J.P. Euzéby : Dictionnaire de Bactériologie Vétérinaire |
Créé le 07 décembre 2005
Dernière mise à jour le 12 mars 2010
"VIBRIONALES", VIBRIONACEAE, VIBRIO
Voir aussi les fichiers : ¤ Aliivibrio, ¤ Aliivibrio wodanis, ¤ Espèces marines du genre Vibrio décrites en 2003 et en 2004, ¤ Vibrio coralliilyticus, ¤ Vibrio crassostreae, ¤ Vibrio gallaecicus, ¤ Vibrio gigantis, ¤ Vibrio halioticoli, ¤ Vibrio harveyi, ¤ Vibrio ichthyoenteri, ¤ Vibrio lentus, ¤ Vibrio mediterranei, ¤ Vibrio owensii, ¤ Vibrio parahaemolyticus, ¤ Vibrio pectenicida, ¤ Vibrio penaeicida, ¤ Vibrio scophthalmi, ¤ Vibrio tapetis et ¤ Vibrio vulnificus.
Ordre des Vibrionales
L'ordre des "Vibrionales" a été proposé dans la deuxième édition du "Bergey's Manual of Systematic Bacteriology". Cet ordre est cité sans nom d'auteur ce qui ne permettra pas de l'inscrire dans une liste de validation.
La description de l'ordre des "Vibrionales" est identique à celle de la famille des Vibrionaceae et sa création est liée à la ligne de conduite adoptée par la deuxième édition du "Bergey's Manual" qui classe tous les taxons (à l'exception de quelques taxons incertae sedis) dans un rang hiérarchique d'un niveau supérieur.
L'ordre des "Vibrionales" est placé dans la classe des ¤ Gammaproteobacteria (phylum des ¤ "Proteobacteria", domaine ou empire des "Eubacteria" ou des "Bacteria").
Famille des Vibrionaceae
Au cours du temps, la systématique et la description de la famille des Vibrionaceae ont fait l'objet de nombreuses modifications.
La famille des Vibrionaceae a été initialement proposée par M. Véron en 1965 et cette nomenclature a été retenue dans les Approved Lists of Bacterial Names.
La famille des Vibrionaceae Véron 1965 rassemblait des genres dont les espèces étaient généralement oxydase positive et mobiles grâce à des flagelles polaires. Elle était constituée des genres Aeromonas, ¤ Plesiomonas, ¤ Photobacterium et Vibrio. En 1974, la huitième édition du "Bergey's Manual of Determinative Bacteriology" inclut également dans cette famille le genre Lucibacterium (décrit en 1970).
Il est intéressant de noter que le genre Beneckea* n'a été retenu ni par M. Véron ni par la huitième édition du "Bergey's Manual of Determinative Bacteriology".
En 1980, Lucibacterium harveyi (unique espèce du genre) a été reclassé dans le genre Vibrio et, dans la première édition du "Bergey's Manual of Systematic Bacteriology", la famille des Vibrionaceae rassemblait les genres Aeromonas, ¤ Plesiomonas, ¤ Photobacterium et Vibrio.
En se basant sur l'étude de la séquence des ARNr 5S, sur les catalogues d'oligonucléotides des ARNr 16S, sur les résultats des hybridations ADN-ARNr et sur les résultats des hybridations ADN-ADN, Colwell et al. (1986) montrent que le genre Aeromonas forme un groupe homogène, phylogénétiquement distant des Vibrionaceae et des ¤ Enterobacteriaceae, et ces auteurs transfèrent ce genre dans la famille des ¤ Aeromonadaceae.
Les études phylogénétiques (séquence des ARNr 16S et des ARNr 5S) montrent que le genre ¤ Plesiomonas est plus proche de la famille des ¤ Enterobacteriaceae (et tout particulièrement du genre ¤ Proteus) que de la famille des Vibrionaceae. Aussi, le genre ¤ Plesiomonas est actuellement considéré comme un représentant de la famille des ¤ Enterobacteriaceae.
Ultérieurement, les genres ¤ Aliivibrio (validement publié en 2007), Allomonas (validement publié en 1984), Catenococcus (validement publié en 1994), Colwellia (validement publié en 1988), Enhydrobacter (validement publiés en 1987), ¤ Enterovibrio (validement publié en 2002), ¤ Grimontia (validement publié en 2003), Listonella (validement publié en 1986), ¤ Moritella (validement publié en 1998) et Salinivibrio (validement publié en 1996) ont été inclus dans la famille des Vibrionaceae.
. Des hybridations ADN-ADN ont montré que Allomonas enterica (unique espèce du genre) était un synonyme hétérotypique et ultérieur de Vibrio fluvialis.
. Sur la base de ses caractères phénotypiques, Catenococcus thiocycli (unique espèce du genre) avait été rapproché de la famille des ¤ Neisseriaceae (classe des ¤ Betaproteobacteria). L'étude des séquences des ARNr 16S montre cependant que cette espèce est proche de Vibrio pelagius et qu'elle appartient à la classe des ¤ Gammaproteobacteria.
. Les genres Colwellia et ¤ Moritella ont été exclus de la famille des Vibrionaceae.
En 2001, l'étude des ARNr 16S avait conduit Ivanova et Mikhailov à placer les genres Colwellia et ¤ Moritella dans la famille des ¤ Alteromonadaceae.
En se basant sur l'étude des séquences des ARNr 16S et sur la présence de séquences signatures, Ivanova et al. 2004 restreignent la famille des ¤ Alteromonadaceae aux genres Alteromonas et Glaciecola et ces auteurs reclassent le genres Colwellia et ¤ Moritella dans les familles des ¤ Colwelliaceae et des ¤ Moritellaceae.
. En 2003, l'étude des séquences des ARNr 16S montrait que Enhydrobacter aerosaccus (unique espèce du genre) est très proche de Moraxella osloensis. Aussi, le genre Enhydrobacter est actuellement considéré comme un genre incertae sedis de la famille des Moraxellaceae.
. Le genre Listonella avait été créé pour accueillir des espèces du genre Vibrio (Vibrio anguillarum, Vibrio damsela et Vibrio pelagius).
En 1991, Listonella damsela a été reclassée dans le genre ¤ Photobacterium avec l'appellation de ¤ Photobacterium damselae corrig.
En 1998, R.R. Colwell fait remarquer que le genre Listonella est mal défini, si bien que les espèces Listonella anguillarum et Listonella pelagia sont généralement considérées comme des espèces du genre Vibrio.
Compte tenu des changements mentionnés ci-dessus, dans la deuxième édition du "Bergey's Manual of Systematic Bacteriology", la famille des Vibrionaceae est restreinte aux genres ¤ Photobacterium, Salinivibrio et Vibrio.
. Les genres ¤ Aliivibrio, ¤ Enterovibrio et ¤ Grimontia ont été décrits trop tardivement pour pouvoir figurer dans cet ouvrage.
. Le genre Catenococcus est morphologiquement très différent des autres Vibrionaceae et le "Bergey's Manual" considère le genre Catenococcus comme un genre incertae sedis de la famille des ¤ Neisseriaceae !!!
En 2004, en se basant sur le séquençage des ARNr 16S, Thompson et al. restreignent la famille des Vibrionaceae au seul genre Vibrio et ces auteurs proposent la création des trois nouvelles familles : "Enterovibrionaceae" (genres ¤ Enterovibrio et ¤ Grimontia), "Photobacteriaceae" (genre ¤ Photobacterium) et "Salinivibrionaceae" (genre Salinivibrio). De manière un peu surprenante, Thompson et al. ne font aucune proposition en ce qui concerne le genre Catenococcus (ce genre n'est d'ailleurs cité qu'une seule fois dans leur article).
Pour des problèmes de forme, liés au non-respect de la règle 27(3) du Bacteriological Code, les nouvelles nomenclatures "Enterovibrionaceae", "Photobacteriaceae" et "Salinivibrionaceae" ne peuvent être citées dans une liste de validation. La publication valide de ces nomenclatures va nécessiter la rédaction d'une autre publication.
Pour Thompson et al., les espèces du genre Vibrio, actuellement classées dans le genre Aliivibrio, constituaient un groupe monophylétique voisin mais distinct des Vibrionaceae et des "Photobacteriaceae".
La définition de la famille des Vibrionaceae au sens de Thompson et al. 2004 est basée sur la séquence des ARNr 16S. Sa description phénotypique est identique à celle du genre Vibrio.
Les principaux caractères permettant de différencier les familles des "Enterovibrionaceae", des "Photobacteriaceae", des Vibrionaceae et des "Salinivibrionaceae" sont donnés dans le tableau I.
Quelques caractères permettant de différencier les principaux genres de la famille des Vibrionaceae sont mentionnés dans le tableau II.
Genre Vibrio
L'analyse de séquences multilocus (Multilocus Sequence Analysis, MLSA), portant sur neuf gènes (ftsZ, gapA, gyrB, mreB, pyrH, recA, rpoA, topA et ARNr 16S), permet de reconnaître 14 groupes au sein du genre Vibrio: les groupes Anguillarum, Cholerae, Coralliilyticus, Diazotrophicus, Gazogenes, Fischeri, Halioticoli, Harveyi, Nereis, Nigripulchritudo, Orientalis, Scopthalmi, Splendidus et Vulnificus.
Certains de ces groupes (par exemple les goupes Harveyi et Splendidus) pourraient constituer de nouveaux genres.
Le genre Vibrio rassemble des bacilles à Gram négatif, droits ou incurvés, de 0,5 à 1 µm de diamètre sur 1,2 à 3,5 µm de longueur, non sporulés, aéro-anaérobies, à métabolisme respiratoire et fermentatif, le plus souvent oxydase positive, nitrate réductase positive, produisant parfois de l'acétoïne, chimio-organotrophes, fermentant (le plus souvent sans gaz) le D-glucose, souvent capables de croître dans un milieu minéral contenant du glucose comme unique source de carbone et des ions NH+ comme unique source d'azote.
Les espèces du genre Vibrio sont le plus souvent mobiles en milieu liquide grâce à la présence d'un ou de plusieurs flagelles polaires entourés d'une gaine qui est un prolongement de la membrane externe et elles peuvent présenter de nombreux flagelles latéraux après culture sur des milieux solides. Toutefois, Vibrio comitans, Vibrio ezurae, ¤ Vibrio gallicus, ¤ Vibrio halioticoli, Vibrio inusitatus, Vibrio neonatus, Vibrio rarus et ¤ Vibrio superstes sont des espèces immobiles et dépourvues de flagelles.
La présence d'ions sodium stimule la croissance ou est nécessaire à la croissance. Toutes les espèces cultivent à 20 °C, la plupart des espèces cultivent à 30 °C et plusieurs espèces cultivent à 4 ou à 37 °C. Les Vibrio spp. poussent généralement sur le milieu "marine agar" et sur une gélose TCBS**.
Le génome de plusieurs espèces du genre Vibrio (Vibrio anguillarum, Vibrio cholerae, Vibrio fluvialis, Vibrio mimicus, Vibrio parahaemolyticus, Vibrio vulnificus, ...) est constitué de deux chromosomes circulaires et d'une taille inégale. Le chromosome de grande taille (environ 3 Mb) porte la plupart des gènes indispensables à la croissance. Le chromosome de petite taille (environ 1,1 à 1,9 Mb) porte des gènes permettant aux bactéries de s'adapter à leur environnement.
À la date du 5 décembre 2007, 82 espèces ont été décrites dans le genre Vibrio (voir Vibrio in List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature). Cependant, si un bactériologiste accepte toutes les reclassifications proposées, ce genre renferme moins de 70 espèces.
. Le séquençage des ADNr 16S, des ADNr 23S, des gènes recA et gyrB montre que le genre Vibrio devrait être limité aux seules espèces Vibrio cholerae et Vibrio mimicus.
. Les espèces du groupe Vibrio fischeri (Vibrio fischeri, Vibrio logei, Vibrio salmonicida et Vibrio wodanis) forment un genre distinct pour lequel Urbanczyk et al. ont proposé la nomenclature de ¤ Aliivibrio.
. Les autres espèces du genre Vibrio devraient être incluses dans un autre genre, voire même dans plusieurs genres, de la famille des Vibrionaceae. Thompson et al. suggèrent que le genre Beneckea puisse accueillir ces différentes espèces.
Compte tenu du nombre important des espèces actuellement placées dans le genre Vibrio, les caractères phénotypiques (et notamment les clés dichotomiques d'identification) ne permettent plus une identification correcte. Celle ci devrait reposer sur le séquençage de plusieurs gènes de ménage (comme les gènes rpoA, recA, pyrH) et/ou sur une analyse AFLP. En revanche, le séquençage des ARNr 16S n'est pas utilisable pour identifier les espèces car de nombreuses espèces possèdent des séquences très proches (par exemple, Vibrio brasiliensis et Vibrio tubiashii ; Vibrio coralliilyticus et Vibrio neptunius ; Vibrio anguillarum et Vibrio ordalii ; etc.).
Les Vibrio spp. ont pour habitat les milieux aquatiques et notamment les eaux des estuaires et les eaux côtières. Ils sont capables de coloniser de nombreux organismes marins : poissons, mollusques, crustacés, éponges, coraux, organismes formant le zooplancton, algues ...
Vibrio comitans, Vibrio ezurae, ¤ Vibrio gallicus, ¤ Vibrio halioticoli, Vibrio inusitatus, Vibrio neonatus, Vibrio rarus et ¤ Vibrio superstes vivent en symbiose avec les ormeaux.
¤ Vibrio hepatarius pourrait être un probiotique pour les crevettes.
Vibrio cholerae (dont certaines souches sont l'agent du choléra de l'homme), ¤ Vibrio parahaemolyticus et ¤ Vibrio vulnificus sont responsables d'infections graves chez l'homme.
Vibrio alginolyticus, Vibrio cincinnatiensis, Vibrio fluvialis, Vibrio furnissii, ¤ Vibrio harveyi, Vibrio metschnikovii et Vibrio mimicus sont également responsables d'infections humaines.
¤ Vibrio coralliilyticus et ¤ Vibrio mediterranei sont des espèces pathogènes pour les coraux.
Plusieurs espèces du genre Vibrio sont pathogènes pour les poissons, les crustacés ou les mollusques : Vibrio anguillarum, ¤ Vibrio crassostreae, ¤ Vibrio gigantis, ¤ Vibrio harveyi, ¤ Vibrio ichthyoenteri, ¤ Vibrio owensii, ¤ Vibrio pectenicida, ¤ Vibrio penaeicida, ¤ Vibrio scophthalmi, ¤ Vibrio tapetis, ¤ Vibrio vulnificus ...
Orientation bibliographique
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Le genre Beneckea a été proposé dans la septième édition du Bergey's Manual of Determinative Bacteriology. Ce genre incluait six espèces, Beneckea labra, Beneckea ureasophora, Beneckea chitinovora, Beneckea hyperoptica, Beneckea indolthetica et Beneckea lipophaga. Le genre Beneckea était défini comme un genre regroupant des bactéries à Gram négatif, isolées de l'eau de mer, de l'eau saumâtre ou du sol, mobiles grâce à des flagelles péritriches, fermentant les sucres et hydrolysant la chitine.
En 1971, Baumann et al. placent dans le genre Beneckea les espèces suivantes : Beneckea alginolytica, Beneckea campbellii, Beneckea natriegens, "Beneckea nereida", Beneckea nigripulchritudo corrig., Beneckea parahaemolytica et Beneckea pelagia. Ultérieurement, le genre Beneckea s'est enrichi des espèces Beneckea gazogenes, Beneckea harveyi, Beneckea splendida et Beneckea vulnifica.
En 1980, les Approved Lists of Bacterial Names retiennent les espèces Beneckea alginolytica, Beneckea campbellii, Beneckea harveyi, Beneckea natriegens, Beneckea nigripulchritudo corrig., Beneckea parahaemolytica, Beneckea pelagia, Beneckea splendida et Beneckea vulnifica. En 1980, la nomenclature de Beneckea nereis corrig. a été validement publiée pour "Beneckea nereida".
En étudiant en détail les espèces du genre Beneckea, ce genre est apparu comme étant aussi hétérogène que le genre Vibrio. Aussi, en 1981, Baumann et al. transfèrent toutes les espèces dans le genre Vibrio. Cette proposition a été largement acceptée par les bactériologistes et la nomenclature de Beneckea n'est pratiquement plus utilisée.
Références :
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** : Gélose TCBS : Thiosulfate Citrate Bile salt Sucrose
Extraits de levure : 0,5 p. cent (poids/volume)
Peptone : 1,0 p. cent (poids/volume)
Thiosulfate de sodium : 1,0 p. cent (poids/volume)
Citrate de sodium : 1,0 p. cent (poids/volume)
Bile de bœuf : 0,8 p. cent (poids/volume)
Saccharose : 2,0 p. cent (poids/volume)
NaCl : 1,0 p. cent (poids/volume)
Citrate de fer : : 0,1 p. cent (poids/volume)
Bleu de bromothymol : 0,004 p. cent (poids/volume)
Bleu de thymol : 0,004 p. cent (poids/volume)
Agar : 1,4 p. cent (poids/volume)
pH : 8,6
Porter à ébullition pour dissoudre les ingrédients. Ne pas autoclaver.