J.P. Euzéby : Dictionnaire de Bactériologie Vétérinaire |
Créé le 28 novembre 2003
Les taxons bactériens d'intérêt vétérinaire décrits en 2003
Au cours de l'année 2003, 471 nouveaux taxons ou nouvelles combinaisons ont été validement publiées dans International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology et le nombre total des modifications (nouveaux taxons, nouvelles combinaisons, Candidatus, synonymies, amendements, modifications orthographiques...) est de 558 (voir les fichiers Number of published names et Nomenclatural changes validly published in the 2003 issues of the IJSEM in List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature).
Les changements pouvant présenter un intérêt en médecine et/ou en biologie vétérinaires sont présentés dans le tableau ci-dessous.
Les nomenclatures types ne sont pas indiquées mais, elles peuvent être aisément trouvées en consultant List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature.
L'étymologie des noms figure dans le fichier Étymologie des taxons cités dans le "Dictionnaire de bactériologie vétérinaire".
N.B. :
1) En 2003, Hänninen et al. ont inclus les souches de "Flexispira" taxon 1, 4 et 5 ainsi que d'autres souches isolées du porc au sein de l'espèce Helicobacter trogontum (nomenclature validement publiée en 1996). L'inclusion de ces souches a considérablement élargi le spectre d'hôtes de Helicobacter trogontum qui, outre le rat, s'étend également aux porcs et aux ovins. Pour plus de renseignements, voir le fichier Helicobacter trogontum.
2) Les souches de Hafinia alvei, isolées de cas de diarrhée chez les enfants et hébergeant le gène eae, ont été transférées en mai 2003 dans le genre Escherichia avec l'appellation de Escherichia albertii. À la connaissance de l'auteur, Escherichia albertii n'est pas un germe d'intérêt vétérinaire et aucun fichier n'est consacré à cette espèce. Toutefois, quelques informations sont données dans le fichier Hafnia.
3) Il n'est pas exclu que des bactéries décrites en 2003, mais non isolées d'une espèce animale et non citées dans ce fichier, puissent coloniser les animaux. Ainsi, l'espèce Corynebacterium falsenii Sjödén et al. 1998 n'avait pas été incluse dans le fichier consacré aux bactéries d'intérêt vétérinaire décrites en 1998 car, à la date du 31 décembre 1998, les souches de cette espèce avaient une origine exclusivement humaine. Toutefois, en juillet 2003, Fernández-Garayzábal et al. ont montré que cette espèce pouvait être isolée de rapaces (voir le fichier Corynebacterium falsenii).
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Nomenclatures proposées en 2003 |
Nomenclatures antérieures |
Habitat et/ou pouvoir pathogène, commentaires |
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Actinomyces vaccimaxillae Hall et al. 2003, sp. nov. |
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L'unique souche de Actinomyces vaccimaxillae provient d'une lésion suppurée de la mâchoire d'un bovin adulte. |
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Aeromonas hydrophila subsp. ranae Huys et al. 2003, subsp. nov.
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Toutes les souches de Aeromonas hydrophila subsp. ranae ont été isolées de grenouilles atteintes de septicémie. |
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Aeromonas jandaei Carnahan et al. 1992 emend. Esteve et al. 2003 |
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L'habitat de Aeromonas jandaei est constitué par l'eau douce. Chez les anguilles d'élevage, cette espèce est responsable d'une septicémie hémorragique. |
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Alistipes Rautio et al. 2003, gen. nov. |
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Voir Alistipes putredinis. |
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Alistipes putredinis (Weinberg et al. 1937) Rautio et al. 2003, comb. nov. |
Bacteroides putredinis (Weinberg et al. 1937) Kelly 1957 (Approved Lists 1980), "Bacillus putredinis" Weinberg et al. 1937, "Ristella putredinis" (Weinberg et al. 1937) Prévot 1938, "Pseudobacterium putredinis" (Weinberg et al. 1937) Krasil'nikov 1949 |
Alistipes putredinis est isolé de lésions du pied chez le mouton. |
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Allisonella Garner et al. 2003, gen. nov. |
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Voir Allisonella histaminiformans. |
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Allisonella histaminiformans Garner et al. 2003, sp. nov. |
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Allisonella histaminiformans, isolée du rumen et des fèces de bovins ainsi que du caecum des chevaux, pourrait jouer un rôle dans la fourbure. |
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Allofustis Collins et al. 2003, gen. nov. |
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Voir Allofustis seminis. |
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Allofustis seminis Collins et al. 2003, sp. nov. |
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Allofustis seminis est isolé du sperme de porcs. |
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Amycolatopsis kentuckyensis Labeda et al. 2003, sp. nov. |
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Amycolatopsis kentuckyensis est une des espèces responsable de la "placentite équine à bactéries nocardioformes". |
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Amycolatopsis lexingtonensis Labeda et al. 2003, sp. nov. |
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Amycolatopsis lexingtonensis est une des espèces responsable de la "placentite équine à bactéries nocardioformes". |
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Amycolatopsis pretoriensis Labeda et al. 2003, sp. nov. |
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Amycolatopsis pretoriensis est une des espèces responsable de la "placentite équine à bactéries nocardioformes". |
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Arthrobacter gandavensis Storms et al. 2003, sp. nov. |
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Arthrobacter gandavensis est isolé chez les bovins de cas de mammite et de l'utérus. Le pouvoir pathogène de cette espèce demeure incertain. |
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Aurantimonas Denner et al. 2003, gen. nov. |
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Voir Aurantimonas coralicida. |
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Aurantimonas coralicida Denner et al. 2003, sp. nov. |
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Aurantimonas coralicida est responsable de la peste blanche de type II des coraux. |
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Bifidobacterium thermacidophilum subsp. porcinum Zhu et al. 2003, subsp. nov. |
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Bifidobacterium thermacidophilum subsp. porcinum est isolé des fèces de porcelets. |
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Brachybacterium muris Buczolits et al. 2003, sp. nov.
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L'unique souche de Brachybacterium muris provient du foie d'une souris en apparente bonne santé. |
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Carnobacterium maltaromaticum (Miller et al. 1974) Mora et al. 2003, comb. nov.
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Lactobacillus maltaromicus Miller et al. 1974 (Approved Lists 1980), Lactobacillus piscicola Hiu et al. 1984, Lactobacillus carnis Shaw and Harding 1986, Carnobacterium piscicola (Hiu et al. 1984) Collins et al. 1987. |
Carnobacterium maltaromaticum est responsable d'une maladie appelée "lactobacillose des poissons". |
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Cetobacterium Foster et al. 1996 emend. Finegold et al. 2003 |
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La description de Cetobacterium somerae, taxon dépourvu d'intérêt en médecine vétérinaire, a conduit à modifier la définition du genre Cetobacterium. |
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Chryseobacterium joostei Hugo et al. 2003, sp. nov.
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Chryseobacterium joostei est isolé du lait et cette espèce pourrait être à l'origine d'altérations des produits laitiers et notamment du beurre. |
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Clostridium colicanis Greetham et al. 2003, sp. nov. |
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L'unique souche de Clostridium colicanis a pour origine les fèces d'un Labrador. |
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Corynebacterium aquilae Fernández-Garayzábal et al. 2003, sp. nov. |
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Corynebacterium aquilae est isolé de la flore respiratoire et orale de rapaces Aquila chrysaetos et Aquila adalberti). |
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Corynebacterium sphenisci Goyache et al. 2003, sp. nov. |
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Corynebacterium sphenisci est isolé du cloaque de pingouins (Spheniscus magellanicus) apparemment sains. |
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Corynebacterium spheniscorum Goyache et al. 2003, sp. nov. |
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Corynebacterium spheniscorum est présent dans le cloaque de pingouins (Spheniscus magellanicus) apparemment sains. |
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Corynebacterium suicordis Vela et al. 2003, sp. nov. |
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Corynebacterium suicordis est isolé de lésions de péricardite chez des porcelets. |
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Enterococcus canis De Graef et al. 2003, sp. nov. |
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Enterococcus canis est isolé chez le chien d'otites chroniques et du rectum. |
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Enterococcus phoeniculicola Law-Brown and Meyers 2003, sp. nov. |
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Enterococcus phoeniculicola est présent dans les sécrétions des glandes uropygiales des irrisors moqueurs (Phoeniculus purpureus). |
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Enterococcus porcinus Teixeira et al. 2001 pro. synon Enterococcus villorum Vancanneyt et al. 2001 |
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Les souches de Enterococcus villorum sont isolées de l'intestin de porcs, de poulets et, au moins pour une souche, d'un pigeon. Chez le porc, l'infection à Enterococcus villorum est associée à des diarrhées néonatales. |
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Gallibacterium Christensen et al. 2003, gen. nov. |
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Voir Gallibacterium anatis. |
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Gallibacterium anatis (Mutters et al. 1985) Christensen et al. 2003, comb. nov. |
Pasteurella anatis Mutters et al. 1985 |
Gallibacterium anatis semble se comporter comme une bactérie pathogène opportuniste Chez les oiseaux Gallibacterium anatis est isolé de diverses infections. Cette espèce est également présente chez les bovins et les porcs. |
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Grimontia Thompson et al. 2003, gen. nov. |
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Voir Grimontia hollisae. |
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Grimontia hollisae (Hickman et al. 1982) Thompson et al. 2003, comb. nov. |
Vibrio hollisae Hickman et al. 1982 |
Grimontia hollisae est principalement responsable de diarrhées observées chez des individus ayant consommé des coquillages crus ou plus rarement des poissons crus ou insuffisamment cuits. |
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Histophilus Angen et al. 2003, gen. nov. |
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Voir Histophilus somni. |
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Histophilus somni Angen et al. 2003, sp. nov. |
"Histophilus ovis" Roberts 1956, "Haemophilus agni" Kennedy et al. 1958, "Haemophilus somnus" (sic) Bailie 1969, "Haemophilus somnifer" Miles et al. 1972 |
Histophilus somni est responsable de diverses infections chez les ruminants. |
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Lactobacillus ingluviei Baele et al. 2003, sp. nov. |
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Lactobacillus ingluviei est un hôte de la flore du jabot et de l'intestin des pigeons. |
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Lactobacillus kitasatonis Mukai et al. 2003, sp. nov. |
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Lactobacillus kitasatonis est associé à la muqueuse de l'intestin grêle des poulets. |
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Lactobacillus thermotolerans Niamsup et al. 2003, sp. nov. |
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Lactobacillus thermotolerans est isolé des fèces de poulets. |
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Macrococcus brunensis Mannerová et al. 2003, sp. nov.
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Macrococcus brunensis est isolé de la peau saine de lamas (Lama glama). |
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Macrococcus hajekii Mannerová et al. 2003, sp. nov.
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Macrococcus hajekii est isolé de la peau saine de lamas (Lama glama). |
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Macrococcus lamae Mannerová et al. 2003, sp. nov.
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Macrococcus lame est isolé de la peau saine de lamas (Lama glama). |
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Marinilactibacillus Ishikawa et al. 2003, gen. nov. |
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Voir Marinilactibacillus psychrotolerans. |
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Marinilactibacillus psychrotolerans Ishikawa et al. 2003, sp. nov. |
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Marinilactibacillus psychrotolerans est isolé d'éponges, d'algues, de mollusques, de crabes ou de poissons collectés dans des régions tempérées ou subtropicales du Japon. |
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Mycobacterium caprae (Aranaz et al. 1999) Aranaz et al. 2003, comb. nov. |
Mycobacterium tuberculosis subsp. caprae Aranaz et al. 1999, Mycobacterium bovis subsp. caprae (Aranaz et al. 1999) Niemann et al. 2002 |
Mycobacterium caprae est responsable de cas de tuberculose chez la chèvre, le porc, le sanglier, le mouton, les bovins, les cervidés et l'homme. |
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Mycobacterium montefiorense Levi et al. 2003, sp. nov. |
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Mycobacterium montefiorense est l'agent étiologique d'une maladie granulomateuse de la peau des murènes. |
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Mycobacterium pinnipedii Cousins et al. 2003, sp. nov. |
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Mycobacterium pinnipedii est responsable de cas de tuberculose chez les pinnipèdes, le tapir, les bovins et l'homme. |
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Mycobacterium shottsii Rhodes et al. 2003, sp. nov. |
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Chez les bars d'Amérique, Mycobacterium shottsii est responsable d'une infection similaire à celle provoquée par Mycobacterium marinum. |
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Ochrobactrum gallinifaecis Kämpfer et al. 2003, sp. nov.
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L'unique souche de Ochrobactrum gallinifaecis a pour origine les fientes d'un poulet. |
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Pseudoalteromonas agarivorans Romanenko et al. 2003, sp. nov.
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Pseudoalteromonas agarivorans a été isolée de l'eau de mer et d'ascidies (Halocynthia aurantium, Polysyncraton sp. et Clarelina molucensis). |
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Psychrobacter pulmonis Vela et al. 2003, sp. nov. |
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Les deux souches de Psychrobacter pulmonis ont été isolées, en culture pure, de poumons d'agneaux morts brutalement. |
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Serratia marcescens subsp. marcescens Bizio 1823, subsp. nov.
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La description de Serratia marcescens subsp. sakuensis a conduit à décrire la sous-espèce Serratia marcescens subsp. marcescens. |
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Serratia marcescens subsp. sakuensis Ajithkumar et al. 2003, subsp. nov.
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Serratia marcescens subsp. sakuensis n'a pas d'intérêt en médecine vétérinaire, mais cette espèce présente la particularité d'être sporulée ! |
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Shewanella marinintestina Satomi et al. 2003, sp. nov.
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Shewanella marinintestina a été isolée d'une pieuvre, d'un poisson et d'un mollusque bivalve. |
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Shewanella sairae Satomi et al. 2003, sp. nov.
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Shewanella sairae a été isolée de l'intestin d'un poisson (Cololabis saira). |
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Shewanella schlegeliana Satomi et al. 2003, sp. nov.
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Shewanella schlegeliana a été isolée de l'intestin d'un poisson (Acanthopagrus schlegeli). |
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Shewanella waksmanii Ivanova et al. 2003, sp. nov.
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Shewanella waksmanii a été isolée de vers marins (Phascolosoma japonicum) de la mer du Japon ou mer de l'Est. |
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Staphylococcus equorum subsp. equorum Schleifer et al. 1985, subsp. nov. |
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Les souches de Staphylococcus equorum subsp. equorum sont isolées de la peau saine de chevaux, du chat, de l'homme (vagin, plaie, sang), de produits de charcuterie, de la surface de fromages à croûtes lavées, de la peau de la mamelle des chèvres, du lait de chèvres et de fromages de chèvres. |
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Staphylococcus equorum subsp. linens Place et al. 2003, subsp. nov. |
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Staphylococcus equorum subsp. linens est présent sur la surface de fromages suisses à croûte lavée et fabriqués à partir de lait de vaches. |
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Staphylococcus nepalensis Spergser et al. 2003, sp. nov. |
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Les quatre souches de Staphylococcus nepalensis proviennent de chèvres népalaises présentant des troubles respiratoires. |
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Streptococcus ferus (ex Coykendall 1977) Coykendall 1983 emend. Baele et al. 2003 |
"Streptococcus ferrus" Coykendall 1977 |
Streptococcus ferus a pour habitat la cavité orale des rats. Cette espèce est également retrouvée dans les cavités nasales et les amygdales de porcs. |
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Streptococcus gallolyticus Osawa et al. 1996 emend. Schlegel et al. 2003 |
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Voir Streptococcus gallolyticus subsp. gallolyticus, Streptococcus gallolyticus subsp. macedonicus et Streptococcus gallolyticus subsp. pasteurianus. |
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Streptococcus gallolyticus subsp. gallolyticus Osawa et al. 1996, subsp. nov. |
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Les souches de Streptococcus gallolyticus subsp. gallolyticus ont été isolées des fèces de diverses espèces animales ainsi que du rumen des bovins ou des petits ruminants et des amygdales des porcs. Chez les herbivores ingérant des végétaux riches en tanin, Streptococcus gallolyticus subsp. gallolyticus permettrait une valorisation des aliments. |
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Streptococcus gallolyticus subsp. macedonicus (Tsakalidou et al. 1998) Schlegel et al. 2003, comb. nov. |
Streptococcus macedonicus Tsakalidou et al. 1998 |
Streptococcus gallolyticus subsp. macedonicus est présent dans des fromages et dans des biofilms recouvrant des pièces en acier inoxydable et utilisées dans l'industrie laitière. |
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Streptococcus gallolyticus subsp. pasteurianus (Poyart et al. 2002) Schlegel et al. 2003, comb. nov. |
Streptococcus pasteurianus Poyart et al. 2002 |
Streptococcus gallolyticus subsp. pasteurianus est isolé de divers prélèvements d'origine humaine et de cas de septicémies chez les canards et les dindes. |
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Vibrio brasiliensis Thompson et al. 2003, sp. nov. |
Vibrio sp. FAFLP group A8 Thompson et al. 2001 |
Vibrio brasiliensis a été isolé de larves de bivalves (Nodipecten nodosus). |
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Vibrio chagasii Thompson et al. 2003, sp. nov. |
Vibrio sp. FAFLP groups A52 and A53 Thompson et al. 2001 |
Vibrio chagasii a été isolé de l'eau de mer, de rotifères (Brachionus plicatilis), d'Artemia sp., de l'intestin de larves de turbots (Scophthalmus maximus) et du bar (Dicentrarchus labrax). |
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Vibrio coralliilyticus Ben-Haim et al. 2003, sp. nov. |
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Quatre souches de Vibrio coralliilyticus ont été isolées de coraux malades (Pocillopora damicornis) et deux souches ont pour origine des larves de mollusques bivalves (Crassostrea gigas et Nodipecten nodosus). |
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Vibrio fortis Thompson et al. 2003, sp. nov. |
Vibrio sp. FAFLP groups A9 and A60 Thompson et al. 2001 |
Vibrio fortis est une espèce ubiquiste isolée de l'eau de mer, de larves de crevettes (Litopenaeus vannamei), de bivalves sains ou malades (Crassostrea gigas, Nodipecten nodosus) et du saumon de l'Atlantique (Salmo salar). |
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Vibrio hepatarius Thompson et al. 2003, sp. nov. |
Vibrio sp. FAFLP group A26 Thompson et al. 2001 |
Vibrio hepatarius a été isolé de l'hépato-pancréas de crevettes sauvages (Litopenaeus vannamei ) adultes et saines. |
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Vibrio kanaloae Thompson et al. 2003, sp. nov. |
Vibrio sp. FAFLP group A46 Thompson et al. 2001 |
Les souches de Vibrio kanaloae ont été isolées, d'eau de mer, de larves d'huîtres (Ostrea edulis) malades et de crevettes (Penaeus chinensis). |
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Vibrio neptunius Thompson et al. 2003, sp. nov. |
Vibrio sp. FAFLP group A5 Thompson et al. 2001 |
Vibrio neptunius est isolé de rotifères (Brachionus plicatilis), d'eau de mer, de l'intestin de larves de turbots (Scophthalmus maximus) et de larves de bivalves (Nodipecten nodosus) malades ou non. |
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Vibrio pacinii Gomez-Gil et al. 2003, sp. nov. |
Vibrio sp. FAFLP group A47 Thompson et al. 2001 |
Les trois souches de Vibrio pacinii ont pour origine des larves de crevettes (Penaeus chinensis), un bar (Dicentrarchus labrax) et un saumon de l'Atlantique (Salmo salar). |
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Vibrio pomeroyi Thompson et al. 2003, sp. nov. |
Vibrio sp. FAFLP group A51 Thompson et al. 2001 |
Vibrio pomeroyi a été isolé de larves de bivalves (Nodipecten nodosus) et de l'intestin de turbots (Scophthalmus maximus). |
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Vibrio rotiferianus Gomez-Gil et al. 2003, sp. nov. |
Vibrio sp. FAFLP group A33 Thompson et al. 2001 |
Vibrio rotiferianus a été isolé d'élevages de rotifères (Brachionus plicatilis). |
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Vibrio superstes Hayashi et al. 2003, sp. nov. |
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Les cinq souches de Vibrio superstes proviennent de l'intestin d'ormeaux australiens (Haliotis laevigata et Haliotis rubra). |
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Vibrio tasmaniensis Thompson et al. 2003, sp. nov. |
Vibrio sp. FAFLP group A45 Thompson et al. 2001 |
Les quatre souches de Vibrio tasmaniensis, ont pour origine la flore intestinale de saumons de l'Atlantique (Salmo salar). |
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Vibrio xuii Thompson et al. 2003, sp. nov. |
Vibrio sp. FAFLP group A23 Thompson et al. 2001 |
Les souches de Vibrio xuii ont été isolées d'eau de mer, de crevettes (Litopenaeus vannamei) et de larves de bivalves (Nodipecten nodosus). |
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Vitellibacter Nedashkovskaya et al. 2003, gen. nov. |
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Voir Vitellibacter vladivostokensis. |
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Vitellibacter vladivostokensis Nedashkovskaya et al. 2003, sp. nov. |
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L'unique souche de Vitellibacter vladivostokensis a été isolée de l'intestin d'un concombre de mer (Apostichopus japonicus ou Stichopus japonicus). |
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comb. nov. : combinatio nova (nouvelle combinaison)
emend. : emendavit (il ou elle a amendé)
gen. nov. : genus novum (nouveau genre)
pro synon. : pro synonymon (pour ou comme synonyme)
sp. nov. : species nova (nouvelle espèce)
subsp. nov. : subspecies nova (nouvelle sous-espèce)
Pour de plus amples informations voir le fichier Glossaire de nomenclature bactérienne.
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