J.P. Euzéby : Dictionnaire de Bactériologie Vétérinaire |
Créé le 19 décembre 2000
Les taxons bactériens d'intérêt vétérinaire décrits en 2000
L'année 2000 a été marquée par deux changements majeurs concernant l'organisation de la systématique bactérienne :
1) La publication officielle dans laquelle toute nomenclature doit être annoncée pour être validement publiée a changé de nom et International Journal of Systematic Bacteriology (IJSB) est devenue International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology (IJSEM). Cette revue paraît tous les deux mois et, afin d'augmenter sa diffusion, elle publie également des articles concernant les micro-organismes eucaryotes (algues, protozoaires).
2) Le Comité International de Systématique Bactérienne (ou ICSB pour International Committee on Systematic Bacteriology) est devenu le Comité International de Systématique des Procaryotes (ou ICSP pour International Committee on Systematics of Prokaryotes). De même, le Code International de Nomenclature des Bactéries (International Code of Nomenclature of Bacteria) est devenu le Code International de Nomenclature des Procaryotes (International Code of Nomenclature of Prokaryotes). Ces changements de dénomination, décidés lors du IXème congrès de l'International Union of Microbiological Societies (IUMS), ont pour but de rappeler que tous les procaryotes (Bacteria, Eubacteria, Archaea, Archaebacteria, Archaeobacteria, Cyanobacteria, Cyanophyceae, Schizomycetes, Schizophycetes) sont régis par le Code de Nomenclature.
Au cours de l'année 2000, 437 modifications de nomenclature (nouveaux taxons, nouvelles combinaisons, modifications orthographiques...) ont été validement publiées dans International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology (voir : ¤) et les modifications présentant un intérêt en médecine et/ou en biologie vétérinaires sont présentées ci-dessous.
Il n'est pas exclu que des bactéries décrites en l'an 2000, mais non isolées d'une espèce animale et non citées dans le tableau ci-dessous, puissent se révéler pathogènes pour les animaux. Ainsi, le genre Globicatella Collins et al. 1995 et l'espèce Globicatella sanguinis Collins et al. 1995 n'avaient pas été inclus dans la publication consacrée aux bactéries d'intérêt vétérinaire caractérisées en 1995 (voir Revue Méd. Vét., 1995, 147, 3-32) car à la date du 31 décembre 1995, l'origine des souches était exclusivement l'homme. Toutefois, en novembre 2000, Vela et al. ont montré que cette espèce était pathogène pour les ovins (voir le fichier ¤ Globicatella).
Cette dernière année du millénaire n'a pas été d'une importance capitale pour la bactériologie vétérinaire et les nouveaux taxons décrits semblent peu pathogènes ou/et ils ne concernent que des espèces animales rarement présentées en consultation.
. Les références des publications "valides" et "effectives" ainsi que les nomenclatures types ne sont pas données mais, elles peuvent être aisément trouvées en consultant ¤ List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature.
. L'étymologie des noms figure dans le fichier ¤ Étymologie des principaux noms de genres, d'espèces et de sous-espèces cités.
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Nomenclatures proposées en 2000 |
Nomenclatures antérieures |
Habitat et/ou pouvoir pathogène |
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Acholeplasma vituli Angulo et al. 2000, sp. nov. Voir le fichier Acholeplasma. |
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Acholeplasma vituli a été isolé de sérum de veau fœtal et de diverses cultures cellulaires. Son habitat n'est pas connu avec certitude mais Acholeplasma vituli pourrait être un parasite ou un commensal des bovins. L'éventuel pouvoir pathogène de cette espèce n'est pas documenté. |
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Actinomyces canis Hoyles et al. 2000, sp. nov. |
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Les souches de Actinomyces canis ont été isolées de divers prélèvements d'origine canine : vagin d'une chienne atteinte d'infertilité, pus d'un animal souffrant d'une pleurésie pyogranulomateuse et abcès sous-cutané formé autour d'un épillet. |
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Aeromonas salmonicida subsp. pectinolytica Pavan et al. 2000, subsp. nov. |
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Aeromonas salmonicida subsp. pectinolytica a été isolée de l'eau d'une rivière en Argentine. Cette sous-espèce semble non pathogène mais elle doit être différenciée des autres sous-espèces de Aeromonas salmonicida. |
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Atopobacter Lawson et al. 2000, gen. nov. |
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Voir Atopobacter phocae. |
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Atopobacter phocae Lawson et al. 2000, sp. nov. |
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Atopobacter phocae, unique espèce du genre Atopobacter, a été isolé du phoque. L'habitat et le pouvoir pathogène de cette espèce sont inconnus. |
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Bacteroides acidifaciens Miyamoto and Itoh 2000, sp. nov. |
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Bacteroides acidifaciens a pour habitat l'intestin de la souris et notamment le caecum. Aucun pouvoir pathogène n'a été reconnu à ce germe. |
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Bartonella birtlesii Bermond et al. 2000, sp. nov. |
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Les souches de Bartonella birtlesii ont été isolées de petits mammifères sauvages. Leur pouvoir pathogène est inconnu. |
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Bartonella koehlerae Droz et al. 2000, sp. nov. |
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Bartonella koehlerae a été isolée du sang de chats apparemment sains. La prévalence de l'infection, l'éventuel pouvoir pathogène de cette espèce ainsi que la possibilité d'une transmission à l'homme sont inconnus. |
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Bartonella vinsonii subsp. arupensis Welch et al. 2000, subsp. nov. Voir le fichier Bartonella vinsonii. |
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Bartonella vinsonii subsp. arupensis a été isolée chez des souris sauvages et chez un malade âgé de 62 ans. La possibilité d'une transmission de l'animal à l'homme par l'intermédiaire d'un arthropode piqueur n'est pas exclue. |
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Burkholderia ubonensis corrig. Yabuuchi et al. 2000, sp. nov. Voir le fichier Burkholderia pseudomallei, Burkholderia thailandensis. |
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Burkholderia ubonensis a été isolée du sol. Le pouvoir pathogène de cette espèce est inconnu. Elle est peut-être susceptible de provoquer une mélioïdose. |
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Campylobacter lanienae Logan et al. 2000, sp. nov. |
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Campylobacter lanienae a été isolé des selles de deux employés d'abattoir. L'habitat et le pouvoir pathogène de cette espèce sont inconnus. |
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"Candidatus Xenohaliotis californiensis" Friedman et al. 2000. |
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"Candidatus Xenohaliotis californiensis" semble responsable du "syndrome du dépérissement" ("withering syndrome") de l'ormeau (Haliotis cracherodii et Haliotis rufescens). |
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Citrobacter gillenii Brenner et al. 2000, sp. nov. Voir le fichier Citrobacter. |
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Citrobacter gillenii est isolé du milieu extérieur et de divers prélèvements d'origine humaine et animale. Cette bactérie semble douée d'un pouvoir pathogène opportuniste. |
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Citrobacter murliniae Brenner et al. 2000, sp. nov. Voir le fichier Citrobacter. |
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Citrobacter murliniae est isolé du milieu et de divers prélèvements d'origine humaine. Cette bactérie semble douée d'un pouvoir pathogène opportuniste. |
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Corynebacterium auriscanis Collins et al. 2000, sp. nov. |
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L'habitat et le pouvoir pathogène de Corynebacterium auriscanis ne sont pas connus avec certitude. Les diverses souches de cette espèce ont été isolées de prélèvements effectués chez le chien (otite externe, pyodermite, suppuration interdigitée, écouvillonnage vaginal) mais en association avec d'autres micro-organismes. |
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Denitrobacterium Anderson et al. 2000, gen. nov. |
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Voir Denitrobacterium detoxificans. |
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Denitrobacterium detoxificans Anderson et al. 2000, sp. nov. |
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Denitrobacterium detoxificans, unique espèce du genre Denitrobacterium, est dépourvu de pouvoir pathogène mais cette bactérie est capable de détoxifier la miserotoxine synthétisée par diverses plantes. |
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Dermatophilaceae Austwick 1958 (Approved Lists 1980) emend. Stackebrandt and Schumann 2000. Voir le fichier Dermatophilus. |
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La famille des Dermatophilaceae, redéfinie par Stackebrandt et Schumann, est restreinte au genre Dermatophilus dont l'espèce Dermatophilus congolensis est l'agent de la dermatophilose. |
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Gemella cuniculi Hoyles et al. 2000, sp. nov. Voir le fichier Gemella. |
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Gemella cuniculi a été isolée d'un abcès sous-mandibulaire chez un lapin de compagnie. L'habitat et le pouvoir pathogène de cette bactérie sont inconnus. |
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Granulicatella Collins and Lawson 2000, gen. nov. |
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Les Granulicatella sp., à l'exception de Granulicatella balaenopterae, sont des hôtes normaux de la cavité orale, de l'intestin et de l'appareil urogénital de l'homme. Granulicatella adiacens et des souches de Granulicatella sp. sont parfois isolées en médecine vétérinaire. |
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Granulicatella adiacens (Bouvet et al. 1989) Collins and Lawson 2000, comb. nov. |
Streptococcus adjacens Bouvet et al. 1989, Abiotrophia adiacens (Bouvet et al. 1989) Kawamura et al. 1995. |
Voir Granulicatella. |
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Granulicatella balaenopterae (Lawson et al. 1999) Collins and Lawson 2000, comb. nov. |
Abiotrophia balaenopterae Lawson et al. 1999. |
Granulicatella balaenopterae a été isolée d'un rorqual de Minke (Balaenoptera acutorostrata) retrouvé mort sur une plage écossaise. |
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Granulicatella elegans (Roggenkamp et al. 1999) Collins and Lawson 2000, comb. nov. |
Abiotrophia elegans Roggenkamp et al. 1999. |
Voir Granulicatella. |
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Helicobacter mesocricetorum Simmons et al. 2000, sp. nov. |
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Les souches de Helicobacter mesocricetorum ont été isolées des fèces de hamsters cliniquement sains et les examens histologiques, effectués sur le tube digestif et sur le foie, n'ont révélé aucune lésion significative. |
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Lactobacillus mucosae Roos et al. 2000, sp. nov. |
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Lactobacillus mucosae a été isolé de l'intestin du porc. |
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Moritella viscosa (Lunder et al. 2000) Benediktsdóttir et al. 2000, comb. nov. |
Vibrio viscosus Lunder et al. 2000. |
Moritella viscosa est responsable d'infections cutanées qui se développent chez des poissons élevés en eau de mer lorsque la température de l'eau est inférieure à 10 °C (d'où le nom de "winter ulcer" ou de "cold-water ulcer" ou de "maladie des ulcères hivernaux" donné à la maladie). |
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Mycobacterium elephantis Shojaei et al. 2000, sp. nov. |
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L'unique souche de Mycobacterium elephantis a été isolée d'un abcès pulmonaire chez un éléphant adulte mort de maladie respiratoire chronique. |
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Phocoenobacter Foster et al. 2000, gen. nov. |
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Voir Phocoenobacter uteri. |
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Phocoenobacter uteri Foster et al. 2000, sp. nov. |
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L'unique souche de Phocoenobacter uteri a été isolée d'un écouvillonnage utérin pratiqué sur un cadavre de marsouin (Phocoena phocoena). Son pouvoir pathogène est inconnu. |
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Photobacterium damselae subsp. damselae corrig. (Love et al. 1982) Smith et al. 1991 emend. Kimura et al. 2000. Voir le fichier Photobacterium. |
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Voir ci-dessous. |
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Photobacterium histaminum Okuzumi et al. 1994 pro synon. Photobacterium damselae subsp. damselae corrig. (Love et al.1982) Smith et al. 1991 emend. Kimura et al. 2000. Voir le fichier Photobacterium. |
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Photobacterium damselae subsp. damselae est un synonyme antérieur de Photobacterium histaminum. De ce fait, cette sous-espèce est une des bactéries capables de provoquer des intoxications à l'histamine ("scombroid fish poisoning") consécutives à l'ingestion de poissons. |
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Proteus hauseri O'Hara et al. 2000, sp. nov. non "Proteus hauseri" Kauffmann 1954. Voir le fichier Proteus. |
Proteus vulgaris biovar 3, genomospecies 3.
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L'habitat et le pouvoir pathogène de Proteus hauseri sont inconnus. Les deux souches étudiées par O'hara et al. (2000) ont une origine indéterminée. |
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Pseudomonas plecoglossicida Nishimori et al. 2000, sp. nov. |
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Pseudomonas plecoglossicida est une bactérie pathogène pour des poissons d'élevage (Plecoglossus altivelis mais aussi Odonthestes bonariensis). |
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Rothia mucilaginosa (Bergan and Kocur 1982) Collins et al. 2000, comb. nov. Voir le fichier Rothia. |
Stomatococcus mucilaginosus (ex Migula 1900) Bergan and Kocur 1982. |
Rothia mucilaginosa est un hôte habituel de la cavité orale et des voies respiratoires supérieures de l'homme. Quelques publications font état de l'isolement de cette bactérie dans des prélèvements d'origine animale. |
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Rothia nasimurium Collins et al. 2000, sp. nov. Voir le fichier Rothia. |
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L'habitat et le pouvoir pathogène de Rothia nasimurium sont inconnus. L'unique souche de cette espèce a été isolée des voies respiratoires supérieures d'une souris saine. |
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Sanguibacteraceae Stackebrandt and Schumann 2000, fam. nov. Voir le fichier Sanguibacter. |
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La famille des Sanguibacteraceae ne comprend que le genre Sanguibacter dont les diverses espèces ont été isolées du sang de bovins apparemment sains. |
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Staphylococcus fleurettii Vernozy-Rozand et al. 2000, sp. nov. |
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L'habitat et le pouvoir pathogène de Staphylococcus fleurettii sont encore inconnus. Toutes les souches ont été isolées de lait ou de fromages de chèvre. |
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Streptococcus didelphis Rurangirwa et al. 2000, sp. nov. |
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Les souches de Streptococcus didelphis ont été isolées d'opossums (Didelphis virginiana) morts brutalement après avoir présentés des lésions cutanées. |
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Streptococcus orisratti Zhu et al. 2000, sp. nov. |
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Les souches de Streptococcus orisratti ont été isolées de la bouche de rats Sprague-Dawley. Elles sont présentes chez environ 50 p. cent des animaux et leurs nombres augmentent lorsque les rats sont nourris avec une alimentation riche en saccharose. Le pouvoir pathogène et notamment le pouvoir cariogène de cette nouvelle espèce sont inconnus. |
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Vagococcus fessus Hoyles et al. 2000, sp. nov. Voir le fichier Vagococcus. |
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Vagococcus fessus a été isolé en culture pure du foie et d'un rein d'un phoque trouvé mort sur les côtes écossaises ainsi que du cadavre d'un marsouin échoué sur les côtes écossaises. L'habitat et le pouvoir pathogène de cette espèce ne sont pas connus. |
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Vibrio viscosus Lunder et al. 2000, sp. nov. Voir le fichier Moritella, Moritella viscosa. |
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Vibrio viscosus a été reclassé dans le genre Moritella et l'habitat et le pouvoir pathogène de Vibrio viscosus sont ceux de Moritella viscosa. |
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Vibrio wodanis Lunder et al. 2000, sp. nov. |
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Les souches de Vibrio wodanis ont été isolées en Norvège, en Islande et en Écosse de salmonidés (Salmo salar et Oncorhynchus mykiss) élevés en eau de mer et atteints de la "maladie des ulcères hivernaux". Une souche de cette espèce a été isolée, au sud-est de l'Islande, chez un aiglefin (Melanogrammus aeglefinus). |
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Yersinia enterocolitica subsp. enterocolitica (Schleifstein and Coleman 1939) Frederiksen 1964, subsp. nov. Voir le fichier Yersinia enterocolitica. |
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L'habitat et le pouvoir pathogène de Yersinia enterocolitica subsp. enterocolitica sont identiques à ceux de Yersinia enterocolitica. |
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Yersinia enterocolitica subsp. palearctica Neubauer et al. 2000, subsp. nov. Voir le fichier Yersinia enterocolitica. |
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L'habitat et le pouvoir pathogène de Yersinia enterocolitica subsp. palearctica sont identiques à ceux de Yersinia enterocolitica. |
comb. nov. : combinatio nova
emend. : emendavit
gen. nov. : genus novum
fam. nov. : familia nova
pro synon. : pro synonymon
sp. nov. : species nova
subsp. nov. : subspecies nova
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