "corrig." n'est pas obligatoire et une correction n'a de répercussion ni sur le nom des auteurs ni sur la date de publication.
Exemple : en 1989, Wakabayashi et al. ont proposé la nomenclature de Flavobacterium branchiophila. Cette nomenclature n'est pas correcte car le nom d'espèce qui est un adjectif doit s'accorder avec le nom de genre qui est un neutre. En 1990, Von Graevenitz a corrigé le nom d'espèce en branchiophilum et cette espèce peut être citée comme Flavobacterium branchiophilum corrig. Wakabayashi et al. 1989.

Les corrections orthographiques irritent les bactériologistes et il convient de ne pas en abuser. Aussi, Euzéby avait proposé d'interdire la correction des noms répertoriés dans les Approved Lists et Tindall avait proposé d'interdire la correction d'une nomenclature validement publiée depuis plus de 10 ans.
La "Judicial Commission" est allée au-delà de ces propositions et, depuis le 14 décembre 2000, il n'est plus possible d'effectuer une correction grammaticale ou orthographique lorsqu'un nom est cité dans les Approved Lists ou dans une liste de validation ou dans une liste de notification.
La première liste de notification a été publiée en juillet 1991 et elle cite les noms validement publiés dans le numéro de janvier 1991 de IJSB. Aussi, seuls peuvent faire l'objet d'une correction, les noms proposés dans un article publié dans IJSB entre le mois de janvier 1980 (inclus) et le mois d'octobre 1990 (inclus). Quelques exemples de noms dont la correction est ou non interdite figurent dans le fichier Grammatical or orthographical errors in List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature.

Même lorsqu'elles sont théoriquement permises, les corrections orthographiques, grammaticales ou typographiques ne devraient pas entraîner une modification de la première syllabe ou de la première lettre d'un nom ou d'une épithète.
Exemples :
. La nomenclature de Roseburia cecicola (publiée dans IJSB en 1983) devrait être corrigée en Roseburia caecicola (n. L. caecum intestinum (non cecum intestinum), diverticule du gros intestin ; n. L. incola, un habitant ; n. N.L. caecicola, un habitant du caecum). Toutefois, cette correction affecte la première syllabe et elle n'est pas souhaitable.
. La nomenclature de Actinopolyspora mortivallis (publiée dans IJSB en janvier 1991) devrait être corrigée en Actinopolyspora vallismortis (n. L. vallis (ou valles) -is, vallée, vallon ; n. L. mors mortis, mort ; n. gén. N.L. vallismortis, de la Vallée de la Mort). En effet, en latin, le déterminant est placé après un mot. Toutefois, cette proposition affecte, à la fois, la première lettre et la première syllabe et elle ne devrait pas être proposée.

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Publication d'un nouvelle nomenclature

La publication valide d'une nouvelle nomenclature, y compris celle d'une nouvelle combinaison, d'un "nom nouveau" ou d'un "nom remis en vigueur", doit être effectuée dans IJSB ou dans IJSEM, éventuellement par inscription dans une des listes de validation.

Les règles 27(2) et 27(3), modifiées en août 1999 par la "Judicial Commission", ainsi que l'appendice 7 du Code de Nomenclature rappellent les exigences nécessaires à une publication valide. De nouveaux paragraphes ont été ajoutés à la règle 27(2) afin de mettre en place un plan cohérent et standardisé ("protologue") pour la description d'un nouveau taxon (voir aussi la note 8).
Depuis le 1er septembre 2002, une nouvelle espèce, une nouvelle sous-espèce et une nouvelle combinaison ne peuvent être validement publiées que si les auteurs fournissent des certificats établis par au moins deux collections de cultures ouvertes aux bactériologistes et situées dans au moins deux pays différents. Ces certificats doivent attester du dépôt et de la disponibilité des souches types. Quelques rares dérogations à cette règle peuvent être accordées lorsque la culture est très délicate (bactéries barophiles obligatoires) et/ou lorsque la manipulation de la souche fait courir un danger certain au personnel (bactéries classées dans le groupe 3) si bien qu'il est impossible de trouver deux collections capables de conserver la souche.

. La nomenclature doit être conforme aux règles exposées dans le paragraphe ¤ "Les rangs hiérarchiques et leurs nomenclatures". La nomenclature type doit être indiquée et, pour une espèce ou une sous-espèce, les numéros de la souche type (déposée dans au moins deux collections différentes situées dans au moins deux pays différents) doivent être mentionnés.

. Le nom doit être clairement proposé comme une nouvelle nomenclature. Ce point est important car, en cas de doute, la nouvelle nomenclature n'est pas validée. Par exemple, en janvier 2000, Wasserfallen et al. ont proposé de transférer deux espèces du genre Methanobacterium dans le nouveau genre Methanothermobacter. Dans cette publication, les auteurs semblaient également proposer le transfert d'autres espèces du genre Methanobacterium. Toutefois, ces dernières propositions n'étaient pas clairement formulées et elles n'ont pas été incluses dans la liste de notification publiée dans le numéro de mars 2000 de IJSEM. Il a fallu attendre le mois de mai 2002 pour que l'intégralité des propositions formulées par Wasserfallen et al. soit validement publiée (pour de plus amples informations voir les fichiers Methanothermobacter et Methanobacterium in List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature).

Pour éviter toutes ambiguïtés, la citation d'un nouveau taxon doit être suivie d'une des mentions suivantes :

. Pour une nouvelle division également appelée phylum : diviso nov. (pour divisio nova) ou phyl. nov. (pour phylum novum). Rappelons toutefois que ce rang hiérarchique n'est pas reconnu par le Code de Nomenclature.

. Pour une nouvelle classe : class. nov (pour classis nova).

. Pour une nouvelle sous-classe : subclass. nov. (pour subclassis nova).

. Pour un nouvel ordre : ord. nov. (pour ordo novus).

. Pour un nouveau sous-ordre : subord. nov (pour subordo novus).

. Pour une nouvelle famille : fam. nov. (pour familia nova).

. Pour une nouvelle sous-famille : subfam. nov. (pour subfamilia nova).

. Pour un nouveau genre : gen. nov. (pour genus novum).

. Pour un nouveau sous-genre : subgen. nov. (pour subgenus novum).

. Pour une nouvelle espèce : sp. nov. (pour species nova).

. Pour une nouvelle sous-espèce : subsp. nov. (pour subspecies nova).

. Pour une nouvelle combinaison : comb. nov. (pour combinatio nova).

. Pour un "nom nouveau" : nom. nov. (pour nomen novum).

. Pour un "nom remis en vigueur, rétabli, ressuscité" : nom. rev. (pour nomen revictum).
L'abréviation "nom. rev." est placée après l'abréviation du rang hiérarchique (par exemple, gen. nov., nom. rev.) et elle peut être suivie de l'abréviation "emend." si la description du taxon a été modifiée (par exemple, gen. nov., nom. rev., emend.). Lorsque le "nom remis en vigueur" a le rang d'espèce ou de sous-espèce et qu'il est transféré dans une autre espèce ou dans une autre sous-espèce, l'abréviation "nom. rev." est suivie de l'abréviation "comb. nov.".
Exemples :
. Enterococcus (ex Thiercelin and Jouhaud 1903) Schleifer and Kilpper-Bälz 1984, gen. nov., nom. rev.
. Enterococcus avium (ex Nowlan and Deibel 1967) Collins et al. 1984, nom. rev., comb. nov. (ce taxon avait été primitivement décrit comme une espèce du genre Streptococcus, "Streptococcus avium").

. Depuis le 14 décembre 2000 [règle 27(2) b], l'étymologie d'un nouveau nom doit être obligatoirement donnée. De ce point de vue, on peut remarquer que la nomenclature de Anaplasma platys est illégitime car l'étymologie de platys n'est pas indiquée dans la publication validant cette nouvelle espèce.
Bien que ce ne soit pas une obligation, il est également préférable d'indiquer la place de l'accent tonique (voir annexe I) et de faire figurer les nouvelles nomenclatures proposées⁹ dans le titre de la publication.

. La description du taxon doit inclure les caractères permettant de le rattacher à un rang hiérarchique donné (par exemple, les caractères permettant de placer une espèce dans un genre donné) ainsi que les caractères permettant de le différencier des autres taxons placés dans le même rang hiérarchique (par exemple les caractères permettant de différencier une espèce des autres espèces du genre).
Si la description du taxon a déjà été effectuée dans une revue ou dans un ouvrage accessibles à la communauté scientifique, la simple citation de cette publication est considérée comme suffisante.
Lorsque le nouveau taxon est une espèce, le nombre de souches étudiées, la désignation de ces souches et le pourcentage de souches donnant une réponse positive ou négative pour tel ou tel test doivent être indiqués.
Lorsqu'un sous-comité de taxonomie a défini des recommandations minimales pour la description d'un nouveau taxon (voir le fichier Minimal standards for the description of new taxa in List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature), ces recommandations doivent être respectées. Par exemple, la description d'une nouvelle espèce au sein du genre Staphylococcus doit suivre les recommandations établies par le "sous-comité de taxonomie des staphylocoques et des streptocoques" (voir : Int. J. Syst. Bacteriol., 1999, 49, 489-502.), la description d'une nouvelle espèce au sein de la famille des Flavobacteriaceae doit suivre les recommandations établies par le "sous-comité de taxonomie des Flavobacterium and Cytophaga-like bacteria" (voir : Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2002, 52, 1049-1070.)...

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Conclusion

La méconnaissance des règles de nomenclature est à l'origine de prises de position erronées et elle peut conduire un taxonomiste a faire une proposition incorrecte dont la rectification est une source de confusions préjudiciable à l'ensemble de la communauté scientifique. Ainsi, il a fallu s'y reprendre à trois fois pour que le transfert de Eperythrozoon suis dans le genre Mycoplasma soit effectué de manière conforme aux règles du Code de Nomenclature (voir Eperytrozoon suis, "Candidatus Mycoplasma haemosuis", Mycoplasma haemosuis et Mycoplasma suis dans les fichiers Eperythrozoon, Candidatus et Mycoplasma in List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature).
Le Code de Nomenclature est parfois d'un maniement délicat mais de nombreux problèmes pourraient être évités si les taxonomistes s'intéressaient un peu plus à la nomenclature. Malheureusement, la nomenclature (du moins en France) est rarement enseignée aux futurs bactériologistes et les quelques notions données aux étudiants ou figurant dans des ouvrages sont parfois incorrectes voire même totalement fausses !

Les multiples modifications de la nomenclature bactérienne, dictées par l'évolution de la taxonomie, sont ressenties comme une gêne par certains cliniciens et bactériologistes. Toutefois, des bactéries autrefois confondues peuvent avoir un rôle pathogène très différent et, dans un but médical, il est indispensable de les différencier et de les nommer. L'utilisation d'une nomenclature correcte permet alors d'affiner un diagnostic et d'éviter tous risques d'erreurs.
Exemple :
Le taxon Treponema hyodysenteriae (ou Serpulina hyodysenteriae comb. nov. ou Brachyspira hyodysenteriae comb. nov.), tel qu'il avait été originellement décrit, regroupait des souches responsables de la dysenterie porcine et des souches peu ou pas pathogènes. Ultérieurement, ces dernières ont été placées dans une nouvelle espèce, Treponema innocens (Serpulina innocens comb. nov. ou Brachyspira innocens comb. nov.). Cette évolution taxonomique apporte des informations supplémentaires aux cliniciens pour lesquels l'isolement de Brachyspira hyodysenteriae n'a pas la même signification que l'isolement de Brachyspira innocens. De nos jours, quel vétérinaire spécialiste en pathologie porcine accepterait de travailler avec un laboratoire ne faisant pas la différence entre ces deux espèces ?

Pour éviter les ambiguïtés, les bactériologistes devraient informer régulièrement les cliniciens des changements intervenus dans la systématique bactérienne.
En ce qui concerne la médecine vétérinaire, la Revue de Médecine Vétérinaire a publié les principaux changements concernant les taxons d'intérêt vétérinaire décrits au cours des années 1990 à 2002. Depuis 1998 les informations susceptibles d'intéresser les vétérinaires sont disponibles sur Internet (voir : http://www.bacdico.net).

Il serait également souhaitable que les laboratoires de bactériologie indiquent entre parenthèses les anciennes nomenclatures tant qu'elles ne sont pas devenues familières aux cliniciens. Exemples : Rothia mucilaginosa (Stomatococcus mucilaginosus), Anaplasma phagocytophilum (Ehrlichia phagocytophila), Mycoplasma wenyonii (Eperythrozoon wenyonii), Tenacibaculum maritimum (Flexibacter maritimus)...

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Orientation bibliographique

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1 : Taxonomie versus taxinomie

Le mot taxonomie ou taxinomie est composé de deux éléments empruntés au grec : taxis = arrangement (et dans le domaine militaire un escadron) et nomos = usage, règlement.
D'une manière générale, la voyelle de liaison utilisée dans un mot composé est la lettre -o- lorsque le premier élément du mot dérive du grec. Toutefois, en grec classique, d'autres voyelles que le o sont également utilisées. Ainsi, peut-être pour éviter une confusion avec le nom taxos = if (arbre à fruits rouges de la famille des Taxaceae, Taxus baccata), les grecs utilisaient tax-i- et non tax-o- dans les mots composés formés sur le radical de taxis (tax-) Par exemple, taxiarchos = le commandant (archos) d'un escadron (taxis) de 128 hommes.

Le nom taxonomie (proposé par Candolle en 1818) et le nom taxinomie (correction proposée par Littré) n'existent pas en grec et ce sont donc des néologismes. En français, il n'existe aucun risque de confusion avec l'if si bien que les deux formes peuvent être admises : taxinomie si on veut respecter l'usage grec ou taxonomie si on se plie à la règle courante de la formation des noms composés dérivés du grec.

Il est intéressant de remarquer que ni taxonomie ni taxinomie ne figurent dans la 8ème édition du Dictionnaire de l'Académie française (1932-1935). La 9ème édition est en cours de publication mais, à la date du 17 décembre 2005, elle s'arrête au mot "onglette". Il est donc impossible de connaître la position de l'Académie. Retiendra-t-elle taxonomie, taxinomie, les deux noms ou, ce qui serait surprenant, aucun des deux ?
Le Dictionnaire de l'Académie française est à la langue française ce que la nomenclature correcte (telle qu'elle est definie par le Code de Nomenclature) est à la bactériologie. Actuellement, la majorité des systématiciens utilise taxinomie mais, tant que l'Académie française n'aura pas tranché, il est impossible d'imposer l'usage de ce nom de préférence à celui de taxonomie.

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2 : IJSB et IJSEM

Le 01 janvier 1966, International Journal of Systematic Bacteriology (Int. J. Syst. Bacteriol., IJSB) a remplacé International Bulletin of Bacterial Nomenclature and Taxonomy (créé le 01 janvier 1951). Puis, à compter du 01 janvier 2000, International Journal of Systematic Bacteriology a changé de nom pour devenir International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology (Int. J. Syst. Evol. Microbiol., IJSEM).
Ce changement de nom n'affecte pas le statut du journal et International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology demeure la publication officielle de l'International Committee on Systematics of Prokaryotes (ICSP) et de sa "Judicial Commission".
IJSEM paraît tous les deux mois et, afin d'augmenter sa diffusion, cette revue publie également des articles concernant les micro-organismes eucaryotes (levures, algues, protozoaires).
IJSEM peut être consulté sur le réseau Internet (http://ijs.sgmjournals.org/).

Pour des renseignements complémentaires voir les entrées International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology (IJSEM) et International Journal of Systematic Bacteriology (IJSB) in Glossaire de nomenclature bactérienne.

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3 : Synonymes

. Deux taxons sont des synonymes homotypiques (anciennement appelés synonymes objectifs ou "objective synonyms") lorsqu'ils possèdent la même nomenclature type.
. Deux taxons sont des synonymes hétérotypiques (anciennement appelés synonymes subjectifs ou "subjective synonyms") lorsqu'ils possèdent une nomenclature type différente mais qu'ils sont considérés comme un même taxon.
. Le synonyme ayant priorité est qualifié de synonyme antérieur ("earlier synonym"), l'autre est qualifié de synonyme ultérieur ("later synonym").

Exemples :
. Rhodococcus equi et Corynebacterium equi ont la même souche type et sont des synonymes homotypiques.
. Acetivibrio cellulosolvens et Acetivibrio cellulolyticus n'ont pas la même souche type mais ils sont considérés comme un unique taxon et ils sont des synonymes hétérotypiques.
. Acetivibrio cellulosolvens a été validement publié en 1984 et Acetivibrio cellulolyticus en 1980 si bien que Acetivibrio cellulolyticus est le synonyme antérieur de Acetivibrio cellulosolvens.

Voir aussi l'entrée Synonyme in Glossaire de nomenclature bactérienne.

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4 : Utilisation de l'anglais

Autant il est légitime d'avoir une description qui puisse être comprise par un grand nombre de bactériologistes autant le choix exclusif de la langue anglaise peut paraître regrettable. Tant qu'à suggérer l'utilisation d'une langue, l'auteur de ce fichier aurait préféré que le choix se porte sur une langue culturellement et politiquement plus neutre comme le latin. L'utilisation du latin est d'ailleurs prévue par le "Code International de Nomenclature Botanique" qui, depuis le 01 janvier 1935, exige que la publication d'un nouveau nom soit accompagnée d'une description latine du taxon.

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5 : L'apposition

De manière schématique, en grammaire, une apposition est un procédé par lequel deux termes (mots ou groupe de mots), dans la même construction grammaticale, sont juxtaposés de telle manière que le deuxième terme vienne compléter le sens du premier : Lune, astre des nuits.... ; Cicéron, orateur romain ... ; Attila, le fléau de Dieu ...
En bactériologie, l'utilisation de l'apposition n'est autorisée que si le résultat a un sens.
Exemples :
Desulfovibrio gigas signifie Desulfovibrio dictus gigas ce qui peut se traduire comme "Desulfovibrio dit ou appelé le géant" ce qui est compréhensible en raison de la grande taille de cette bactérie.
En revanche, pour Staphylococcus vitulus l'apposition n'a aucun sens car elle signifierait "staphylocoque dit ou appelé le veau" (Staphylococcus dictus vitulus) aussi, cette nomenclature a été corrigée en Staphylococcus vitulinus (adjectif masculin latin vitulinus signifiant de veau, relatif au veau).

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6 : Collections de cultures bactériennes

Contrairement à ce qui est parfois écrit, une souche type n'est pas généralement (sic) déposée à l'ATCC !!!

Les auteurs sont libres de déposer les souches types dans les collections de leurs choix dans la mesure où ces collections sont reconnues au plan international et dans la mesure où elles consentent à distribuer (le plus souvent à titre onéreux) les souches types.

Le dépôt de souches présentant un risque d'infection pour l'homme, notamment les souches du groupe 3 (voir le fichier Classification des bactéries en fonction du risque d'infection pour l'homme), n'est actuellement accepté que par deux collections (ATCC et NCTC). La distribution de ces souches est, bien sûr, soumise à conditions. Par exemple, les souches ATCC présentant un risque de niveau 3 sont distribuées par un organisme américain (le "Biodefense & Emerging Infections Research Resources Repository") créé par le "National Institute of Allergy and Infectious Diseases". Un scientifique non américain aura certainement beaucoup de mal à obtenir de telles souches !

Même pour des souches totalement dépourvues de pouvoir pathogène ou d'intérêt industriel, la politique actuelle de l'ATCC constitue un frein à la libre circulation des souches (voir sur le site de l'ATCC le fichier Material Transfer Agreement). Un bactériologiste déposant une souche à l'ATCC doit être conscient du fait que la souche ne pourra pas être librement distribuée à l'ensemble de la communauté scientifique!!!
Voir : TINDALL (B.J.) : The global microbial resource centres changes policy on microorganism distibution. FEMS Circular, n° 55 (January 2004), 3-4.

Une liste des collections bactériennes est donnée dans le fichier Culture collections of prokaryotes in List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature.
Les collections présentes sur Internet sont listées dans le fichier Links in List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature.

Pour des informations complémentaires voir l'entrée ¤ "Collections de cultures" in ¤ "Glossaire de nomenclature bactérienne".

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7 : Pour la définition d'une genomospecies voir les fichiers Introduction à la taxonomie des procaryotes et Définitions d'une genomospecies et d'une espèce bactérienne.

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8 : "Protologue" ou plan standardisé pour la description d'un nouveau taxon

En 1999, Brian Tindall a proposé de standardiser la description d'un nouveau taxon (voir Int. J. Syst. Bacteriol., 1999, 49, 1309-1312).

Lors de sa réunion du 14 août 1999, la "Judicial Commission" a approuvé cette proposition et plusieurs paragraphes ont été ajoutés à la règle 27(2) :
. Paragraphe a : La proposition d'un nouveau nom ou d'une nouvelle combinaison doit être clairement annoncée et indiquée par l'abréviation appropriée (fam. nov., gen. nov., sp. nov., comb. nov. ...).
. Paragraphe b : L'étymologie d'un nouveau nom (et si nécessaire d'une nouvelle combinaison) doit être donnée.
. Paragraphe c : La description du taxon doit figurer après la proposition du nouveau nom et de l'étymologie. Elle peut inclure une référence à un tableau ou à une illustration figurant dans le même article ou elle peut renvoyer à une autre publication.
. Paragraphe d : Lors d'un renvoi à une publication précédente celle-ci doit être facilement accessible.

L'utilisation d'un plan standardisé est applicable à compter du 14 décembre 2000, date de publication du numéro de IJSEM contenant les comptes rendus des réunions de la "Judicial Commission" tenues à Sydney en août 1999 (voir Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2000, 50, 2239-2244).

Voir aussi l'entrée Plan standardisé pour la description d'un nouveau taxon in Glossaire de nomenclature bactérienne.

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9 : Exemples de titres d'articles respectant ou non les recommandations de l'appendice 7

Le titre de l'article de Imhoff et al. 1998 a l'avantage d'annoncer clairement les changements de nomenclature proposés dans la publication : Reclassification of species of the spiral-shaped phototrophic purple non-sulfur bacteria of the a-Proteobacteria: description of the new genera Phaeospirillum gen. nov., Rhodovibrio gen. nov., Rhodothalassium gen. nov. and Roseospira gen. nov. as well as transfer of Rhodospirillum fulvum to Phaeospirillum fulvum comb. nov., of Rhodospirillum molischianum to Phaeospirillum molischianum comb. nov., of Rhodospirillum salinarum to Rhodovibrio salinarum comb. nov., of Rhodospirillum sodomense to Rhodovibrio sodomensis comb. nov., of Rhodospirillum salexigens to Rhodothalassium salexigens comb. nov. and of Rhodospirillum mediosalinum to Roseospira mediosalina comb. nov. Int. J. Syst. Bacteriol., 1998, 48, 793-798.

Inversement le titre de l'article de Kasai et al. 2000 (Intrageneric relationships among Micromonospora species deduced from gyrB-based phylogeny and DNA relatedness. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2000, 50, 127-134.) ne laisse pas présager des nombreuses modifications proposées par les auteurs :
. modification de la description de Micromonospora echinospora ;
. description de deux nouvelles combinaisons : Micromonospora pallida ("basonyme" : Micromonospora echinospora subsp. pallida) et Micromonospora nigra ("basonyme" : Micromonospora halophytica subsp. nigra) ;
. synonymie de Micromonospora rhodorangea, de Micromonospora echinospora subsp. ferruginea et de Micromonospora echinospora ;
. abolition des deux sous-espèces de Micromonospora carbonacea ;
. abolition des deux sous-espèces de Micromonospora halophytica.

Le titre de la publication de Stackebrandt, Rainey et Ward-Rainey ("Proposal for a new hierarchic classification system, Actinobacteria classis nov.") ne cite pas les modifications et nouveautés proposées, mais celles-ci sont tellement nombreuses qu'il était pratiquement impossible de respecter les recommandations de l'appendice 7. Pour plus d'informations, voir le fichier Actinobacteria.

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