J.P. Euzéby : Dictionnaire de Bactériologie Vétérinaire |
Dernière mise à jour le 19 mars 2005
Nomenclature des salmonelles
Ce fichier est également disponible en anglais (Salmonella nomenclature).
Voir aussi le fichier Antigenic formulas of the Salmonella serovars (Kauffmann-White scheme)
Sommaire :
. Introduction
. Le genre Salmonella et les Approved Lists of Bacterial Names
. Les homologies ADN - ADN et leurs conséquences sur la nomenclature
. La requête de Le Minor et Popoff (1987)
. Désignation d'une nouvelle espèce au sein du genre Salmonella
. Avis de la "Commission Judiciaire"
. La requête de Euzéby (1999)
. Les demandes de dérogations de Ezaki et al. (2000)
. La requête de Yabuuchi et Ezaki (2000)
. L'Opinion Judiciaire N° 80
. Le Commentaire sur l'Opinion 80
. Salmonella subterranea
. Désignation des sérovars
. En pratique
. Orientation bibliographique
La nomenclature des salmonelles est particulièrement complexe car elle a fait l'objet de controverses et de confusions liées, principalement, à un avis de la "Commission Judiciaire" (pour des informations sur la "Commission Judiciaire", voir l'entrée ¤ "Commission Judiciaire" in ¤ "Glossaire de nomenclature bactérienne").
Tous les bactériologistes et, à plus forte raison les praticiens, ne sont pas des spécialistes de la nomenclature bactérienne et il nous a paru utile de faire un point rapide et aussi clair que possible en exposant les faits dans l'ordre chronologique.
Pour éviter des difficultés de compréhension, certains aspects ont été simplifiés et ne sont pas d'une exactitude parfaite. Nous espérons que les spécialistes voudront bien pardonner ces imprécisions.
De même, afin de faciliter la lecture de ce fichier, les nomenclatures sont citées sous une forme simplifiée (sans nom d'auteurs et sans date de publication). Toutefois, la citation correcte des taxons est donnée dans le fichier Salmonella in List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature.
Le genre Salmonella et les Approved Lists of Bacterial Names
Le genre Salmonella est l'un des genres de la famille des Enterobacteriaceae et les Approved Lists of Bacterial Names considèrent que cinq espèces ont un statut dans la nomenclature : Salmonella arizonae, Salmonella choleraesuis (espèce type du genre), Salmonella enteritidis, Salmonella typhi et Salmonella typhimurium.
Pour des informations sur les listes approuvées des noms bactériens, voir l'entrée ¤ "Listes Approuvées des Noms Bactériens (Approved Lists of Bacterial Names)" in ¤ "Glossaire de nomenclature bactérienne".
Les homologies ADN - ADN et leurs conséquences sur la nomenclature
Depuis la parution de ces listes, les hybridations ADN-ADN ont démontré que toutes les souches de salmonelles appartenaient à une seule genomospecies* appelée Salmonella choleraesuis. Ce nom d'espèce a été retenu parce que c'est celui de l'espèce type du genre Salmonella. Les cinq espèces citées dans les Approved Lists appartiennent donc à cette unique genomospecies.
Au sein de cette genomospecies, les pourcentages d'homologies ADN-ADN permettent de reconnaître 7 sous-groupes. Tous ces sous-groupes sont identifiables par leurs caractères phénotypiques et Le Minor et al. (1982, 1986) proposent de reconnaître sept sous-espèces au sein de l'espèce Salmonella choleraesuis : Salmonella choleraesuis subsp. arizonae, Salmonella choleraesuis subsp. bongori, Salmonella choleraesuis subsp. choleraesuis, Salmonella choleraesuis subsp. diarizonae, Salmonella choleraesuis subsp. houtenae, Salmonella choleraesuis subsp. indica et Salmonella choleraesuis subsp. salamae.
Tous ces noms ont fait l'objet d'une publication valide et ont un statut dans la nomenclature.
Suite à la publication valide de ces nomenclatures et en accord avec les données scientifiques, le genre Salmonella ne comprenait donc qu'une unique espèce, Salmonella choleraesuis, elle-même subdivisée en sept sous-espèces dont l'une, Salmonella choleraesuis subsp. arizonae, est la "nouvelle combinaison" (combinatio nova) utilisée pour désigner Salmonella arizonae. Pour des informations complémentaires sur les nouvelles combinaisons, voir l'entrée ¤ "Nouvelle combinaison in ¤ "Glossaire de nomenclature bactérienne".
Les homologies ADN-ADN montrent que Salmonella enteritidis, Salmonella typhi et Salmonella typhimurium (espèces citées dans les Approved Lists) appartiennent à la sous-espèce Salmonella choleraesuis subsp. choleraesuis.
Toutefois, comme il n'existe pas de taxonomie officielle des bactéries, un microbiologiste peut utiliser les nomenclatures citées dans les Approved Lists, même si elles ne reflètent pas la réalité scientifique.
La requête de Le Minor et Popoff (1987)
La nomenclature de Salmonella choleraesuis peut prêter à confusion car l'épithète spécifique, choleraesuis, est également le nom d'un sérovar (voir le chapitre ¤ "Désignation des sérovars").
Afin de respecter la réalité scientifique et pour résoudre la difficulté liée à la terminologie de choleraesuis, Le Minor et Popoff ont publié une demande de dérogation ou "Request for an Opinion". Pour des informations sur les demandes de dérogation, voir l'entrée ¤ "Requête auprès de la Commission Judiciaire" in ¤ "Glossaire de nomenclature bactérienne".
Dans leur requête, publiée dans le numéro d'octobre 1987 de International Journal of Systematic Bacteriology, Le Minor et Popoff font les propositions suivantes :
1) Le genre Salmonella ne comprend qu'une unique espèce, Salmonella enterica.
L'épithète enterica a été choisie car aucun sérovar ne porte ce nom.
2) Cette unique espèce est divisée en sept sous-espèces : Salmonella enterica subsp. arizonae, Salmonella enterica subsp. bongori, Salmonella enterica subsp. diarizonae, Salmonella enterica subsp. enterica, Salmonella enterica subsp. houtenae, Salmonella enterica subsp. indica et Salmonella enterica subsp. salamae.
Les espèces Salmonella enteritidis, Salmonella typhi et Salmonella typhimurium (citées dans les Approved Lists) sont des synonymes hétérotypiques de Salmonella enterica subsp. enterica ce qui revient à en faire des sérovars.
3) La souche type de Salmonella enterica est la souche LT2 (une des souches de référence de l'espèce Salmonella typhimurium).
Désignation d'une nouvelle espèce au sein du genre Salmonella
En 1989, Reeves et al. élèvent la sous-espèce Salmonella choleraesuis subsp. bongori au rang d'espèce, Salmonella bongori. Cette nomenclature, validement publiée, ne pose pas de problèmes particuliers. Elle a pour conséquence d'amputer l'espèce Salmonella enterica (ou Salmonella choleraesuis) de l'une de ses sous-espèces.
Avis de la "Commission Judiciaire"
Les propositions de Le Minor et Popoff, logiques et scientifiquement justifiées, avaient reçu l'approbation unanime du Sous-Comité de Taxonomie des Enterobacteriaceae. Pourtant, sept ans après leur publication (!), elles ont été rejetées par la "Commission Judiciaire".
La raison de ce refus est double.
1) La première raison est liée au statut de la bactérie responsable de la fièvre typhoïde qui est une infection grave chez l'homme. En effet, les propositions de Le Minor et Popoff conduisaient à faire de l'agent de la fièvre typhoïde un sérovar (Salmonella enterica subsp. enterica sérovar Typhi) et non une espèce (Salmonella typhi). Les membres de la "Commission Judiciaire" ont estimé que cette modification risquait de créer une confusion dans l'esprit des médecins et des responsables de la Santé Publique.
2) La publication de Le Minor et Popoff proposait non seulement des modifications de nomenclature mais aussi des changements taxonomiques. Or, la "Commission Judiciaire" ne peut se prononcer que sur la nomenclature.
La "Commission Judiciaire" a rejeté l'ensemble des propositions de Le Minor et Popoff et, de ce fait, les nomenclatures de Salmonella enterica, Salmonella enterica subsp. arizonae, Salmonella enterica subsp. diarizonae, Salmonella enterica subsp. enterica, Salmonella enterica subsp. houtenae, Salmonella enterica subsp. indica et Salmonella enterica subsp. salamae, même si elles étaient très fréquemment utilisées, n'avaient pas de statut dans la nomenclature.
Dans leur avis, les membres de la "Commission Judiciaire" souhaitaient qu'on leur soumette une nouvelle proposition. Aussi, en 1999, Euzéby a rédigé une nouvelle demande de dérogation en reprenant, dans leurs grandes lignes, les propositions de Le Minor et Popoff.
Cet auteur propose que l'espèce type du genre Salmonella soit Salmonella enterica et il propose que la souche type de cette espèce soit la souche type de Salmonella choleraesuis (la souche ATCC 13312 = CIP 55.133 = DSM 14846 = JCM 1651 = NCTC 5735).
La proposition de Reeves et al. (élévation de la sous-espèce bongori au rang d'espèce) est largement acceptée. Aussi, dans la requête de Euzéby, l'espèce Salmonella enterica est divisée en six sous-espèces : Salmonella enterica subsp. arizonae, Salmonella enterica subsp. diarizonae, Salmonella enterica subsp. enterica, Salmonella enterica subsp. houtenae, Salmonella enterica subsp. indica et Salmonella enterica subsp. salamae.
De plus, pour éviter toutes confusions, Euzéby demande l'inscription de Salmonella typhi sur la liste des "noms des espèces devant être conservés"** et l'inscription de Salmonella choleraesuis sur la liste des "noms des espèces devant être rejetés"**.
Les demandes de dérogations de Ezaki et al. (2000)
Deux nouvelles demandes de dérogations, rédigées par Ezaki et al., ont été publiées dans le numéro de mars 2000 de la revue International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology.
Ces demandes se basent sur le respect du Code de Nomenclature et reconnaissent, au moins implicitement, le bien fondé de la nomenclature Salmonella choleraesuis.
Ces deux requêtes s'appuient sur la règle 56a(5) du Code de Nomenclature qui spécifie que la "Commission Judiciaire" peut inscrire le nom d'un taxon sur la liste des "noms des espèces devant être conservés" lorsqu'un changement de nomenclature peut être à l'origine d'une confusion susceptible d'avoir des conséquences néfastes pour la santé publique ou pour l'économie.
Dans leur premier article, Ezaki et al. proposent d'élever le sérovar Salmonella choleraesuis subsp. choleraesuis serovar Paratyphi A au rang d'espèce, Salmonella paratyphi, et ces auteurs demandent à la "Commission Judiciaire de placer cette nomenclature sur la liste des "noms des espèces devant être conservés".
Cette proposition ne repose pas sur des bases scientifiques et les auteurs admettent que les souches de Salmonella choleraesuis subsp. choleraesuis serovar Paratyphi A appartiennent à la sous-espèce Salmonella choleraesuis subsp. choleraesuis. Toutefois, comme ce sérovar est à l'origine d'infections graves chez l'homme (les fièvres paratyphoïdes), les auteurs estiment qu'il est nécessaire d'en faire une espèce et d'inscrire cette nouvelle nomenclature sur la liste des "noms des espèces devant être conservés".
La seconde requête préconise le maintien formel des espèces Salmonella typhi, Salmonella enteritidis et Salmonella typhimurium ce qui est conforme aux règles de nomenclature.
Ces bactéries étant à l'origine d'infections humaines graves (fièvre typhoïde pour Salmonella typhi et toxi-infections alimentaires pour Salmonella enteritidis et Salmonella typhimurium) et/ou d'infections animales fréquentes et importantes (Salmonella enteritidis et Salmonella typhimurium), les auteurs demandent l'inscription de ces épithètes sur la liste des "noms des espèces devant être conservés". Le but est d'éviter d'en faire de simples sérovars.
La requête de Yabuuchi et Ezaki (2000)
Dans une "note taxonomique", publiée dans le numéro de juillet 2000 de International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Yabuuchi et Ezaki demandent à la "Commission Judiciaire" de rejeter clairement la nomenclature de Salmonella enterica et de conserver la nomenclature de Salmonella choleraesuis.
Pour éviter une confusion entre le nom d'espèce choleraesuis et le nom du sérovar Choleraesuis, ces auteurs proposent de désigner ce dernier sous la nomenclature de Hogcholera.
Comme les noms des sérovars ne sont pas soumis aux règles du Code de Nomenclature, un bactériologiste a toujours la possibilité de désigner ce sérovar soit sous le nom de Choleraesuis soit sous le nom de Hogcholera.
Le 29 et le 30 juillet 2002, la "Commission Judiciaire" a examiné la demande de Euzéby, les deux requêtes de Ezaki et al. et la demande de Yabuuchi et Ezaki. La "Commission Judiciaire" a également réexaminé les propositions de Le Minor et Popoff.
Après des débats longs, passionnés et parfois houleux, la "Commission Judiciaire" a adopté l'Opinion Judiciaire N° 80 et a pris les décisions suivantes :
1) Salmonella enterica devient l'espèce type du genre Salmonella.
2) L'épithète enterica in Salmonella enterica est placée sur la listes des "noms devant être conservés".
3) La souche type de Salmonella enterica est la souche LT2 (= ATCC 43971 = CIP 60.62 = NCIMB 11450 = NCTC 12416).
4) Les nouvelles sous-espèces et les nouvelles combinaisons, proposées par Le Minor et Popoff, sont considérées comme validement publiées. Les dates de publication et les noms d'auteurs attachés à ces nomenclatures sont ceux proposés par Le Minor et Popoff en 1987.
5) Les nomenclatures de Salmonella choleraesuis, Salmonella enteritidis, Salmonella paratyphi, Salmonella typhi et Salmonella typhimurium ne doivent pas être placées sur la liste des "noms devant être conservés".
6) La nomenclature Salmonella choleraesuis ne doit pas être inscrite sur la liste des "noms devant être rejetés".
La publication de l'Opinion 80 montre également que la "Commission Judiciaire" n'a pas approuvé les deux requêtes de Ezaki et al. et la requête de Yabuuchi et Ezaki.
Le Commentaire sur l'Opinion 80
Comme toutes les Opinions Judiciaires, l'Opinion 80 ne se prononce que sur la nomenclature et n'envisage pas les conséquences taxonomiques.
La "Commission Judiciaire" n'a pas rejeté l'épithète choleraesuis in Salmonella choleraesuis ce qui est à l'origine de quelques difficultés. Le principal problème, lié à la publication de l'Opinion 80, est que deux systèmes de nomenclature peuvent être utilisés pour les salmonelles : soit l'ancien système (utilisation des nomenclatures validement publiées avant la parution de l'Opinion 80) soit un nouveau système résultant des décisions de la "Commission Judiciaire".
Afin d'aider les bactériologistes, la "Commission Judiciaire" a demandé à quelques-uns de ses membres d'écrire un commentaire envisageant toutes les conséquences découlant de l'Opinion 80. Dans ce commentaire, paru en janvier 2005, Tindall et al. fournissent une liste des noms qui devraient être utilisés par les bactériologistes acceptant (i) les nouvelles nomenclatures et (ii) les interprétations taxonomiques de Le Minor et Popoff et de Reeves et al.
Cette liste est la suivante:
. Salmonella bongori (synonymes homotypiques Salmonella enterica subsp. bongori et Salmonella choleraesuis subsp. bongori).
. Salmonella enterica (synonyme hétérotypique Salmonella choleraesuis).
. Salmonella enterica subsp. arizonae (synonymes homotypiques Salmonella arizonae et Salmonella choleraesuis subsp. arizonae).
. Salmonella enterica subsp. diarizonae (synonyme homotypique Salmonella choleraesuis subsp. diarizonae).
. Salmonella enterica subsp. enterica (synonymes hétérotypiques Salmonella choleraesuis subsp. choeraesuis, Salmonella enteritidis, Salmonella paratyphi, Salmonella typhi et Salmonella typhimurium).
. Salmonella enterica subsp. houtenae (synonyme homotypique Salmonella choleraesuis subsp. houtenae).
. Salmonella enterica subsp. indica (synonyme homotypique Salmonella choleraesuis subsp. indica).
. Salmonella enterica subsp. salamae (synonyme homotypique Salmonella choleraesuis subsp. salamae).
Pour des informations sur les synonymes homotypiques et hétérotypiques, voir l'entrée ¤ "Synonyme" in ¤ "Glossaire de nomenclature bactérienne".
En mai 2004, Shelobolina et al. ont proposé la nomenclature de Salmonella subterranea pour une souche bactérienne isolée d'un sédiment acide et contaminé par des nitrates et de l'uranium. L'analyse de l'ADNr 16S montre que cette souche présente 96,4 p. cent d'homologie avec Salmonella bongori et 96,3 p. cent d'homologie avec Enterobacter cloacae.
Le nomenclature de Salmonella subterranea a été validement publiée le 18 mars 2004 par inscription sur la liste de validation 102.
Désignation des sérovars
Voir aussi Popoff et Le Minor 1997.
Au sein de chacune des sous-espèces de Salmonella enterica (Salmonella choleraesuis) et au sein de l'espèce Salmonella bongori, il est possible de distinguer des sérovars caractérisés par leurs antigènes somatiques (antigènes O), par leurs antigènes flagellaires (antigènes H) et, éventuellement, par leur antigène Vi (pour virulence). Conformément aux recommandations du Code de Nomenclature des Bactéries nous utilisons le terme de "sérovar" de préférence à celui de "sérotype".
En bactériologie, les sérovars d'une espèce ou d'une sous-espèce bactérienne sont habituellement désignés par leurs formules antigéniques. Les sérovars de la sous-espèce Salmonella enterica subsp. enterica (Salmonella choleraesuis subsp. choleraesuis) font exception à cette coutume et ils portent un nom.
Initialement, ces noms avaient été proposés par Kauffmann qui considérait que chaque sérovar était une espèce et, pour cette raison, ils étaient écrits en italique.
Les noms des sérovars reflètent soit un syndrome ou une maladie (typhi, abortus-equi, abortus-ovis, bovis-mortificans...) soit un hôte de prédilection (gallinarum-pullorum...) soit l'origine géographique de la première souche isolée (panama, london, paris, tel-el-kebir...). Actuellement, la désignation des nouveaux sérovars est effectuée exclusivement en fonction de l'origine géographique.
Au Neuvième Congrès International de Microbiologie (Moscou, 1966), il a été décidé de condenser les noms composés aussi, on doit actuellement écrire abortusovis, abortusequi, telelkebir... En ce qui concerne le sérovar gallinarumpullorum, on peut noter que l'édition 1997 de l'ouvrage "Formules antigéniques des sérovars de Salmonella" le désigne simplement par l'appellation gallinarum.
Pour éviter toutes confusions, entre la dénomination des espèces et la dénomination des sérovars, Le Minor et Popoff (1987) ont proposé de ne plus considérer les noms des sérovars comme des noms latins, de les écrire avec une majuscule et de les écrire en caractères romains [par exemple, Salmonella choleraesuis subsp. choleraesuis sérovar (ou sér.) Abortusovis].
Dans la pratique courante, afin de simplifier la nomenclature, Le Minor et Popoff proposent également de désigner les sérovars sous une forme abrégée : Salmonella Abortusovis (ou Salmonella sérovar Abortusovis ou Salmonella sér. Abortusovis), Salmonella Virchow, etc. dont les noms complets seraient Salmonella enterica subsp. enterica sérovar Abortusovis (Salmonella choleraesuis subsp. choleraesuis sérovar Abortusovis), Salmonella enterica subsp. enterica sérovar Virchow (Salmonella choleraesuis subsp. choleraesuis sérovar Virchow), etc.
L'absence de mention de la sous-espèce ne peut pas être une source de confusion car seuls les sérovars de la sous-espèce Salmonella enterica subsp. enterica (Salmonella choleraesuis subsp. choleraesuis) portent un nom.
Il convient également de remarquer que l'utilisation de la nomenclature abrégée interdit l'abréviation du nom de genre (Salmonella = S.) car l'abréviation d'un nom de genre n'est autorisée que si elle est suivie d'un nom d'espèce.
La nomenclature des rangs hiérarchiques inférieurs à la sous-espèce n'est pas réglementée par le "Code de Nomenclature des Bactéries" aussi, un auteur n'est pas obligé de suivre les recommandations de Le Minor et Popoff. Toutefois, la très grande majorité des scientifiques suit ces règles.
Une liste des sérovars et de leurs formules antigéniques est disponible sur Internet (Patrick A.D. Grimont & François-Xavier Weill, ANTIGENIC FORMULAE OF THE SALMONELLA SEROVARS, 2007, 9th edition).
Désignation des espèces et des sous-espèces
Tout d'abord, il est important de remarquer que tous les noms validement publiés (voir le fichier Salmonella in List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature) peuvent être utilisés par les bactériologistes, même s'ils ne sont pas cités dans les deux listes présentées ci-dessous. Toutefois, les nomenclatures de Salmonella arizonae, Salmonella choleraesuis subsp. bongori et Salmonella enterica subsp. bongori ne sont guère employées.
En pratique, un bactériologiste doit choisir entre l'ancien et le nouveau système de nomenclature.
L'ancien système (nomenclatures validement publiées avant la publication de l'Opinion 80) était déjà de moins en moins utilisé et il est probable qu'il tombera peu à peu en désuétude.
Le nouveau système (utilisation des nomenclatures validement publiées par l'opinion 80, couplée à l'interprétation taxonomique de Le Minor et Popoff 1987 et à l'interprétation taxonomique de Reeves et al. 1989) est employé par un nombre toujours croissant de bactériologistes. À la lecture de l'article de Tindall et al. 2005, il apparaît clairement que la "Commission Judiciaire" recommande l'utilisation du nouveau système.
En revanche, un bactériologiste ne devra pas mélanger les nomenclatures issues des deux systèmes. Par exemple, même si ce n'est pas interdit, il serait peu judicieux d'utiliser dans une même publication les nomenclatures de Salmonella choleraesuis subsp. indica (ancien système) et de Salmonella enterica subsp. houtenae (nouveau système).
Dans l'ancien système, un bactériologiste utilisera les nomenclatures suivantes :
. Salmonella bongori.
. Salmonella choleraesuis.
. Salmonella choleraesuis subsp. arizonae.
. Salmonella choleraesuis subsp. choleraesuis.
. Salmonella choleraesuis subsp. diarizonae.
. Salmonella choleraesuis subsp. houtenae.
. Salmonella choleraesuis subsp. indica.
. Salmonella choleraesuis subsp. salamae.
. Salmonella enteritidis.
. Salmonella paratyphi.
. Salmonella subterranea.
. Salmonella typhi.
. Salmonella typhimurium.
Dans le nouveau système un bactériologiste emploiera les nomenclatures citées ci-dessous :
. Salmonella bongori.
. Salmonella enterica.
. Salmonella enterica subsp. arizonae.
. Salmonella enterica subsp. diarizonae.
. Salmonella enterica subsp. enterica.
. Salmonella enterica subsp. houtenae.
. Salmonella enterica subsp. indica.
. Salmonella enterica subsp. salamae.
. Salmonella subterranea.
Un bactériologiste, adepte du nouveau système, considérera que Salmonella enteritidis, Salmonella paratyphi, Salmonella typhimurium et Salmonella typhi sont des synonymes hétérotypiques de Salmonella enterica subsp. enterica. Il emploiera les épithètes enteritidis (enteritidis, Enteritidis), paratyphi (paratyphi, Paratyphi), typhi (typhi, Typhi) et typhimurium (typhimurium, Typhimurium) uniquement pour désigner des sérovars.
Désignation des sérovars de la sous-espèce Salmonella enterica subsp. enterica (Salmonella choleraesuis subsp. choleraesuis)
La dénomination des sérovars n'est pas réglementée mais il est conseillé de les écrire sous la forme suivante : Salmonella London [pour Salmonella enterica subsp. enterica sérovar London (Salmonella choleraesuis subsp. choleraesuis sérovar London)], Salmonella Derby, Salmonella Montevideo...
Cette nomenclature abrégée est utilisée par le "Centre Collaborateur OMS de Référence et de Recherche pour les Salmonella", par l' "Agence Française de Sécurité Sanitaire des Aliments (AFSSA)", par les "Centers for Disease Control and Prevention" d'Atlanta... Toutefois, d'autres centres de référence spécialisés dans l'étude des salmonelles continuent à utiliser l'ancienne nomenclature (Salmonella london, Salmonella derby, Salmonella montevideo...) (Farmer III, 1999).
Synthèses
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FARMER III (J.J.): Enterobacteriaceae: introduction and identification. In: P.R. MURRAY, E.J. BARON, M.A. PFALLER, F.C. TENOVER et R.H. YOLKEN (ed.) : Manual of Clinical Microbiology, 7th edition, ASM Press, Washington, D.C., 1999, pp. 442-458.
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TINDALL (B.J.), GRIMONT (P.A.D.), GARRITY (G.M.) et EUZEBY (J.P.) : Nomenclature and taxonomy of the genus Salmonella. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2005, 55, 521-524.
Autres publications
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AVIS JURIDIQUE IMPORTANT : Les informations qui figurent sur ce site sont soumises à une clause de non responsabilité et sont protégées par un copyright.
* : Pour la définition d'une genomospecies voir le fichier Définitions d'une genomospecies et d'une espèce bactérienne.
** : Liste des noms des espèces devant être conservés (liste des epitheta specifica conservanda) ou rejetés (liste des epitheta specifica et subspecifica rejicienda) :
Epitheta specifica conservanda
La "Commission Judiciaire" peut inscrire le nom d'une espèce sur la liste des epitheta specifica conservanda ce qui a pour conséquence que l'épithète DOIT être utilisée en dépit de l'existence éventuelle de synonymes ou d'homonymes antérieurs.
Ce placement n'est pas obligatoirement justifié par des considérations scientifiques. Ainsi, Yersinia pseudotuberculosis et Yersinia pestis ne sont que deux sous-espèces d'une unique espèce qui en raison des règles de priorité devrait s'appeler Yersinia pseudotuberculosis.
Yersinia pestis devrait donc être désignée sous la nomenclature de Yersinia pseudotuberculosis subsp. pestis. Toutefois, comme cette bactérie est l'agent de la peste, pour éviter tous risques de confusions, la "Commission Judiciaire" a placé le nom d'espèce pestis sur la liste des epitheta specifica conservanda et l'agent de la peste DOIT être désigné sous la nomenclature de Yersinia pestis.
Euzéby proposait que la nomenclature de Salmonella typhi soit inscrite sur cette liste bien que l'épithète typhi soit déjà un nomen conservandum. En effet, l'opinion 18, a placé typhi sur la liste des noms conservés uniquement pour éviter l'utilisation de l'épithète "typhosa" ("Salmonella typhosa"). Si la Commission Judiciaire avait suive la proposition de Euzéby, il en aurait résulté des conséquences beaucoup plus importantes. Notamment, Salmonella typhi ne pourrait plus être un synonyme de Salmonella enterica subsp. enterica.
Epitheta specifica et subspecifica rejicienda
La "Commission Judiciaire" peut, pour différentes raisons, inscrire le nom d'une espèce sur la liste des epitheta specifica et subspecifica rejicienda. Un nom placé sur la liste des epitheta specifica et subspecifica rejicienda NE DOIT PLUS être utilisé.
Ce placement n'est pas obligatoirement justifié par des considérations scientifiques. Ainsi, Yersinia pseudotuberculosis subsp. pestis a été placée sur la liste des epitheta specifica et subspecifica rejicienda pour éviter tous risques de confusions et cette nomenclature NE DOIT PLUS être utilisée pour désigner la bactérie responsable de la peste.
Euzéby (1999) proposait que l'épithète choleraesuis soit inscrite sur cette liste en tant que nomen ambiguum (un nom qui a été utilisé pour désigner différents taxons) car cette épithète désigne, à la fois, un sérovar et une espèce. De plus, dans la proposition de Euzéby, le rejet de Salmonella choleraesuis était une nécessité pour éviter que Salmonella enterica ne soit un synonyme homotypique et ultérieur de Salmonella choleraesuis.