AEROMONAS AQUARIORUM

La nomenclature de Aeromonas aquariorum a été validement publiée le 08 mai 2008 pour 48 souches isolées de la peau de poissons exotiques (38 souches) ou de l'eau des aquariums (10 souches). Les prélèvements ont été effectués au Portugal chez des marchands de poissons d'ornement. Seuls les poissons montrant des signes de faiblesse et l'eau de leurs aquariums ont fait l'objet d'un prélèvement.

L'individualisation de cette nouvelle espèce repose sur les faits suivants :
1) Les résultats des tests oxydase, catalase, réduction des nitrates, sensibilité au O/129, ainsi que les caractères culturaux sont compatibles avec un représentant du genre Aeromonas.
2) L'étude la séquence des gènes gyrB et rpoD montre que les souches étudiées forment un groupe distinct des autres espèces du genre Aeromonas.
3) Le séquençage de l'ARNr 16S, effectué sur quatre souches (dont la souche MDC47 qui sera désignée comme la souche type de l'espèce Aeromonas aquariorum), conduit à l'obtention de séquences identiques. Une étude phylogénétique permet de rapprocher les quatre souches étudiées de Aeromonas trota (pourcentage de similitude de 99 p. cent).
4) Les hybridations ADN-ADN, effectuées sur deux souches (dont la souche MDC47) révèlent qu'elles constituent une unique genomospecies puisque le pourcentage d'homologie est de 83,5 p. cent (voir le fichier ¤ "Définition d'une genomospecies et d'une espèce bactérienne"). Cette genomospecies diffère de toutes les autres espèces du genre (les pourcentages d'homologie, obtenus avec les souches types des espèces du genre Aeromonas, sont inférieurs ou égaux à 55,7 p. cent).
5) La technique MALDI-TOF MS (Matrix Assisted Laser Desorption-Ionisation Time-Of-Flight Mass Spectrometry)*, permettant de déterminer la masse des peptides, et l'analyse des résultats effectuée avec le logiciel BioTyper (voir le fichier Bacterial Identification Using MALDI BioTyper™ system) conduisent à des résultats similaires à ceux des hybridations ADN-ADN.
6) Les caractères bactériologiques classiques permettent d'identifier les souches isolées de poissons exotiques et de leur environnement.

Les souches de Aeromonas aquariorum présentent les caractères généraux du genre Aeromonas**. Elles rassemblent des bacilles à Gram négatif, mobiles grâce à un flagelle polaire, catalase positive, oxydase positive, réduisant les nitrates, résistants au O/129 (150 µg), ne produisant pas de pigment diffusible, chimio-organotrophes, possédant un métabolisme oxydatif et fermentatif.
. Une réponse positive est notée pour les tests LDC, ADH, ONPG, production d'hydrogène sulfuré à partir de la cystéine ou du thiosulfate, indole, assimilation du L-lactate, hydrolyse de l'amidon, hydrolyse de l'arbutine, hydrolyse de l'esculine, hydrolyse de la gélatine, fermentation du glucose avec production de gaz, acidification (galeries API 50 CH) de l'arbutine, de l'esculine, du D-fructose, du D-galactose, du gluconate, du D-glycérol, du glycogène, du maltose, du D-mannitol, du D-mannose, de la N-acétylglucosamine, du D-ribose, du saccharose, de la salicine, du tréhalose et du méthyl alpha-D-glucopyranoside.
. Une réponse négative est obtenue avec les tests ODC, TDA, uréase, VP, acidification (galeries API 50 CH) de l'adonitol, de l'amygdaline, du D-arabinose, du L-arabinose, du D-arabitol, du L-arabitol, du cellobiose, du dulcitol, de l'érythritol, du D-fucose, du L-fucose, du gentiobiose, de l'inositol, de l'inuline, 2-cétogluconate, du 5-cétogluconate, du lactose, du D-lyxose, du méthyl alpha-D-mannopyranoside, du mélibiose, du mélézitose, du raffinose, du L-rhamnose, du D-sorbitol, du L-sorbose, du D-tagatose, du turanose, du xylitol, D-xylose, du L-xylose et du méthyl bêta-D-xylopyranoside.
. La température optimale de croissance est comprise entre 30 et 37 °C. Une culture est observée sur un milieu de MacConkey ou en présence de 3 p. cent de NaCl.

La sensibilité aux antibiotiques (43 souches étudiées) est présentée dans le tableau ci-dessous.

Antibiotique (charge du disque)	Pourcentages de souches résistantes (n = 43)
Ampicilline (10 µG)	100
Carbénicilline (100 µg)	100
Amoxicilline (10 µg)	100
Amoxicilline-acide clavulanique (30 µg)	32
Ticarcilline (75 µg)	42
Ticarcilline-acide clavulanique (85 µg)	2
Pipéracilline (100	4
Pipéracilline-tazobactam (110 µg)	2
Céfalotine (30 µg)	88
Céfoxitine (30 µg)	98
Céfopérazone (30 µg)	16
Aztréonam (30 µg)	2
Ciprofloxacine (5 µg)	7
Norfloxacine (10 µg)	7
Tobramycine (10 µg)	51
Amikacine (30 µg)	16
Kanamycine (30 µg)	39
Gentamicine (10 µg)	25
Nétilmycine (30 µg)	23
Tétracycline (30 µg)	88
Chloramphénicol (30 µg)	14
Érythromycine (15 µg)	93
Triméthoprime-sulfaméthoxazole (25 µg)	49

MARTIN-CARNAHAN (A.) et JOSEPH (S.W.) : Order XII. Aeromonadales ord. nov. In : D.J. BRENNER, N.R. KRIEG, J.T. STALEY and G. M. GARRITY (eds), Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology, second edition, vol. 2 (The Proteobacteria), part B (The Gammaproteobacteria), Springer, New York, 2005, p. 556.

MARTIN-CARNAHAN (A.) et JOSEPH (S.W.) : Family I. Aeromonadaceae Colwell, MacDonell and De Ley 1986, 474^VP. In : D.J. BRENNER, N.R. KRIEG, J.T. STALEY and G. M. GARRITY (eds), Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology, second edition, vol. 2 (The Proteobacteria), part B (The Gammaproteobacteria), Springer, New York, 2005, p. 556.

MARTIN-CARNAHAN (A.) et JOSEPH (S.W.) : Genus I. Aeromonas Stanier 1943, 213^AL. In : D.J. BRENNER, N.R. KRIEG, J.T. STALEY and G. M. GARRITY (eds), Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology, second edition, vol. 2 (The Proteobacteria), part B (The Gammaproteobacteria), Springer, New York, 2005, pp. 557-578.

MARTÍNEZ-MURCIA (A.J.), SAAVEDRA (M.J.), MOTA (V.R.), MAIER (T.), STACKEBRANDT (E.) and COUSIN (S.): Aeromonas aquariorum sp. nov., isolated from aquaria of ornamental fish. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2008, 58, 1169-1175.

POPOFF (M.) : Genus III Aeromonas Kluyver and Van Niel 1936, 398^AL. In: N.R. KRIEG and J.G. HOLT (éds.), Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology, vol. 1, The Williams & Wilkins Co, Baltimore, 1984, pp. 545-548.

STACKEBRANDT (E.) et GOEBEL (B.M.) : Taxonomic note: A place for DNA-DNA reassociation and 16S rRNA sequence analysis in the present species definition in bacteriology. Int. J. Syst. Bacteriol., 1994, 44, 846-849.

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* : Pour des renseignements sur la technique MALDI-TOF MS et sur son utilisation en taxonomie, voir l'article suivant (disponible gratuitement sur Internet) : MAIER (T.), KLEPEL (S.), RENNER (U.) et KOSTRZEWA (M.): Fast and reliable MALDI-TOF MS-based microorganism identification. Nat. Methods, 2006, 3, doi:10.1038/nmeth870.

** : Description du genre Aeromonas (d'après M. Popoff 1984 et Martin-Carnahan et Joseph 2005)

Bacilles aux extrémités arrondies ou coccobacilles de 0,3 à 1,0 µm de diamètre sur 1,0 à 3,5 µm de longueur, à Gram négatif, se présentant de manière isolée ou groupés par deux ou rarement en courtes chaînes, non sporulés, généralement mobiles grâce à un unique flagelle polaire (une ciliature péritriche est parfois observée dans les cultures jeunes effectuées sur un milieu solide), aéro-anaérobies, métabolisant le glucose par voie respiratoire ou fermentative, le métabolisme des sucres conduit à la production d'acides et parfois à la production de gaz (CO₂ et H₂), réduisant les nitrates en nitrites, généralement oxydase positive, généralement catalase positive, le plus souvent résistant à 150 µg de O/129 (2,4-diamino-6,7-diisopropylptéridine), chimio-organotrophes, capables d'assimiler divers sucres et acides organiques, possédant une température optimale de croissance comprise entre 22 et 37 °C (mais quelques espèces ne cultivent pas à 35 °C), isolés de l'eau douce, de l'eau saumâtre et de sédiments, certaines espèces sont douées d'un pouvoir pathogène pour les animaux aquatiques et pour l'homme.
Le G + C p. cent varie de 57 à 63, l'espèce type est ¤ Aeromonas hydrophila.

J.P. Euzéby : Dictionnaire de Bactériologie Vétérinaire