J.P. Euzéby : Dictionnaire de Bactériologie Vétérinaire |
Créé le 12 décembre 2000
Dernière mise à jour le 11 avril 2005
YERSINIA ENTEROCOLITICA-LIKE
Yersinia aldovae, Yersinia aleksiciae, Yersinia bercovieri, Yersinia frederiksenii, Yersinia intermedia, Yersinia kristensenii, Yersinia massiliensis, Yersinia mollaretii, Yersinia rohdei
Voir aussi le fichier : ¤ Yersinia enterocolitica.
Autres dénominations :
Yersinia aldovae : Yersinia enterocolitica souches du groupe X2.
Yersinia bercovieri : Yersinia enterocolitica souches du biovar 3B.
Yersinia mollaretii : Yersinia enterocolitica souches du biovar 3A.
Introduction
L'étude de Yersinia aldovae, Yersinia aleksiciae, Yersinia bercovieri, Yersinia frederiksenii, Yersinia intermedia, Yersinia kristensenii, Yersinia massiliensis, Yersinia mollaretii et de Yersinia rohdei est effectuée au sein d'un même fichier car toutes ces bactéries ont été décrites sous le nom de Yersinia enterocolitica-like. De plus, ces espèces semblent avoir un habitat commun (le milieu extérieur) et un pouvoir pathogène comparable (ce sont tout au plus des bactéries pathogènes opportunistes). Outre le fait qu'elles puissent être isolées d'infections, l'importance de ces espèces ne doit pas être négligée car elles peuvent être confondues avec des souches de Yersinia enterocolitica.
Systématique
Le genre Yersinia et les espèces Yersinia enterocolitica, Yersinia pestis, Yersinia philomiragia, Yersinia pseudotuberculosis et Yersinia ruckeri sont cités dans les Approved Lists of Bacterial Names.
L'espèce Yersinia enterocolitica, proposée en 1964 par Frederiksen, était très hétérogène et de nombreuses souches atypiques étaient qualifiées de Yersinia enterocolitica-like. A partir de 1980, l'étude des souches de Yersinia enterocolitica sensu stricto et de Yersinia enterocolitica-like a permis de décrire huit nouvelles espèces.
Individualisation de Yersinia intermedia, de Yersinia kristensenii et de Yersinia frederiksenii
En 1980, Brenner et al. réalisent des études d'homologie ADN - ADN sur 175 souches de Yersinia enterocolitica ou de Yersinia enterocolitica-like et leurs résultats permettent d'identifier quatre genomospecies* :
. Une genomospecies correspond à Yersinia enterocolitica sensu stricto.
. Une genomospecies rassemble les souches acidifiant le rhamnose et donnant une réponse positive aux tests citrate de Simmons et acidification du mélibiose, de l'alpha-méthyl-D-glucoside et du raffinose. Ces souches seront rassemblées sous l'appellation de Yersinia intermedia dont la nomenclature sera validement publiée en 1981 par inscription sur la liste de validation n° 6.
. Une genomospecies est formée par les souches n'acidifiant pas le saccharose, ne produisant pas d'acétoïne et donnant un résultat positif pour les tests ornithine décarboxylase, bêta-galactosidase, acidification du tréhalose et du xylose. Ces souches forment une nouvelle espèce qui sera dénommée Yersinia kristensenii par Bercovier et al. (1980). Cette nouvelle nomenclature sera validement publiée par inscription sur la liste de validation n° 6.
. La quatrième genomospecies comprend quatre souches acidifiant le rhamnose et le saccharose mais n'acidifiant ni l'alpha-méthyl-glucoside ni le mélibiose ni le raffinose. Ursing et al. (1980) ont étudié 10 souches présentant un phénotype identique aux souches de cette genomospecies. Leurs résultats montrent que ces dix souches forment trois groupes d'hybridation distincts. Toutefois, les auteurs rassemblent toutes les souches au sein d'une seule espèce, Yersinia frederiksenii, pour deux raisons : 1) il n'est pas possible de les distinguer par leurs caractères phénotypiques et 2) un des groupes d'hybridation n'est représenté que par une seule espèce. Par la suite, un quatrième groupe d'hybridation a été identifié au sein de l'espèce Yersinia frederiksenii. La nomenclature de Yersinia frederiksenii sera validement publiée en 1981 par inscription sur la liste de validation n° 6. Ultérieurement, l'hétérogénéité des souches placées dans l'espèce Yersinia frederiksenii a été confirmée par l'étude des séquences des ARNr 16S.
Dans l'étude de Brenner et al., sept souches n'ont pu être assignées à aucune genomospecies. C'est le cas notamment de deux souches formant le groupe X1 (saccharose -, tréhalose +, ODC - et VP -) et de deux souches formant le groupe X2 (rhamnose +, cellobiose -, mélibiose -, sorbose - et, généralement, saccharose -). Les souches de Yersinia enterocolitica-like groupe X1 semblent constituer une nouvelle espèce du genre Yersinia mais aucune nomenclature n'a été validement publiée.
Individualisation de Yersinia aldovae
En 1984, Bercovier et al. étudient les caractères biochimiques de 40 souches du groupe X2 et ils réalisent des homologies ADN - ADN sur 28 de ces souches. Les souches du groupe X2 forment une unique genomospecies (au moins 86 p. cent d'homologie ADN - ADN entre les 28 souches étudiées) et cette genomospecies est distincte des autres espèces du genre Yersinia (homologies ADN - ADN avec les autres espèces du genre comprises entre 42 et 73 p. cent). Les auteurs valident pour ces souches la nomenclature de Yersinia aldovae.
Individualisation de Yersinia rohdei
Sept souches de Yersinia enterocolitica-like isolées soit en Allemagne (six souches) soit aux U.S.A. (une souche) se distinguent des autres Yersinia sp. car elles sont à la fois citrate +, saccharose +, indole -, VP - et rhamnose -. Ces souches présentent des homologies ADN - ADN d'au moins 83 p. cent alors que les homologies ADN - ADN avec les autres espèces du genre sont inférieures à 53 p. cent. Cette nouvelle genomospecies peut être identifiée par ses caractères biochimiques et la dénomination de Yersinia rohdei sera validement publiée en 1987 par Aleksic et al.
Individualisation de Yersinia bercovieri et de Yersinia mollaretii
En 1978, Bercovier et al. avaient décrit des souches ressemblant aux souches du biovar 3 de Yersinia enterocolitica sensu stricto mais ne produisant pas d'acétoïne. En fonction de leur capacité à acidifier l'inositol et le sorbose, ces souches ont été placées dans le biovar 3A (inositol +, sorbose +) ou dans le biovar 3B (inositol -, sorbose -). Pour éviter des confusions avec les souches du biovar 3, Wauters et al. (1987) ont rassemblé les souches du biovar 3A et 3B dans un unique biovar désigné biovar 6. Dans leur publication de 1987, Wauters et al. soulignaient que les souches du biovar 6 (souches des biovars 3A et 3B) n'avaient pas fait l'objet d'études d'hybridation ADN - ADN et qu'il n'était pas certain qu'elles appartiennent à l'espèce Yersinia enterocolitica.
En 1988, Wauters et al. étudient 17 souches du biovar 3A et 23 souches du biovar 3B. Les résultats des études d'homologie ADN - ADN montrent que les souches des biovars 3A et 3B forment deux genomospecies distinctes (le pourcentage moyen d'homologie ADN -ADN entre les souches des deux biovars est de 55) et que ces deux genomospecies diffèrent des autres espèces du genre Yersinia (le pourcentage d'homologie avec les autres espèces est compris entre 20 et 46 p. cent). Les caractères biochimiques permettent l'identification de ces deux nouvelles genomospecies et les auteurs valident les nomenclatures de Yersinia mollaretii pour les souches du biovar 3A et de Yersinia bercovieri pour les souches du biovar 3B.
Individualisation de Yersinia aleksiciae
L'électrophorèse des iso-enzymes (MLEE, multilocus enzyme electrophoresis), l'étude des ARNr 16S et les caractères phénotypiques montrent que Yersinia kristensenii est une espèce hétérogène.
Le 18 mars 2005, Sprague et Neubauer valident la publication de Yersinia aleksiciae pour 12 souches préalablement identifiées comme des souches de Yersinia kristensenii. Ces 12 souches sont lysine décarboxylase négative et les hybridations ADN-ADN montrent qu'elles forment une genomospecies distincte des autres Yersinia spp.
Individualisation de Yersinia massiliensis
La nomenclature de Yersinia massiliensis a été validement publiée le 09 avril 2008 pour deux souches bactériennes isolées de l'eau douce. La production d'indole et la fermentation de l'inositol rapproche ces deux souches de Yersinia bercovieri et de Yersinia mollaretii. L'absence de fermentation du L-rhamnose rapproche les deux souches de Yersinia frederiksenii. Toutefois, les deux souches isolées de l'eau douce se distinguent des autres espèces du genre Yersinia par la séquence des gènes rrs, hsp60, gyrB, sodA et rpoB ainsi que par leurs caractères phénotypiques.
Caractères bactériologiques
Yersinia aldovae, Yersinia aleksiciae, Yersinia bercovieri, Yersinia frederiksenii, Yersinia intermedia, Yersinia kristensenii, Yersinia mollaretii et Yersinia rohdei présentent les caractères généraux de la famille des Enterobacteriaceae** et du genre Yersinia***.
Quelques caractères biochimiques sont donnés ci-dessous et les principaux caractères permettant un diagnostic différentiel au sein du genre Yersinia figurent dans le tableau I.
. Yersinia aldovae acidifie le rhamnose mais donne un résultat négatif aux tests acidification du cellobiose, acidification du mélibiose, acidification du sorbose et la majorité des souches n'acidifie pas le saccharose (dans la publication décrivant cette espèce, seules deux souches sur 40 acidifient ce sucre).
. Yersinia bercovieri et Yersinia mollaretii sont ODC positive, pyrazinamidase positive, elles acidifient le cellobiose, le mucate et le saccharose mais elles donnent une réponse négative aux tests indole, VP, citrate de Simmons, acidification du L-rhamnose et acidification du mélibiose.
Yersinia bercovieri acidifie le fucose mais pas le L-sorbose ce qui la différencie de Yersinia mollaretii. Il convient de remarquer que l'acidification de l'inositol est un caractère variable pour les souches de Yersinia mollaretii. Aussi, contrairement à ce qui avait été proposé par Bercovier et al. (1987), la fermentation de ce sucre ne peut différencier Yersinia bercovieri (anciennement Yersinia enterocolitica souches 3B) et Yersinia mollaretii (anciennement Yersinia enterocolitica souches 3A).
. Yersinia frederiksenii fermente le cellobiose, le rhamnose et le saccharose mais ni l'alpha-méthyl-glucoside ni le mélibiose ni le raffinose.
. Yersinia intermedia est une espèce biochimiquement très active. Les résultats des tests citrate de Simmons, acidification de l'alpha-méthyl-glucoside, du mélibiose, du raffinose et du rhamnose permettent de décrire huit biovars.
Yersinia intermedia se distingue de Yersinia frederiksenii car cette espèce donne un résultat négatif aux tests acidification de l'alpha-méthyl-glucoside, du mélibiose et du raffinose alors qu'aucun des huit biovars de Yersinia intermedia ne donne une réponse négative à l'ensemble de ces trois tests.
. Yersinia kristensenii et Yersinia aleksiciae donnent une réponse positive aux tests uréase, ONPG et acidification du cellobiose et du tréhalose. Une réponse négative est obtenue pour les tests VP, hydrolyse de l'esculine, acidification du mélibiose, du raffinose, du rhamnose, du saccharose et de la salicine.
Ces deux espèces se différencient par le test LDC qui est positif pour Yersinia aleksiciae et négatif pour Yersinia kristensenii.
. Yersinia massiliensis est la seule espèce du genre Yersinia donnant une réponse positive aux tests ADH et TDA.
. Yersinia rohdei ne produit ni indole ni acétoïne, elle utilise le citrate de sodium, elle acidifie le cellobiose, le saccharose et le D-sorbitol mais ni l'alpha-méthyl-D-glucoside ni le rhamnose. Aleksic et al. reconnaissent l'existence de deux biovars au sein de cette espèce : le biovar 1 qui acidifie le mélibiose et le raffinose et le biovar 2 qui n'acidifie aucun de ces deux sucres.
L'étude antigénique des souches de Yersinia enterocolitica-like permet de caractériser plusieurs antigènes O et H qui ne sont pas toujours caractéristiques d'une espèce (notamment les antigènes O) et qui peuvent être présents chez les espèces voisines y compris chez des souches de ¤ Yersinia enterocolitica. Les résultats obtenus sur des souches de référence par Wauters et al. en 1991 sont les suivants :
. Yersinia bercovieri : antigènes O : 7, 8, 36, 58, 69, 70, 73, 76 ; antigènes H : y, w.
. Yersinia frederiksenii : antigènes O : 3, 4, 9, 16, 29, 33, 35, 38, 44, 45, 58, 60, 71, 74 ; antigènes H : p, p2, p3, p4, p5, p6, p7, p8, p10, p11.
. Yersinia intermedia : antigènes O : 3, 4, 17, 33, 37, 40, 48, 49, 52, 53, 55, 57 ; antigènes H : q, q2, q3, q4, q5.
. Yersinia kristensenii : antigènes O : 11, 23, 24, 25, 26, 28, 46, 50, 52, 61 ; antigènes H : l, o, o2, o3, o4, o5, r, s, t.
. Yersinia mollaretii : antigènes O : 3, 6, 30, 47, 59, 62, 67, 68, 75 ; antigènes H : u, x.
. Yersinia rohdei : antigènes O : 38, 76 ; antigènes H : b, d, e, i.
Yersinia aleksiciae se caractérise par la possession de l'antigène O: 16.
Selon Bercovier et al. (1984), Yersinia aldovae est une espèce antigéniquement non typable.
Habitat et pouvoir pathogène
Le principal habitat des souches de Yersinia enterocolitica-like est le milieu extérieur et notamment l'eau. Ces espèces sont aptes à contaminer l'homme et diverses espèces animales mais leur pouvoir pathogène est encore peu documenté. L'étude des facteurs de pathogénicité a fait l'objet d'un nombre limité d'études mais aucune souche ne semble héberger le plasmide pYV ou le gène chromosomique ail (voir le fichier ¤ Yersinia enterocolitica). En revanche, des séquences analogues ou identiques au gène chromosomique inv ont été identifiées. Toutefois, ces séquences ne semblent pas aptes à coder pour une invasine fonctionnelle. Des entérotoxines thermostables ont été mises en évidence chez Yersinia bercovieri et chez Yersinia mollaretii. Ces entérotoxines sont produites pour des températures comprises entre 4 et 37 °C, elles sont synthétisées dans les aliments et l'eau, elles résistent aux températures de cuisson des aliments et elles ne sont pas détruites par l'acidité gastrique. Aussi, l'ingestion de ces toxines préformées dans les aliments et dans l'eau pourrait être l'origine d'intoxinations alimentaires.
Yersinia aldovae est isolée de l'environnement et principalement d'écosystèmes aquatiques (eau de boisson, eau douce, poissons). Cette espèce a également été isolée de l'intestin des rongeurs sauvages mais elle n'a pas été isolée de l'homme et elle ne semble pas impliquée dans des infections chez les animaux.
Yersinia aleksiciae est isolée des produits laitiers ainsi que des fèces de l'homme, du rat, de la taupe, du renne et du porc. Son éventuel pouvoir pathogène est non documenté et il est possible que cette espèce soit un représentant normal de la flore de divers mammifères.
Les souches de Yersinia bercovieri sont isolées du sol, de l'eau, de végétaux crus et des selles de patients dont certains atteints de diarrhée.
Par ordre de fréquence, Yersinia bercovieri est la deuxième espèce du groupe Yersinia enterocolitica-like isolée de coprocultures humaines. Sulakvelidze et al. (1999) ont mis en évidence la présence d'une entérotoxine thermostable dans les surnageants de culture de certaines souches de Yersinia bercovieri. Cette toxine, dénommée YbST, est différente des entérotoxines produites par des souches de Yersinia enterocolitica. Elle est pathogène pour des souriceaux inoculés par voie intra-gastrique mais aucun élément ne prouve son implication dans les diarrhées de l'homme.
Yersinia frederiksenii est isolée de l'eau de surface, des eaux usées, des eaux de distribution, du sol, d'aliments (crudités, laits, fromages, viandes de bovins, de porcs ou de volailles), de grenouilles, de poissons, de rongeurs sauvages, de divers prélèvements d'origine animale (bovins, porcins, carnivores domestiques...), de coprocultures humaines et, parfois, d'autres prélèvements d'origine humaine (sang, voies respiratoires, plaies).
Yersinia frederiksenii est très fréquente dans les aliments et, par ordre de fréquence, elle est la première espèce du groupe Yersinia enterocolitica-like isolée de coprocultures humaines.
Son pouvoir pathogène est non documenté et aucun argument ne permet d'affirmer la responsabilité de cette espèce dans le déclenchement de diarrhées.
Yersinia intermedia est présente dans l'eau et elle peut être isolée de poissons, de coquillages, de crevettes, d'escargots, d'aliments (notamment d'aliments réfrigérés tels que crudités, laits, fromages, viandes de bovins, de porcs ou de volailles), d'eau de boisson et plus rarement de prélèvements effectués chez des mammifères (mammifères domestiques, rongeurs sauvages) ou de prélèvements d'origine humaine (selles, sang, plaies, abcès, urine, gorge, conjonctive...).
Quelques souches de Yersinia intermedia, isolées de patients atteints de diarrhée, sont aptes à provoquer une conjonctivite chez le cobaye (test de Sérény positif) ce qui suggère l'existence d'un mécanisme d'invasion.
La principale niche écologique de Yersinia kristensenii semble être le sol mais cette bactérie est également isolée de l'eau, d'aliments (notamment de légumes réfrigérés mais aussi laits, fromages, viandes de bovins, de porcs ou de volailles), des fèces de diverses espèces animales (chevaux, grenouilles, ovins, rongeurs sauvages, singes). Chez l'homme, elle a été isolée de divers prélèvements (sang, urine, selles).
L'étude de 47 souches a permis à Robins-Browne et al. (1991) de montrer que 51 p. cent des souches inoculées par voie parentérale à des souris présentant une surcharge en fer, provoquent la mort des animaux en 24 heures. Ces souches sont dépourvues du plasmide de virulence pYV qui caractérise les espèces pathogènes du genre Yersinia et elles sont incapables d'envahir des cultures de cellules Hep-2 bien qu'elles soient capables de s'hybrider avec une sonde dirigée contre le gène inv. Le pouvoir entéropathogène des souches de Yersinia kristensenii n'est pas prouvé par contre, elles pourraient avoir une signification clinique lorsqu'elles sont isolées dans des prélèvements autres que les selles.
Les deux souches de Yersinia massiliensis, décrites par Merhej et al. ont été isolées de l'eau douce. Une souche a pour origine l'eau du robinet prélevée dans un hôpital de Marseilles. La deuxième souche est originaire du sud-est de la France.
Les souches de Yersinia mollaretii ont pour origine le sol, l'eau, l'intestin de rongeurs sauvages, des aliments (végétaux crus et viandes) et, occasionnellement, des prélèvements de selles humaines.
Le surnageant de culture d'une souche de Yersinia mollaretii, étudiée par Sulakvelidze et al. était pathogène pour le souriceau inoculé par voie intra-gastrique ce qui suggère la synthèse d'une entérotoxine. Cette toxine n'a pas été caractérisée et aucun élément ne permet de l'impliquer dans la pathogénie des diarrhées de l'homme.
Les sept souches de Yersinia rohdei étudiées par Aleksic et al. (1987) avaient pour origine des selles de chiens sains (quatre souches), des selles d'origine humaine (deux souches dont une a été isolée d'une femme souffrant de diarrhée et de crampes abdominales) et l'eau (une souche). Pour les auteurs, l'habitat de cette espèce serait l'eau ce qui conduirait à un portage fécal chez le chien et chez l'homme. Le pouvoir pathogène de Yersinia rohdei n'est pas établi mais il n'est pas exclu que cette bactérie puisse être responsable de rares cas d'infections chez l'homme.
Diagnostic bactériologique
Les souches de Yersinia aldovae, Yersinia aleksiciae, Yersinia bercovieri, Yersinia frederiksenii, Yersinia intermedia, Yersinia kristensenii, Yersinia mollaretii et de Yersinia rohdei peuvent être isolées sur de nombreux milieux d'usage courant en bactériologie ainsi que sur les milieux destinés à l'isolement des entérobactéries. Toutefois, la culture est lente à 37 °C et, au sein d'une flore polymorphe, la croissance de ces espèces peut être masquée par les bactéries à croissance rapide. La recherche des souches de Yersinia enterocolitica-like devra donc s'effectuer en utilisant, en parallèle, des milieux incubés à 37 °C et à 25 °C. Eventuellement, il est possible d'utiliser des milieux incubés successivement à 37 °C puis à 25 °C.
La technique d'enrichissement par le froid qui consiste à placer l'échantillon dans du tampon à pH 7,6 à 4 °C durant une à trois semaines, est lente mais elle permet d'augmenter la fréquence des isolements.
Le milieu d'isolement sélectif le plus utilisé est la gélose CIN (Cefsulodine Irgasan Novobiocine). Ce milieu peut être inhibiteur pour Yersinia bercovieri et une incubation prolongée peut être nécessaire pour détecter cette bactérie. Il convient de remarquer que la gélose CIN n'est pas systématiquement utilisée par les laboratoires de diagnostic et que la fréquence d'isolement des souches de Yersinia enterocolitica-like est certainement sous-estimée.
Les caractères biochimiques de Yersinia aldovae, Yersinia aleksiciae, Yersinia bercovieri, Yersinia frederiksenii, Yersinia intermedia, Yersinia kristensenii, Yersinia mollaretii et de Yersinia rohdei doivent être étudiés à une température comprise entre 25 et 30 °C. Toutefois, l'identification par les kits miniaturisés est basée sur les résultats obtenus à 35 - 37 °C. Ces systèmes miniaturisés (galeries API 20E, API Rapid 32E, Micronaut E) ne permettent pas toujours une identification correcte de ces diverses espèces et ils peuvent même conduire à placer la souche étudiée dans un autre genre (¤ Hafnia, ¤ Citrobacter, Salmonella...). Il en va de même pour le système automatisé "Vitek Gram-Negative Identification (GNI) card".
Dans un prélèvement, l'isolement d'une souche de Yersinia enterocolitica-like ou l'isolement d'une souche de Yersinia enterocolitica potentiellement pathogène n'a pas la même signification clinique. Les principaux caractères du diagnostic différentiel sont donnés dans le tableau I. Il convient de remarquer que les souches de Yersinia enterocolitica potentiellement pathogènes sont pyrazinamidase négative et qu'aucune souche de Yersinia enterocolitica n'est capable d'assimiler le mucate. Pour Wauters (2000), la réalisation de ces deux tests permet d'éviter des confusions.
Orientation bibliographique
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AVIS JURIDIQUE IMPORTANT : Les informations qui figurent sur ce site sont soumises à une clause de non responsabilité et sont protégées par un copyright.
* : Pour la définition d'une genomospecies voir le fichier Définitions d'une genomospecies et d'une espèce bactérienne.
** : Caractères bactériologiques de la famille des Enterobacteriaceae : voir le fichier Enterobacteriaceae, "Enterobacteriales".
*** : Caractères bactériologiques du genre Yersinia :
Le genre Yersinia appartient à la famille des ¤ Enterobacteriaceae et il possède les caractères généraux de cette famille. Toutefois, certains caractères bactériologiques sont propres au genre Yersinia : un temps de génération deux fois plus long que celui des autres entérobactéries, une température optimale de croissance comprise entre 25 et 30 °C, une capacité à croître entre 0 et 45 °C, une expression optimale des caractères biochimiques pour des températures comprises entre 25 et 29 °C et une mobilité dont l'expression dépend de la température (à l'exception de Yersinia pestis qui est toujours immobile).
Les Yersinia sp. sont des bacilles droits ou des cocco-bacilles, de 0,5 à 0,8 µm de diamètre sur 1 à 3 µm de longueur, à Gram négatif, non sporulés, formant parfois de courtes chaînes de 4 à 5 éléments après culture dans un milieu liquide, non capsulés (Yersinia pestis produit une enveloppe qui peut être confondue avec une capsule notamment lorsque le germe est coloré à partir d’un prélèvement effectué in vivo), immobiles à 37 °C mais généralement mobiles grâce à une ciliature péritriche (2 à 15 flagelles) à une température inférieure à 30 °C (quelques souches de Yersinia enterocolitica et de Yersinia pseudotuberculosis n’expriment leur mobilité qu’après plusieurs repiquages et Yersinia pestis est toujours immobile), aéro-anaérobies, possédant un métabolisme respiratoire et fermentatif, catalase positive, oxydase négative, réduisant le plus souvent les nitrates en nitrites, fermentant sans gaz ou avec une production de gaz restreinte le glucose et d’autres sucres (¤ Yersinia ruckeri fermente le glucose avec production de gaz si l'incubation est réalisée à 18 °C), ne produisant pas d'hydrogène sulfuré, incapables de croître dans un bouillon au KCN (à l'exception de certaines souches de ¤ Yersinia ruckeri), gélatinase négative (¤ Yersinia ruckeri est souvent gélatinase positive après une incubation prolongée), tryptophane désaminase négative (à l'exception de ¤ Yersinia massiliensis) et arginine dihydrolase négative (à l'exception de ¤ Yersinia massiliensis).
L'ornithine est décarboxylée par toutes les espèces à l'exception de Yersinia pestis, de Yersinia pseudotuberculosis, de ¤ Yersinia similis et de quelques souches du biovar 5 de Yersinia enterocolitica.
À l'exception de Yersinia pestis et de ¤ Yersinia ruckeri, les autres espèces synthétisent une uréase à 25-28 °C mais pas à 37 °C.
Les principaux caractères permettant de différencier les espèces du genre sont donnés dans le tableau I.
La croissance est possible sur les milieux nutritifs d’usage courant même si les Yersinia spp. donnent des colonies généralement plus petites que celles des autres entérobactéries (sur gélose nutritive, les colonies ont un diamètre de 0,1 à 1 mm après incubation de 24 heures à 28-29 °C).