J.P. Euzéby : Dictionnaire de Bactériologie Vétérinaire |
Créé le 01 octobre 2008
VERMINEPHROBACTER
Dès 1926, des bactéries symbiotiques ont été observées dans les ampoules néphridiennes* de 30 espèces de vers appartenant à la famille des Lumbricidae et collectés dans quatre continents (Afrique, Amérique, Asie et Europe).
L'étude des ARNr 16S montre que ces bactéries forment un groupe monophylétique proche du genre Acidovorax. Tous les vers d'une même espèce sont colonisés par une unique espèce bactérienne (les séquences des ARNr 16S présentent plus de 98 p. cent de similitude, même si les vers proviennent de différents continents), alors que des vers d'espèces différentes sont colonisés par diverses espèces bactériennes toutes proches des Acidovorax spp. Il semble donc que ces bactéries dérivent d'un même ancêtre commun et qu'elles ont subi un phénomène de cospéciation.
Ces bactéries symbiotiques, dont le rôle est encore inconnu, se transmettent de manière verticale par l'intermédiaire des œufs.
En septembre 2008, Pinel et al. publient les résultats d'une étude taxonomique portant sur huit souches de bactéries symbiotiques présentes dans les ampoules néphridiennes de Eisenia fetida**.
. L'isolement a été effectué en ensemençant le contenu des néphridies sur le milieu ACMP*** (Acidovorax complex medium Phytagel) incubé 15 à 20 jours à température ambiante.
. Les séquences des ARNr 16S des huit souches présentent environ 98,5 p. cent de similitude alors que les pourcentages de similitude obtenus avec les diverses espèces du genre Acidovorax n'excèdent pas 94. L'étude des séquences des gènes de ménage (rpoC, recA et gap) confirme que les souches forment un groupe distinct, mais apparenté aux Acidovorax spp.
. Les hybridations ADN-ADN montrent que les huit souches forment une unique genomospecies**** (pourcentages d'hybridation de l'ordre de 99), distincte des espèces du genre Acidovorax (les pourcentages d'hybridation obtenus entre l'ADN des bactéries symbiotiques et l'ADN des souches types des espèces du genre Acidovorax sont inférieurs ou égaux à 27).
. Les caractères phénotypiques et écologiques permettent de différencier les souches isolées de Eisenia fetida des Acidovorax spp., ce qui conduit Pinel et al. à valider la publication de deux nouvelles nomenclatures, Verminephrobacter et Verminephrobacter eiseniae.
Le genre Verminephrobacter et l'espèce Verminephrobacter eiseniae rassemblent des bacilles droits à Gram négatif, de 1,5±0,2 µm de longueur sur 0,6±0,2 µm de diamètre, présentant des flagelles polaires (même si une mobilité est rarement observée in vitro), aérobies (préférant une tension en oxygène inférieure à celle de l'air), chimio-organotrophes, à métabolisme oxydatif (l'oxygène est le seul accepteur terminal d'électrons), oxydase positive, catalase négative et nitrate réductase négative.
. Une réponse positive est obtenue pour l'assimilation du L-arabinose, du L-aspartate, du D-fructose, du D-fucose, du L-fucose, du D-glucose, du DL-lactate, du D-mannose, du L-rhamnose et du D-xylose.
. Une réponse négative est notée pour les tests hydrolyse de l'amidon, gélatinase, assimilation du 2-cétogluconate, du 5-cétotogluconate, de l'aconitate, de l'amidon, de l'amygdaline, de l'arbutine, du benzoate, du citrate, de l'esculine, du D-adonitol, du D-cellobiose, du D-lactose, du D-maltose, du D-mélézitose, du D-mélibiose, du D-raffinose, du D-sorbitol, du D-tagatose, du D-tréhalose, du D-turanose, du dulcitol, du fumarate, du gentiobiose, de la glycine, du glycogène, de l'inuline, de l'isobutyrate, du L-arabitol, de la L-histidine, de la L-isoleucine, de la L-lysine, de la L-méthionine, de la L-sérine, du L-sorbose, de la L-thréonine, de la L-valine, du maléate, de la N-acétylglucosamine, du saccharose, de la salicine et du xylitol.
. Au moins six des huit souches assimilent le 2-oxoglutarate, l'acétate, le D-fructose, le D-fucose, le D-galactose, le D-glucose, le D-lyxose, le D-mannitol, le D-mannose, le D-xylose, le fumarate, le glycérol, l'inositol, le lactate, la L-alanine, le L-arabinose, la L-asparagine, le L-aspartate, le L-fucose, le L-glutamate, la L-glutamine, la L-proline, le malate, le pyruvate, le succinate et le bêta-hydroxybutyrate.
Après 15 à 20 jours d'incubation à 25 °C, les colonies obtenues sur le milieu ACMP sont circulaires, convexes, à contour régulier ou légèrement dentelé. Elles ont la couleur d'une pêche et leur diamètre est compris entre 0,5 et 2 mm.
Une culture est observée pour des températures comprises entre 10 et 33 °C (température optimale comprise entre 25 et 28 °C) et pour un pH variant de 6 à 8,2 (optimum 7,5 à 8,2). La présence de NaCl n'est pas indispensable, mais une concentration en NaCl comprise entre 50 et 60 mM favorise la croissance.
La présence de biotine est nécessaire lorsque la culture est effectuée dans un milieu minéral dépourvu d'acides aminés.
Le genre Verminephrobacter appartient à la famille des Comamonadaceae (ordre des ¤ Burkholderiales, classe des ¤ Betaproteobacteria, division ou phylum des ¤ "Proteobacteria", domaine ou empire des "Bacteria").
L'absence de catalase, l'assimilation d'un nombre de sucres relativement important et les caractères écologiques différencient Verminephrobacter eiseniae des Acidovorax spp.
Orientation bibliographique
DAVIDSON (S.K.) et STAHL (D.A.) : Transmission of Nephridial Bacteria of the Earthworm Eisenia fetida. Appl. Environ. Microbiol., 2006, 72, 769-775.
PINEL (N.), DAVIDSON (S.K.) et STAHL (D.A.) : Verminephrobacter eiseniae gen. nov., sp. nov., a nephridial symbiont of the earthworm Eisenia foetida (Savigny). Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2008, 58, 2147-2157..
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Pour une information sur les néphridies et leur anatomie voir Appl. Environ. Microbiol. 2006, 72, 769-775 (article librement disponible sur Internet).
** Eisenia fetida (synonyme Eisenia foetida)
Classification d'après le site NCBI Taxonomy Browser : Eukaryota, Fungi/Metazoa group, Metazoa, Eumetazoa, Bilateria, Coelomata, Protostomia, Annelida/Echiura/Pogonophora group, Annelida, Clitellata, Oligochaeta, Haplotaxida, Lumbricina, Lumbricidae, Eisenia, Eisenia fetida.
Pour des informations complémentaires, voir le fichier Ver du fumier in Wikipedia.
*** Acidovorax complex medium Phytagel (ACMP)
(composition pour un litre)
Extraits de levure (Difco-Becton-Dickinson) : 0,5 g
Casamino acids (Difco) : 1,0 g
acide pyruvique : 2,0 g
L-glutamine : 0,3 g
KH2PO4 : 0,3 g
MgSO4 : 0,3 g
Tampon MOPS (acide N- morpholino-3-propane sulfonique) : 2,0 g
Phytagel (Sigma Aldrich) : 1,5 p. cent
pH : 7,2 - 7,3
Note : la gélification du milieu par de l'agar (Bacto agar, Noble agar) ou de l'agarose ne permet pas d'obtenir une croissance.
Voir le fichier ¤ "Définitions d'une genomospecies et d'une espèce bactérienne".