J.P. Euzéby : Dictionnaire de Bactériologie Vétérinaire |
Créé le 18 juin 2008
YERSINIA SIMILIS
Les hybridations ADN-ADN montrent que Yersinia pestis et Yersinia pseudotuberculosis forment une unique genomospecies (voir le fichier ¤ "Définition d'une genomospecies et d'une espèce bactérienne") qui, en raison des règles de priorité devrait être appelée Yersinia pseudotuberculosis. Aussi, en 1981, Bercovier et al. valident les nomenclatures de Yersinia pseudotuberculosis subsp. pestis et de Yersinia pseudotuberculosis subsp. pseudotuberculosis.
En 1984, Williams demande à la Judicial Commission de l'ICSP de rejeter ces appellations qui risquent de créer une confusion dans l'esprit des bactériologistes, des cliniciens et des épidémiologistes. En effet, Yersinia pestis (Yersinia pseudotuberculosis subsp. pestis) est l'agent de la peste de l'homme et des animaux alors que Yersinia pseudotuberculosis (Yersinia pseudotuberculosis subsp. pseudotuberculosis) est une bactérie pouvant être pathogène pour l'homme et les animaux, mais dont le pouvoir pathogène est moindre et dont les modes de transmission sont totalement différents.
En 1985, la Judicial Commission donne raison à Williams, si bien que seules les nomenclatures de Yersinia pestis et de Yersinia pseudotuberculosis doivent être utilisées.
Au sein de l'espèce Yersinia pseudotuberculosis, l'étude des antigènes O permet de distinguer des sérovars (O1 à O14) et la présence ou l'absence de séquences génétiques, codant pour des facteurs de pathogénicité, permettent de distinguer six groupes génétiques (voir tableau I).
En 2000, Neubauer et al. décrivent un test PCR permettant d'amplifier le gène codant pour l'ARNr 16S (gène rrs) de Yersinia pestis et de Yersinia pseudotuberculosis. Ce test donne toutefois un résultat négatif pour 14 des 66 souches de Yersinia pseudotuberculosis. Trois de ces souches (Y228, Y233 et Y252) ont fait l'objet d'une étude taxonomique et elles ont été comparées à trois autres souches (la souche type de Yersinia pseudotuberculosis, la souche Y36 et la souche Y117) dont les gènes rrs sont amplifiés par le test de PCR.
. Contrairement aux autres souches, les souches Y228, Y233 et Y252 ne fermentent pas le mélibiose.
. Les souches Y228, Y233 et Y252 se caractérisent par la présence dans leurs gènes rrs d'une séquence de type S*, alors que les trois autres souches possèdent une séquence de type P*.
. Les résultats des hybridations ADN-ADN montrent (i) que les souches présentant une séquence de type S forment une unique genomospecies ; (ii) que les souches présentant une séquence de type P forment également une unique genomospecies et (iii) que ces deux genomospecies sont différentes l'une de l'autre (moins de 67 p. cent d'homologie ADN-ADN).
. Les profils des lipides polaires de la souche type de Yersinia pseudotuberculosis et de la souche Y228 sont différents.
. Pour ces différentes raisons, Sprague et al. proposent de classer les souches Y228, Y233 et Y252 dans une nouvelle espèce, Yersinia similis, dont la nomenclature a été validement publiée le 09 avril 2008.
Les souches de Yersinia similis sont constituées de petits bacilles à Gram négatif présentant les caractères généraux de la famille des Enterobacteriaceae** et du genre Yersinia***.
Un caractère positif est noté pour les tests catalase, uréase, réduction des nitrates, fermentation de la glycine, du rhamnose et du tréhalose. En revanche, le mélibiose n'est pas fermenté. L'absence de fermentation du mélibiose est un caractère important car les souches de Yersinia pseudotuberculosis sont mélibiose positive, à l'exception des souches du sérovar O3 isolées en Europe et à l'exception de rares souches (moins de 0,5 p. cent) appartenant aux autres sérovars.
Yersinia similis se caractérise par la présence d'une séquence de type S dans le gène rrs.
D'autres caractères bactériologiques sont donnés dans le tableau II.
Le tableau III présente les principaux caractères permettant de différencier Yersinia similis des autres espèces du genre Yersinia.
Les souches de Yersinia similis sont isolées de l'environnement et de différentes espèces animales (dont le lapin et la taupe), mais elles sont dépourvues de pouvoir pathogène et elles semblent appartenir au groupe génétique 4 de Fukushima et al. (voir tableau I). Les souches du sous-groupe 4****, tel qu'il est caractérisé par Kim et al., appartiennent également à l'espèce Yersinia similis.
L'individualisation de Yersinia similis, espèce non pathogène, est importante pour les bactériologistes, les cliniciens et les épidémiologistes qui devront la distinguer de Yersinia pseudotuberculosis.
Orientation bibliographique
BERCOVIER (H.), MOLLARET (H.H.), ALONSO (J.M.), BRAULT (J.), FANNING (G.R.), STEIGERWALT (A.G.) et BRENNER (D.J.) : Intra- and interspecies relatedness of Yersinia pestis by DNA hybridization and its relationship to Yersinia pseudotuberculosis. Curr. Microbiol., 1980, 4, 225-229.
FUKUSHIMA (H.), MATSUDA (Y.), SEKI (R.), TSUBOKURA (M.), TAKEDA (N.), SHUBIN (F.N.), PAIK (I.K.) et ZHENG (X.B.) : Geographical heterogeneity between Far Eastern and Western countries in prevalence of the virulence plasmid, the superantigen Yersinia pseudotuberculosis-derived mitogen, and the high-pathogenicity island among Yersinia pseudotuberculosis strains. J. Clin. Microbiol., 2001, 39, 3541-3547.
KIM (W.), SONG (M.O.), SONG (W.), KIM (K.J.), CHUNG (S.I.), CHOI C.S.) et PARK (Y.H.) : Comparison of 16S rDNA analysis and rep-PCR genomic fingerprinting for molecular identification of Yersinia pseudotuberculosis. Antonie Van Leeuwenhoek, 2003, 83, 125-133.
NEUBAUER (H.), MEYER (H.), PRIOR (J.), ALEKSIC (S.), HENSEL (A.) et SPLETTSTOSSER (W.) : A combination of different Polymerase Chain reaction (PCR) assays for the presumptive identification of Yersinia pestis. J. Vet. Med. B, 2000, 47, 573-580.
SPRAGUE (L.D.), SCHOLZ (H.C.), AMANN (S.), BUSSE (H.J.) and NEUBAUER (H.): Yersinia similis sp. nov. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2008, 58, 952-958.
VALIDATION LIST N° 7. Int. J. Syst. Bacteriol., 1981, 31, 382-383.
WAYNE (L.G.): Actions of the Judicial Commission of the International Committee on Systematic Bacteriology on requests for opinions published in 1983 and 1984. Int. J. Syst. Bacteriol., 1986, 36, 357-358.
WILLIAMS (J.E.) : Proposal to reject the new combination Yersinia pseudotuberculosis subsp. pestis for violation of the first principle of the International Code of Nomenclature of Bacteria. Request for an opinion. Int. J. Syst. Bacteriol., 1984, 34, 268-269.
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* : Séquences de type S et P :
S, 59-GATTTGGCAGAGATGCCTTA-39
P, 59-ATTTGGCAGAGATGCTAAA-39
** : Caractères bactériologiques de la famille des Enterobacteriaceae : voir le fichier Enterobacteriaceae, "Enterobacteriales".
*** : Caractères bactériologiques du genre Yersinia :
Le genre Yersinia appartient à la famille des ¤ Enterobacteriaceae et il possède les caractères généraux de cette famille. Toutefois, certains caractères bactériologiques sont propres au genre Yersinia : un temps de génération deux fois plus long que celui des autres entérobactéries, une température optimale de croissance comprise entre 25 et 30 °C, une capacité à croître entre 0 et 45 °C, une expression optimale des caractères biochimiques pour des températures comprises entre 25 et 29 °C et une mobilité dont l'expression dépend de la température (à l'exception de Yersinia pestis qui est toujours immobile).
Les Yersinia sp. sont des bacilles droits ou des cocco-bacilles, de 0,5 à 0,8 µm de diamètre sur 1 à 3 µm de longueur, à Gram négatif, non sporulés, formant parfois de courtes chaînes de 4 à 5 éléments après culture dans un milieu liquide, non capsulés (Yersinia pestis produit une enveloppe qui peut être confondue avec une capsule notamment lorsque le germe est coloré à partir d’un prélèvement effectué in vivo), immobiles à 37 °C mais généralement mobiles grâce à une ciliature péritriche (2 à 15 flagelles) à une température inférieure à 30 °C (quelques souches de Yersinia enterocolitica et de Yersinia pseudotuberculosis n’expriment leur mobilité qu’après plusieurs repiquages et Yersinia pestis est toujours immobile), aéro-anaérobies, possédant un métabolisme respiratoire et fermentatif, catalase positive, oxydase négative, réduisant le plus souvent les nitrates en nitrites, fermentant sans gaz ou avec une production de gaz restreinte le glucose et d’autres sucres (¤ Yersinia ruckeri fermente le glucose avec production de gaz si l'incubation est réalisée à 18 °C), ne produisant pas d'hydrogène sulfuré, incapables de croître dans un bouillon au KCN (à l'exception de certaines souches de ¤ Yersinia ruckeri), gélatinase négative (¤ Yersinia ruckeri est souvent gélatinase positive après une incubation prolongée), tryptophane désaminase négative (à l'exception de ¤ Yersinia massiliensis) et arginine dihydrolase négative (à l'exception de ¤ Yersinia massiliensis).
L'ornithine est décarboxylée par toutes les espèces à l'exception de Yersinia pestis, de Yersinia pseudotuberculosis, de Yersinia similis et de quelques souches du biovar 5 de Yersinia enterocolitica.
À l'exception de Yersinia pestis et de ¤ Yersinia ruckeri, les autres espèces synthétisent une uréase à 25-28 °C mais pas à 37 °C.
Les principaux caractères permettant de différencier les espèces du genre sont donnés dans le tableau I.
La croissance est possible sur les milieux nutritifs d’usage courant même si les Yersinia spp. donnent des colonies généralement plus petites que celles des autres entérobactéries (sur gélose nutritive, les colonies ont un diamètre de 0,1 à 1 mm après incubation de 24 heures à 28-29 °C).
**** : Souches du sous-groupe 4 de Kim et al.
Souche Kuratani-2 (sérovar 1c), souche 1147 (sérovar 6), souche R 708 LY (sérovar 9), souche R 1505 (sérovar 11).