J.P. Euzéby : Dictionnaire de Bactériologie Vétérinaire |
Créé le 09 décembre 2004
ESPÈCES MARINES DU GENRE VIBRIO DÉCRITES EN 2003 ET EN 2004
(Vibrio brasiliensis, Vibrio chagasii, Vibrio fortis, Vibrio gallicus, Vibrio hepatarius, Vibrio hispanicus, Vibrio kanaloae, Vibrio neptunius, Vibrio pacinii, Vibrio pomeroyi, Vibrio rotiferianus, Vibrio superstes, Vibrio tasmaniensis, Vibrio xuii)
Autres dénominations : voir le fichier Vibrio in List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature.
Voir aussi le fichier : ¤ "Vibrionales", Vibrionaceae, Vibrio.
Toutes les espèces citées dans ce fichier ont été isolées de l'eau de mer et d'animaux marins.
À l'exception de Vibrio superstes et de Vibrio gallicus, la caractérisation de ces taxons a tout d'abord reposé sur l'analyse par FAFLP* de 506 souches de la famille des Vibrionaceae, ce qui a permis à Thompson et al. (2001) d'individualiser 69 groupes bactériens. Parmi eux, 31 groupes semblent constituer de nouveaux taxons.
Ultérieurement, les études génotypiques (séquences des ARNr 16S, hybridations ADN-ADN, détermination du G + C p. cent), chimiotaxonomiques (analyse des acides gras) et phénotypiques (utilisation de techniques classiques, de galeries API 20E, de galeries API ZYM, de galeries Biolog GN...), mises en œuvre sur certains de ces groupes, ont permis de décrire les espèces Vibrio brasiliensis, Vibrio chagasii, Vibrio fortis, Vibrio hepatarius, Vibrio hispanicus, Vibrio kanaloae, Vibrio neptunius, Vibrio pacinii, Vibrio pomeroyi, Vibrio rotiferianus, Vibrio tasmaniensis et Vibrio xuii.
Les espèces Vibrio chagasii, Vibrio kanaloae, Vibrio pomeroyi et Vibrio tasmaniensis sont phylogénétiquement et phénotypiquement proches de Vibrio splendidus et ces espèces sont incluses dans le "groupe de Vibrio splendidus" (voir tableau I).
Vibrio superstes et Vibrio gallicus ne sont pas étudiés dans la publication de Thompson et al. (2001). L'étude des ARNr 16S montre que ces bactéries sont apparentées à ¤ Vibrio halioticoli, mais les homologies ADN-ADN et l'analyse par FAFLP permettent d'individualiser ces espèces.
Ces trois espèces ont été isolées de l'intestin d'ormeaux. Les principaux caractères permettant de les différencier sont donnés dans le tableau II.
À l'exception de Vibrio superstes et de Vibrio gallicus, toutes les espèces citées dans ce fichier présentent les caractères généraux du genre Vibrio : bacilles à Gram négatif, droits ou incurvés, mobiles grâce à un ou plusieurs flagelles polaires, aéro-anaérobies, oxydase positive, chimio-organotrophes, à métabolisme fermentatif et respiratoire, fermentant le glucose sans production de gaz.
De plus, ce sont des bacilles non luminescents, n'envahissant pas la surface des milieux gélosés, catalase positive, cultivant bien sur une gélose TCBS**.
Vibrio superstes et Vibrio gallicus, comme ¤ Vibrio halioticoli, présentent l'originalité d'être des bacilles immobiles et dépourvus de flagelle.
Quelques caractères permettant de différencier Vibrio brasiliensis, Vibrio chagasii, Vibrio fortis, Vibrio gallicus, Vibrio hepatarius, Vibrio hispanicus, Vibrio kanaloae, Vibrio neptunius, Vibrio pacinii, Vibrio pomeroyi, Vibrio rotiferianus, Vibrio superstes, Vibrio tasmaniensis et Vibrio xuii sont donnés dans le tableau III. Dans quelques articles décrivant ces espèces, il existe malheureusement des incohérences ou des contradictions, notamment (mais pas uniquement) entre le texte et les tableaux !
Le tableau I présente quelques caractères permettant de différencier Vibrio splendidus et les espèces apparentées à Vibrio splendidus.
Les données concernant le rôle écologique ou le pouvoir pathogène de ces espèces sont encore très partielles. D'une manière générale, les espèces du genre Vibrio peuvent être responsables de maladies chez les vertébrés, les crustacés, les mollusques et les rotifères (les rotifères, et notamment Brachionus plicatilis, sont élevés pour servir de nourriture aux larves de poissons et de crustacés) ou elles peuvent se comporter comme des bactéries symbiotiques ou, dans certains cas, comme des probiotiques.
Vibrio brasiliensis
Vibrio brasiliensis rassemble des souches de bacilles légèrement incurvés, de 2,5 à 3 µm de longueur sur 1 µm de diamètre, halophiles mais incapables de croître en présence de concentrations en NaCl égales ou supérieures à 8 p. cent, ne cultivant ni à 4 ni à 45 °C. Une culture abondante est obtenue dans les milieux contenant 2,5 p. cent de NaCl et incubés à 28 °C. Sur une gélose trypticase soja incubée 48 heures à 28 °C, les colonies sont translucides, lisses, convexes, rondes, à contour régulier, de couleur beige et leur diamètre est compris entre 2,5 et 3 mm. Sur une gélose TCBS incubée 24 heures à 28 °C, les colonies sont jaunes, brillantes, translucides, d'aspect ondulé, à contour festonné, et leur diamètre est d'environ 3 mm.
Toutes les souches sont sensibles à 10 et à 150 µg de O129, au chloramphénicol, à la tétracycline, à la polymyxine B mais elles sont résistantes à la kanamycine.
Vibrio brasiliensis a été isolé, au Brésil, de larves de bivalves (Nodipecten nodosus).
Vibrio chagasii
Vibrio chagasii est un bacille légèrement incurvé de 1 µm de diamètre sur 2 à 3 µm de longueur, halophile (quelques souches cultivent en présence de 8 p. cent de NaCl, mais aucune en présence de 10 p. cent de NaCl), éventuellement capable de croître à 4 °C. Après 48 heures d'incubation à 28 °C, les colonies obtenues sur une gélose trypticase soja ont un diamètre d'environ 3 à 4 mm, elles sont opaques, convexes, lisses, rondes, à contour régulier et d'une couleur beige foncée. Dans les mêmes conditions d'incubation, les colonies observées sur une gélose TCBS sont vertes et translucides.
Les souches de cette espèce sont sensibles à 10 et à 150 µg de O129 et à la polymyxine B.
Vibrio chagasii a été isolé, en Norvège, en Grèce et en Espagne, de l'eau de mer, de rotifères (Brachionus plicatilis), d'Artemia sp., de l'intestin de larves de turbots (Scophthalmus maximus) et du bar (Dicentrarchus labrax).
Vibrio fortis
Les cellules de Vibrio fortis sont des bacilles, légèrement incurvés, de 1 µm de diamètre sur 3 µm de longueur. La croissance est possible pour des températures variant de 4 à 35 °C et pour des concentrations en NaCl allant de 2 à 5 p. cent (certaines souches sont cependant capables de cultiver en présence de 10 p. cent de NaCl). Sur une gélose trypticase soja incubée 48 heures à 28 °C, les colonies sont translucides ou opaques, à contour régulier, de couleur beige et leur diamètre est d'environ 4 mm. Sur gélose TCBS, les colonies sont rondes, lisses, jaunes ou vertes et leur diamètre est compris entre 4 et 5 mm.
Toutes les souches sont sensibles à la tétracycline et au chloramphénicol, une sensibilité intermédiaire est notée pour la polymyxine et la sensibilité à l'ampicilline est variable selon les souches. Quatorze souches sur les 16 étudiées sont sensibles à 10 µg de O129 et 15 souches sont sensibles à 150 µg de O129.
Vibrio fortis est une espèce ubiquiste, retrouvée au Brésil, en Equateur, au Mexique, au Royaume Uni et en Tasmanie, isolée de l'eau de mer, de larves de crevettes (Litopenaeus vannamei), de bivalves sains ou malades (Crassostrea gigas, Nodipecten nodosus) et du saumon de l'Atlantique (Salmo salar).
Vibrio gallicus
Les souches de Vibrio gallicus rassemblent des bacilles droits de 0,5 à 0,6 µm de diamètre sur 1,2 à 3,0 µm de longueur, immobiles et dépourvus de flagelle.
Vibrio gallicus est une espèce mésophile (culture entre 15 et 30 °C) et halophile (la culture nécessite plus de 6 p. cent de NaCl). Sur gélose Marine Agar 2216E, les colonies sont circulaires, lisses, convexes, à contour régulier et de couleur beige.
Les souches de Vibrio gallicus ont été isolées de l'intestin d'ormeaux (Haliotis tuberculata) collectés au large des côtes de le Bretagne. Vibrio gallicus est capable d'hydrolyser l'alginate et, comme ¤ Vibrio halioticoli, il pourrait vivre en symbiose avec les ormeaux.
Vibrio hepatarius
Les souches de Vibrio hepatarius se présentent sous la forme de bacilles légèrement incurvés de 1 µm de diamètre sur 2 à 3 µm de longueur. La culture est obtenue pour des températures comprises entre 4 et 35 °C et pour des concentrations en NaCl comprises entre 0 et 10 p. cent. La croissance est optimale pour une température de 28 °C et une concentration en NaCl de 2,5 p. cent. Les colonies obtenues sur une gélose trypticase soja après 48 heures d'incubation à 28 °C sont translucides ou opaques, à contour régulier, de couleur beige et leur diamètre des d'environ 6 mm. Sur gélose TCBS, les colonies sont lisses, rondes, translucides, d'une couleur jaune et leur diamètre est de 6 mm.
Toutes les souches sont sensibles à 10 et à 150 µg de O129, à la tétracycline, au chloramphénicol et à la polymyxine. La sensibilité à l'ampicilline est variable selon les souches.
Vibrio hepatarius a été isolé, en Equateur, de l'hépato-pancréas de crevettes sauvages (Litopenaeus vannamei ) adultes et saines. Des résultats expérimentaux, non encore publiés, suggèrent que Vibrio hepatarius soit un probiotique. En effet, l'administration de la souche type de cette espèce (la souche LMG 20362) augmente le poids des crevettes et inhibe le développement de ¤ Vibrio harveyi.
Vibrio hispanicus
Vibrio hispanicus est une espèce mobile grâce à des flagelles polaires, elle se présente sous la forme de petits bacilles incurvés de 0,65 µm de diamètre sur 2,2 µm de longueur.
La croissance est obtenue sur des milieux contenant de 0 à 10 p. cent de NaCl et pour des températures variant de 4 à 40 °C. Sur gélose Marine Agar 2216E, les colonies sont circulaires, non luminescentes et translucides.
Vibrio hispanicus a été isolé à Barcelone, de l'eau de mer et d'Artemia sp.
Vibrio kanaloae
Vibrio kanaloae est un bacille légèrement incurvé de 1 µm de diamètre sur 2 à 3 µm de longueur, halophile (certaines souches cultivent en présence de 8 p. cent de NaCl, mais aucune croissance n'est observée en présence de 10 p. cent de NaCl), capable de croître à 4 °C. Après 48 heures d'incubation à 28 °C, les colonies obtenues sur une gélose trypticase soja sont de couleur beige et d'un diamètre d'environ 5 mm. Elles sont translucides, convexes, lisses, rondes, à contour régulier. Dans les mêmes conditions d'incubation, les colonies observées sur une gélose TCBS sont jaunes, translucides et leur diamètre est compris entre 5 et 10 mm.
À l'exception d'une souche, cette espèce est sensible à 10 et à 150 µg de O129, au chloramphénicol et à la tétracycline. La sensibilité à l'ampicilline et à la polymyxine B est variable selon les souches.
Les souches de Vibrio kanaloae ont été isolées, en France, à Hawaii et en Chine, d'eau de mer, de larves d'huîtres (Ostrea edulis) malades et de crevettes (Penaeus chinensis).
Vibrio neptunius
Vibrio neptunius rassemble des souches de bacilles légèrement incurvés, de 2 à 3 µm de longueur sur 1 µm de diamètre, halophiles mais incapables de croître pour des concentrations en NaCl égales ou supérieures à 8 p. cent, ne cultivant ni à 4 ni à 40 °C. Une culture abondante est obtenue dans les milieux contenant 2,5 p. cent de NaCl et incubés à 28 °C. Sur une gélose trypticase soja incubée 48 heures à 28 °C, les colonies sont translucides, lisses, convexes, rondes, à contour régulier, de couleur beige et leur diamètre est d'environ 3 mm. Sur une gélose TCBS incubée dans les mêmes conditions, les colonies sont jaunes, brillantes, translucides, rondes, à contour régulier et leur diamètre est compris entre 2 et 3 mm.
Toutes les souches sont sensibles à 10 et à 150 µg de O129, au chloramphénicol, à la tétracycline, à la polymyxine B, mais elles sont résistantes à l'ampicilline et à la kanamycine.
Vibrio neptunius est isolé de rotifères (Brachionus plicatilis), d'eau de mer, de l'intestin de larves de turbots (Scophthalmus maximus) et de larves de bivalves (Nodipecten nodosus) malades ou non.
Vibrio pacinii
Vibrio pacinii est un bacille à Gram négatif, halophile (croissance sur des milieux contenant 1,5 à 8 p. cent de NaCl), cultivant à 4, 30 et 35 °C mais pas à 40 °C. Sur milieu Marine Agar les colonies sont translucides et non pigmentées. Sur gélose TCBS, elles sont rondes, brillantes, de couleur jaune et leur diamètre est d'environ 2 mm.
Vibrio pacinii résiste à 10 et 150 µg de O129, à la gentamicine (une souche est cependant de sensibilité intermédiaire), à la kanamycine et à la streptomycine. En revanche les souches sont sensibles au chloramphénicol, à l'acide oxolinique, à la polymyxine B, à la tétracycline et à l'oxytétracycline.
Les trois souches de Vibrio pacinii ont été isolées, en Chine de larves de crevettes (Penaeus chinensis), en Espagne d'un bar (Dicentrarchus labrax) et en Tasmanie d'un saumon de l'Atlantique (Salmo salar). Expérimentalement, la souche isolée du bar se révèle pathogène pour le saumon de l'Atlantique.
Vibrio pomeroyi
Vibrio pomeroyi est un bacille légèrement incurvé de 1 µm de diamètre sur 2 à 3 µm de longueur, halophile (cultivant en présence de 8 p. cent de NaCl, mais pas en présence de 10 p. cent de NaCl), capable de croître à 4 °C. Après 48 heures d'incubation à 28 °C, les colonies obtenues sur une gélose trypticase soja ont un diamètre d'environ 3 mm, elles sont translucides, convexes, lisses, rondes, à contour régulier et de couleur beige. Dans les mêmes conditions d'incubation, les colonies observées sur une gélose TCBS sont jaunes (une souche donne toutefois des colonies vertes) et translucides.
Les souches sont sensibles à 10 et à 150 µg de O129 et à la polymyxine B, mais résistantes à l'ampicilline.
Vibrio pomeroyi a été isolé, au Brésil et en Espagne, de larves de bivalves (Nodipecten nodosus) et de l'intestin de turbots (Scophthalmus maximus).
Vibrio rotiferianus
Vibrio rotiferianus est un bacille incurvé de 0,8 à 1,2 µm de diamètre sur 2,0 à 3,5 µm de longueur, halophile (cultivant en présence de 1,5 et de 6 p. cent de NaCl, mais pas en présence de 8 p. cent de NaCl), capable de croître entre 28 et 40 °C mais ne cultivant pas à 4 °C. Sur gélose TCBS, les colonies sont brillantes, de couleur jaune, avec un centre en dépression.
Toutes les souches sont sensibles à 10 et à 150 µg de O129, au chloramphénicol, à la tétracycline, à l'oxytétracycline et à l'acide oxolinique. Elles sont résistantes à la kanamycine, à la streptomycine et à la gentamicine.
Vibrio rotiferianus a été isolé d'élevages de rotifères (Brachionus plicatilis).
Vibrio superstes
Les souches de Vibrio superstes sont constituées de bacilles de 0,6 à 0,8 µm de diamètre sur 1,2 à 1,3 µm de longueur, immobiles et dépourvus de flagelles, halophiles et mésophiles (culture obtenue à 15 et 30 °C, absence de culture à 40 °C). Les colonies obtenues sur gélose Marine Agar 2216E sont circulaires, à contour régulier, lisses et de couleur beige.
Les cinq souches ayant permis de décrire cette espèce ont été isolées de l'intestin d'ormeaux (Haliotis laevigata et Haliotis rubra) collectés au large des côtes de Clifton Springs (état de Victoria, Australie). Contrairement à ¤ Vibrio halioticoli qui est un germe dominant dans l'intestin des ormeaux japonais ou sud africains, Vibrio superstes n'est présent qu'en faible nombre dans l'intestin des ormeaux australiens. Vibrio superstes est capable d'hydrolyser l'alginate mais sa présence en faible nombre ne semble pas conduire à une formation importante d'acide acétique et, contrairement à ¤ Vibrio halioticoli, son rôle en tant que symbiote demeure incertain.
Vibrio tasmaniensis
Vibrio tasmaniensis se présente comme des bacilles légèrement incurvés, de 1 µm de diamètre sur 2 à 3 µm de longueur, cultivant pour des températures comprises entre 4 et 35 °C, halophiles mais incapables de cultiver en présence d'une concentration en NaCl supérieure ou égale à 8 p. cent. Une croissance optimale est observée dans des milieux contenant 2,5 p. cent de NaCl et incubés à 28 °C. Après 48 heures d'incubation à 28 °C, les colonies obtenues sur une gélose trypticase soja sont convexes, lisses, circulaires, à contour régulier, translucides, de couleur beige et leur diamètre est d'environ 4 mm. Sur gélose TCBS, les colonies sont verdâtres.
Les souches sont sensibles au O129 (10 et à 150 µg ), à la polymyxine B (300 U), à la tétracycline (30 µg), et au chloramphénicol (30 µg), mais elles sont résistantes à l'ampicilline (25 µg).
Les quatre souches de Vibrio tasmaniensis, décrites par Thompson et al., ont pour origine la flore (intestinale ?) de saumons de l'Atlantique (Salmo salar) pêchés au large de la Tasmanie.
Vibrio xuii
Vibrio xuii rassemble des souches de bacilles légèrement incurvés, de 2 à 3 µm de longueur sur 1 µm de diamètre, halophiles mais incapables de croître pour des concentrations en NaCl égales ou supérieures à 10 p. cent, ne cultivant ni à 4 ni à 45 °C. Une culture abondante est obtenue dans les milieux contenant 2,5 p. cent de NaCl et incubés à 28 °C. Sur une gélose trypticase soja incubée 48 heures à 28 °C, les colonies sont translucides, lisses, convexes, rondes, à contour régulier, de couleur beige et leur diamètre est compris entre 3 et 4 mm. Sur une gélose TCBS incubée dans les mêmes conditions, les colonies sont jaunes, brillantes, translucides, rondes, à contour régulier et leur diamètre est d'environ 2 mm.
Les souches sont sensibles à 10 et à 150 µg de O129 (à l'exception d'une souche), à l'ampicilline, au chloramphénicol (à l'exception d'une souche), à la tétracycline (à l'exception d'une souche), à la polymyxine B mais elles sont résistantes à la kanamycine.
Les souches de Vibrio xuii ont été isolées, en Chine ou au Brésil, d'eau de mer, de crevettes (Litopenaeus vannamei) et de larves de bivalves (Nodipecten nodosus).
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* :
Pour des renseignements sur l'AFLP et la FAFLP, le lecteur pourra consulter les articles (accessibles en ligne) ou les sites cités dans le fichier AFLP:AMPLIFIED FRAGMENT LENGTH POLYMORPHISMS du site PCRLinks.com - The Web Guide of Polymerase Chain Reaction.
Ces techniques sont utilisées en bactériologie systématique pour individualiser des espèces ou pour typer des souches. Quelques exemples d'utilisation figurent dans les références citées ci-dessous.
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** : Gélose TCBS : Thiosulfate Citrate Bile salt Sucrose
Extraits de levure : 0,5 p. cent (poids/volume)
Peptone : 1,0 p. cent (poids/volume)
Thiosulfate de sodium : 1,0 p. cent (poids/volume)
Citrate de sodium : 1,0 p. cent (poids/volume)
Bile de bœuf : 0,8 p. cent (poids/volume)
Saccharose : 2,0 p. cent (poids/volume)
NaCl : 1,0 p. cent (poids/volume)
Citrate de fer : : 0,1 p. cent (poids/volume)
Bleu de bromothymol : 0,004 p. cent (poids/volume)
Bleu de thymol : 0,004 p. cent (poids/volume)
Agar : 1,4 p. cent (poids/volume)
pH : 8,6
Porter à ébullition pour dissoudre les ingrédients. Ne pas autoclaver.